年末調整は手続きの際に必要な書類が従業員によって異なり、記入ミスの対応なども確認しながら実施するため、労務担当者の負担が大きくなります。また、年に1回しかおこなわれないので、初めて手続きに着手する場合、手順を覚えることに慣れない人も多いのではないでしょうか。

今回は、給与計算と年末調整の関係を踏まえたうえで、年末調整の手続きの流れや注意点についてわかりやすく解説します。

【給与計算業務のまとめはコチラ▶給与計算とは？計算方法や業務上のリスク、効率化について徹底解説】

1. 年末調整とは？

年末調整とは、その年に納めるべき所得税額を確定し、毎月（毎日）の給与や賞与などから源泉徴収した所得税の過不足税額を調整する手続きのことです。ここでは、そもそも年末調整とはどのような手続きなのか、年末調整の対象者やスケジュールについて詳しく紹介します。

1-1. 年末調整の対象者

年末調整の対象者は、原則として「年末まで勤務している人」です。転職などで中途入社した従業員についても、その年の末日まで勤務していれば、年末調整の対象者に含まれます。ただし、次のいずれかに該当する場合、年末まで勤務している人であっても、年末調整の対象者から除外されるので注意が必要です。

• その年に支払われるべき給与総額が2,000万円を超える人
• 災害減免法に基づき源泉徴収について徴収猶予や還付を受けた人

参考：No.2665 年末調整の対象となる人｜国税庁

なお、年末まで勤務していない従業員であっても、次のどれかにあてはまる場合、年末調整の対象者となります。

• 海外支店に人事異動があった場合などで非居住者となった人
• 死亡により退職した人
• 著しい心身の障害のために退職した人（退職後に再就職をして給与を受け取る可能性がある人を除く）
• 12月に支払われるべき給与を受け取ってから退職した人
• その年に支払われる給与総額が103万円以下である人（退職後その年に他の勤務先から給与を受け取る可能性がある人を除く）

参考：No.2665 年末調整の対象となる人｜国税庁

年末調整の対象者に含まれれるかどうかチェックし、正しく毎月の給与計算をしたうえで、年末調整を実施しましょう。

1-1. 年末調整のスケジュール

年末調整では一般的に10月～11月末にかけて、社内の情報伝達や必要書類の準備・配布・回収をおこないます。従業員から年末調整に必要な申告書類などを回収したら、正しく記入されているかチェックしたうえで、12月中旬・下旬までに年税額を計算します。また、通常は12月の給与計算で、年末調整によって生じた過不足税額を精算します。

その後、源泉徴収票や法定調書・給与支払報告書を作成し、翌年の期日までに税務署や市区町村へ提出が必要です。また、従業員に対しても、源泉徴収票の交付が義務付けられているので注意しましょう。

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2. 給与計算で天引きする源泉所得税とは？

年末調整では、その年（1月1日～12月31日）の年税額と、毎月の給与などから徴収した源泉所得税額との差額を計算し、還付・追加徴収があれば精算手続きが必要です。そのため、給与計算で天引きする源泉所得税が年末調整には大きな影響を与えることになります。ここでは、給与計算で控除する源泉所得税について詳しく紹介します。

2-1. 源泉所得税とは？

源泉所得税とは、従業員に支給される給与などから一定額を徴収し、国に納める所得税（および復興特別所得税）のことです。源泉所得税を徴収しなければならない事業者のことを「源泉徴収義務者」といいます。

所得税は納税者が自ら申告・納付する「申告納税制度」が採用されているため、確定申告により納税することが原則です。しかし、給与などの特定の所得に対しては、源泉徴収制度が採用されており、納税者に変わって事業者が納税をします。なお、源泉徴収制度の目的として、納税漏れの防止や納税負担の分散が挙げられます。

源泉所得税の納付期限は、原則として、源泉徴収の対象となる給与などを支払った月の翌月10日です。例えば、9月25日に給与を支払う場合、その給与から源泉所得税を徴収し、翌月である10月10日までに納付をしなければなりません。ただし、納期の特例が使える場合、あらかじめ申請すれば、年2回にまとめて納付することができます。

参考：No.2505 源泉所得税及び復興特別所得税の納付期限と納期の特例｜国税庁

2-2. 過不足分は年末調整で精算する

毎月の給与から控除すべき源泉所得税の計算方法は決まっています。しかし、あくまでも源泉所得税は、源泉徴収税額表を基に計算されるため、必ず源泉所得税額の合計がその年に納めるべき所得税額（年税額）と同じになるとは限りません。

