会社は、従業員に支払う給与から所得税を源泉徴収し、国に納付する義務があります。給与支給額や社会保険料に変動があると、それに伴って毎月の所得税額も変わる可能性があります。

この記事では、毎月の所得税が変わる理由や、源泉徴収や年末調整・確定申告の仕組みについてわかりやすく解説します。また、社会保険料の源泉所得税への影響についても紹介します。

関連記事：所得税とは？源泉所得税や定額減税など複雑な処理を詳しく解説

1. 所得税の基本を再確認

毎月の所得税（源泉徴収税）が変動する理由や原因を確認する前に、所得税とはなにか、決まり方も含めて再確認しておきましょう。

1-1. 所得税は所得に対してかかる税金

所得税とは、名前の通り所得に対してかかる税金です。給与のほか、賞与や退職金、事業で得た収入、不動産収入など、さまざまな収入に対して所得税が課されます。

課税される所得の計算方法は、所得の種類によって変わってきます。会社員やパート・アルバイトの場合、原則として、労働により得た収入から給与所得控除を差し引くことで、所得（給与所得）が計算されます。単純に収入に対して所得税がかかるわけではない点に注意しましょう。

関連記事：給与所得とは？手取りや給与収入の違いと計算方法をわかりやすく解説

1-2. 所得税の決まり方

所得税額は、原則として、所得金額（給与所得などの金額）から各種所得控除（基礎控除や扶養控除など）の金額を差し引き、課税所得金額を算出したうえで、それに所得税率を掛け合わせることで計算できます。

なお、所得税は累進課税制度が適用されているため、課税所得金額が大きくなると、掛け合わせられる所得税率（5%～45%）も大きくなります。

計算された基準となる所得税額から、各種税額控除（住宅ローン控除など）を差し引くことで、納付すべき所得税額を算出することが可能です。

関連記事：所得税計算の税率は？所得税計算の基礎や控除を解説！

1-3. 源泉徴収税額はあくまでも見込み額

会社員やパート・アルバイトの場合、毎月支払われる給与から所得税が徴収され、企業が代わりに納税をおこないます。これを「源泉徴収制度」といいます。

所得税は、その年の1月1日～12月31日の収入（所得）を基準にして計算をおこないます。そのため、毎月の給与から天引きする所得税は、あくまでも見込み額で算出されます。

参考：No.2110 事業主がしなければならない源泉徴収｜国税庁

1-4. 毎月の源泉徴収税額の計算方法

毎月の源泉徴収税額は、「給与所得の源泉徴収税額表（月額表）」を使って計算されます。まずはその月の課税対象となる給与などの合計金額を計算し、「総支給金額」を算出しましょう。次に「総支給金額」から、給与から天引きする社会保険料の金額を差し引き、「その月の社会保険料等控除後の給与等の金額」を算出します。

その後、従業員から「扶養控除等申告書」が提出されている場合は「甲欄」、提出されていない場合は「乙欄」を基に、源泉徴収税額表を使って、給与から天引きすべき源泉徴収税額を計算します。なお、甲欄を用いる場合は、扶養親族等（源泉控除対象配偶者および控除対象扶養親族）の人数によって、源泉徴収税額が変わるので注意が必要です。

例えば、次のような人を仮定して、その月の源泉徴収税額を計算してみましょう。

• 基本給：30万円
• 残業代：5万円
• 通勤手当（電車）：2万円
• 社会保険料：5万円
• 扶養控除等申告書の提出の有無：有
• 扶養親族等の人数：3人（配偶者と子2人）

総支給金額は35万円（= 基本給：30万円 + 残業代：5万円）と計算されます。この場合の通勤手当は非課税となるので、総支給金額には含めません。総支給金額から社会保険料を差し引くと、「その月の社会保険料等控除後の給与等の金額」は30万円と計算できます。

源泉徴収税額表の「甲欄」を基に、扶養親族等の人数が3人の場合だと、その月の源泉徴収税額は3,510円となります。

参考：令和7年分　源泉徴収税額表｜国税庁

関連記事：所得税とは？所得税の計算方法や納付方法、納付期限を解説

2. 所得税が毎月変わる理由

源泉徴収税額の計算方法をみるとわかるように、総支給金額や社会保険料などが変動すると、毎月の給与から天引きされる所得税の金額も変わります。ここでは、所得税が毎月変わる理由について詳しく紹介します。

2-1. 給与が増減した

毎月の給与から差し引かれる所得税は、その月の総支給金額を基礎にして決まります。そのため、昇給・降給などによって、給与が増減した場合、給与から天引きされる源泉所得税も変化する可能性があります。基本給に変動がない場合でも、残業や休日出勤などによって支払われる時間外手当によって、毎月の所得税が変わるケースも考えられます。

