年末調整は、従業員の所得税を正しく納税するために実施する手続きです。定められたルールに従って適切に所得税を納めなければ、法的な罰則を受ける可能性があります。場合によっては悪質な脱税とみなされ、資産の差し押さえにまで発展する危険もあるのです。

この記事では年末調整が適切におこなわれなかった場合のリスクについて解説します。年末調整をやらないとどうなるのか、年末調整をしなくてもよい場合はあるのかなど、気になる方はぜひ参考にしてください。

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1. 年末調整をしないとどうなる？

年末調整を実施しない場合、会社は「所得税法上の義務違反」に該当する可能性が高く、延滞税・不納付加算税・罰則といった金銭的リスクに加えて、給与計算そのものの信頼性が損なわれます。

また、従業員側では、不要な確定申告の発生や税金の還付漏れ、追加納税といった、本来は発生しないような「余計な負担」が発生します。

つまり、年末調整は会社が任意でおこなう手続きではなく、「給与を支払う以上、必ず実施すべき法定業務」です。故意に実施しなければ、会社にも従業員にも不利益が生じ、税務調査での指摘や信用低下にも直結します。

年末調整とは、毎月の給与から天引きされている源泉所得税（概算）を、その年の確定した年間所得に合わせて精算する仕組みです。毎月の源泉徴収額は、扶養状況や保険料控除、住宅ローン控除などの個々の事情を完全に反映していないため、年末には必ず過不足が生じます。

その過不足を調整しなかった場合、次のような問題が生じるおそれがあります。

• 正しい所得税額を確定できない（納税義務の履行が不完全となる）
• 源泉徴収した税金を適正に扱っていないと判断される
• 過払い分が従業員に還付されない、または不足分が未納扱いとなる
• 会社・従業員双方に延滞税や不納付加算税のリスクが生じる　など

ここからは、年末調整を実施しなかった場合に 会社側と従業員側に具体的にどのような影響が出るのかを整理していきます。

1-1. 年末調整をしないと会社側で何が起きる？

会社が年末調整をおこなわなかった場合、源泉徴収義務を適切に果たしていないと判断されるおそれがあります。具体的には、所得税法への違反や延滞税・不納付加算税の対象になるなど、さまざまなリスクが生じます。

■法律上の義務違反になる

年末調整は所得税法に基づく義務であり、対象となる従業員がいるにもかかわらず実施しない状態は、法令違反に該当します。

■延滞税・不納付加算税の対象になる

正しい年税額が確定していないため、金銭的ペナルティが発生するおそれがあります。本来納めるべき税額を納めていないことで延滞税が発生したり、申告漏れや過少申告となれば不納付加算税が求められたりするなど、納付が遅れるほど税負担が重くなります。

■悪質と判断されれば罰則の可能性もある

「会社が故意に年末調整をおこなわない」「源泉徴収した税金を納付しない」「虚偽申告をする」といったケースでは、罰金や拘禁刑の対象になることもあります。

関連記事：年末調整しないことによる罰則内容を詳しく紹介

■給与計算への信頼を失う

年末調整の不備は「給与・税金の管理が不十分な会社」という印象を与えます。法律にのっとった適切な業務を怠ることで、従業員からの信頼が低下し、場合によっては金融機関や取引先からの評価にも影響する可能性もあります。

年末調整をしなくてもばれないと安易に考えず、期限を守って正しく運用することが欠かせません。

1-2. 年末調整をしないと従業員側で何が起きる？

年末調整を会社がおこなわない場合、従業員にもさまざまな悪影響を及ぼします。会社が年末調整をおこなわなければ、従業員一人ひとりの納税処理が滞ってしまうため、会社が対応しない場合、従業員本人に確定申告が求められます。

