所得税の納付には「自ら確定申告をして納める方法」と「会社が源泉徴収して納付する方法」の2種類があります。近年では、e-Taxを利用したキャッシュレス納付も普及しています。

納付期限を守らないと、延滞税や不納付加算税などのペナルティが発生する可能性があります。この記事では、源泉所得税の納付方法の種類や選び方、納付期限について詳しく解説します。

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給与計算における所得税の計算方法とは？源泉徴収の仕組みも解説

1. 所得税の納付方法とは？

所得税は、個人が1年間に得た所得に対して課される国税です。つまり、所得税は地方自治体に納める住民税とは異なり、国に対して納付する税金となります。

その納付方法には、大きく分けて「自分で申告して納める方法」と「会社などが源泉徴収して納付する方法」の2種類があります。それぞれの仕組みを理解しておくことは、税金を正しく納めるために重要です。

1-1. 自ら確定申告をして納める方法（原則）

所得税は、納税者自身が1年間の所得とそれに対する税額を計算し、税務署に申告・納税する「申告納税方式」が採用されています。そのため、所得税の納税義務がある人は、原則として、指定された期間（毎年2月16日～3月15日）に確定申告をおこなう必要があります。

1-2. 会社が従業員の給与から天引きして納める方法（源泉徴収）

所得税には「源泉徴収制度」という仕組みがあります。これは、利子や配当、給与、退職金、年金などを支払う際に、支払う側（源泉徴収義務者）があらかじめ一定の所得税を差し引き、受け取る人に代わって国に納める制度です。

つまり、会社は従業員の給与から毎月所得税を天引きし、その分を税務署に納める必要があります。この制度によって、納税者自身がその都度税額を計算して納める手間が大幅に省かれます。本記事では、特に「源泉徴収した所得税（源泉所得税）」の納付方法に焦点を当てて解説します。

参考：No.2110 事業主がしなければならない源泉徴収｜国税庁

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2. 源泉所得税の納付方法の種類

源泉所得税の納付方法には次の6種類があります。

1. ダイレクト納付
2. インターネットバンキング
3. クレジットカード納付
4. スマホアプリ納付
5. コンビニ納付
6. 窓口納付

参考：源泉所得税の納税手続｜国税庁

このうち「ダイレクト納付」「インターネットバンキング」「クレジットカード納付」「スマホアプリ納付」の4つはまとめて「キャッシュレス納付」とよばれます。キャッシュレス納付をおこなうには、原則として、事前にe-Tax（国税電子申告・納税システム）で「所得税徴収高計算書（納付書）」のデータの作成・送信が必要です。

なお、従業員が自分で確定申告により所得税を納付する場合であれば、「振替納税」という方法も利用できます。振替納税とは、事前に登録した預貯金口座から、国税庁が定めた振替日（例：令和8年確定申告分の振替日は令和8年4月23日）に自動で納税額が引き落とされる仕組みです。

一度登録しておけば、変更や停止の手続きをおこなわない限り次回以降も自動で振替がされるため、手続きの手間を大きく減らせます。一方、会社側で納付する源泉所得税については振替納税の対象外なので、ダイレクト納付など別の方法で納付しなければならない点に注意が必要です。

参考：G-2-1　申告所得税及び復興特別所得税、消費税及び地方消費税（個人事業者）の振替納税手続による納付｜国税庁
参考：主な国税の納期限（法定納期限）及び振替日｜国税庁

2-1. e-Taxに事前登録をおこないダイレクト納付

ダイレクト納付とは、指定口座から自動で引き落として納付する方法です。利用するには、初回に「e-Tax開始届出書」と「ダイレクト利用届出書」の提出が必要です。登録が完了すると、e-Taxのメッセージボックスで通知が届き、ダイレクト納付を利用できるようになります。

引き落とし方法は「即時納付」「期日指定」「自動ダイレクト」の3種類があります。自動ダイレクトを利用すると、登録後は受信通知を確認するだけで、法定納付期限に自動で引き落とされます。

参考：G-2-2　ダイレクト納付(e-Taxによる口座振替)の手続｜国税庁

2-2. インターネットバンキングでの納付

インターネットバンキング納付とは、インターネットバンキングやATMなどを通じて、口座から直接税金を納付する方法です。利用できるのは、ペイジーに対応している金融機関に限られます。

そのため、自社が取引している金融機関が対応しているかどうかを確認する必要があります。また、インターネット経由での手続きなので、銀行営業時間に関係なく納付できる利便性がある一方で、操作ミスや手続きの遅延による納付遅れには注意が必要です。

参考：G-2-3　インターネットバンキング等からの納付手続｜国税庁

2-3. クレジットカードでの納付

クレジットカード納付とは、法人カードやビジネスカードといったクレジットカードを利用して税金を納付する方法です。「国税クレジットカードお支払サイト」を通じて納付情報や利用者情報、カード情報を入力して手続きを完了させます。