また、年末調整の手続きの際に、生命保険料控除や地震保険料控除といったさまざまな所得控除を反映させます。そのため、年末調整をおこなったら、納め過ぎた所得税の還付がおこなわれるケースも多いです。ただし、その年の途中で扶養親族が減った場合や、毎月の給与に大きな変動があった場合などには、年末調整した結果、還付でなく、追加徴収しなければならない可能性もあるので気を付けましょう。

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3. 年末調整の計算方法とは？

毎月の給与計算で源泉所得税を徴収・納付したら、年末調整でその年（1月1日～12月31日）に納めるべき所得税を確定させ、過不足税額を精算します。ここでは、年末調整の具体的な計算方法やその流れについて詳しく紹介します。

3-1. 年間の給与総額を計算する

まずは、従業員ごとにその1年間に支払った給与の総額を計算していきます。この際、源泉所得税や社会保険料（健康保険料・厚生年金保険料など）を天引きする前の額を用いる点に注意が必要です。

また、資格手当や地域手当といった手当も、原則課税対象になるので、所得税計算をする際の給与総額に含める必要があります。ただし、通勤手当（月15万円まで）や、出産手当金・傷病手当金などは非課税となるため、給与総額には含めないので気を付けましょう。

関連記事：年末調整で通勤手当は給与に含まれる？処理方法をわかりやすく解説

3-2. 控除額を差し引く

所得税の課税対象となる給与総額の計算ができたら、給与所得の計算に移ります。給与所得は、給与総額から給与所得控除を差し引くことで算出することが可能です。その後、課税所得金額（所得税を計算する際に基礎となる金額）を求めるため、給与所得から各種所得控除を差し引く必要があります。

①給与所得控除額

給与所得控除とは、勤務先から給料や賃金などを受けている従業員に適用される控除を指します。給与所得控除は、事業所得や不動産所得を計算する際の必要経費にあたるものと考えるとわかりやすいかもしれません。給与所得は、次の計算式で給与総額と給与所得控除を用いて算出できます。

給与所得 ＝ 給与総額 – 給与所得控除額

なお、給与所得控除額は、給与総額に応じて変わります。給与総額が660万円未満の場合には、以下の表に関わらず、所得税法別表第五(年末調整等のための給与所得控除後の給与等の金額の表)(e-Govへリンク)により、給与所得の金額を計算するため注意が必要です。

参考：No.1400 給与所得｜国税庁

②所得控除額

所得控除とは、納税者の生活や支出などの状況を考慮し、課税所得金額を減らすために差し引くことができる金額のことです。給与所得者の場合、課税所得金額は次の計算式で算出できます。

課税所得金額 ＝ 給与所得金額 – 各種所得控除の合計額

年末調整で適用できる所得控除は、次の通りです。

• 基礎控除
• 配偶者控除
• 配偶者特別控除
• 扶養控除
• 障害者控除
• ひとり親控除
• 寡婦控除
• 勤労学生控除
• 社会保険料控除
• 生命保険料控除
• 地震保険料控除
• 小規模企業共済等掛金控除

寄附金控除や医療費控除、雑損控除も所得控除に該当しますが、年末調整で対応することができません。例えば、その年の医療費が高額であった場合や、その年に特定の寄附（ワンストップ特例を除く）をおこなった場合には、従業員自身で確定申告してもらうよう周知しましょう。

3-3. 所得税率をかける

給与総額から給与所得控除額と各種所得控除額を差し引くことで、課税所得金額が求められます。課税所得金額に対して、所得税率を掛けることで、納めるべき所得税額が確定します。所得税は累進課税制度が採用されており、所得税率は次のように課税所得金額に応じて変わります。

給与総額や所得控除額などの計算に間違いがあると、課税所得金額も誤って計算され、納めるべき所得税額の計算も変わってくるので気を付けて計算をしましょう。

3-4. 税額控除額（住宅ローン控除など）を差し引く

その年に納めるべき所得税額が計算できたら、最後に各種税額控除額を差し引きます。税額控除には、次のようにさまざまなものがあります。

• 住宅ローン控除
• 配当控除
• 外国税額控除
• 寄附金特別控除 など

年末調整で適用できる税額控除の代表例として、住宅ローン控除があります。ただし、年末調整で住宅ローン控除を適用できるのは、2年目以降です。初年度は確定申告が必要になるため、住宅ローン控除を適用したい従業員には正しく周知しましょう。

