勤怠控除とは、遅刻・早退・欠勤などにより勤務しなかった分の給与を差し引く仕組みです。そのため、従業員が認識している1ヵ月分の給与より、実際に支払われる給与が少なくなることがあります。

従業員が「勤怠控除」に関する知識を持っていないと、「なぜ給与が低くなっているのか」とクレームを言ってくることが考えられるので、担当者の方はきちんと説明できるようにしておくようにしましょう。

本記事では、勤怠控除が発生するケースや勤怠控除の計算方法、適用される範囲などについて解説していきます。

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1. 勤怠控除とは

「勤怠控除」というのは、労働契約で規定している勤務時間を満たさなかった場合に発生する控除です。

例え残業や休日出勤をしたとしても、何らかの理由で規定の勤務時間を満たしていなければ、企業側は固定給から満たしていない分を差し引くことができます。

ここでは、固定給がマイナスになることがある「勤怠控除」について解説します。

1-1. 遅刻・早退、欠勤時に引かれる額が勤怠控除

勤怠控除とは遅刻や早退、欠勤などによって、所定労働時間よりも実際の労働が少なかった時間分の賃金を、給与から差し引く仕組みです。

月給制は、1ヵ月の給与が定められている給与形態です。しかし、月給制にはいくつかの給与形態があり、多くの企業で採用されているのは欠勤や遅刻、早退をすると勤怠控除される「日給月給制」や「月給日給制」です。

そのため、従業員が1ヵ月に定められた勤務時間を満たせなかった場合は、月給制であっても「勤怠控除」という形で給与が差し引かれることがあるのです。

1-2. 勤怠控除はノーワーク・ノーペイの原則に基づく

遅刻や早退、欠勤で労働しなかった時間が発生した場合、その分の賃金は支払わなくて良いとされています。これは、「ノーワーク・ノーペイ」の原則に基づくものです。

そもそも賃金とは、労働の対価として支払われるものです。したがって、労働がなかった時間に対しては賃金を支払う必要がないとするのが「ノーワーク・ノーペイ」の原則です。

遅刻・早退や欠勤によって労働がなされなかった場合は、その時間分の賃金を支払わない、つまり賃金を控除するのが一般的です。

参考：労働基準法｜e-Gov

2. 欠勤控除の計算方法

欠勤控除をするには、1日あたりの賃金を算出しなければなりませんが、これには4つの方法があります。

• 月給額÷年平均の月所定労働日数×欠勤日数
• 月給額÷該当月の所定労働日数×欠勤日数
• 月給額÷年の暦日数×欠勤日数
• 月給額÷該当月の暦日数×欠勤日数

それぞれの計算方法で控除額が変わってくるため、ここでは1つずつ解説していきます。

2-1. 月給額÷年平均の月所定労働日数×欠勤日数

「月給額÷年平均の月所定労働日数×欠勤日数」は、年平均の所定労働日数から日給を計算し、欠勤控除額を出す方法です。

具体的な計算式は以下の通りです。

【欠勤控除額　＝　月給与額　÷　（月平均の月所定労働日数）　×　欠勤日数】
※月平均の月所定休日日数＝（365日-年間の所定休日日数）÷12ヶ月で算出

この計算方法では、1年を通して欠勤控除の金額が同じになるため、一度計算しておけば、後は欠勤日数をかけるだけで良いというメリットがあります。

一方で、例えば年平均の所定労働日数が20日で、欠勤した月の所定労働日数が21日であった場合、20日間欠勤すると、1日労働しても給与が0円になってしまうというのがデメリットです。

年間を通してみると、欠勤日数に対する控除額の総額に過不足がないため違法とはなりませんが、就業規則に「年平均日数で計算する」旨を明示しておく必要があります。

2-2. 月給額÷該当月の所定労働日数×欠勤日数

「月給額÷該当月の所定労働日数×欠勤日数」は、欠勤をした月の所定労働日数を使って日給を算出し、欠勤控除額を求める方法です。

具体的な計算方法は、以下の通りです。

【欠勤控除額　＝　月給与額　÷　（該当月の所定労働日数　×　欠勤日数）】

月ごとに変動があるため、月の勤務日数が多い月は1日単価が下がり、少ない月は上がります。実際の勤務実態に即した計算ができるので、従業員からの不満がでにくい計算方法です。