1回の手続きで納付できる金額は1,000万円未満です。さらに、カード会社が設定する利用可能額を超える場合は引き落としできない可能性があるため、事前にカードの利用可能額を確認しておくことが重要です。

また、納付には決済手数料がかかります。1万円までなら税込99円、以降は1万円ごとに99円ずつ加算されるので、大きな金額を納付する場合は手数料も高くなります。

参考：G-2-4　クレジットカード納付の手続｜国税庁

2-4. スマホアプリ納付

スマホアプリ納付とは、「国税スマートフォン決済専用サイト」を経由し、スマホ決済アプリを使用して納付する方法です。対応しているアプリは次の通りです。

• PayPay
• d払い
• au PAY
• メルペイ
• Amazon Pay
• 楽天ペイ

※LINE Payの取扱いは令和7年4月14日に終了しています。

スマホアプリ納付は、納付税額が30万円以下の場合に利用できます。ほかの納付方法と比べると納税上限額が低い点に注意が必要です。

参考：G-2-5　スマホアプリ納付の手続｜国税庁

2-5. コンビニ納付

コンビニで税金を納付する方法には、「バーコード付納付書を使用する方法」と「QRコードを使用する方法」の2種類があります。なお、コンビニでの納付は現金のみが利用可能なので注意が必要です。

バーコード付納付書を使う方法では、税務署から送付または交付されたバーコード付納付書を使い、指定されたコンビニで納付をおこないます。1枚の納付書で納付できる金額は30万円までです。

参考：G-2-7　コンビニ納付（バーコード）｜国税庁

QRコードを用いる方法では、自宅やオフィスで作成したQRコード（PDF形式）をコンビニに持参し、専用端末で読み取ってバーコード付納付書を出力して納付します。

専用端末があるコンビニでしか利用できないため、利用可能な店舗が限られる点に注意が必要です。納付可能額は30万円までです。QRコードは「納付情報の入力」から作成できます。

参考：G-2-6　コンビニ納付（QRコード）｜国税庁

2-6. 金融機関や税務署での現金納付

源泉所得税を現金で納付する方法には、コンビニ納付のほかに、金融機関や税務署の窓口で手続きをおこなう方法があります。この場合、まず「所得税徴収高計算書」に必要な情報を正確に記入し、納付額に応じた現金を添えて窓口に提出します。

窓口で現金納付をおこなう場合、e-Taxによるデータ送信やQRコードの作成など、事前の電子手続きは一切不要です。シンプルに納付できますが、注意点として、納付書を手元に用意していない場合は、所轄の税務署または指定された金融機関に事前に取り寄せる必要があります。

参考：G-2-8　現金に納付書を添えて納付（金融機関又は税務署の窓口）｜国税庁

関連記事：所得税納付書の入手方法は？所得税納付書の種類や提出方法・期限を解説

2-7. 【注意】納付税額が0円でも所得税徴収高計算書（納付書）の提出は必要

源泉所得税の納付額が0円の場合でも、所得税徴収高計算書（納付書）の提出は必要です。年末調整で納税額がマイナスとなり還付が発生する場合、e-Taxで本税にマイナス金額を入力すると「値が範囲外です」というエラーが出ます。そのため、本税は0円で処理するようにしましょう。

参考：源泉所得税(徴収高計算書)についてよくある質問｜国税庁

3. 源泉所得税の納付方法の選び方

源泉所得税の納付方法には、窓口納付やコンビニ納付、e-Taxを利用した電子納付など、さまざまな手段があります。ここでは、それぞれの特徴を踏まえ、最適な納付方法の選び方を解説します。

3-1. 手間のかからないキャッシュレス納付がおすすめ

業務効率やコストの観点からは、手間のかかる方法はできるだけ避けるのが望ましいです。例えば、窓口納付では、毎回税務署や金融機関に出向く必要があり、混雑により手続きに時間がかかる場合もあります。

そこで、ダイレクト納付やクレジットカード納付などのキャッシュレス対応の電子納付を活用すると便利です。これらを利用すれば、出向く手間を省けるだけでなく、納付状況をリアルタイムで確認できるため、経理管理の効率化にもつながります。

3-2. 領収書が必要なら窓口納付

納付の証明として領収書（領収証書）が必要な場合は、税務署や金融機関の窓口で現金により納付することをおすすめします。キャッシュレス納付やコンビニ納付では、納付完了通知や払込金受領証は発行されますが、領収書自体は発行されないため注意が必要です。

3-3. 【お得？】クレジットカードなら支払いでポイントが貯まる場合も

ビジネスカードや法人カードを使ったクレジットカード納付では、ポイント還元が受けられる場合があります。例えば、1%還元のカードで100万円の源泉所得税を納付すると、理論上は1万円分のポイントが付与されます。ただし、カード会社や利用条件によってポイントが付かない場合もあるため、事前に確認が必要です。

