会社員であれば、基本的に全員が年末調整をおこないます。しかし、例外的に年末調整の対象にならない者もいるため、両者の違いをしっかり理解しておきましょう。

本記事では、年末調整の対象者になるケースとそうではないケースの違い、また、年末調整をしても従業員自身での確定申告が必要なケースを解説します。年末調整をより確実に実施するためにも、ぜひ最後までご覧ください。

 

1. 年末調整の対象者

年末調整の対象者は、原則として、年末に会社に在籍していて「給与所得者の扶養控除等（異動）申告書」を提出している人すべてです。正社員やパート・アルバイトなど雇用形態に関係なく実施しなくてはいけません。

1-1. 年の中途で年末調整が必要となる人

原則として12月31日時点で在籍していない従業員は年末調整の対象外です。例えば、転職によって退職した従業員が該当します。この場合は、転職先が年末調整を実施することになります。しかし、年の中途で退職した場合などでも、次のようなケースに該当する場合、年末調整の対象者となります。

• 年の途中で海外の転勤などによって非居住者となった人
• 死亡によって退職となった人
• 著しい心身の障害が原因で退職となった人
• 12月に支給されるべき給与等の支払いを受けたあとに退職した人
• パートやアルバイトで働いていた従業員が退職し、本年に支払われる給与総額が123万円以下である人
  ※ただし、退職後、その年に他の勤務先から給与の支払を受ける見込みのある人は除く

参考：No.2665　年末調整の対象となる人｜国税庁
参考：令和7年分 年末調整のしかた Ⅱ 年末調整とは｜国税庁

関連記事：死亡退職した従業員の年末調整はどうする？手順や注意点

1-2. 年末調整の対象にならない人

年末に会社に在籍している人でも、次のいずれかに該当する場合は年末調整の対象外となります。

• 1年間の主たる給与の総額が2,000万円を超える人
• 災害減免法の規定により、その年の給与に対する所得税と復興特別所得税の源泉徴収について徴収猶予や還付を受けた人
• 2箇所以上の会社から給与の支払いを受けている人（ほかの会社に扶養控除等（異動）申告書を提出している、もしくは年末調整までに扶養控除等（異動）申告書を提出していない場合）
• 海外転勤などによって非住居者となった人
• 同一の雇用主に継続的に雇用されない日雇労働者

参考：令和6年分 年末調整のしかた｜国税庁

年末調整の対象者を判断するには、従業員それぞれの収入や働き方を確認しなければならず間違いが起きやすいです。当サイトでは、年末調整の対象者が図で理解できる資料を無料で配布しています。「はい」「いいえ」形式で答えるだけで対象者がわかるので、自社で誰が対象となるのかあいまいだという方は、こちらから「年末調整のガイドブック」をダウンロードしてご確認してみてください。

2. 年末調整の流れ

年末調整の対象者がわかったところで、年末調整における作業の流れを解説します。

年末調整は1年間の給与所得にかかる所得税を算出する作業であり、扶養の人数や保険料などの金額を考慮して所得税額が決定する仕組みです。年末調整の大まかな流れは下記をご覧ください。

1. 年末調整の準備をする
2. 年末調整の計算をする
3. 源泉徴収票を作成する
4. 過不足の精算と源泉税を納付する
5. 法定調書を作成する

毎年1月31日までに、「給与所得の源泉徴収票等の法定調書合計表」に源泉徴収票を添付して提出します。また、従業員全員の「給与支払報告書」を作成し、それぞれの住所に所在する市区町村ごとにまとめて提出します。

▼年末調整のやり方を知りたい方はこちら
年末調整のやり方とは？総務初心者でもわかりやすい手順をマニュアル形式で解説

2-1. 年末調整に必要な書類

年末調整にあたって会社側が準備する必要書類は下記の1～3です。国税庁のHPよりダウンロードするか税務署に直接取りに行くかします。その後従業員に配布します。

1. 給与所得者の扶養控除等（異動）申告書
2. 給与所得者の基礎控除申告書兼給与所得者の配偶者控除等申告書兼給与所得者の特定親族特別控除申告書兼所得金額調整控除申告書
3. 給与所得者の保険料控除申告書
4. 住宅借入金等特別控除申告書（会社ではなく直接納税者へ送付されるため配布の必要なく従業員から提出してもらいます）
5. 各種控除証明書や前職の源泉徴収票など（必要に応じて従業員に提出してもらいます）

