年末調整は従業員の所得税を正しく収めるために必要な手続きです。従業員を抱えている企業であれば、その年の終わりに必ず実施しなければなりません。

この記事では企業の経営者や人事・総務の担当者向けに年末調整を実施する目的や、手続きの流れ、やり方を解説します。会社として正しく納税するため、年末調整に対する理解を深めていきましょう。

1. 年末調整とは、所得税の差額を清算するための手続き

年末調整とは、毎月の給料や賞与から源泉徴収された所得税（源泉所得税）と実際に支払うべき所得税の差額を清算するための手続きのことです。年間所得が確定する12月頃に実施されることから年末調整と呼ばれます。年末調整は、従業員を抱える会社であれば必ず実施しなければなりません。

関連記事：年末調整とは？やり方や計算方法、確定申告との違いをわかりやすく解説

1-1. 年末調整の実施は、事業者・会社の義務

事業者には従業員の所得税を正しく納税する義務があります。そのため、年末を迎える前に従業員の所得税を再計算し、本来納税すべき税額を確定させなければなりません。所得税を再計算した結果、過剰に源泉徴収していた場合は従業員へ差額を返金し、逆に金額が不足していた場合は追加徴収をおこないます。

この一連の手続きが年末調整です。

1-2. 源泉徴収とは、労働者の賃金から所得税を徴収する仕組み

源泉徴収とは、事業者が労働者に支払う賃金（給与、賞与、報酬など）から所得税に相当する金額を徴収する仕組みのことです。労働者にとっては実質的に所得税の分納となるため、経済的負担が軽減されるメリットがあります。会社は源泉徴収した税金を月ごとに税務署へ納めなければなりません。

しかし、源泉所得税と実際に支払うべき所得税には金額の乖離があります。所得税はその年の年間所得に対して課税されるものですが、源泉徴収所得税はその年の想定年収から概算されるからです。

実際には昇給や残業の有無で従業員の年収は変動しますし、所得税を算出する際には各種控除も適用されます。そのため、年間所得が確定する年末に改めて所得税を計算し、源泉所得税との差額を清算する必要があるのです。

▼年末調整について詳しく知りたい方はこちら
年末調整とは？その必要性や基本的な書き方について解説

2. 年末調整の対象者と対象外になるケース

年末調整手続きは会社の義務ですが、従業員の中には、年末調整の対象外となる人もいます。

ここでは、年末調整の対象となる従業員や対象外となる条件、退職者の扱いについて解説します。

2-1. 年末調整の対象者となる従業員

年末調整は、一部の例外を除き賃金を支払った全従業員が対象です。

ただし、一人の労働者に対して年末調整の手続きをおこなえるのは1社のみです。従業員が複数の職場を掛け持ちしている場合、自社を含めどこの職場で年末調整をおこなうか決めてもらう必要があります。

原則として年末調整をおこなうのは最も収入が多い職場です。その他の職場の収入は従業員本人が個別に確定申告をおこないます。

アルバイトやパート社員も年末調整の対象

そのため、正社員だけでなく、アルバイトやパート社員など非正規社員に対しても年末調整手続きをおこなわなければなりません。

関連記事：年収103万以下のアルバイトは年末調整しなくていい？

2-2. 年末調整の対象外となる従業員

自社の従業員でも例外的に年末調整の対象とならない場合があります。該当するのは以下のケースです。

• その年の給与収入が2,000万円を超えている
• 災害減免法により、納税の猶予を受けている

年間所得2,000万円以上の給与所得者は、年末調整ではなく確定申告で納税することが国により定められています。年収2,000万円というと一般的にはかなりの高収入であり割合としては少ないですが、会社の役員であれば該当するケースも珍しくありません。

また、大規模災害により経済的ダメージを受けた人には災害減免法が適用されることがあります。これによる所得税納付の猶予を受けている従業員も年末調整の対象外です。

参考：国税庁 | No.1900 給与所得者で確定申告が必要な人
参考：国税庁 | No.1902 災害減免法による所得税の軽減免除

関連記事：年末調整の対象者になるケースとならないケースの違い

個人事業主やフリーランスの労働者も対象外

なお、個人事業主やフリーランスの労働者には年末調整の仕組みはありません。

その代わりに翌年に税務署で確定申告をおこなうことで納税額を修正することができます。「各事業者は従業員の確定申告を代行している」ともいえるでしょう。年末調整が必要な従業員の年末調整に不備や不正があった場合、企業が罰則を科される可能性があります。年末調整をしないことによる影響も大きいため、ミスのない年末調整をする必要があります。

2-3. 退職した元従業員には源泉徴収票を送付する

年末調整を実施した時点で在席していない人に対する年末調整は不要です。

しかし、源泉徴収票を発行する義務はあります。所得税法により、「退職から1ヶ月以内」と期限付きで定められているため、渡し忘れがないように注意しましょう。また、紛失などの理由で従業員から再発行を求められた場合も、断ることはできません。

