健康診断はどこまで会社の義務?対象者や費用負担、実施手順を解説
更新日: 2026.8.31 公開日: 2025.3.4 jinjer Blog 編集部

健康診断の実施は労働安全衛生法で定められた会社の義務です。対象者の誤認や未実施には罰則などのリスクが伴います。また、受診後の医師の意見聴取や結果の保存など、実施後に必要な措置も多岐にわたります。
本記事では、会社が実施すべき健康診断の種類や対象者の基準、会社負担となる費用の範囲、実施のステップ、さらに健診後の対応までわかりやすく解説します。
深夜労働では健康診断が必要と知っていても、「どれくらいで必要になるの?」「深夜労働がメインではなく、残業が深夜帯に及んでしまった場合も必要?」など、具体的な基準を把握できていないという方もいらっしゃるのではないでしょうか。
そのような方に向け、当サイトでは深夜労働・深夜残業で健康診断が必要になる基準や、受けさせるべき健康診断の項目について、本記事の内容をまとめた資料を無料で配布しております。
また月80時間を超える時間外・休日労働を行い、さらに疲労の強い従業員から申し出があった場合も、過重労働者として医師による面接指導も必要も必要になります。
深夜労働に対する健康診断や、過重労働に関する面接指導の扱いに不安のある方は、こちらからダウンロードしてご確認ください。
1. 健康診断は会社の義務


健康診断の実施は、会社の義務です。労働安全衛生法第66条により、会社は従業員に対して健康診断を受診させなければなりません。
第六十六条 事業者は、労働者に対し、厚生労働省令で定めるところにより、医師による健康診断を行わなければならない。
従業員数や事業規模にかかわらず、すべての会社に健康診断の実施が義務付けられているので注意しましょう。
1-1. どこまで会社の義務?健康診断ですべき内容
健康診断はただ受診させればよいわけではありません。次のような、健康診断に付随する措置も会社がおこなう必要があります。
- 健康診断個人票の作成・保存
- 労働者への健康診断の結果の通知
- 健康診断の結果についての医師等からの意見聴取
- 労働者の健康のために必要な措置
- 健康診断結果に基づく保健指導(努力義務)
- 健康診断結果の所轄労働基準監督署長への報告(従業員数が50人以上の会社のみ)
参考:労働安全衛生法に基づく健康診断を実施しましょう~労働者の健康確保のために~|厚生労働省
会社は従業員に健康診断を受診させた後、その結果を把握し、従業員の健康を保つための措置を講じることも義務となっています。
1-2. 健康診断を実施しない場合に生じるリスク
健康診断は従業員の健康障害を早期に発見し、重症化や労働災害を防止するとともに、職場全体の健康管理を通じて、生産性の維持や健康リスクの低減を図ることを目的としています。
会社が法令で定められた健康診断を実施しない場合、労働安全衛生法第66条に違反します。この場合、同法第120条に基づき50万円以下の罰金が科される可能性があります。
また、労働契約法第5条により、会社には労働者の安全や健康に配慮し、適切な就業環境を整える安全配慮義務が課されています。
そのため、健康診断を実施しなかったことで健康状態の把握や適切な措置の機会を失い、結果として従業員に損害が生じた場合には、安全配慮義務違反として損害賠償責任を負う可能性もあります。
会社は従業員の健康を守るとともに、法令違反のリスクを回避するためにも、健康診断は適切に実施することが重要です。
参考:労働安全衛生法第66条、第120条|e-Gov法令検索
関連記事:労働安全衛生法に違反した場合の罰則と違反事例、企業の果たすべき対策を解説
1-3. 従業員にも健康診断を受ける義務がある
