年末調整で保険料控除や住宅ローン控除などの控除を適用するにあたって、従業員から証明書や領収書を提出してもらわなければならないケースがあります。これらの書類を紛失してしまった場合は、発行元へ連絡し、再発行の手続きをおこなう必要があります。

本記事では、年末調整で証明書や領収書が必要となる主な控除の種類と確認ポイントをわかりやすく解説します。さらに、申告書および証明書類の管理方法や、年末調整に間に合わなかった場合に確定申告で対応する方法についても紹介します。

1. 年末調整とは

年末調整とは、1年間に支払われた給与や賞与に対して課された所得税について、正しい税額を確定し、過不足を精算するための重要な手続きです。

通常、会社は従業員の給与や賞与（ボーナス）を支払う際に、所得税を「源泉徴収」という形で差し引いて納付しています。これはあくまで概算の税額であり、年途中での扶養状況の変化や生命保険料・住宅ローン控除などの個人差を十分に反映していません。

そのため、1年の所得や控除内容を確定させたうえで、本来納めるべき税額とこれまで源泉徴収された金額を比較し、払いすぎていれば還付、不足していれば追徴するのが年末調整です。つまり、年末調整は従業員が確定申告をしなくても、会社を通じて正しい所得税額に調整できる仕組みなのです。

関連記事：年末調整とは？【令和7年最新】確定申告との違いや必要書類、計算の流れをわかりやすく解説

1-1. 年末調整において領収書や証明書が求められる理由

年末調整では、従業員の1年間の所得税額を正確に算出するために、所得控除や税額控除の内容を正しく反映させる必要があります。そのため、支払いや契約内容などを証明する「領収書」や「証明書」といった書類の提出が必要になるケースもあります。

さらに、年末調整で適用した控除の内容は、法定調書である「給与所得の源泉徴収票」にまとめられ、会社が従業員に代わって税務署へ報告します。これらの領収書や証明書を適切に保管しておくことで、税務署から確認や照会があった際にもスムーズに対応できます。

つまり、領収書や証明書は単なる添付書類ではなく、控除の適正性を裏づけ、年末調整および税務手続きを正確かつ円滑におこなうための重要な証拠書類なのです。

関連記事：年末調整とは？目的や確定申告との違い、基本的な流れを人事担当者向けに解説

2. 年末調整で領収書や証明書が必要となる控除の種類

年末調整で受けられる控除にはいくつか種類があります。その中で領収書や証明書の添付が必要となるのは「生命保険料控除」「地震保険料控除」「社会保険料控除」「小規模企業共済等掛金控除」「住宅ローン控除（2年目以降）」の5種類です。

2-1. 生命保険料控除とは

生命保険料控除は、1月1日から12月31日までの1年間に支払った生命保険料に応じて所得から差し引かれる制度です。

保険料の種類は次の3種類があります。

• 一般保険料（学資保険や終身保険など）
• 介護医療保険料（医療保険やがん保険など）
• 個人年金保険料

このうち個人年金保険は、国民年金とは別で老後の資金を積み立てる保険のことです。

参考：No.1140 生命保険料控除｜国税庁

2-2. 地震保険料控除とは

地震保険料控除とは、地震保険料を支払った場合に受けられる所得控除のひとつです。

地震保険は基本的に火災保険とセットで契約する場合がほとんどです。しかし、地震保険料控除の対象になるのは地震保険の保険料のみなので注意しましょう。

また、平成18年までに契約をしており、10年以上の「長期損害保険契約」も地震保険の控除の対象になります。

参考：No.1145 地震保険料控除｜国税庁

2-3. 社会保険料控除とは

社会保険料控除は、自身や生計を一にする配偶者、親族などの社会保険料の支払いが控除されるものです。

税法上では「生計を一にする」に明確な条件が定められていませんが、簡単に言うと同じ財布で生活しているかによります。そのため、別居していても生活費などを送金している場合は「生計を一にする」になります。

