フレックスタイム制の清算期間とは、所定労働時間を定める期間のことです。2019年4月の法改正*で、清算期間は最長3ヵ月まで延長可能となり、月を跨いだ労働時間の過不足処理ができるようになりました。本記事では、フレックスタイム制の清算期間の仕組みや残業時間の計算方法を解説します。

1. フレックスタイム制の清算期間とは？

フレックスタイム制は、一定期間の所定労働時間の範囲内で、労働者が自由に始業・就業、働く時間の長さを決定できる制度です。また、清算期間とは、労働者が働くべき時間（所定労働時間）を定めた期間のことです。

フレックスタイム制の導入当初は、清算期間が1ヵ月でしたが、2019年4月の働き方改革関連法の改正により、上限が3ヵ月に延長されました。

月を跨いだ清算期間の設定が可能となり、従来よりも柔軟に労働時間の過不足調整が可能となりました。

関連記事：フレックスタイム制とは？清算期間の仕組みやメリット・デメリットを解説

2. 清算期間が1ヵ月以内のフレックス制の仕組み

フレックスタイム制の清算期間は、1ヵ月以内とするか、それとも1ヵ月以上とするかにより、仕組みが若干異なります。フレックスタイム制の清算期間の仕組みについて、それぞれ解説します。

フレックスタイム制では、清算期間中の法定労働時間の総枠内で、総労働時間を決定します。法定労働時間の総枠は、下記により計算できます。

 法定労働時間の総枠=「清算期間の暦日数÷7」×「40時間（1週間の法定労働時間）」

 清算期間が1ヵ月以内の法定労働時間の詳細は以下になります。

精算期間の暦日数	法定労働時間の総枠
31日	177.1時間
30日	171.4時間
29日	165.7時間
28日	160.0時間

労働者は、1ヵ月の総労働時間（働くべき時間）の範囲内で、実労働時間（実際に働いた時間）を調整します。なお、特例措置対象事業所では、週の法定労働時間が例外的に44時間となります。

2-1. 清算期間が1ヵ月以内で過不足が発生した時の取り扱い

総労働時間より実労働時間が長かったとき、すなわち残業があった場合は、超過した時間分の賃金を支払い処理します。総労働時間より実労働時間が短かったときは、

1. 不足時間分を賃金から控除する
2. 不足時間分を翌月の総労働時間に加算して処理する

どちらかにより相殺します。清算期間が1ヵ月以内なら、当月中に過不足を調整しなければいけません。

3. 清算期間が1ヵ月を超えるフレックス制の仕組み

清算期間が1ヵ月を超えるときは、下記の法定労働時間の総枠の範囲内で、総労働時間を設定します。また、清算期間が3ヵ月以内の場合でも、1ヵ月ごとの労働時間が週平均50時間を超えると法定外残業です。閑散期は労働時間を短縮し、繁忙期に過度に労働時間を集中するなどの設定はできません。

2ヵ月		3ヵ月
精算期間の暦日数	法定労働時間の総枠	精算期間の暦日数	法定労働時間の総枠
62日	354.2時間	92日	525.7時間
61日	348.5時間	91日	520.0時間
60日	342.8時間	90日	514.2時間
59日	337.1時間	89日	508.5時間

3-1. 清算期間が1ヵ月を超える場合に過不足が発生した時の取り扱い

清算期間が1ヵ月を超える場合、総労働時間と実労働時間の過不足は、月を跨いで処理できます。

総労働時間より実労働時間が長かったときも、下記の1. 2. どちらも満たす場合は、残業には当たらず、清算期間内での調整が可能です。

1. 複数月の労働時間が、平均週40時間以内
2. 1ヵ月ごとの労働時間が週平均50時間以内

例えば労働時間が、1ヵ月目は週平均50時間、2ヵ月目は週平均35時間、3ヵ月目も週平均35時間なら、3ヵ月の平均が40時間となるため、残業代は発生しません。また、総労働時間より実労働時間が短かった月は、複数月内で相殺ができるため、直ちに賃金から控除する必要はありません。

 3-2. 清算期間が1ヵ月を超える場合は労使協定（36協定）の届出が必要

清算期間が1ヵ月を超えるフレックスタイム制では、清算期間の労使協定（36協定）を締結し、労働基準監督署に届出が必要です。届出を怠った場合、30万円以下の罰金が課される恐れがあります。

フレックスタイム制の計算方法はとても複雑になり、この記事を読みながら「勤怠管理と給与計算どのようにやろうかな」と悩まれている方もいるのではないでしょうか。当サイトでは、フレックスタイム制の賃金の計算方法や適切な勤怠管理方法をまとめた資料を無料で配布しております。導入後の管理方法で悩まれている方は、こちらから資料をダウンロードしてご確認ください。