健康診断は従業員にも受診義務が課されています。そのため、会社から健康診断の受診を指示された場合、従業員は正当な理由なく受診を拒否することはできません。
なお、従業員が受診義務に違反した場合でも、労働安全衛生法上の罰則は設けられていません。しかし、会社には健康診断を実施する義務があります。
そのため、受診勧奨を繰り返したり、日程や方法を調整したりするなど、受診しやすい環境を整えることが重要です。
一方で、会社が必要な受診勧奨などをおこなってもなお、従業員が受診を拒否し続ける場合は、業務命令違反に該当する可能性があります。
このような場合には、就業規則に懲戒事由が定められていることや、懲戒処分の内容が社会通念上相当であることを前提として、懲戒処分を検討することも考えられます。そのため、あらかじめ法令に沿った就業規則を整備しておくことが重要です。
関連記事:労働契約法15条に定められた「懲戒」の対象者と懲戒を無効にする権利について解説
2. 会社が実施すべき健康診断の種類と検査項目


会社で実施すべき健康診断は、「一般健康診断」と「特殊健康診断」の2つがあります。この章では、それぞれの特徴を解説します。
参考:労働安全衛生法に基づく健康診断を実施しましょう~労働者の健康確保のために~|厚生労働省
2-1. 一般健康診断
一般健康診断とは、業種や職種を問わず、従業員を雇用するすべての会社に義務づけられている健康診断のことです。一般健康診断の種類は、次のとおりです。
| 雇入れ時健康診断 | 新たに雇用された従業員が対象で、入社時に実施される |
| 定期健康診断 | 常時使用される従業員に対して、1年以内ごとに1回実施される |
| 特定業務従事者の健康診断 | 労働安全衛生規則第13条第1項第2号に掲げる業務(深夜業や重量物取扱いなど)に常時従事する労働者を対象に実施される |
| 海外派遣労働者の健康診断 | 海外に6ヵ月以上派遣される従業員を対象に実施される |
| 給食従業員の検便 | 給食業務に従事する労働者を対象に実施される |
なお、雇入れ時健康診断および定期健康診断では、次の11項目の検査が基本項目として定められています。
- 既往歴および業務歴の調査
- 自覚症状および他覚症状の有無の検査
- 身長、体重、腹囲、視力および聴力の検査
- 胸部エックス線検査
- 血圧の測定
- 貧血検査(血色素量・赤血球数)
- 肝機能検査(AST、ALT、γ-GTP)
- 血中脂質検査(LDLコレステロール、HDLコレステロール、中性脂肪)
- 血糖検査
- 尿検査(尿中の糖および蛋白)
- 心電図検査
ただし、定期健康診断では医師が不要と判断した場合、「身長」「腹囲」「胸部エックス線検査」など一部の検査項目を省略することが認められるケースがあります。
2-2. 有害業務従事者向けの特殊健康診断
特殊健康診断とは、法律で定められている有害な業務を担当する労働者を対象に実施される健康診断のことです。
一般健康診断とは異なり、特定のリスクを伴う業務環境や作業内容に関連した健康障害の予防を目的としています。特殊健康診断には、次のような種類があります。
- じん肺健康診断
- 高気圧作業健康診断
- 電離放射線健康診断
- 除染等電離放射線健康診断
- 鉛健康診断
- 四アルキル鉛健康診断
- 有機溶剤等健康診断
- 特定化学物質健康診断
- 石綿健康診断
- 歯科医師による健康診断
特殊健康診断は、有害業務への従事開始時だけでなく、その後も法令で定められた間隔に従って定期的に実施することが義務付けられています。
検査項目や実施頻度は、取り扱う物質や作業内容ごとに個別に規定されています。そのため、会社は労働安全衛生法および関連省令を確認し、自社の業務内容に応じて適切な特殊健康診断を確実に実施しましょう。
3. 健康診断の対象者