3. 年末調整の手続きの全体の流れ・やり方

年末調整の手続きは大まかに以下の流れで進めていきます。

1. 社員の所得控除額を確認する（11月）
2. 従業員ごとに源泉徴収額との差額を計算する（12月上旬～）
3. 源泉徴収税の精算・納付（12月下旬）
4. 事業者単位での納税額の過不足を清算する（翌年1月10日まで）
5. 法定調書の提出（翌年1月31日まで）

それではここから各ステップごとに、総務初心者の方でもわかりやすい年末調整の手順マニュアルとして概要や注意点を解説していきます。手順ごとにポイントを押さえておきましょう。

4. やり方手順①社員の所得控除額を確認する（11月）

初めにおこなう作業は各従業員の所得控除額の確認です。11月下旬頃に先述した年末調整に必要な書類3種を従業員に配布し、各自で必要事項を記入した上で提出してもらいます。

4-1. 年末調整調整に必要な書類は3種類

年末調整に必要な書類は以下の3種類です。

• 給与所得者の扶養控除等（異動）申告書
• 保険料控除申告書
  
• 給与所得者の基礎控除申告書兼給与所得者の配偶者控除等申告書兼所得金額調整控除申告書

事業者は予め上記の書類を従業員へ配布し、必要事項の記入を済ませてもらった上で回収します。近年では書類ではなく電子申請で処理をするケースも増えています。

給与所得者の扶養控除等（異動）申告書

「給与所得者の扶養控除等（異動）申告書」は、給与所得者が配偶者や扶養対象となる親族の有無を申告するための書類です。

年末調整時に記入する書類は翌年分であり、この書類が未提出であった場合は翌年の年末調整をおこなうことができなくなってしまいます。入社初年度は入社時に他の書類と一緒に提出することが一般的です。

給与所得者の保険料控除申告書

「給与所得者の保険料控除申告書」は、給与所得者が民間の生命保険・地震保険等に加入していることを申告するための書類です。

この書類を提出することで保険料控除額が適用されます。なお、年末調整時には同書類と合わせて保険料の支払いを証明する書類（支払証明書）の提出が必要です。支払証明書は毎年10月頃に保険会社から保険加入者の自宅に郵送されます。

▼社会保険料控除について詳しくはこちら
年末調整の社会保険料控除とは？対象となる保険の種類まとめ

給与所得者の基礎控除申告書兼給与所得者の配偶者控除等申告書兼所得金額調整控除申告書

「給与所得者の基礎控除申告書兼給与所得者の配偶者控除等申告書兼所得金額調整控除申告書」は、令和1年までの「配偶者控除等申告書」と呼ばれていたものです。令和2年から基礎控除と所得金調整控除の申告と兼用に変更されました。

同書類を提出することで、給与所得者は配偶者控除、もしくは配偶者特別控除が受けられるようになります。この他にも、住宅ローン控除や保険料控除を受けるためには、それぞれの証明書が必要です。保険会社などから従業員自身が取り寄せて提出する必要があるので、余裕を持って案内するようにしましょう。

関連記事：年末調整は結婚したら何が変わる？書類の書き方のポイント

5. やり方手順②年末調整の計算・納付（12月）

続いて、必要な書類が手元に揃ったところでここから実際に年末調整の計算と差額の清算、納付のステップに移ります。くわしく解説します。

5-1. 従業員ごとに源泉徴収額との差額を算出する（12月上旬～）

従業員から提出された書類を参考にして、各従業員の源泉徴収額と正しい所得税額の差額を算出します。ここでの計算は単純に「1年間の源泉徴収額」から「正しい所得税額」を差し引くだけです。

例えば、1年間の源泉徴収額が12万円の従業員がいると想定します。このとき正しい所得税額が10万円であれば2万円の過剰徴収が発生しているため、該当の従業員へ還付が必要です。

一方、1年間の源泉徴収額が12万円の社員で、正しい所得税が14万円であった場合、本来納めるべき金額に対して2万円が不足しています。この場合は該当の従業員に事情を説明し、不足金額を追加徴収しなければなりません。

5-2. 源泉徴収票を発行し従業員ごとに差額を清算する（12月下旬）

年末調整の結果は源泉徴収票の発行をもって従業員へ通知されます。実際には過剰徴収分が還付されるケースが圧倒的に多く、追加徴収は稀です。追加徴収されるケースでは、もともとの源泉徴収額の計算を間違えていたなど事業者側の落ち度が考えられます。

該当の従業員へは追加徴収の理由を丁寧に説明することが求められます。なお、納税額の差額は翌年1月分の給与で還付するか、もしくは天引き（追加徴収の場合）されることが一般的です。

5-3. 源泉徴収税の精算・納付（翌年1月10日まで）

12月分の源泉徴収税を納付する際は、「所得税徴収高計算書」の該当欄に年末調整によって明らかになった納税額の差額を記入します。これにより事業者単位でも納税額の差異を清算することが可能です。