また、令和6年度（2024年度）については、定額減税制度がありましたが、これも所得税額から差し引ける控除の一つといえます。令和7年度（2025年度）については、定額減税制度は設けられていないので留意しておきましょう。なお、税制については定期的に見直しがおこなわれるため、最新の情報をきちんと収集して計算に反映させることが大切です。

3-5. 源泉徴収額と照らし合わせる

税額控除も適用し、その年に納めなければならない所得税額が確定したら、これまでに徴収・納付した源泉所得税の合計額と比較し、過不足税額がないかチェックします。過不足税額があれば、通常は12月分の給与計算をする際に反映させます。給与明細には「年末調整還付額」「年調不足税額」などと記載して、従業員が混乱を招かないような形で給与を支給しましょう。

なお、年末調整をおこなった月分の源泉徴収税額だけでは還付しきれない場合や、年末調整をする月分の給与から徴収しても不足額が残る場合などは、一般的な方法で対応できない可能性もあります。イレギュラーなケースが発生する場合、税理士や税務署などに相談してから対応するようにしましょう。

参考：No.2675 年末調整の過不足額の精算｜国税庁

3-6. 必要書類を作成する

年末調整の計算が終わったら、源泉徴収票の作成をおこないます。年末調整後に作成された源泉徴収票は、法定調書合計表の提出や給与支払報告書の作成の際にも使用します。また、従業員が確定申告する際や、住宅ローンの審査を受ける際にも、源泉徴収票は利用されるので重要性を理解し、正しく記載をおこないましょう。

国税庁ではExcelの年末調整計算シートを公開しています。しかし、年末調整の計算にあたり、より高い機能性を求めるのであれば、フリーソフトではなく専用のシステムを検討してみましょう。当サイトでは、給与計算システム「ジンジャー給与」を例に、ほかのシステムと連携することでどのように業務効率が上がるか解説した資料を無料で配布しております。システムの導入により業務改善が期待できると感じたご担当者様は、こちらから資料をダウンロードしてご確認ください。

4. 給与計算や年末調整に必要となる書類

毎月の給与計算をする際、従業員から提出を受けた「扶養控除等（異動）申告書」や「源泉徴収税額表」を基に、源泉所得税の天引きをおこないます。また、年末調整では、各種所得控除や税額控除の情報を正しく反映させるため、従業員にさまざまな書類を提出してもらう必要があります。ここでは、給与計算や年末調整に必要となる書類について詳しく紹介します。

4-1. 扶養控除等（異動）申告書

「扶養控除等（異動）申告書」とは、扶養親族の情報を正しく把握するために必要となる書類です。扶養控除等（異動）申告書を基に、毎月の源泉所得税額を計算することもあり、その年の最初に給与が支払われる日の前日までに提出することが義務付けられています。

また、扶養親族の人数が変わったなど、申告書の内容に変更があった場合、次の給与の支払いを受ける日の前日までに変更内容を記載した申告書の提出が必要です。扶養控除等（異動）申告書は、年末調整において、扶養控除や障害者控除などの所得控除を反映させるためにも使用するため、正しく記載・提出してもらいましょう。

参考：A2-1　給与所得者の扶養控除等の（異動）申告｜国税庁

4-2. 基礎控除申告書 兼 配偶者控除等申告書 兼 所得金額調整控除申告書

「基礎控除申告書 兼 配偶者控除等申告書 兼 所得金額調整控除申告書」とは、年末調整において、基礎控除や配偶者控除（配偶者特別控除）、所得金額調整控除といった控除を適用するために必要となる書類です。この書類は、その年の最後に給与が支払われる日の前日までに提出してもらう必要があります。提出が遅くなると、年末調整手続きに影響が出るため、できる限り早めに提出してもらいましょう。

参考：A2-4　給与所得者の基礎控除、配偶者（特別）控除及び所得金額調整控除の申告｜国税庁

4-3. 保険料控除申告書

「保険料控除申告書」とは、年末調整において、生命保険料控除や地震保険料控除といった保険料控除を適用するために必要となる書類です。適用する控除によって、証明書類の添付も必要になります。提出期限は、「基礎控除申告書 兼 配偶者控除等申告書 兼 所得金額調整控除申告書」と同様です。なお、保険料控除を受けない従業員については、保険料控除申告書を作成・提出してもらう必要ありません。