健康診断を正しく実施するには、対象者の範囲を正しく理解しなくてはなりません。この章では、健康診断の受診義務がある対象者について詳しく解説します。
なお、一般健康診断と特殊健康診断では対象者が異なるため、ここでは一般健康診断の対象者に絞って解説します。
3-1. 正社員は全員が対象(役員・休業社員や家族は対象外)
すべての正社員は、原則として一般健康診断の実施対象となります。なお、健康診断の実施義務の対象はあくまで従業員本人であり、従業員の家族は含まれません。
また、産休・育休や傷病などで休業中の労働者については、休業期間中に健康診断を実施できない場合、その実施を見送ることが可能です。ただし、未受診分については復職後に受診機会を確保し、適切な時期に実施する必要があります。
さらに、役員は原則として「労働者」に該当しないため健康診断の対象外です。しかし、実態として会社の指揮命令下で労務を提供しているなど、労働者性が認められる場合には、健康診断の対象となる可能性があるので注意が必要です。
3-2. アルバイト・パートや契約社員は労働条件で判断
一般健康診断の対象者は「常時使用する労働者」とされています。そのため、正社員に限らず、パート・アルバイトや契約社員であっても、次のいずれの要件を満たす場合には、健康診断の対象となります。
- 期間の定めのない雇用契約であること、または1年以上継続して雇用される見込みがあること、あるいは既に1年以上継続して雇用されていること(雇用期間要件)
- 週の所定労働時間が、通常の労働者の4分の3以上であること(所定労働時間要件)
なお、所定労働時間要件を満たさない場合であっても、雇用期間要件を満たし、かつ週の所定労働時間がおおむね2分の1以上である場合には、健康診断を実施することが望ましいとされています。
3-3. 派遣社員や出向社員はどこで受ける?
派遣社員の一般健康診断は、雇用主である派遣元に実施義務があります。一方で、派遣先が受診日程や業務調整などをおこない、受診しやすい環境を整えることで、受診率の向上が期待できるでしょう。
また、特殊健康診断の実施義務は、原則として派遣先が負います。派遣先は特殊健康診断を実施した場合、その結果を派遣元へ送付しなければなりません。そのため、健康管理を適切におこなうためには、派遣元と派遣先が十分に連携することが重要です。
なお、出向社員については、出向元・出向先のいずれが一般健康診断を実施するかは、締結された出向契約の内容に基づいて取り扱われます。
参考:出向の進め方|厚生労働省
4. 健康診断の費用負担はどこまで?会社負担の範囲


会社には、従業員に対して法定の健康診断を実施する義務があります。そのため、健康診断の費用負担についても「会社がどこまで負担すべきか」が実務上の論点となります。ここでは、健康診断にかかる費用負担の考え方について解説します。
4-1. 法定項目の健診費用は全額会社負担
会社の健康診断費用負担については、法律上「会社が必ず負担しなければならない」と明記されているわけではありません。
しかし、法定の健康診断は会社に実施義務があるので、厚生労働省は「費用も当然事業者が負担すべきもの」としています。そのため、健康診断の費用は全額会社負担が原則です。
なお、健康診断は保険適用外なので、自由診療扱いとなります。そのため、費用は医療機関によって異なりますが、1人当たり10,000円〜15,000円あたりが相場です。健康診断の費用は従業員数が多いほど、金額もかなりの額となります。事前に見積もりを取って、総額でいくらかかるのか検査内容と合わせて把握しましょう。
参考:健康診断の費用は労働者と使用者のどちらが負担するものなのでしょうか?|厚生労働省
4-2. オプション項目や人間ドックの費用負担は?
