36協定における適用除外と猶予が適用されていた事業や業務について
更新日: 2025.9.8 公開日: 2022.2.28 jinjer Blog 編集部

法定労働時間を超えた残業を従業員に命じるためには、36協定の締結が必要です。
ただし、従業員の年齢や家族の状態によっては、36協定を締結しても残業は命じられず、適用除外となります。適用除外対象の従業員に時間外労働などをさせた場合は、法律違反となるため注意しましょう。
この記事では、36協定が適用除外となるケースや、管理監督者の扱い、36協定の上限規制が猶予、または除外される職種あなどを解説していきます。
目次
関連記事:36協定における残業時間の上限を基本からわかりやすく解説!
毎年対応が必要な36協定の届出。しかし、働き方改革関連法による上限規制の変更や複雑な特別条項など、正確な知識が求められる場面は増え続けています。
36協定届の対応に不安な点がある方は、今のうちに正しい手順と注意点を確認しませんか。
◆この資料でわかること
- 働き方改革関連法による上限規制の変更点
- 罰則を避けるための「特別条項」の正しい知識と運用
- ミスなく進めるための締結・届出の具体的な手順
- 【記入例付き】新しい届出様式の書き方
本資料では、届出作成~提出の流れまで36協定の届出について網羅的に解説しており、毎年発生する煩雑な業務の効率化に役立ちます。ぜひこちらから資料をダウンロードしてご活用ください。
1. 36協定の適用除外とは


36協定とは、労使協定の締結により使用者が従業員に対し、法定労働時間を超えた残業を命じられる制度です。
しかし、36協定を結んでいたとしても、従業員の年齢や状況、申請の有無によっては残業を命じることができないこともあります。逆に、建設や医療など、一部の業種・業態では、36協定の労働時間の上限規制を超えて残業を命じられるケースもあります。
このように36協定には適用対象外の従業員や職種があるので、下記2点を確認のうえ、正しく運用することが求められます。
- 適用除外対象者はいないか、また、適用除外申請は受けていないか
- 自社の業種・業態は猶予が適用されるか
「36協定を締結していれば、上限内で自由に残業を指示できる」と勘違いしてしまうと、行政指導の対象になったり、罰則が適用される可能性もあるので注意しましょう。
関連記事:36協定の対象者とは?時間外労働の上限や適用されない業種
2. 36協定が適用除外されるケース


まずは、36協定が適用除外となる従業員のケースを確認します。
- 従業員が18歳未満
- 育児・介護を理由とする請求があった
- 妊産婦から請求があった
上記に該当するケースでは、36協定を理由とした時間外労働を命じることはできません。
2-1. 18歳未満の従業員
従業員が18歳未満の年少者の場合は、原則として、36協定や変形労働時間制は適用されず、下記の労働に従事させることはできません。(労働基準法第60条第1項、第61条第1項の規定)
- 法定労働時間(1日8時間・週40時間)を超える労働
- 22時から翌日5時の時間帯の労働(深夜労働)
- 休日労働
なお、年少者の場合、本人から希望があったとしても、時間外労働などに従事させることはできないため注意しましょう。
参考:e-Gov法令検索 | 労働基準法(昭和二十二年法律第四十九号)
2-2. 育児・介護を理由とする請求があった
育児介護休業法では、下記に該当する従業員から申し出があった場合は、1カ月に24時間、1年に150時間を越えた残業及び、深夜労働(22時から翌日5時の労働)に従事させることはできません。
- 小学校就学の始期(6歳になる日を含む年度の3月31日まで)の子供を育てている
- 要介護状態にある対象家族(※)を介護している
(※)配偶者、父母、子、配偶者の父母、祖父母、兄弟姉妹、孫
ただし、未就学児の育児や介護の期間が終了すれば、36協定の適用を受けるものとなります。
2-3. 妊産婦から請求があった
妊娠中の女性、または出産後1年未満の女性従業員から請求があったときは、法定労働時間を超えた残業や、深夜労働、休日労働に従事させることはできません。
妊産婦の場合、36協定以外にも危険有害業務の制限や、産前・産後休業の取得、業務量の軽減なども請求できるため事前に確認しましょう。
ただし、妊産婦のケースでは従業員本人からの請求が必要で、請求があった場合にのみ「36協定適用対象外」となります。請求することを知らず、残業など負担がかかる業務を続けていると健康を損なう恐れがあるので、会社側は従業員に「36協定の適用対象外」に関する情報を周知する必要があります。
3. 管理監督者は36協定の対象者ではない