確定申告をおこなうためには、申告書の作成や添付書類の準備など工数がかかり、税務対応に自信がない従業員であるほど負荷が大きくのしかかります。

ほかにも、年末調整をしないことで従業員側に、次のような影響が考えられます。

■還付を受けられない・不足分の追加納税が発生

年末調整は、本来の年税額と源泉徴収額の差額を精算する重要な手続きです。会社が年末調整をおこなわず、従業員本人が確定申告をしない場合は還付金や追加徴収の処理が滞ることになります。

源泉徴収が多かった従業員は還付を受けられず、源泉徴収が少なかった従業員は追加納税を放置することになり、従業員側が不利益を被る可能性が非常に高くなります。

■税務手続きに不備が生じるリスク

たとえ従業員本人が確定申告をしたとしても、手続きに不慣れな従業員が申告作業をおこなうことで、申告漏れや控除漏れが起きることも想定されます。不備が発生すれば、延滞税や不納付加算税につながるおそれもあるでしょう。

■会社への不信感の増大

年末調整だけでなく、社会保険手続きや給与計算に関する会社の姿勢によって、従業員が不信感をつのらせるリスクもあります。年末調整を故意に怠ることはもちろん、ミスが続くと従業員エンゲージメントが下がり、離職の要因になりかねません。

関連記事：離職率が高い会社の特徴は？業界別ランキングと離職率を下げる施策を紹介

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1-3. 対象の従業員はすべて年末調整が必要

会社には年末調整をおこなう義務があります。言い換えると、年末調整をしなくてよいのは、年末調整の制度上、最初から年末調整の対象外とされている従業員に限られます。

例外的に、年末調整をしないでよい人の条件を正しく理解して、自社の従業員の誰が対象者・対象外となるか把握することが重要です。

年末調整の対象外となるケースは、本記事の3章以降で解説します。

2. 会社が年末調整をしない場合の5つのリスク

繰り返しとなりますが、年末調整をせずに放置すれば、会社・従業員の双方にさまざまなデメリットが生じます。

この章では、会社が年末調整をしない場合のリスクを掘り下げて解説します。年末調整の重要性を社内周知するためにも、一緒に確認していきましょう。

2-1. 余計な税金が掛かる

年末調整を実施せず期日までに、会社が納めるべき源泉所得税が納付できなかった場合には「延滞税」が発生します。延滞税は納付期日の翌日から自動で課税され、特に納付期日を2ヵ月以上経過した場合は税率が上がるため注意が必要です。

なお、延滞税の利率は、納期限の翌日から2ヵ月間については「年7.3％」と「延滞税特例基準割合＋1％」のうち低い方が適用され、それ以降の期間は「年14.6％」と「延滞税特例基準割合＋7.3％」のうち低い方が適用されます。

また、「納税すべき所得税を納付していない」「納税した所得税が本来納めるべき金額よりも少ない」といった場合、不納付加算税が発生するおそれもあります。

参考：No.9205 延滞税について｜国税庁

2-2. 過剰納税分の還付が受けられない

年末調整を実施しなかった場合、会社は過剰に納税した源泉所得税の還付を受けられません。

従業員の毎月の源泉所得税は概算であるため、本来の所得税より多く徴収していることが一般的です。会社が所得税の過払金を還付されなければ、当然ながら従業員への還付もできません。

2-3. 従業員に確定申告の負担が掛かる

会社が年末調整をおこなわない場合、従業員は自分で確定申告をしなければなりません。確定申告は、書類の準備・控除内容の確認・税務署での提出など多くの工程があり、年末調整に比べて圧倒的に手間がかかります。

「年末調整をおこなわなくても、従業員が確定申告をすれば問題ない」と安易にとらえるのは危険です。従業員が自力で確定申告をおこなうことで、確定申告の誤りや期限後申告による追加納税・延滞税の発生等トラブルが生じ、結果的に会社側のリスクを増やすことにつながります。

こうしたトラブルが生じると、従業員は会社に相談することが多く、人事担当者の問い合わせ対応や説明負担が増えるでしょう。問い合わせ対応さえ怠った場合、外部の相談窓口に通報されるリスクもあり、会社側のデメリットは増える一方です。