法定の健康診断項目を超えるオプション検査や人間ドックについては、会社に実施義務はありません。そのため、これらの費用を必ずしも会社が負担する必要はなく、原則として従業員の自己負担となります。
ただし、会社によっては福利厚生の一環として費用の一部または全額を補助するケースもあります。このような制度は従業員の健康維持や労働生産性の向上につながるので福利厚生として導入を検討するのもよいでしょう。
また、健康保険組合や協会けんぽにおいて、人間ドックなどに対する補助制度が設けられている場合もあります。
4-3. 福利厚生費として処理する方法
健康診断の費用は、福利厚生費として経費処理することが可能です。ただし、経費として処理するには、次の判断ポイントを確認しましょう。
- 全従業員が健康診断を受診できる制度になっている
- 費用が会社により負担されている
- 健康診断の費用が常識的な金額の範囲に留まり、健康管理の目的で実施されている
これらの要件を満たさない場合、特定の従業員への利益供与と判断され、給与として課税される可能性があります。
そのため実務上は、会社が指定する医療機関での受診を原則とするのがよいでしょう。やむを得ず他の医療機関を利用する場合には、事前承認や領収書による精算など、ルールを明確にしておくことが大切です。
4-4. 健康診断の受診時間は給与を支払うのが望ましい
一般健康診断の受診時間中の給与については、労使間の取り決めによって定めることになります。しかし、スムーズな受診を確保する観点から、会社は受診時間分の給与を支払うのが望ましいでしょう。
一方、特殊健康診断は、有害業務に従事する労働者の健康確保のために業務遂行上当然に実施すべきものです。そのため、特殊健康診断の受診時間は労働時間に該当し、給与の支払いが必要となります。
参考:健康診断を受けている間の賃金はどうなるのでしょうか?|厚生労働省
5. 健康診断の実施手順6ステップ


健康診断を実施する際に会社側ですべき対応は、次のとおりです。
- 医療機関を選定する
- 健康診断の日程や場所を従業員に案内する
- 健康診断を実施する
- 健康診断結果を従業員に通知する
- 健康診断個人票を作成して5年間保存する
- 定期健康診断結果報告書を所轄労働基準監督署に提出する
この章では、段階を踏んで解説していきます。
5-1. 受診する医療機関を決める(従業員が選択する場合も可)
会社が健康診断の実施を決定した場合、まず医療機関の選定をおこないます。胸部エックス線検査や血液検査など、労働安全衛生法で定められた法定項目を漏れなく実施できる体制が整っているかを確認することが重要です。
あわせて、受診可能な人数や予約方法についても事前に確認しておく必要があります。従業員数が多い会社では、一度に受診できる人数や、業務に支障が出ないよう日程を柔軟に調整できるかどうかが、円滑な運用のポイントとなります。
なお、健康診断は必ずしも会社が指定した医療機関で受診させる必要はありません。また、従業員には「医師選択の自由」が認められています。
そのため、従業員が自ら選んだ医療機関で受診し、その結果を会社に提出する方法でも対応は可能です。ただしその場合でも、法定の検査項目が満たされているかを事前に確認するとともに、健康診断結果を会社として適切に把握・管理できる体制を整えておくことが求められます。
5-2. 健康診断の日程や場所を従業員に案内する
従業員が確実に健康診断を受診できるよう、就業時間や居住地を考慮し、日程や場所に幅を持たせて設定することが重要です。
医療機関を決定した後は、日程・場所をメールや掲示板、社内イントラネットなど複数の手段で周知し、確実に情報が届くようにします。
必要に応じて1週間前や前日などにリマインダーを送付し、受診忘れを防ぐことも効果的です。
5-3. 健康診断を実施する
定期健康診断は、原則として就業時間内の受診が望ましいとされています。そのため、会社は就業時間内に受診できるように業務調整をおこないましょう。
また、やむを得ず就業時間外に受診させる場合には、労働時間としての取扱いや手当の支給などの適切な対応が求められます。
5-4. 健康診断結果を従業員に通知する
健康診断終了後は速やかに結果を従業員へ通知しなければなりません。個別封書や専用システムで結果を渡す方法が一般的です。
有所見者(異常所見があった者)には、保健指導や医師の意見聴取などの措置が求められます。産業医や専門医と連携しながら、適切な対応策を講じましょう。
5-5. 健康診断個人票を作成して5年間保存する