控除の対象になる社会保険料は国税庁に公開されていますが、主な7つをわかりやすく言い換えて紹介します。

• 国民年金保険料
• 厚生年金保険料
• 国民健康保険料
• 介護保険料
• 労働保険料
• 国民年金基金の掛金
• 厚生年金基金の掛金

国民健康保険は、自治体によって国民健康保険税と言われますが性質は同じです。

参考：No.1130 社会保険料控除 | 国税庁

関連記事：年末調整の社会保険料控除とは？対象となる保険や計算方法を解説

2-4. 小規模企業共済等掛金控除とは

小規模企業共済とは、経営者や事業主のための退職金制度のようなものです。

控除の対象になるものは次のとおりです。

• 小規模企業共済の掛金
• 個人型確定拠出年金（iDeCo）の掛金
• 企業型確定拠出年金（企業型DC）の掛金
• 障害者扶養共済制度の掛金

「小規模企業共済の掛金」「個人型確定拠出年金（iDeCo）の掛金」「企業型確定拠出年金（企業型DC）の掛金」は退職金や公的年金を補う制度です。

「障害者扶養共済制度の掛金」は、障害がある人を扶養している保護者が亡くなった場合に、障害のある人に年金が支給される制度になります。

参考：No.1135 小規模企業共済等掛金控除｜国税庁

2-5. 住宅ローン控除（2年目以降）

住宅ローン控除は、正式には「住宅借入金等特別控除」といいます。住宅ローンを利用してマイホームを購入したり、リフォームをおこなったりした場合に適用される税額控除制度です。

ただし、住宅ローンが1年目の場合は年末調整ではなく確定申告で控除を受けることになるので注意しましょう。

参考：マイホームを持ったとき｜国税庁

3. 年末調整での領収書や証明書において見るべきポイント

年末調整で控除を受けるには、領収書や証明書に記載されている内容に従って年末調整の申告用紙に記載をしなくてはいけません。その際、控除の種類によって確認するポイントが変わります。それぞれの控除について、領収書や証明書で見るべきポイントを紹介します。

参考：A2-3　給与所得者の保険料控除の申告｜国税庁

3-1. 生命保険料控除の場合

生命保険料控除を適用する場合、一般的に、毎年秋ごろに保険会社から送付される「生命保険料控除証明書」を年末調整で提出してもらいます。

生命保険料控除証明書で確認することは次の3つです。

• 保険の種類
• 控除額
• 旧制度か新制度

特に注意が必要なのが、「旧制度」か「新制度」かです。

生命保険料控除には旧制度と新制度があります。平成24年1月1日以後に締結した保険が新制度となり、それ以前は旧制度になります。なお、旧契約の一般生命保険料で1つの契約の保険料の金額が9,000円以下である場合、証明書を提出してもらう必要はありません。

控除証明書の「適用制度」欄にどちらの制度かが記載されていますが、記載がない場合は契約日をもとに保険会社へ確認しましょう。制度によって、控除対象となる保険料の上限額や控除額が異なるため注意が必要です。

3-2. 地震保険料控除の場合

地震保険料控除を受けるために必要な書類は「地震保険料控除証明書」です。

損害保険会社から10月頃に送られてきます。

特に注意して確認するポイントは次の3つです。

• 保険の種類
• 地震保険料か長期損害保険料
• 支払金額　

地震保険料は火災保険料とセットで契約されていますが、火災保険料は控除の対象外です。

そのため、損害保険会社に支払ったすべての金額が控除されるわけではないので注意してください。

3-3. 社会保険料控除の場合

年末調整で社会保険料控除を受ける場合、給与から天引きされている保険料については勤務先が金額を把握しているため、領収書や証明書の提出は不要です。また、保険料控除申告書への記載も不要です。

一方で、自分で社会保険料を支払った場合（国民年金保険や国民健康保険など）、勤務先がその支払いを確認できないため、保険料控除申告書に金額を記載して申告する必要があります。記入の際は、領収書や納付書の控えなどを参考にして正確に記入してもらいましょう。

このうち、国民年金保険料および国民年金基金掛金を支払った場合には、日本年金機構や国民年金基金から届く「控除証明書」を会社に提出してもらう必要があります。その他の社会保険料については、証明書の提出は不要です。

会社としては、本人と配偶者が同一の保険料を重複して申告していないか、また給与天引き分と自己申告分の二重計上がないかを証明書などをもとに確認し、正確に控除処理をおこなうことが重要です。

関連記事：社会保険料控除とは？年末調整での対象範囲や手続き・計算方法をわかりやすく解説

3-4. 小規模企業共済等掛金控除の場合

年末調整で小規模企業共済等掛金控除を適用するには、従業員から「掛金払込証明書」を提出してもらう必要があります。ただし、毎月の給与から天引きされている小規模企業共済等掛金については、支払いを証明する書類は不要です。