このうち3.「給与所得者の保険料控除申告書」や4.「住宅借入金等特別控除申告書」はそれぞれの控除を適用とする人のみが対象です。また、年の中途で入社した人の場合、転職前の勤務先の分とあわせて年末調整を受ける場合、前職の源泉徴収票の提出も必要です。

令和7年度税制改正により「基礎控除と給与所得控除の見直し」「特定親族特別控除の創設」「扶養親族等の所得要件の改正」がおこなわれています。そのため、必要書類のフォーマットや書き方も一部変わります。最新の改正をきちんと理解し、正しく年末調整の手続きをしましょう。

参考：令和7年度税制改正による所得税の基礎控除の見直し等について｜国税庁

関連記事：年末調整に必要な書類は？種類や入手方法を解説

2-2. 従業員から必要書類の提出がないと年末調整を実施できない

年末調整の対象者に該当する場合でも、「扶養控除等（異動）申告書」など必要書類を提出してもらわなければ、会社側は年末調整をおこなえません。また、期限ギリギリに従業員から必要書類の提出を受けると、年末調整が間に合わない可能性もあります。

このような事態を招かないためにも、年末調整の対象者には書類の書き方や提出期限などを事前に周知しておきましょう。なお、年末調整に間に合わなかった場合、従業員自身で確定申告してもらわなければならない可能性もあるので注意が必要です。

関連記事：【従業員向け】年末調整はいつまでにおこなう？期限と提出書類の種類を紹介

3. 年末調整をしても確定申告が必要になるケース

正しく年末調整を実施した場合でも、従業員自身で確定申告をしなければならないケースがあります。ここでは、年末調整をしても確定申告が必要になる具体的な事例について紹介します。

3-1. 副業所得が20万円を超える場合

近年では働き方改革の影響もあり、副業やダブルワークによって、複数の収入源がある従業員も少なくないでしょう。年末調整を受ける勤務先以外の所得が20万円以下であれば、確定申告は不要です。

一方、他の会社の給与所得が20万円を超える場合（※）や、事業などをしていて事業所得や不動産所得などが20万円を超える場合は、原則として年末調整を受けても確定申告が必要です。なお、確定申告が不要な場合でも、副業所得が発生すれば基本的に住民税申告が必要になるので注意しましょう。

※給与収入の合計額から、雑損控除、医療費控除、寄附金控除、基礎控除以外の各所得控除の合計額を差し引いた金額が150万円以下で、かつ、給与所得および退職所得以外の所得金額が20万円以下の場合は確定申告が不要

参考：No.1900 給与所得者で確定申告が必要な人｜国税庁

3-2. 公的年金等の収入金額が400万円を超える場合

公的年金等を受け取りながら会社に勤めている人も少なくないでしょう。公的年金等の収入金額が400万円以下、かつ、それ以外の所得が20万円以下であれば、確定申告不要制度を利用できます。一方、公的年金等の収入金額が400万円を超える場合、確定申告不要制度を利用できないので、年末調整を受けても確定申告が必要です。

参考：No.1600 公的年金等の課税関係｜国税庁

3-3. 年の途中で入社して前職分を含めず年末調整を受けた場合

年の途中で入社した場合でも、年末に会社に在籍し、「扶養控除等（異動）申告書」を提出している場合、原則として年末調整の対象者に含まれます。しかし、会社に前職の源泉徴収票を提出せず、年末調整を受けた場合、転職前の勤務先の収入などの情報が反映されていないことになります。この場合、正しい所得税を確定させるため、従業員自身で確定申告が必要です。