このように、本来は会社がおこなう年末調整を、従業員に確定申告として押し付けることは、結果的に会社のリスクや業務負荷を増やしかねないでしょう。

2-4. 資産が差し押さえられる

税務署から税金の未納や脱税を指摘され、その後も納税をしなかった場合、最悪のケースとして資産が差し押さえられるケースも考えられます。

実際には税金を滞納してすぐに資産が差し押さえられることは少ないです。初めに税務署からの督促状が送付され、それに応じなかった場合は電話や書面で直接催促されます。税務署から再三の督促を受けたにもかかわらず納税をしなかった場合に資産差し押さえに発展するのです。

資産の差し押さえは対外的な会社の信用にも関わります。税金は期限内に納付し、万が一税務署から税金未納の指摘を受けた場合は速やかに対応しましょう。

2-5. 雇用主に拘禁刑もしくは罰金が科せられる

故意に年末調整をおこなわなかった場合や、書類を偽造し嘘の申告をした場合、従業員から徴収した所得税を納税しなかった場合など、これらは全て「脱税」とみなされ法的な罰則の対象となる可能性が高いです。

所得税法においてこれらの行為が発覚した事業者には「1年以下の拘禁刑もしくは50万円以下の罰金」、悪質な場合は「10年以下の拘禁刑もしくは200万円以下の罰金」といった罰則が定められています。

関連記事：年末調整しないことによる罰則内容を詳しく紹介

3. 年末調整の対象者

年末調整の対象者は、原則として「扶養控除等申告書」を提出し、12月31日まで在籍している人です。年の途中で入社した人も年末時点で勤務していれば対象となります。

関連記事：年末調整の対象者とは？必要書類や確定申告との関係も解説

3-1. 会社員だけでなく学生やパート・アルバイトも対象

年末調整は雇用形態に関係ありません。通常の会社員だけでなく、学生やパート・アルバイトでも条件を満たしていれば、年末調整を実施しなければなりません。

3-2. 年の中途で年末調整が必要になるケース

年末調整は原則、12月31日の在籍者が対象となりますが、次のような場合は年の途中で退職していても年末調整が必要です。

• 海外転勤などを理由に非居住者となった人
• 死亡退職した人
• 著しい心身の障害のため退職した人
• 12月の給与を受け取り退職した人
• 年間給与123万円以下で退職した人

なお、退職後に給与が支給される見込みがある人などは、一定の場合は対象外となることもあるため注意しましょう。

参考：No.2665 年末調整の対象となる人｜国税庁

3-3. 従業員が年末調整を受けない場合のリスク

条件を満たしていても、従業員が「扶養控除等申告書」を提出していない場合、年末調整ができません。

• 所得税の過不足が精算されず、納めすぎた税金が還付されない
• 逆に、本来の税額より源泉徴収が少なく、追加納税が必要になる
• 自身で確定申告をおこなう必要があり、手間と知識が必要になる
• 追加納税があるのに申告しないと、延滞税・不納付加算税が発生する可能性

人事としては、扶養控除等申告書の提出漏れがないよう、早めに従業員へ案内しておくことが重要でしょう。

参考：No.2024 確定申告を忘れたとき｜国税庁

3-4. 年末調整をしても確定申告が必要になるケースに注意

次のような場合、年末調整をしても従業員自身で別途、確定申告が必要です。

• 副業所得（給与などを除く所得）が20万円を超える場合
• 2ヵ所以上から給与を受け取り、年末調整されていない所得が20万円を超える場合（※）
• 同族会社から利子や賃貸料などを受け取っている場合
• 公的年金等を受け取りながら働いていて確定申告不要制度を利用できない場合

