通常は、2箇所から給与を受け取っている場合、年末調整だけではなく、確定申告の処理も必要です。そのため、年末調整書類として提出する扶養控除申告書を、2箇所の勤務先に提出してはいけません。今回は、年末調整を2箇所の会社でおこなってしまった場合の対応方法を解説します。

1. 年末調整を2箇所ですると、どうなる？

年末調整は複数の勤務先がある場合でも、どこか1つの勤務先のみでおこなわなければなりません。複数の勤務先で年末調整をすると、所得控除をはじめとした控除が重複して適用されてしまうからです。

そのため、2箇所で年末調整をしてしまった場合は、扶養控除申告書の取り下げをする必要があります。

また、確定申告をおこなって正しい税額を支払うことができれば問題になりません。

ただし、勤務先すべての収入が103万円以下の場合は所得税がゼロになります。その場合は支払う税金が発生しないため、複数の職場で年末調整をしていても特に手続きは必要ありません。

2. 2箇所で年末調整をしてしまった場合の対処法

誤って複数の勤務先で年末調整をしてしまった場合、合計の収入が103万円を超えていたら手続きをしなくてはいけません。放置すると正しい税額を支払えず、トラブルに発展する恐れがあります。

以下の手順で確定申告をおこないましょう。

2-1. 勤務先の収入に応じて「主たる給与」「従たる給与」の勤務先を決める

2箇所から収入を受け取っている場合、どちらの給与を年末調整するのか、または確定申告する必要があるのかについては、収入の多い・少ないに応じて決めるところから始めなければなりません。

基本的には、収入が多い勤務先については「主たる給与」の勤務先、少ない勤務先を「従たる給与」の勤務先、と考えます。

メインで働いている勤務先を「主たる給与」の勤務先、副業などで働いている勤務先を「従たる給与」の勤務先とみるとわかりやすいかもしれません。

2-2. 「主たる給与」の勤務先で年末調整、「従たる給与」の勤務先で確定申告をする

勤務先が2箇所あり、両方で受け取った給与を合算して正確な所得税の算出をおこないたい場合は、年末調整で「主たる給与」の勤務先に申告します。そして、「従たる給与」の勤務先に対しては、確定申告で申告をします。

正しく確定申告ができれば納税額も正確なものになるため、複数の年末調整によって所得税控除が重複していても修正できます。

なお、「従たる給与」の勤務先でおこなう確定申告は、受け取っている収入（所得）が20万を超える場合に限り、指定された期日までに必ずおこなわなければなりません。

3. 2箇所でした年末調整を企業が修正できる？

自社以外でも勤務している、いわゆるダブルワークをしている従業員は両方の勤務先で年末調整をしてしまうことがあります。初めて年末調整の書類を受け取る人にはよくある間違いです。

そのような場合はやり直しをすることが可能です。対応をしない場合は、控除の金額にずれが生じてしまうため、必ず何らかの対応をしなくてはいけません。

ただし、企業側が年末調整のやり直しをすることはできず、従業員本人が手続きをする必要があります。

先述した「従たる給与」の勤務先に事情を説明し、扶養控除申告書の取り下げを最初におこないます。その後に従業員が確定申告をおこなうことになります。

厳密には「やり直し」という表現よりも、扶養控除申告書の取り下げと確定申告により訂正が可能であるということになります。

こうした手続きに慣れていない従業員は困惑してしまう可能性があるため、年末調整の時期になったら2箇所でしないように通達しておくとスムーズでしょう。

4. 年末調整を2箇所でしてしまった場合に企業側がやるべきこと

年末調整を複数の勤務先でおこなった場合は、従業員本人が確定申告が必要になるとお話をしてきました。こちらでは企業側がするべき手続きを解説します。

4-1. 「従たる給与」の勤務先で受け取った収入（所得）が20万円未満の場合

「従たる給与」の勤務先での収入（所得）が20万円未満であり、なおかつ「主たる給与」の勤務先で扶養控除申告書を提出し、年末調整をおこなっている場合は別途確定申告をする必要はありません。

もし、「従たる給与」の勤務先に扶養控除申告書が提出されてしまっている場合には、期限までに取り下げておきましょう。

なお、確定申告をしない場合でも、住民税については別途申告が必要であるため、企業側からこれについても通達しておくと親切です。

4-2. 「従たる給与」の勤務先で受け取った収入（所得）が20万円超の場合

「従たる給与」の勤務先での収入（所得）が20万円超の場合、期限内に本人が確定申告をおこなわなければなりません。

確定申告をする際には、「主たる給与」の勤務先から受け取った「源泉徴収票」を添付し、提出しなければいけません。企業側はこの源泉徴収票を従業員に渡す必要があります。また、確定申告を行うことで、過剰に支払った税金の還付を受けることができる可能性もあります。これはダブルワークをしている従業員にとって、非常に有利な点です。

確定申告は、翌年の2月16日から3月15日が申請期日であるため、余裕をもって源泉徴収票を配布しましょう。この時期に従業員に対して、手続きについての説明やサポートを行うことも重要です。 企業がサポートをしっかりおこなうことで、従業員は安心して申告を行いやすくなります。加えて、年末調整でのミスを防ぐために、従業員への教育や注意喚起を行うことも、企業側の責任の一環と言えるでしょう。

5. 確定申告を忘れてしまったらどうなるか

従業員が年末調整を2箇所でおこなってしまい、なおかつ「従たる給与」の勤務先での収入（所得）についての確定申告を期限までにおこなわなかった場合には、ペナルティが課されることがあります。

どのようなペナルティが課されるのかについても、ここで確認しておきましょう。

5-1. 無申告加算税が発生する

無申告加算税は、期限である3月15日までに確定申告をしなかった場合、追加で課されるペナルティです。基本的に、正規の税額に対し、50万円までは15％、50万円超の場合は20％の割合を掛けて計算した金額が課税されます。

従業員個人が確定申告をおこなわなかった場合は、従業員本人に無申告加算税が発生します。企業側に無申告加算税が発生するのは、法人税の申告をわすれた場合です。

なお、自主的に期限後申告をした場合には、5％の割合を掛けて計算した金額となります。

5-2. 延滞税が発生する

延滞税は、確定申告の期限である3月15日までに支払うはずの税金を納めていない場合に課されるペナルティです。法で定められた納付期限翌日から実際に納付された日までの日数に応じ、利息分相当の延滞税が課される形となります。

延滞税は税金の支払いが遅れた場合に発生するもので、納税すべき人や法人に課されるものです。

通常、納付期限から2ヶ月を経過するまでに納付がされた場合は低い税率で、2ヶ月を経過した場合には税率が高くなる仕組みになっています。また、自主的に期限後申告をおこなった場合は、修正申告をおこなう日までは低い税率での計算となります。

▼企業側が負うリスクや罰則について知りたい方はこちら
・年末調整しないことによる罰則内容を詳しく紹介
・年末調整をしないとどうなる？考えられる5つのリスクを解説

6. 2箇所で年末調整をしてしまった場合は手続きが必要！正しく対応しよう

誤って年末調整を複数の勤務先でしてしまった場合、所得税が実際よりも低くなることがあります。その場合は、確定申告をして正しい税額を納めなければなりません。

確定申告をしなかった場合は罰則も発生するため、年末調整をおこなう際は十分に気をつけて間違いに気付けるようにしましょう。

なお、確定申告は不要の場合でもおこなうことに問題はありません。ネットや郵送による手続きも可能であるため、不安な場合はしておくと安心です。