36協定は管理監督者以外の一般従業員に適用されるため、労働基準法41条に定められる「監督もしくは管理の地位にあるもの」は対象ではありません。
そのため、「経営者と一体的立場にある」管理監督者は、そもそも36協定を締結する必要がなく、時間外労働や休日労働の制限を受けません。ただし、深夜労働の割増賃金は適用されます。
3-1. 管理監督者の定義
管理監督者とは管理職のことではなく、下記に照らし合わせて経営者と一体的立場で業務をおこなうもののことを指します。
- 職務内容:経営判断に参画している
- 責任と権限:一定の裁量権を有している
- 勤務態様:自己の出退勤を自由に決定できる
- 賃金等の待遇:待遇が妥当である
そのため、課長やチーフでも、一般従業員と変わらない業務をおこなっている「名ばかり管理職」の場合、36協定を締結しないと違法となる可能性があるため注意しましょう。
4. 2024年4月から時間外労働の上限が規制された業種


一部の業種は、36協定を結んでいても時間外労働の上限が適用されていませんでした。
しかし、下記に該当する業種は2024年4月1日から上限規制の適用がスタートしています
- 建設業
- 運送業
- 医師
- ⿅児島県・沖縄県の砂糖製造業
ここでは、それぞれの職種の適用について簡単に紹介します。
参考:厚生労働省 | 時間外労働の上限規制 わかりやすい解説
4-1. 建設業
工作物の建設や修繕、解体などに従事する建設業では、2024年4月からは「月45時間・年360時間」の時間外労働上限が設けられています。そのため、労働時間を正確に把握したり、週休二日制にしたりするなど準備をしておくことが望ましいでしょう。
ただし、建設業は災害時のインフラ復旧に関わる業種なので、例外があります。災害復旧や復興に関する業務に関わっている会社は、2024年4月以降も上限規制の適用外となります。
4-2. 運送業
トラックやバスの運転者、タクシードライバーなど、人や物を運ぶ運送業も、2024年4月からは36協定特別条項が適用されています。しかし、運送業の場合は例外として、時間外労働などの上限は年960時間、時間外労働の回数上限はなしとなっています。
一般業種よりも時間外労働の上限が高いとしても、規制がかかるので年間の時間外労働が960時間を越えないようにしなければなりません。
関連記事:36協定の特別条項とは?注意点と働き方改革関連法との関係
4-3. 医師
医師も2024年4月から新たに上限規制が適用されました。これにより、医師の時間外労働は年間960時間、月100時間未満に制限されています。しかし、医師の臨床経験年数、医療機関の特性に応じてABCに水準に分けられていて、B水準、C水準では上限が年1,860時間まで緩和されています。
4-4. ⿅児島県・沖縄県の砂糖製造業
⿅児島県や沖縄県の砂糖工場などは、季節により業務量の変動が激しいため、36協定の適用が除外されていました。
特に離島の場合は人材確保が難しく、一定の季節のみ営業しているケースも多いため、時期によってはほぼ業務が発生しない月もあります。そのため、通年で計算をすると、法定労働時間や時間外労働が上限を超えることはほとんどないため、適用外となっていました。
しかし、正確な労働時間を把握できていないと、少数の従業員に負担がかかってしまい、健康管理が難しくなるため2024年4月から36協定の上限規制がすべて適用されています。
5. 36協定が適用外の業種