ただし、欠勤した月ごとの所定労働日数を利用して日給を算出すると、月によって所定労働日数が異なるため、1日あたりの欠勤控除金額も月によって変動することに注意が必要です。

2-3. 月給額÷年の暦日数×欠勤日数

「月給額÷年の暦日数×欠勤日数」は、所定労働日数ではなく、休日なども含めた1年の暦日数で日給を求め、欠勤控除する方法です。

【欠勤控除額　＝　（年間給与額　÷　年の暦日数）　×　欠勤日数】（年の暦日数は365日ないし366日）

この計算方法を選択した場合、1年を通して控除額が同じであることに加え、給与を割る際の分母が大きくなるため、控除額が小さくなるという、労働者にとってのメリットがあります。

したがって、従業員側の負担は減りますが、もし従業員が1ヵ月間すべて欠勤したとしても給与は発生するため、会社側にとってはデメリットとなることがあります。

2-4. 月給額÷該当月の暦日数×欠勤日数

「月給額÷該当月の暦日数×欠勤日数」は、毎月の暦日数から日給を計算し、欠勤控除する方法です。

【欠勤控除額　＝　（月給与額　÷　月間の暦日数）　×　欠勤日数】

暦日数は毎月変わることから、控除の金額が一定では無くなることに加え、毎月日給を計算しなおす必要があるため、給与計算が煩雑になりがちな点に注意が必要です。また、2月（28日）など日数の少ない月は控除額が大きくなりやすいため、従業員の理解を得ておく必要があります。

関連記事：欠勤控除とは？該当するケースと計算方法を詳しく解説

3. 遅刻・早退控除時の計算方法

従業員が遅刻や早退をし、労働時間が所定の時間よりも短くなった場合は、遅刻・早退により実際に勤務しなかった時間分だけ賃金を控除します。

遅刻・早退の控除をする場合は、1時間あたりの基礎賃金を算出し、その金額に労働がなかった時間をかけ合わせて控除金額を求めます。

具体的な計算方法は、以下の通りです。

【遅刻・早退控除の対象とする月の給与額÷月平均所定労働時間数（＊）×遅刻・早退の時間】
※月平均所定労働時間数   ＝（365　–　年間休日数）×1日の所定労働時間÷12

遅刻・早退控除は、欠勤のように複数の計算方法がないので、その都度この計算式で算出しましょう。

関連記事：勤怠管理における遅刻早退の控除の取り扱いや処理の方法について

4. 勤怠控除が発生するケースとは

勤怠控除（欠勤控除）が発生するシチュエーションはいろいろありますが、主なケースは以下の3つになります。

• 感染症による欠勤
• 体調不良による欠勤
• 家族の病気による遅刻や早退

では、それぞれのケースを詳しくみていきましょう。

4-1. 感染症による欠勤

新型コロナウイルスやインフルエンザなど、感染症の種類によっては一定の期間出社を控えるのが一般的です。そのため、感染症による自主的な欠勤は、勤怠控除の対象となります。

ただし、会社側から欠勤を指示した場合は勤怠控除になりません。会社都合による出勤停止の場合は、休業手当を支給しなければならないこともあるので注意してください。

実務上では、「医師の診断書がある場合」や「行政の指導に基づく場合」など、判断基準を明確にしておくことが重要です。基準を曖昧にしないよう、就業規則に「感染症時の取扱い」を明記しておくとトラブル防止になります。

4-2. 体調不良による欠勤

頭痛や腹痛、熱っぽいなど体調不良で欠勤した場合は、遅刻・早退も含め勤怠控除の対象です。

ただし、勤怠控除となるのは欠勤した時間分だけなので、遅刻や早退の場合は勤務しなかった時間だけを勤怠控除としなければなりません。

労働基準法では、遅刻や早退に関する勤怠控除の定めがなく、企業ごとの就業ルールによって規定されています。しかし、遅刻や早退を1日欠勤扱いにすることはできないので、ノーワークノーペイの原則に則って1分単位で計算しましょう。

4-3. 家族の病気による遅刻や早退

子どもの急な発熱や高齢者の病気などで遅刻や早退をする場合は、本人の体調不良と同じく勤怠控除の対象となります。

ただし、少子高齢化による人手不足という視点からみると、家族の病気による遅刻や早退を勤怠控除にした場合、人材の流出が懸念されます。

遅刻・早退の頻度にもよりますが、柔軟に対応できるように「有給休暇の事後申請」や「時間単位の有給休暇を取得」というような就業規則を整備すると、人材流出防止に有効です。

