変形労働時間制は「法定労働時間を超えて働いても残業代が出ない日がある」というだけで、設定期間内の法定労働時間が上限を超える労働は残業扱いになります。残業代の計算方法についても、通常の労働契約同様、労働基準法で定められた下記の計算方法で求めます。

残業代＝残業時間×1時間あたりの賃金×割増率

また、割増率は通常の場合と変わらず、時間外労働（残業）には1.25倍、休日労働は1.35倍、深夜残業は1.5倍となります。

【残業にかかる割増率】

なお、残業に関する法律と適切な管理方法を社内で確認したい方は「法律に対応した残業管理実現BOOK」をご覧ください。
関連記事：残業による割増率の考え方と残業代の計算方法をわかりやすく解説

3. 変形労働時間制における残業時間の計算方法

変形労働時間制の残業時間は、基本的に日ごと・週ごと・設定された変形期間に分けて計算します。

また、労働基準法で認められている変形労働時間制には、細かく分けると以下のの4つのタイプがあります。

• 1ヵ月単位の変形労働時間制
• 1年単位の変形労働時間制
• 1週間単位の非定型的変形労働時間制
• フレックスタイム制

それぞれ残業代が発生するケースや計算の方法が異なるため、ここでは、それぞれ制度の残業時間の計算方法を解説します。

3-1. 1ヵ月単位の変形労働時間制の場合

1ヵ月単位の変形労働時間を導入するには、就業規則等への具体的な記載が必要です。法労働時間内に収まる所定労働時間の設定や、始業・終業時刻、開始日などです。

残業代は1日ごと、1週間ごと、設定された変形期間ごとに定められた基準をもとにそれぞれ算出します。

法定時間外労働となる時間は次の通りです。

1日ごとの場合

8時間以上の所定労働時間を定めている場合は、実際の労働が所定労働時間を超えた時間に当たります。所定労働時間が8時間未満の場合は、8時間を超えて労働した時間分が残業時間です。

例）ある1週間について、以下の所定労働を定めている場合の残業時間は表に記載の通りです。

1週間ごとの場合

40時間以上の所定労働時間を定めている場合は、実際の労働が所定労働時間を超えたときが残業にあたります。所定労働時間が40時間未満の場合は、40時間を超えて労働したときが残業時間です。

（※ただし、1日ごとの基準日で残業扱いになった時間は除外します。）

例）ある1週間について、先ほどの例を用いると、2時間が週の残業時間となります。

設定された変形期間（1ヵ月ごと）の場合

実際の労働がその月の上限労働時間（暦日数÷7×40時間）を超えた時間が、残業時間となります。

（※ただし、「1日ごと」「1週間ごと」の基準で残業扱いになった時間は除外します。）

例）暦日数が28日のある1ヵ月について、所定労働時間と実労働時間がこれまでに挙げた例と4週間とも同じであった場合、1日あたりの残業時間4時間と週の残業時間8時間を差し引いて、変形期間での残業は0時間となります。この時、残業代は12時間分に基礎賃金と割増率1.25をかけて支給することになります。

もし変形期間での残業が発生した場合、残業代は以下のように日ごと・週ごとと変形期間内の残業時間で分けて計算し、その合計を支給します。

• 日ごと、週ごとの残業時間の合計×1時間あたりの基礎賃金×1.25
• 変形期間で発生した残業時間×1時間あたりの基礎賃金×0.25

3-2. 1年単位の変形労働時間制の場合

1年単位の変形労働時間制を導入するには労使協定を締結し、労働基準監督署に提出する必要があります。

1ヵ月単位の変形労働時間制と同様に、「1日ごと」「1週間ごと」など設定された変形期間ごとに、定められた法定労働時間の上限を超えた時間が残業時間となるため、計算方法は同じです。

1年単位の変形労働時間制には、労働時間制限が設けられており、原則「1日10時間」「週52時間まで」とされています。なお、1年単位の変形労働時間制には、特別措置対象事業場の特例は適用されません。

3-3. 1週間単位の変形労働時間制の場合

1週間単位で調整したい場合は、「非定型的変形労働時間制」を採用します。

これは、1日の労働時間が10時間以内、週40時間以内という条件のもとであれば、週単位で労働時間が調整できる制度です。

ただし、導入できる業種は従業員が30人未満の小規模小売業や旅館、飲食店などに限定されています。

以下のページでは、変形労働時間制を導入している企業における勤怠管理システムの活用方法を解説しています。
勤怠管理システムを導入しようか検討されている方や現状の勤怠管理に課題を感じる方はぜひご覧ください。

関連サイト：勤怠管理システムを用いた変形労働時間制の運用｜ジンジャー勤怠

3-4. フレックスタイム制の場合

フレックスタイム制は、清算期間中に定められた総労働時間の中で、1日の出退勤時刻や労働時間を従業員自身が調整できる制度です。そのため、1日8時間以上、あるいは週40時間以上の労働が必ずしも残業扱いになるわけではありません。