2-2. 扶養人数が途中で変わった

総支給額に変動がない場合でも、結婚や出産などにより、扶養親族等の人数が途中で変わった場合も、毎月の給与から差し引かれる源泉所得税が変動する原因になります。

扶養人数などに変更が生じた従業員は、その後最初に給与の支払いを受ける日の前日までに、扶養控除等申告書を再提出する必要があります。会社は提出された内容に基づき、以後の給与支払時に源泉所得税を適切に計算しなければなりません。

なぜ扶養親族等の人数によって、源泉所得税が変わるように設定されているかというと、本来、所得税の計算では「扶養控除」「配偶者控除」といった所得控除が適用できるためです。つまり、扶養親族等が増えると、控除額が大きくなり、課税所得金額が減ることで、結果的に納付すべき所得税額は小さくなります。

なお、年の途中で扶養人数に変動があったにもかかわらず、従業員が扶養控除等申告書を提出していなかった場合、年末調整により扶養控除や配偶者控除などの所得控除を正しく反映させて、過不足分を精算をするのが一般的です。

参考：A2-1　給与所得者の扶養控除等の（異動）申告｜国税庁

2-3. 社会保険料に変動があった

毎月の源泉所得税が変動する理由の一つに、社会保険料（健康保険料・介護保険料・厚生年金保険料）の変動が挙げられます。社会保険料は「標準報酬月額」に基づいて決定されますが、この標準報酬月額は、原則として毎年4～6月の給与額を基に算出され、9月に改定される「定時決定」により見直されます。

そのため、4～6月に支払われる給与がほかの月と比べて変動していた場合、定時決定により社会保険料の額が変わる可能性があります。社会保険料の額が変動すれば、給与から差し引かれる控除額が変わるので、その結果、課税対象額が増減し、源泉所得税に影響を与える場合もあります。

関連記事：社会保険料の定時決定とは？算定基礎届の作成方法や提出時期を解説

2-4. 税制改正がおこなわれた

所得税の決定に重要な控除額や各種税率といったものは、常に一定というわけではありません。社会情勢などを加味したうえで、毎年変更される可能性があります。

例えば、東日本大震災からの復興財源を確保するために導入された「復興特別所得税」は、平成25年（2013年）1月1日から令和19年（2037年）12月31日までの間に得た所得に対して課され、通常の所得税額に2.1%を上乗せして納税する必要があります。

また、令和7年度税制改正では「基礎控除の見直し」「給与所得控除の見直し」「特定親族特別控除の創設」などがおこなわれました。これに伴い、今後、源泉所得税の計算方法の見直しがされ、たとえ総支給額や社会保険料が変わらずとも、毎月の所得税が変わることも考えられるでしょう。

参考：No.2507 復興特別所得税の源泉徴収｜国税庁

参考：令和7年度税制改正による所得税の基礎控除の見直し等について｜国税庁

2-5. 給与明細が間違っている

従業員の総支給額や社会保険料、扶養人数に変動がなく、税制改正もおこなわれていないにもかかわらず、毎月の所得税が変わっている場合、給与明細に誤りがある可能性があります。手作業で給与計算や明細作成をおこなっている場合、入力ミスや計算ミスなどにより、誤った金額が記載されることもあるため注意が必要です。

昨今のデジタル化により、勤怠管理や給与計算のシステム化が進んでいます。勤怠管理システムや給与計算ソフトを導入し、勤怠データと連動させることで、給与計算の自動化が可能となり、人的ミスの防止や業務効率化につながります。

当サイトでは、本章で解説した毎月変わる理由を考えるうえで重要になる、所得税の年税額の決定方法や計算方法などを解説した資料を無料で配布しております。税金の計算方法や税金に関する基礎知識で不安な点があるご担当者様は、こちらから「所得・住民税 給与計算マニュアル」をダウンロードしてご確認ください。

3. 所得税が変わった際のチェックするべき項目

毎月の所得税の金額が変わった際は、従業員の総支給額や社会保険料、扶養人数に変動がないかチェックすることが大切です。ここでは、所得税が変わった際のチェックするべき項目について詳しく紹介します。

3-1. 社会保険料

社会保険料の金額は、先述のとおり4～6月までの3ヵ月における給与の平均額を算出して計算されます。
そして、この結果が社会保険料の額に反映されるのは、計算をおこなった年の9月から来年の8月までです。