（※）給与収入の合計額から雑損控除等の所得控除の合計額を差し引いた後の金額が150万円以下の場合は申告不要

これらを事前に従業員へ周知しておくとよいでしょう。

参考：No.1900 給与所得者で確定申告が必要な人｜国税庁

参考：No.1600 公的年金等の課税関係｜国税庁

4. 例外的に年末調整が不要な従業員とは

原則として、自社に「扶養控除等申告書」を提出している従業員は、年末調整をおこないます。しかし、法律上の条件から外れることで例外的に年末調整の対象外となる従業員もいます。ここでは年末調整をやらなくてもよい従業員の条件を解説します。

4-1. 「扶養控除等申告書」を自社に提出していない人

自社に対して「扶養控除等申告書」を提出していない従業員は年末調整の対象外です。該当する従業員は、扶養控除等申告書を提出している他の会社で年末調整をおこなうか、もしくは自身で確定申告をおこないます。

扶養控除等申告書は年末調整をおこなうための前提条件となる書類です。従業員が扶養控除等申告書を提出できるのは1社のみと定められているので、従業員もその1社でしか年末調整を受けることができません。

例えば、次のようなケースが想定されます。

• 副業・掛け持ちで、他社に扶養控除等申告書を提出している
• 新入社員が提出を忘れており、年末までに提出がない
• アルバイトで、メインの勤務先が別にある

特にアルバイトの場合は該当するケースが多く、採用時には必ず他社での勤務の有無を確認しておきましょう。他社との掛け持ちをしているようであれば、どの事業所で年末調整を受けるかの確認が必要です。

参考：No.2520 2か所以上から給与をもらっている人の源泉徴収｜国税庁

4-2. 年収160万円以下で所得税の源泉徴収がない人

令和7年度税制改正により、2025年分から給与収入が160万円（給与所得控除：65万円 + 基礎控除：95万円）以下であれば所得税はかからなくなりました。つまり、所得税が発生せず、源泉徴収をしていなければ、過不足額を調整する必要はないため、年末調整は不要となります。ただし、給与収入160万円以下で所得税が生じなくとも、源泉徴収をしている場合には還付金が発生するので年末調整が必要です。

参考：令和7年度税制改正による所得税の基礎控除の見直し等について｜国税庁

関連記事：年収103万円以下のアルバイトは年末調整しなくていい？必要になる条件とは

4-3. 給与収入が年間2,000万円を超えている人

年間給与収入が2,000万円を超える従業員は、年末調整の対象外で確定申告が必要です。該当者には年末調整で対応できないため、確定申告をおこなうように案内しましょう。

4-4. 災害減免法が適用されている人

大規模災害により経済的に大きなダメージを受けてしまった被災者に対しては災害減免法が適用される場合があります。災害減免法の適用者には所得税の納税猶予期間が設定されるので、該当する従業員に対する年末調整の未実施には罰則はありません。

関連記事：年末調整の障害者控除とは？対象範囲やいくら戻るのか、書類の書き方を解説

5. 年末調整に間に合わなかった場合の対処方法

年末調整の重要性は理解していたものの、何かしらのトラブルで対応が間に合わないケースもあるでしょう。

会社が年末調整を期限までに終えられず間に合わなかった場合、どれだけ遅れたかによって対応が異なります。数日であれば事前に税務署に連絡しておくことで、受け取ってもらえるのが一般的です。しかし、大幅に遅れるのであれば、どうするべきなのでしょうか。

5-1. 確定申告をおこなう

年末調整が大幅に遅れてしまう場合、やはり従業員自身で確定申告をしてもらう必要があります。確定申告は、原則として毎年2月16日から3月15日（土日祝の場合は翌日）が申告期間です。確定申告の義務があるにも関わらず無申告だと延滞税や不納付加算税といったペナルティが従業員に発生するおそれがあります。

なお、年末調整は会社（給与支払者）の義務です。年末調整に間に合わなかったというのは、義務を果たせていないことになります。法令に基づき会社に罰則が課せられる可能性があることも十分に理解しておきましょう。