フレックスタイム制の残業（時間外労働）とは、1～3ヵ月の清算期間における法定労働時間（清算期間の暦日数÷7×40時間）を超えて労働した時間のことを指します。

また、フレックスタイム制の清算期間が1ヵ月を超える場合は、1ヵ月ごとの労働時間が週50時間（平均）を超えた時間は残業扱いとなり、時間外労働として25%の割増賃金の支払いが必要になります。

フレックスタイム制の残業時間の計算方法についてさらに詳しく知りたい方は、以下の記事をご覧ください。
▶フレックスタイム制での残業時間の考え方や計算方法

4. 変形労働時間制における残業の注意点

変形労働時間制は残業の考え方が変則的であるため、残業時間の数え方や運用に誤解が生じることがあります。万が一、経理担当者が数え方や運用を間違えてしまうと、従業員とのトラブルになる可能性があるため注意が必要です。

ここでは、変形労働時間制を活用するうえで、知っておきたい注意点を2つご紹介します。

4-1. 残業時間を所定労働時間で相殺することはできない

変形労働時間制は、変形期間の中で所定労働時間を自由に定められることが魅力ですが、残業時間と所定労働時間を相殺することはできません。つまり、担当者が所定労働時間を自由に繰り下げたり、繰り上げたりすることはできないのです。

例えば、ある日の所定労働時間が8時間で10時間働いた場合、残業時間は2時間となります。このとき、翌日の所定労働時間から残業した2時間を差し引いて相殺するのはNGです。

同様に、ある日の所定労働時間が8時間のところ6時間しか働かなかった場合に、翌日に所定労働時間よりも2時間働いたから、前日の不足分を相殺する、というような扱いもNGとなります。

4-2. 変形労働時間制での残業の上限

変形労働時間制であっても、時間外労働をさせる場合には36協定の締結が必要になりますが、残業時間にも上限が定められています。変形労働時間制の残業時間の上限は、1ヵ月単位の場合は通常と同じく月45時間、年360時間となり、1年単位の場合、月42時間、年320時間となっています。

なお、特別条項を結んだ場合であっても、通常の労働時間制と同じく月100時間未満、年720時間以内が残業時間の上限となります。また、上限時間を超えられるのは年に6回まで、2～6ヵ月の平均を月80時間以内におさめなければならない条件も同じです。

上記のように残業の上限時間が整備されたのが2019年の法改正のタイミングであったことはご存じでしょうか？
このタイミングで、残業時間の上限規則だけでなく、有給管理の取得義務や高度プロフェッショナル制度の創設など、6つの項目について見直されました。
当サイトでは、残業時間の上限規則が法改正前後でどのように変わったのか、図を用いて解説した資料を無料で配布しております。法改正での変更内容に不安な個所があるかたは、こちらから資料をダウンロードしてご確認ください。
関連記事：36協定における残業時間の上限を基本からわかりやすく解説！

5. 変形労働時間制を導入する方法

変形労働時間制を導入する際は、次のような工程を踏む必要があります。

• 労使協定の締結
• 就業規則への明記

変形労働時間制の導入は罰則にもかかわるため、これらの工程をきちんと守って適切に対応しましょう。ここでは、労使協定の締結と就業規則の明記について解説します。

5-1. 労使協定の締結

変形労働制を導入する場合、企業は従業員と労使協定を締結しなければならないことが、労働基準法第32条4で定められています。従業員と労使協定を結ばずに変形労働制を導入すると、罰則を科せられる可能性があります。

また、従業員と労使協定を結んだら、所轄の労働基準監督署に提出しなければなりません。いくら労使協定を結んでも、所轄の労働基準監督署に提出しなければ罰則を科せられてしまうので注意しましょう。

参考：労働基準法|e-Gov法令検索

関連記事：変形労働時間制の労使協定に関する基礎知識を詳しく紹介

5-2. 就業規則への明記

労使協定を締結したら、就業規則に変形労働時間制について記載します。

変形労働時間制について就業規則に記載する際は、次のような項目を載せましょう。

• 適用される従業員の範囲
• 対象期間と起算日
• 変形労働時間制の労働日と勤務時間
• 労使協定の有効期間

これらの情報を就業規則に明記しないと、変形労働時間制が認められない可能性があります。

6. 変形労働時間制では残業の考え方に注意

変形労働時間制度は、設定期間ごとに残業代が発生するケースや条件が異なります。特に、1年単位の変形労働時間制は注意が必要です。

上手く調整したつもりであっても、繁忙期が長引いた年や休日が少ない年などは、年間の労働時間が法定労働時間を超えてしまい、結局は残業代が発生してしまったというパターンは少なくありません。

変形労働時間を導入して残業代削減につなげたい場合は、従業員の労働時間をしっかり管理し、法定労働時間を超えないよう調整しましょう。

関連記事：残業時間の定義とは？正しい知識で思わぬトラブルを回避！