小規模企業共済に加入していると10月ごろに「独立行政法人 中小企業基盤整備機構」から証明書が送られてきます。

証明書で確認するポイントは次の3つです。

• 共済契約者番号
• 掛金月額
• 掛金振込金額

共済契約者番号は「共済契約締結書」の記載で確認しましょう。紛失などで共済契約者番号がわからない場合は、共済契約締結書を再発行してもらいます。

また、掛金振込金額は振込されている月までの総額が記載されています。実際の支払額とのずれがないか確認するとよいでしょう。

3-5. 住宅ローン控除（2年目以降）の場合

2年目以降に住宅ローン控除を年末調整で適用する場合は、従業員が「住宅借入金等特別控除申告書」を記入し、勤務先へ提出する必要があります。この申告書は、初年度に確定申告をおこなった内容をもとに、税務署から従業員の住所宛てに送付されるため、会社側で準備・配布する必要はありません。従業員が受け取った原本を会社へ提出してもらう流れになります。

あわせて、「控除証明書」や「年末残高等証明書」といった必要書類も添付し、勤務先へ提出してもらう必要があります。会社側は、提出された申告書の記載内容と、添付された証明書の記載内容が正しく一致しているかを慎重に確認することが重要です。内容に不備や齟齬がある場合、控除の適用が誤ってしまう可能性があるため、受領時の確認を丁寧におこなうようにしましょう。

参考：令和7年分　年末調整のしかた　2-4　（特定増改築等）住宅借入金等特別控除申告書の受理と内容の確認｜国税庁

このように、従業員が年末調整で控除を受けるときには、申請書と必要に応じて証明書などの添付書類が必要になります。人事担当者は必要な書類がそろっているか、記入事項があっているかを確認しなければなりません。当サイトでは年末調整で控除を受ける際に必要な申請書や添付書類についてわかりやすくまとめた資料を無料で配布しています。年末調整に必要な書類や添付書類を一覧でまとめて確認したい方は、こちらから「年末調整ガイドブック」をダウンロードしてご活用ください。

4. 年末調整で受け取った領収書や証明書の管理方法

年末調整では、特に保険料控除や住宅ローン控除を適用する際に、各種の領収書や証明書を従業員から提出してもらう必要があります。

これらの書類は、申告内容の根拠となる重要な資料であり、提出後の管理方法を適切に整えることが求められます。ここでは、会社としての効率的かつ確実な管理方法を紹介します。

4-1. 紙の書類をファイリングして保管する

紙の領収書や証明書は、種類ごとに整理してファイルにまとめると管理が容易です。例えば、「生命保険料控除」「地震保険料控除」「社会保険料控除」「小規模企業共済等掛金控除」「住宅ローン控除」のように、控除の種類ごとに分けて専用のクリアファイルや仕切りを作っておくと必要なときに該当する書類をすぐに取り出せて便利です。

また、同じ種類の書類は支払日や発行日などの日付順、あるいは年度ごとに並べると、過去分の確認や控除内容の比較がしやすくなります。さらに、ファイルの背表紙に控除名や年度を明記しておけば、見た目にも整理が行き届いた印象になり、保管場所から探す手間も省けます。

4-2. 電子データとして保存する

年末調整の手続きは、近年、電子化が進んでいます。申告書類だけでなく、各種控除証明書の取得や提出もオンラインで対応できるようになっており、手渡しや郵送などの手間を省いて、よりスムーズに業務を進められます。さらに、電子的に提出されたデータは、年末調整ソフトや人事システムへ簡単にインポートできるため、転記ミスの防止や保存作業の簡略化にもつながるでしょう。

ただし、すべての従業員が電子申告に慣れているとは限りません。特に、スマートフォン操作に不慣れな従業員がいるケースや、保険会社から紙の証明書しか届かないケースもあります。そのため、電子データと紙書類の両方を受け付けられる運用ルールを整備し、従業員の状況に応じて柔軟に対応できる体制を整えておくと安心です。

電子データとして領収書や証明書を保管する際は、クラウドストレージや社内のセキュリティが確保されたフォルダに保存することで、紛失のリスクを軽減できます。その際、年度別や控除の種類別にフォルダを分けて整理しておくと、必要なときにすぐ取り出せて便利です。