もし、9月の給与から所得税が変わったと思われるのであれば、社会保険料の金額が変わったかどうかを確認してみましょう。

関連記事：社会保険料の計算方法とは？給与計算や社会保険料率についても解説

3-2. 各種手当（残業代や割増賃金など）

受け取る給与が増えれば、当然それだけ所得税は増加します。残業や休日出勤によって普段よりも多くの給与が発生したのであれば、それだけ課税対象が増えるため、結果的に所得税は増えます。繁忙期やトラブルが発生し、通常とは異なる対応をしていた月の所得税は変動しやすいです。

また、病気や産休などによって通常よりも勤務時間が減少した場合は、所得税が低くなることもあります。もし、9月以外で所得税が増えたのであれば、残業や休日出勤に対する手当や労働時間などを確認してみましょう。

3-3. 従業員の扶養状況

総支給額や社会保険料に変動がない場合でも、従業員の扶養人数等の人数が変わった場合には、毎月の所得税が変化する可能性があります。従業員の給与明細をみて、所得税が変わったと違和感を感じる場合には、従業員から「扶養控除等申告書」の提出があったかどうか確認してみましょう。

4. 毎月の所得税の計算と一緒に覚えておきたい仕組み

源泉所得税の計算には、社会保険料の計算が関連してきます。また、従業員の所得税を正しく計算し直すための手続きとして、年末調整や確定申告があります。

ここでは、毎月の所得税の計算と一緒に覚えておきたい仕組みについて詳しく紹介します。

4-1. 社会保険の標準報酬月額の随時改定

社会保険料（健康保険料・介護保険料・厚生年金保険料）は、標準報酬月額を基に決まります。定時決定がなければ、標準報酬月額は変更されず、1年間社会保険料が変動しないと考えている人もいるかもしれません。

しかし、昇格・降格などによって、基本給などの固定的賃金に大幅な変動（通常2等級以上の差）が生じた場合、「随時改定」の対象となり、定時決定を待たずに標準報酬月額を変更する必要があります。この随時改定によって社会保険料が変更されれば、毎月の給与の手取り額や、源泉所得税額にも影響を及ぼします。

このように、正しく毎月の所得税を計算するためにも、標準報酬月額の決定方法や改定の仕組みについても理解しておくことが大切です。

関連記事：社会保険の随時改定とは？標準報酬月額を改定する条件や月額変更届の手続きを解説

4-2. 雇用保険料の計算方法

雇用保険に加入している従業員については、給与から雇用保険料を控除し、会社が事業主負担分と合わせて納付する必要があります。また、雇用保険料も社会保険料控除の対象であり、源泉所得税を計算する際に考慮しなければなりません。

雇用保険料の計算方法は、健康保険料や厚生年金保険料とは異なり、「賃金総額」に対して所定の雇用保険料率を乗じて求められます。そのため、残業や休日出勤などによって賃金総額が増減すると、それに応じて雇用保険料も変動します。結果として、課税対象額が変わり、毎月の源泉所得税額にも影響が生じる可能性があるので注意しましょう。

関連記事：雇用保険料の計算方法は？保険加入後の計算時期や計算するときの注意点

4-3. 年末調整と確定申告

毎月の給与から差し引かれる源泉所得税は、あくまで概算にすぎません。そのため、年末には、その年に源泉徴収された所得税の総額と、本来納めるべき所得税額（年税額）とを比較し、過不足を精算する必要があります。この手続きが「年末調整」です。

会社は、原則として年末まで勤めている従業員に対して年末調整をおこなわなければなりません。ただし、給与収入が2,000万円を超える従業員など、年末調整の対象者から除外される人もいるので注意が必要です。

年末調整をおこなうことで、従業員の所得税の納税手続きは原則完了します。しかし、年末調整の対象外の人や、副業をおこなっている人、寄附金控除・医療費控除などの控除を適用したい人は、年末調整だけでは対応できないので、従業員自身で確定申告をおこなう必要があります。

確定申告の受付期間は原則として毎年2月16日から3月15日までです。申告が遅れると延滞税や加算税などのペナルティが課される可能性があるため、対象となる従業員には適切な時期に注意を促すことが重要です。

関連記事：年末調整とは？確定申告との違いや必要書類、計算の流れをわかりやすく解説

5. なぜ所得税が毎月変わるのか理解して適切に給与計算をしよう！

毎月の給与から天引きされる源泉所得税は、あくまでも概算で計算されます。その月の総支給額や社会保険料に変動があれば、源泉所得税の金額も変わります。また、扶養親族等の人数が変わった場合や税制改正がおこなわれた場合も、毎月の所得税が変わる原因の一つです。

従業員の給与から所得税を徴収したら、指定された期限までに代わりに納税をおこなわなければなりません。また、会社には源泉徴収だけでなく、年末調整をする義務もあるので、正しく仕組みを理解しておきましょう。