関連記事：年末調整の再調整は可能！方法やポイントをわかりやすく解説

5-2. 還付申告で対応できる場合もある

従業員が年末調整を受けることを忘れていて、かつ確定申告期限（原則3月15日）を過ぎてしまった場合でも、払いすぎた税金があるときは「還付申告」により5年以内なら還付を受けられます。

そのため、従業員から年末調整を忘れていたとの申し出があった場合は、還付申告の対象となるか案内するとよいでしょう。なお、不足税額がある場合は期限後でも通常の確定申告が必要となり、延滞税や不納付加算税が課される可能性があるため注意が必要です。

参考：No.2030 還付申告｜国税庁

6. 年末調整をしないリスクを避ける方法

年末調整には、必要書類の準備・配布・回収、所得税の計算、源泉徴収票の作成・交付、法定調書の作成・提出など、さまざまな工程があります。ここでは、年末調整をスムーズに終えるための方法を紹介します。

6-1. その年の法改正内容を把握する

最新の法改正のポイントを押さえておくことは、業務の効率化や人的ミスの防止に役立ちます。令和7年度税制改正により、2025年分の所得税の計算において次のような変更点が発生しました。

• 基礎控除の見直し
• 給与所得控除の見直し
• 特定親族特別控除の新設
• 扶養親族等の所得要件が改正

特に年末調整においては、所得税の計算のみならず、必要書類のフォーマットなどにも変更があります。早めに情報を収集し、法改正に対応したシステムを導入するなど、対策を講じることが重要です。

参考：令和7年度税制改正による所得税の基礎控除の見直し等について｜国税庁

関連記事：2025年（令和7年）の年末調整の変更点！手続きのポイントもわかりやすく解説

6-2. 余裕を持ったスケジュールを立てておく

年末調整は、あらかじめスケジュールを立てておくことがスムーズに進めるポイントです。例えば、10月下旬から申告書を配布・説明し、11月中に回収するスケジュールにすれば、年末調整完了後に法定調書を作成・提出するまでの間に、内容を十分にチェックできます。

早めに進めておけば、不備や不足書類があった場合でも余裕をもって修正対応が可能になるでしょう。

6-3. 年末調整の代行サービスを活用する

年末調整は、税理士事務所やアウトソーシング会社などの代行サービスを活用できます。外部の力を頼ることで、自社での事務作業負担を軽減でき、人件費の削減も期待できるでしょう。

ただし、年末調整の法的責任は最終的に会社側にあるため、依頼後も内容確認は欠かせません。代行サービスを利用する際は、依頼先の実績やセキュリティ体制を確認しましょう。

依頼先のホームページや資料で実績を把握し、自社からの問い合わせに迅速に対応できるカスタマーサポート体制が整っているかも重要なポイントです。

6-4. 電子化に取り組む

年末調整は電子化することが可能です。電子化により、書面で発生していた記入漏れや計算ミスなどの不備を減らし、経理担当者の事務負担も軽減できます。

例えば、原票と申告書の内容照合をシステム上で自動チェックできるため、ヒューマンエラーが減少し、正確性が向上します。ただし、電子化しても一部の確認作業や修正対応は必要であり、導入にはシステム環境やセキュリティ体制の整備が欠かせません。

関連記事：年末調整の電子化は義務？令和3年からの改正内容と電子申請のやり方を解説

7. 年末調整の重要性を理解して滞りなく進めよう

年末調整は従業員の手取り額や納税額に大きく関わる大事な手続きです。法令に基づき間違いのないように実施することが大切です。特に創業間もないスタートアップ企業では年末調整の経験やノウハウが不足しているため、正しい手続きができないことも考えられます。 

会社の年末調整や所得税を所管しているのは税務署です。もしも年末調整の不備が発覚した場合や、年末調整をやっていないと気付いたときはまずは管轄の税務署に相談しましょう。