参考：電子化の進め方（勤務先編）～実施方法の検討～｜国税庁

関連記事：年末調整の電子化とは？やり方、企業におけるメリット・デメリットを解説

4-3. 年末調整関係書類の保管期間は7年間

扶養控除等申告書や保険料控除申告書など、年末調整に関する書類は、税法上、提出期限の属する年の翌年1月10日の翌日から7年間の保存が義務付けられています。これは、税務署からの問い合わせや調査があった場合に備えて、会社として必要な記録を保持しておくためです。

一方で、控除証明書や領収書については、提出ではなく提示で足りる場合もあり、法律上の保存期間は明確に定められていません。しかしながら、これらの証明書は、申告内容が正確であることを裏付ける大切な根拠資料です。

税務調査や従業員からの問い合わせなど、後日内容を確認する必要が生じる可能性もあります。そのため、実務上は申告書類と同様に、少なくとも7年間はまとめて保管しておくことが望ましいでしょう。

参考：No.2503 給与所得者の扶養控除等申告書等の保存期間｜国税庁

関連記事：源泉徴収票に保管期間はある？管理方法について詳しく紹介

5. 年末調整時に領収書や証明書が手元にない場合

従業員が控除証明書を紛失してしまい手元にないときは、証明書の発行元に再発行してもらえば控除が受けられます。

• 生命保険料控除証明書：生命保険会社
• 地震保険料控除証明書：損害保険会社
• 国民年金保険料などの控除証明書：日本年金機構、国民年金基金
• 小規模企業共済等掛金払込証明書：中小企業基盤整備機構
• 住宅借入金等特別控除申告書：税務署
• 住宅ローンの年末残高証明書：金融機関

これらの書類を紛失したことに気付いたら、なるべく早く証明書の発行元に再発行の手続きを取るよう周知しましょう。一般的にコピーではなく原本を添付します。

そのため、控除証明書をなくした場合はコピーではなく再発行を依頼しましょう。また、控除証明書がなくても領収書を保管していれば、そちらで対応できる場合があることも覚えておくとよいでしょう。

参考：令和7年分　年末調整のしかた　2-3　保険料控除申告書の受理と内容の確認｜国税庁

5-1. 年末調整に間に合わない場合は確定申告により対応してもらう

年末調整を終えた後、12月末までに新たに保険料を支払った場合など、年末調整のやり直しが間に合わないときは、従業員本人が確定申告で対応できます。確定申告の期間は、翌年2月16日から3月15日までです。

また、確定申告では医療費控除・寄附金控除・雑損控除・住宅ローン控除（1年目）の控除の適用ができます。これらの控除を申告する際には、医療機関の領収書や自治体から発行される寄附金受領証明書など、証明書類の提出または提示が必要となる場合があります。

さらに、副業をしている従業員は、正しい所得税を計算するために確定申告が必要です。事業所得や雑所得に関する必要経費の領収書や証明書も保存しておくことが重要です。これらを保管していないと、税務調査の際に追徴課税を受けるおそれがあります。

このように、年末調整だけでなく確定申告においても、領収書や証明書の保管は非常に重要です。従業員には、申告の根拠となる資料を日頃から整理・保存しておくよう周知し、不明点がある場合は最寄りの税務署に相談するよう案内するとよいでしょう。

関連記事：年末調整を忘れた場合に発生する問題と対処法をわかりやすく解説

6. 年末調整の必要書類はなるべく早く揃えておくことが大切

年末調整で所得控除や税額控除を適用するにあたり、証明書や領収書が必要になるケースがあります。これらの書類を紛失してしまうと、控除を受けられなくなる場合があります。万一紛失した際は、保険会社や日本年金機構などの発行元へ連絡し、再発行を依頼しましょう。

再発行には通常1〜2週間程度かかることが多く、証明書の発送は10月ごろから順次おこなわれます。そのため、紛失に気づいた時点で早めに手続きを進めることが大切です。

また、近年では多くの保険会社や年金機構で電子交付（オンライン発行）に対応しており、パソコンやスマートフォンから簡単に取得できます。電子交付を利用すれば、再発行の手間を減らせるだけでなく、書類の紛失リスクも防げるため、今後の管理方法としても有効です。