また、クレジットカード納付を活用すると、カードの締め日や引き落とし日に応じて支払いを先延ばしでき、資金繰りの調整に役立つメリットがあります。さらに、会計ソフトとカード明細を連携させれば、経理処理の効率化も期待できるでしょう。

ただし、クレジットカード納付を利用する場合、決済手数料がかかります。納付額が大きくなるほど手数料も増えるため、ポイント還元額より手数料の方が大きくなる場合は、ほかのキャッシュレス納付方法も検討するとよいでしょう。

3-4. スマホアプリなら決済手数料がかからない

スマホアプリを使った納付では、納税額に上限（30万円）があるものの、決済手数料はかかりません。納税自体にポイントは付与されないのが一般的ですが、アプリに法人カードやビジネスカードを登録して納付すれば、クレジットカードのポイント還元を受けられる可能性があります。

参考：スマホアプリ納付のQ&A｜国税庁

4. 源泉所得税の納付期限は原則「翌月10日」

所得税の納付方法を決めるうえで、まずは納付期限を確認しておきましょう。源泉所得税は、原則として「給与・報酬を支払った月の翌月10日まで」に国に納めることとされています。

4-1. 会社が対応すべき所得税納付までの手続き

会社は、従業員に支払う給与や賞与から所得税を源泉徴収する義務があります。源泉徴収税額は、従業員の給与額や社会保険料、扶養状況などをもとに、国税庁が公表する「源泉徴収税額表」を用いて計算します。その後、所得税徴収高計算書（納付書）に納付すべき源泉所得税の額を記入します。

源泉徴収税額表には、「月額表」「日額表」「算出率の表」など複数の種類があり、扶養控除等申告書の提出状況や給与・賞与の支給方法に応じて適切な表を選ぶことが重要です。また、従業員に支給する退職金や、取引先への報酬・料金にも源泉徴収が必要となるので注意が必要です。

さらに、令和7年度の税制改正により、基礎控除・給与所得控除の引き上げや特定親族特別控除の新設などがおこなわれました。そのため、令和8年1月から使用する源泉徴収税額表は従来と大きく変更されており、使用方法にも違い（例：控除対象扶養親族→源泉控除対象親族）が生じています。

参考：No.2511 税額表の種類と使い方｜国税庁

参考：令和8年分　源泉徴収税額表｜国税庁

関連記事：所得税徴収高計算書とは？書き方や注意点、納付方法をわかりやすく解説

4-2. 源泉所得税の納付期限には特例がある

給与の支給対象者が常時10人未満の事業者は、「納期の特例」を利用して、半年分の源泉所得税をまとめて納付できます。具体的な納付期限は次の通りです。

• 1月～6月分：7月10日
• 7月～12月分：翌年1月20日

納期の特例を適用するには、事前に所轄の税務署へ申請書を提出しなければなりません。申請が却下されなければ、申請書を提出した月の翌月末日までに承認されたものとみなされます。この場合、申請書の提出月の翌月の源泉所得税から特例の適用が開始されます。

なお、納期の特例を利用する場合、通常の納付書とは異なる専用の様式を使用しなければなりません。記入方法やフォーマットの違いを十分に理解し、誤りのないよう注意して作成することが重要です。

参考：No.2505 源泉所得税及び復興特別所得税の納付期限と納期の特例｜国税庁

4-3. 納税期限を過ぎてしまうと延滞税が発生する

源泉所得税は、納付期限を過ぎて納めると、納付期限の翌日から納付日までの日数に応じて延滞税がかかります。また、納期限までに納付しなかった場合には、罰則として不納付加算税も課されます。

そのため、納付期限を守ることが最も重要です。しかし、万が一期限に間に合わなかった場合でも、速やかに納付すれば延滞税や加算税の負担を最小限に抑えられます。

納付期限に間に合わせるためには、スケジュールに余裕を持ち、効率よく所得税の計算をおこなうことが大切です。給与計算ソフトを導入すれば、あらかじめ登録した情報に基づいて所得税の計算を自動化でき、手続きのミスや遅延を防止できます。

関連記事：加算税とは？延滞税の違いや種類と税率、端数計算について詳しく解説！

5. 自社にあった納付方法を選択して所得税をもれなく納付しましょう

所得税は、所得がある人なら誰にでも関係する税金です。会社は従業員の給与から税金分を差し引き、所得税を代わりに支払う義務があります。期限を過ぎてしまうと延滞税などが課せられるおそれがあるため、必ず期限を守って納付しましょう。

納付方法はいくつかあるので、煩わしい手続きを避け、より便利な納付方法を選択することをおすすめします。