参考：A2-3　給与所得者の保険料控除の申告｜国税庁

4-4. 住宅借入金等特別控除申告書

「住宅借入金等特別控除申告書」とは、年末調整において、住宅ローン控除（2年目以降）を適用するために必要となる書類です。また、年末調整で住宅ローン控除を適用するためには、申告書にあわせて、「住宅取得資金に係る借入金の年末残高等証明書」も提出してもらう必要があります。

なお、住宅ローン控除は、年末の住宅ローン残高に応じて、一定額の税額控除を受けられる仕組みです。居住年や認定住宅区分によって、控除年数や控除額は変わってくるため、住宅ローン控除の適用要件や計算方法を正しく理解しておきましょう。

参考：No.1213 認定住宅の新築等をした場合(住宅借入金等特別控除)｜国税庁

4-5. 前職の源泉徴収票

その年の途中で転職した従業員で、転職先において年末調整を受ける場合、前の勤め先の情報も踏まえたうえで計算をおこなう必要があるので、前職の源泉徴収票を提出してもらわなければなりません。そのため、中途採用をおこなっている場合など、年の途中で新しく雇用する場合、前職の源泉徴収票も提出してもらうようにしましょう。

関連記事：年末調整で前職の源泉徴収票の提出が必要な理由とは？未提出時の対処法も解説

5. 給与計算や年末調整における所得税の計算に関する注意点

給与計算や年末調整において所得税に関する計算をする際は、気を付けるべき点がいくつかあります。ここでは、給与計算や年末調整における所得税の計算に関する注意点について詳しく紹介します。

5-1. 提出不備によるトラブルに気を付ける

正しく毎月の給与計算で源泉所得税を算出したり、年末調整で各種控除を適用したりするためには、従業員に書類を適切に作成・提出してもらう必要があります。もしも期限までに申告書類を提出してもらえない場合、年末調整をおこなえない可能性があります。また、提出書類に不備があると、間違って年税額が計算される恐れもあります。このような事態を招かないためにも、給与計算や年末調整に必要な書類の書き方を正しく案内し、必要に応じてサポートしてあげることが大切です。

5-2. 書類はすぐに破棄しない

従業員から提出を受けた書類や、年末調整の計算に使った書類は、個人情報が含まれるため正しく管理する必要があります。また、税務調査などを受けた際の証拠書類にもなります。例えば、扶養控除等申告書は、その申告書の提出期限の属する年の翌年1月10日の翌日から7年間の保存が義務付けられています。

そのため、書類を使い終わったらすぐに破棄しないよう注意が必要です。また、一定の要件を満たせば、年末調整の書類は電子化して管理することもできます。業務効率化やコスト削減の観点からも、年末調整の電子化を検討してみましょう。

参考：No.2503 給与所得者の扶養控除等申告書等の保存期間｜国税庁

5-3. 年末調整で対応できない場合は確定申告してもらう

年収2,000万円を超える場合や、医療費控除・寄付金控除を適用したい場合などは、年末調整で対応できないため、従業員自身で確定申告してもらう必要があります。また、年末調整の期限までに書類不備などにより、手続きが間に合わなかった従業員についても同様です。

その他、年末調整をおこなえたとしても、「複数の勤務先から給与を受け取っている」「副業所得が20万円を超えている」といった場合は、所得を合算したうえで納めるべき所得税額を算出しなければならないので、確定申告が必要になります。その際、源泉徴収票が必要になるので、法律で定められた期限までに正しく交付しましょう。

なお、確定申告の期限は、原則としてその年の翌年2月16日から3月15日までです。確定申告の期限を過ぎて手続きすると、延滞税や無申告加算税などの罰金が課せられるなどトラブルを生む恐れもあります。そのため、事前に手続きの期限ややり方についても該当する従業員に伝えておきましょう。

6. 年末調整の流れを理解してスムーズな給与計算を

年末調整は、その年に納付すべき所得税額（年税額）を計算し、源泉徴収税額の合計と比較し、過不足分について調整する手続きです。複雑な計算や多量の書類を必要とするため、非常に時間のかかる業務になっています。手続きの流れや注意点をしっかり理解し、スムーズに作業を進められるように準備していきましょう。

【所得税の計算について知りたい方はコチラ▶所得税とは？｜源泉所得税の計算方法や税額表の見方を解説】