会社が従業員に健康診断を実施した後は、その結果に基づき「健康診断個人票」を作成し、5年間保存する義務があります。ただし、特殊健康診断は内容に応じて保存期間が異なるものもあるので、あらかじめ確認が必要です。
なお、健康診断個人票は紙媒体だけでなく、電子データでの保存も認められています。
個人票は、産業医や医療機関が健康診断結果に異常があった従業員へ適切な措置を講じる際の重要な資料となります。そのため、情報漏えい防止に十分配慮し、適切に管理しましょう。
参考:⻑期保存が必要な健康診断結果等の取扱について|厚生労働省
関連記事:健康診断の結果の保存期間は?保管までの流れや関連法律を解説
5-6. 定期健康診断結果報告書を所轄労働基準監督署に提出する
「定期健康診断結果報告書」の提出義務は、労働安全衛生規則第52条に定められています。常時50人以上の従業員を雇用する会社は、報告書を作成して所轄労働基準監督署に提出しなければなりません。
第五十二条 常時五十人以上の労働者を使用する事業者は、健康診断を行ったときは、遅滞なく、電子情報処理組織を使用して、次に掲げる事項を所轄労働基準監督署長に報告しなければならない。
提出方法は、次の2つがあります。
- 電子申請システム(e-Gov)を利用したオンライン提出
- 労働基準監督署への直接持参または郵送
原則、電子での報告が義務付けられています。しかし、電子での報告が困難な場合には、当分の間、書面による報告もできます。
なお、報告書の提出期限は「遅滞なく」とされています。すべての対象者の受診が完了し、結果が集計でき次第、速やかに提出しましょう。
6. 健康診断後に従業員に対して会社がやるべきこと


会社の義務は健康診断を受診させるだけではありません。この章では従業員が健康診断を受診した後の会社の対応を解説します。
6-1. 医師の意見聴取と就業上の措置の検討
従業員の健康診断の結果が所見ありだった場合、会社は医師の意見を聴く必要があります。これは「医師の意見聴取」とよばれ、労働安全衛生法に定められている会社の義務です。
この「医師の意見聴取」により、必要に応じて就業場所の変更、作業内容の見直し、労働時間の短縮などの就業上の措置を検討します。
ここで意見を求める「医師」は、会社に産業医がいる場合は原則会社の産業医です。一方、産業医を選任していない小規模事業場では、地域産業保健センターを利用すれば、無料で医師の意見聴取を受けられます。
6-2. 二次健診の受診勧奨と保健指導
健康診断の結果、再検査や精密検査が必要とされた従業員に対しては、会社が二次健診の受診を促すことが重要です。早期に医療機関を受診することで、病気の早期発見や重症化の防止につながります。
また、生活習慣の改善が必要とされる場合には、産業医などによる保健指導をおこなうことも有効です。会社は従業員が適切に受診できるよう働きかけ、健康の保持増進につなげていきましょう。
6-3. 健康診断結果の第三者提供には本人の同意が必要
個人情報保護法の観点から、会社が従業員の健康診断結果を第三者へ提供する場合は、原則として本人の同意が必要です。
健康診断結果は要配慮個人情報に該当するので、個人情報の漏えいや不適切な利用を防ぎ、従業員のプライバシーを保護する観点からも、適切に取り扱わなければなりません。
本人の同意を取得する際は、健康情報の利用目的や提供先を十分に説明したうえで、書面や電子的な方法などにより本人の意思を明確に確認することが大切です。
参考:雇用管理に関する個人情報のうち健康情報を取り扱うに当たっての留意事項|厚生労働省
7. 健康診断を実施して従業員の健康を守ろう


会社が従業員に健康診断を受診させるのは、労働安全衛生法に定められた義務です。しかし、その目的は法令遵守にとどまらず、従業員の健康状態を把握し、健康の維持・増進や疾病の早期発見につなげるための重要な取り組みでもあります。
未実施や受診率の低下は、法的リスクや従業員の健康被害につながる可能性があります。会社は医療機関の選定や受診環境の整備、結果通知の徹底などを通じて確実な対応をおこないましょう。
深夜労働では健康診断が必要と知っていても、「どれくらいで必要になるの?」「深夜労働がメインではなく、残業が深夜帯に及んでしまった場合も必要?」など、具体的な基準を把握できていないという方もいらっしゃるのではないでしょうか。
そのような方に向け、当サイトでは深夜労働・深夜残業で健康診断が必要になる基準や、受けさせるべき健康診断の項目について、本記事の内容をまとめた資料を無料で配布しております。
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