3-4. 同族会社の役員で利子や賃貸料の受け取りがある場合

副業所得が20万円以下であれば、年末調整を受ければ確定申告は不要です。しかし、同族会社から貸付金の利子や不動産の賃貸料などを受け取っている場合、たとえこれらの所得が20万円を超えなくても確定申告が必要です。

なお、同族会社の役員とは、法人税法に基づく同族会社である法人の役員を指します。なお、役員の親族など、同族会社の役員と特殊な関係にある人もこの対象に含まれます。

参考：No.1901 同族会社の役員で確定申告の必要な人

3-5. 年末調整で対応できない控除（医療費控除や寄付金控除など）を適用する場合

所得控除や税額控除のなかには、年末調整で対応できないものもあります。例えば、下記が挙げられます。

• 医療費控除
• 寄附金控除
• 雑損控除
• 住宅ローン控除（初年度）

このような控除を適用できる場合、還付金が生じる、もしくは還付金の額が増える可能性があります。しかし、年末調整では対応できないので、確定申告が必要です。ただし、ふるさと納税（寄附金控除）では、ワンストップ特例制度を利用すればその必要はありません。

ここまで紹介した以外にも、年末調整を受けても確定申告が必要になるケースはあります。例えば、年末調整を間違えて申告した場合や、株や不動産による収益がある場合などです。

関連記事：年末調整の書類で間違いに気づいたときの正しい訂正方法

4. 年末調整の対象者に手続きをしない場合のペナルティ

年末調整の対象者であるにも関わらず、手続きをしない場合にどのようなペナルティがあるのか解説していきます。ペナルティを科された場合、単に罰金を支払うだけでなく社会的な信用を失う恐れもあるので、くれぐれも注意が必要です。

4-1. 拘禁刑または罰金刑が科される

年末調整は、所得税法によって会社に実施を義務付けている手続きです。

そのため、雇用主（会社）が年末調整をおこなわなかった場合、所得税法違反となり「1年以下の拘禁刑または50万円以下の罰金」が科される恐れがあります。

また、源泉徴収した所得税を故意に収めないなど、悪質と判断された場合には「10年以下の拘禁刑または200万円以下の罰金」といった重い量刑を科されることもあります。

参考：所得税法｜e-Gov法令検索

4-2. 延滞税が発生する

年末調整の源泉所得税の納付期限は原則1月10日（特例の場合20日）となっており、期限を過ぎると延滞税が発生します。

延滞税とは期限までに完納しない場合に科せられる税金であり、法定納期限の翌日から納付までの日数に応じて利息が自動的に加算されます。

なお、国税庁が定める延滞税が発生する条件は下記のとおりです。

1. 申告などで確定した税額を法定納期限までに完納しないとき
2. 期限後申告書または修正申告書を提出した場合で、納付しなければならない税額があるとき
3. 更正または決定の処分を受けた場合で、納付しなければならない税額があるとき

法定納期限の翌日から2ヵ月を過ぎると延滞税の税率がさらに引き上がるため、納付漏れに気づいた際には速やかに税務署に連絡することが重要です。

参考：No.2505 源泉所得税及び復興特別所得税の納付期限と納期の特例｜国税庁

参考：No.9205 延滞税について｜国税庁

▼罰則についてより詳しく知りたい方はこちら
年末調整しないことによる罰則内容を詳しく紹介

5. 年末調整が必要なケースと不要なケースを把握して正しい対応をしよう

年末調整の対象者は、原則として、年末（12月31日時点）に会社に在籍していて、「扶養控除等（異動）申告書」を提出しているすべての人です。ただし、給与収入が2,000万円を超えるなど、年末調整の対象外となるケースもあります。

また、副業・ダブルワークをしている場合や、医療費控除や寄附金控除を適用したい場合などは、年末調整をおこなっても確定申告が必要です。ミスが生じれば会社側に罰則が科されることもあるため、年末調整と確定申告の重要さを再確認し、間違いのない手続きができるようにしておきましょう。