建設業や運送業などのように、2024年4月から時間外労働の上限が設けられた業種に対して、以下は引き続き時間外労働の上限が設けられていません。
- 新技術の研究開発業務
- 一部を除いた公務員
ここではそれぞれの概要について解説します。
5-1. 新技術の研究開発業務
研究開発職の中でも、新技術や新商品、新サービスの研究開発に従事する従業員は、業務の特殊性から36協定の適用が除外されます。新しい技術や商品の研究開発は、特定の時期に業務が集中するケースが多いため、上限規制は難しいのかもしれません。
ただし、1週40時間を超えて労働した時間が月100時間を超えた従業員には、医師の面接指導を受けさせることが義務づけられています。面接指導を怠った場合、罰則が設けられている他、医師の意見を元に、就業場所の変更や有給休暇の取得などを命じる必要もあります。
5-2. 一部を除いた公務員
一部の公務員は、労働基準法の適用外となるため、36協定は適用されません。
公務員の場合はかなり複雑で、国家公務員か地方公務員、また一般職か特別職かなどによって労働基準法の適用、不適用、適用範囲が変わります。
例えば、国家公務員法が適用される国家公務員の一般職には36協定が適用されないのですが、「現業職員」や「行政執行法人に所属する職員」には36協定が適用されます。また、国会議員や裁判所職員、防衛庁職員には36協定が適用されませんが、これ以外の特別職で労働者に該当する場合は適用となります。
6. 36協定が適用されるケースと除外されるケースを正しく把握しよう


36協定は、従業員の年齢や妊娠の有無、家族の状態などにより適用されるか、されないかが変わってきます。例えば、18歳未満の従業員は36協定が適用されません。また、管理監督者は、そもそも36協定を締結する必要が無い点にも注意しましょう。しかし、課長やチーフといった管理監督者のような役職であっても、一般従業員と変わらない業務をおこなっている「名ばかり管理職」は36協定を締結しないと違法となる可能性があります。
建設業や運送業など一部業種では、2024年3月31日までは36協定の上限規制が猶予されていたものの、4月以降は制限の対象となっています。制限が設けられた業種は労働時間を正しく把握し、時間外労働を短縮するためにも事前に準備を進めましょう。
関連記事:36協定とは?残業上限規制・特別条項や罰則、協定書の基本を解説



毎年対応が必要な36協定の届出。しかし、働き方改革関連法による上限規制の変更や複雑な特別条項など、正確な知識が求められる場面は増え続けています。
36協定届の対応に不安な点がある方は、今のうちに正しい手順と注意点を確認しませんか。
◆この資料でわかること
- 働き方改革関連法による上限規制の変更点
- 罰則を避けるための「特別条項」の正しい知識と運用
- ミスなく進めるための締結・届出の具体的な手順
- 【記入例付き】新しい届出様式の書き方
本資料では、届出作成~提出の流れまで36協定の届出について網羅的に解説しており、毎年発生する煩雑な業務の効率化に役立ちます。ぜひこちらから資料をダウンロードしてご活用ください。
勤怠・給与計算のピックアップ
-



有給休暇に関する計算を具体例付きで解説!出勤率、日数、金額の計算方法とは?
勤怠・給与計算公開日:2020.04.17更新日:2025.10.06
-


36協定における残業時間の上限を基本からわかりやすく解説!
勤怠・給与計算公開日:2020.06.01更新日:2025.10.31
-


社会保険料の計算方法とは?給与計算や社会保険料率についても解説
勤怠・給与計算公開日:2020.12.10更新日:2025.09.29
-


在宅勤務における通勤手当の扱いや支給額の目安・計算方法
勤怠・給与計算公開日:2021.11.12更新日:2025.03.10
-


固定残業代の上限は45時間?超過するリスクを徹底解説
勤怠・給与計算公開日:2021.09.07更新日:2025.11.21
-


テレワークでしっかりした残業管理に欠かせない3つのポイント
勤怠・給与計算公開日:2020.07.20更新日:2025.02.07
36協定の関連記事
-


36協定とは?残業上限規制・特別条項や罰則、協定書の基本を解説
勤怠・給与計算公開日:2025.09.05更新日:2025.11.06
-


早出残業とは?36協定との関係性や残業代の計算方法を解説
勤怠・給与計算公開日:2024.12.18更新日:2025.10.07
-

勤怠・給与計算【2024年問題】物流・運送業界における勤怠管理の実態調査 時間外労働の上限規制について70%以上は「把握している」が「労働時間の集計が正しくできている」と回答した企業は30%以下
公開日:2023.11.20更新日:2025.09.29
【2024年問題】物流・運送業界における勤怠管理の実態調査 時間外労働の上限規制について70%以上は「把握している」が「労働時間の集計が正しくできている」と回答した企業は30%以下
勤怠・給与計算公開日:2023.11.20更新日:2025.09.29