また、労使間の合意により「看護休暇」や「有給休暇」として扱うことも可能です。

育児・介護休業法では、小学校就学前の子どもを持つ従業員に「子の看護休暇」を与えることを義務付けています。この制度を活用すれば、勤怠控除をおこなわずに休暇を取得することができます。

家庭の事情でやむを得ない場合も、担当者が制度を積極的に活用し、適切な処理をおこなうことは企業の信頼にもつながるでしょう。

5.勤怠控除を正しく運用するための対策

勤怠控除を正しくおこなうためには、法令の遵守だけでなく、就業規則や勤怠システムの運用ルールが一貫していることが重要です。控除計算の誤りや規程との不整合があった場合、従業員とのトラブルにつながるリスクがあるので注意しなければなりません。

ここでは、勤怠控除を適正に運用するために、企業が確認しておくべきポイントを解説していきます。

5-1.就業規則・給与規程と控除ルールの整合性確認

勤怠控除のルールは、まず「就業規則」や「給与規程」で明確に定めることが大前提になります。

例えば、「遅刻・早退・欠勤が発生した場合の控除基準」や「控除単位（時間単位・日単位）」が曖昧だと、控除の根拠が不明確です。このような場合、従業員から不当控除を疑われる可能性があるため、明確に定めなければなりません。

また、法的には「ノーワーク・ノーペイの原則」に基づき、実際に労務提供がなかった時間分のみを控除することが認められています。しかし、就業規則の内容がこの原則とずれていると、労働基準法第24条（賃金全額払いの原則）に抵触するおそれがあります。

そのため、定期的に規程の内容を点検し、運用上の控除ルールと一致しているかという整合性の確認が必要になります。特に、制度改定やシステム変更をおこなった際は、規程の更新を忘れないよう注意してください。

5-2.勤怠管理システムやExcelの設定をチェックする

勤怠控除を正確におこなうには、勤怠管理システムやExcelなど、実際に使用する集計ツールの設定を見直す必要があります。例えば、遅刻や早退の丸め設定、休憩時間の自動控除機能、休日出勤や時間外労働の区分設定などが誤っていると、勤怠データと実際の労働時間に差異が生じます。

また、勤怠データを給与計算ソフトへ連携する際に、小数点処理や端数処理の設定が異なっていると、控除額に微妙なズレが発生することがあるかもしれません。

このような状態を放置すると、毎月の給与に誤差が出る可能性があり、従業員の不信感を招く原因となります。給与に関するミスは、モチベーションやエンゲージメント低下につながります。

こういった状況を防ぐには、人事・労務担当者は、システム設定を定期的にチェックして、テストデータで控除計算が正しく反映されているかを確認しましょう。特に、複数拠点やシフト勤務がある場合は設定ミスが生じやすいため、導入時や法改正時に専門家へチェックを依頼するのも有効です。

5. 勤怠控除で注意するべきポイント

勤怠控除は、「規定があいまい」「そもそも規定されていない」となると、労働者とのトラブルに発展する可能性があります。

また、控除に関する認識の相違があると、会社への信頼が失われてしまうこともあるので、勤怠控除をおこなう場合は注意するべきポイントをチェックしておきましょう。

5-1. 就業規則に勤怠控除のルールを明記する

就業規則には、賃金控除の計算式や欠勤・遅刻・早退による控除の適応要件など、控除の詳細を明記する必要があります。

その理由は、勤怠控除は就業規則に規定することで可能になるからです。

勤怠控除に関する規定は労働基準法に定めが無いため、就業規則に「控除が発生する条件」や「計算方法」を明確にしておくことがトラブル回避の大事なポイントです。

5-2. 違法な勤怠控除をしない

勤怠控除をすること自体に、法的な問題はありません。

ただし、控除できるのは欠勤・遅刻・早退などで「実際に働けなかった時間分」のみです。欠勤したことに対するペナルティーとして、働かなかった時間分以上を控除するというのは違法となります。また、ペナルティーを就業規則などに明記するのも違法です。

一方で、就業規則に「減給」を懲戒処分として定めている場合、総額が「月給の10％以下」であれば減給扱いとすることが認められています。

5-3. 欠勤しても控除にならないケース

「ノーワーク・ノーペイ」の原則に基づき、基本的には会社を休むとその分の賃金が給与から差し引かれます。

ただし、会社都合の休業や有給休暇の場合はこの例外です。例えば、感染症にかかった従業員に対して、会社側から休業を指示した場合は、欠勤しても控除にならないので間違えないようにしましょう。