▼所得税徴収高計算書（納付書）について詳しく知りたい方はこちら
年末調整の納付書とは？書き方や提出方法を詳しく紹介

6. やり方手順③法定調書の作成と提出（翌年1月31日まで）

年末調整後は以下4種の書類を作成し、翌年の1月31日までに税務署や市区町村に提出しなければなりません。

6-1. 税務署へ提出する書類

税務署へ提出する書類は以下の3種類です。

• 支払調書
• 法定調書合計票
• 源泉徴収票

これらの書類は、税務署への提出だけでなく、企業の正確な納税処理のためにも不可欠なものです。したがって、企業はこれらの書類を適切に作成し、期限内に提出することで、法令遵守と透明性の確保に努める必要があります。それぞれについて概要を説明します。

支払調書

支払調書は、企業が従業員や外部の取引先に対して支払いを行った金額をまとめたもので、給与や報酬の金額、源泉徴収額が記載されています。これにより、税務署が各給与所得者の収入状況を把握するための基礎資料となります。

法定調書合計票

法定調書合計票は、年間の給与支払額や源泉徴収税額の合計を記載する重要な書類です。この書類は、会社が全従業員に対して行った源泉徴収の内容を一括で報告するために必要です。

源泉徴収票

源泉徴収票は、各従業員がその年に受け取った給与や賞与、源泉徴収された税額を示すもので、年末調整が完了した後に従業員に交付されます。この書類は、従業員が翌年の確定申告を行う際に必要となるため、正確な情報を記載することが求められます。

6-2. 市区町村へ提出する書類

市町村へ提出する書類は以下の書類です。

• 給与支払報告書

どのような書類なのか、概要を押さえておきましょう。

給与支払報告書

支払報告書は次年度の住民税に関わる重要な書類です。各従業員が居住する市区町村へ個別に提出されます。この報告書に記載される内容は、従業員一人ひとりの給与や賞与、源泉徴収額を含むため、正確な情報を提供することが求められます。

特に、住民税は個々の従業員が住んでいる地域の財源となるため、正しく情報を提出することが地域の行政にも影響を及ぼします。

そのため、正確性を保つために、企業は従業員の状況を常に把握し、必要な書類を整えることが重要です。

関連記事：年末調整の計算方法5ステップや注意点を分かりやすく解説
関連記事：年末調整はいつまでにやるべき？気になる提出期限とは

7. 年末調整における定額減税のやり方とは

ここまで年末調整のやり方・手順について解説してきましたが、2024年の年末調整では、定額減税への対応が重要なポイントとなります。

定額減税のあらましを理解し、適切に対応することで、従業員に対して正しく還付を行うことができます。具体的には、税制が変更された場合の新しいルールに従って、計算方法や控除額を見直す必要があります。まずはどのように対応すべきなのか、みていきましょう。

7-1. 電子化、ペーパーレス化をおこないDXを推進する取り組みも

年末調整のペーパーレス化が2020年10月からスタートし、DX推進の一環でオンラインによる年末調整の電子化に取り組む企業も増えてきました。

とくに、定額減税等の法改正があった場合、変更点をキャッチアップして従業員へ周知することにも時間と労力がかかります。
またペーパーレス化する前の年末調整では、複数枚の書類を用いるゆえに提出漏れが発生してしまったり、控除の条件が複雑で従業員が理解しきれずに記入漏れ・ミスが発生してしまったりと、入力者と処理者の両者とも作業負担が大きい傾向がありました。

しかし、昨今ではシステム導入などの方法で年末調整を電子化することで、各書類をデジタル上で処理できるようになり、書類の授受や書き直しにより発生していた工数が減り、作業負担の低減が見込めます。

また定額減税などの法改正においても、システム側で対応された上で年末調整をおこなうことができるため、対応漏れや情報収集という手間が省けるのです。

とはいえ、年末調整業務は複雑で難しいと考えているご担当者様もいらっしゃるのではないでしょうか。当サイトではそのような方に向けて、年末調整に必要な業務手順や必要書類をまとめた資料を無料で配布しています。年末調整業務に不安がある方は、こちらの「年末調整ガイドブック」をダウンロードして、参照しながら業務を進めることがおすすめです。

さらに詳しくDX化のメリットや電子化するための方法などの詳しい情報は、以下の記事をご覧ください。

関連記事： 年末調整をDX化するには？メリットや手順を詳しく解説

関連記事：年末調整の電子化はここまで進んでいる！気になる手続きの方法

関連記事：年末調整のペーパーレス化とは？その背景や課題を詳しく解説

8. 年末調整では法令改正に注意し従業員に正しく還付しよう

この記事では年末要請の内容や手続きに必要な書類、手続きの進め方について解説しました。しかし、ここで解説した内容はあくまで年末調整の大枠であり、実際には細かい決まりごとや金額の算出方法などがあります。国税庁のウェブサイトなども参考にしつつ理解を深めていくとよいでしょう。

なお、年末調整を始め税制度は年度ごとの改正が頻繁におこなわれています。所得税に関わる制度も令和2年度に改正されていますので、最新の情報を確認することが大切です。

▼2020年（令和2年度）の変更点はこちら
年末調整の2020年変更点4つの重要ポイントをまとめて解説