参考：厚生労働省 | フレックスタイム制のわかりやすい解説＆導入の手引き

関連記事：フレックスタイム制に関する労使協定のポイントを解説

4. フレックスタイム制の時間外労働の計算方法

フレックスタイム制では、1日8時間、週40時間を超える労働が直ちに時間外労働（残業）になる訳ではあません。また、残業時間の計算も、清算期間が1ヵ月以内か、1ヵ月を超えるかにより異なりますので詳しく解説します。

4-1. 時間外労働の計算方法：清算期間が1ヵ月以内の場合

時間外労働（残業）は、清算期間中の実労働時間から総労働時間を引くことで求められます。清算期間が1ヵ月以内の場合は、法定労働時間の総枠を超えたら時間外労働として扱えばよいでしょう。この場合、法定労働時間を上回った超過分に対して割増賃金が支払われることになります。

また、清算期間が1ヵ月以内であれば、不足時間分を翌月に繰り越すことができず、当月中に過不足を調整する必要があります。例えば、もしある月の実労働時間が法定時間を超過していれば、その分はすぐに残業代として計算し、繰り越すことをせず支払うことになるのです。このように、適切な勤怠管理と透明性を保つことが、フレックスタイム制を採用する上での成功の鍵となります。

4-2. 時間外労働の計算方法：清算期間が1ヵ月を超える場合

清算期間が複数月にまたがる場合は、下記の2つを合算し残業時間を算出します。

1. 清算期間1ヵ月ごとに、週平均50時間を超えた労働時間
2. 清算期間全体で、法定労働時間の総枠を超えた実労働時間
   
   具体例を元に確認します。

step1：清算期間各月の実労働時間が週平均50時間を超えているか確認する

下記を例に、各月の実労働時間が週平均50時間を超えているか確認します。

労働月	実労働時間
4月	220時間
5月	180時間
6月	150時間
合計	550時間

週平均50時間となる月の実労働時間は、下記の式より求められます。
「50時間」×「各月の暦日数÷7」=「週平均50時間となる月の実労働時間」
以下の例を用いて整理すると次のとおりとなります。

労働月	週平均50時間となる月間
4月	214.2時間
5月	221.4時間
6月	214.2時間

4〜5月について、週平均50時間を超えているか確認します。

• 4月：220時間-214.2時間=5.8時間
• 5月：180時間-221.4時間=0時間
• 6月：150時間-214.2時間=0時間

4月は週平均50時間を超えた残業時間は5.8時間となります。

step2：清算期間中の実労働時間が法定労働時間を超えているか確認する

4月～6月までの法定労働時間の総枠は520時間（※）となります。
（※）「法定労働時間の総枠=40時間×91日÷7日=520時間」

 清算期間中の実労働時間が法定労働時間を超えているかは、下記により求められます。

 「清算期間の実労働時間」-「週平均50時間を超えた労働時間」-「清算期間の法定労働時間の総枠」=「残業時間」

実際に計算すると、残業時間は24.2時間となります。
550時間-5.8時間-520時間=24.2時間
上記は、最終月の残業時間として集計します。

 step3： step1・step2で算出した残業時間を合計する

最後に、Step1、Step2で算出した残業時間を足すと、清算期間中の残業時間の合計がわかります。

• step1：5.8時間
• step2：24.2時間
• 5.8時間+24.2時間=30時間

労働月	4月	5月	6月
残業時間	5.8時間	0時間	24.2時間

今回のケースでは、清算期間中の残業時間は30時間で、割増賃金の支払いが必要になります。

本章で解説したように、フレックスタイム制の時間外労働の計算方法は、定時制の場合とは全く異なります。そのため正しく理解していないと、フレックスタイム制を導入した後に残業代に過不足が生じる可能性が高くなり、労使間トラブルや上限規則の法律違反になりかねないので注意が必要です。

関連記事：フレックスタイム制での残業時間の考え方や計算方法

5. フレックスタイム制の清算期間の仕組みを正しく把握しよう！

フレックスタイム制の清算期間の上限が1ヵ月から3ヵ月に延長となったことから、従来よりも柔軟に労働時間の過不足処理が可能となりました。しかし、複数月に跨る清算期間では、残業時間の計算方法が1ヵ月以内の時よりも複雑になります。正しい賃金支払いのためにも、フレックスタイム制の清算期間の仕組みを正しく把握しましょう。