勤怠控除の運用にあたっては、労働基準法に「労働時間と賃金は就業規則に必ず記載しなければならない事項である」という定めがあるため、就業規則に記載する必要があります。記載する際には、欠勤控除についてどのようなルールを設けるか、計算方法も含めて各企業の判断で明記しなければなりません。

なお、労働者が無断欠勤を繰り返した場合は、欠勤控除の他に「減給」をおこなうことができます。ただし、減給金額には上限があるので、1日あたりの平均賃金の半額を超えない範囲で設定するようにしましょう。

参考：労働基準法

5-4. 各種手当に対する勤怠控除の考え方

欠勤控除とは、元々支払う予定の賃金から、欠勤した分の賃金を差し引いて給与を支払うことを表しています。

これは、「労働者が働いていない分は、会社側が賃金を支払う義務が無い」といったノーワーク・ノーペイの原則に基づいています。

就業規則に控除のルールを明記したり、実際に運用をしたりする際に気をつけておきたいのは、基本給に含まれない各種手当を控除の対象とするかどうかです。どの手当を控除の対象とするかは各企業で決めることができますが、一般的な各種手当と欠勤控除の関係は以下のようになっています。

	手当の内容	欠勤控除するかどうか
通勤手当	通勤に要した費用を支給する手当	労働に連動しているので、欠勤控除する場合が多い
家族手当	家族を持つ労働者に支給する手当	労働とは直接連動しないので、欠勤控除しない場合がある
扶養手当	配偶者や子供など、扶養家族を持つ労働者に支給する手当	労働とは直接連動しないので、欠勤控除しない場合がある
住宅手当	労働者の住宅にかかる費用を補助する目的で支給する手当	労働とは直接連動しないので、欠勤控除しない場合がある
資格手当	業務に役立つ資格を取得・保有している労働者に支給する手当	資格保有者に毎月支払っている場合、毎日の勤務に関係しているため、欠勤控除する場合が多い
役員報酬	取締役や監査役といった役員に対して支給する手当	原則欠勤控除の対象にならないが、欠勤が長期間の場合は取締役会で役員報酬の減額を決定できる
傷病手当金	病気や怪我により4日間以上連続して欠勤となった労働者に対し、保険者が支給する手当	労働とは無関係のため対象外

欠勤する日があった場合の賃金控除額は、以下のような計算式で算出します。

【1日欠勤の場合】賃金控除額＝（基本給+諸手当）／月の所定労働日数×欠勤した日数
【遅刻・早退欠勤の場合】賃金控除額＝（基本給+諸手当）／月の所定労働時間×欠勤した時間

上記はあくまでも一般的な例なので、「通勤手当は欠勤時に控除する」「終日休んだ場合は欠勤」「遅刻・早退の場合は不就労控除」など、従業員の働き方や勤務状態に合わせて、適切な勤怠控除のルールを決めましょう。

5-5. フレックスタイム制や変形労働時間制での欠勤控除

一般的な定時出社・退勤の場合は単純に欠勤した日数分を差し引きますが、日ごとの労働時間を企業が設定する変形労働時間制やシフト制、フレックスタイム制で働いている場合は控除方法が異なります。

このうち、変形労働時間制とシフト制では、企業が設定した1日あたりの労働時間を差し引きます。

労働者が労働時間や始業・終業時刻を決められるフレックスタイム制では、基本的に欠勤控除は適用されませんが、不就労分は給与から控除します。つまり、実労働時間が精算期間の総労働時間未満の場合、コアタイムの有無にかかわらず、足りない時間数は実質的に欠勤扱いとなるため、給与計算の際には注意が必要です。

6. 勤怠控除を実施する前に自社の就業規則を確認しよう

勤怠控除は義務化されていないため、すべての企業で必ずしもおこなわれているものではありません。しかし、控除をしないと遅刻や早退、欠勤などが増える懸念があるため、多くの企業でおこなわれているのが現状です。
勤怠控除は、勤務形態によっても控除方法が異なるので、実施する場合は間違えないよう注意が必要です。
基本的に、控除対象は企業の就業規則で定められているはずなので、自社における勤怠控除の有無や対象範囲を知りたい場合は、就業規則を確認しておきましょう。