年末調整の書類提出が遅れると、社員は確定申告が必要となり、会社も対応に追われます。そのため人事労務担当者には、期限を守るためのスケジュール管理と周知徹底が欠かせません。本記事では、人事労務担当者の視点から、提出書類の種類や期限設定、社員への周知のコツを解説します。

1. 年末調整はいつまでにおこなう？

年末調整の法定期限と、社内で設けるべき提出期限の考え方について解説します。

1-1. 税務署提出期限（翌年1月31日まで）

年末調整に関する書類は、翌年の1月31日までに税務署へ提出しなければなりません。源泉徴収票の交付や給与支払報告書・法定調書合計表の提出なども、この期限までに完了する必要があります。

1-2. 社内での処理期限を設ける必要性

期限までに確実に年末調整の処理を終えるため、社内での書類提出にも期限を設けましょう。扶養控除申告書や保険料控除証明書などの回収には時間がかかり、不備の確認にも日数を要します。さらに、入力や計算・精算作業には担当者が処理するための一定の時間が必要です。

社内処理が遅れると、1月末までに提出すべき源泉徴収票や給与支払報告書が期限に間に合わず、法令違反につながる可能性があります。

また、社員への還付や住民税計算にも影響が出るため、余裕を持った社内スケジュールの設定が欠かせません。

1-3. 社内での提出期限はいつに設定すべきか

社員から年末調整に必要な書類を回収する期限は、法定の提出期限である翌年1月31日から逆算して余裕を持たせて設定しましょう。

多くの企業では11月初旬までには案内を配布し、提出期限を11月末から12月初旬頃としています。これは、不備の確認や差し戻しに時間がかかることや、12月支給の給与に年末調整の結果を反映させる必要があるためです。

特に余裕を持たせるためには、社員の書類の提出を11月末を期限として案内するのが望ましいでしょう。提出が遅れると税額が正しく計算されない可能性を周知し、社員に協力を求めることも大切です。

年末調整業務において、必要書類は複数あるため、書類の準備と作成に抜け漏れがないか不安なご担当者様もいらっしゃるのではないでしょうか。年末調整にかかる書類は抜け漏れが発生したり、提出期限に間に合わなかったりすると、影響が大きい書類です。

書類準備や提出においてミスが発生しないよう、当サイトでは、必要書類のリストや提出期限等をまとめた資料を無料で配布しております。年末調整業務を抜け漏れなくおこないたい方は、こちらから「年末調整ガイドブック」をダウンロードして、業務にお役立てください。

2. 年末調整とは

年末調整はどのような目的でおこなわれるのか、基本的な流れと期限が重要である理由を解説します。

関連記事：年末調整とは？目的や確定申告との違い、基本的な流れを人事担当者向けに解説

2-1. 年末調整の目的と基本的な流れ

年末調整の目的は、社員が本来支払うべき所得税を計算し、その年の給与から毎月源泉徴収された所得税額との差額を精算することです。

毎月の給与から天引きされる所得税額は、その年の予定給与額に基づいて計算されています。しかし、年間の途中で給与の変動や扶養家族の増減、生命保険料の支払いなどがあった場合、実際に支払うべき所得税額との間にずれが生じてしまいます。

このずれを年末にまとめて調整するために年末調整が必要なのです。年末調整は、原則として、社員に給与を支払っている会社が社員に対しておこないます。

基本的な流れは次の通りです。

• 会社は社員に対し、「給与所得者の扶養控除等（異動）申告書」「給与所得者の保険料控除申告書」「給与所得者の基礎控除申告書 兼 給与所得者の配偶者控除等申告書 兼 所得金額調整控除申告書」などの必要な書類を配布し、記入してもらい回収します。
• 回収した申告書の内容（扶養親族の有無、保険料の支払い状況など）と、添付された控除証明書などを確認します。
• 社員の年間の給与総額と各種控除に基づいて、最終的な所得税額を計算し、毎月源泉徴収した税額との過不足を精算します。
• 年末調整が完了した後、社員にはその年の給与と税額が記載された源泉徴収票が交付されます。
• 翌年1月には、源泉徴収票、法定調書合計表を税務署に、給与支払報告書を市区町村に提出します。
• 計算の結果、所得税を払いすぎていた場合は還付金として社員に返金され、不足していた場合は追加徴収されます。

関連記事：年末調整のやり方とは？必要書類や手順、スケジュールをわかりやすく解説！

2-2. 年末調整の期限が重要な理由

年末調整の期限を守ることは、社内の事務作業を円滑に進めるだけでなく、会社として法的義務を果たし、社員に正しい税額を反映するために欠かせません。

処理が遅れると、社員の還付金の受け取りが遅れるほか、源泉徴収票や給与支払報告書を期限内に提出できず、法令違反や行政からの是正指導につながる恐れがあります。

また、誤った所得税や住民税が課され、確定申告や住民税計算に影響が及ぶリスクもあるため、適切な期限管理が重要です。

3. 年末調整で提出する書類と期限

年末調整で提出が必要な次の4つの書類とその提出期限について解説します。

• 給与所得者の扶養控除等（異動）申告書
• 給与所得者の保険料控除申告書
• 基礎控除申告兼給与所得者の配偶者控除等申告兼所得金額調整控除申告書
• その他（住宅ローン控除申告書・証明書等）

関連記事：2025年(令和7年)の年末調整の変更点！手続きのポイントもわかりやすく解説

3-1. 給与所得者の扶養控除等（異動）申告書

「給与所得者の扶養控除等（異動）申告書」は、扶養控除や障害者控除、寡婦控除、ひとり親控除、勤労学生控除を受けるために必要な書類であり、扶養親族の有無を確認する目的もあります。毎月の源泉徴収税額の計算にも用いられるため、扶養親族がいない社員も含めて全員の提出が必要です。

提出は年末調整の時期だけでなく、年の途中で入社した場合にも求められます。法定の提出期限は「最初の給与支給日の前日」ですが、実務では前年11月下旬を社内提出期限とするのが一般的です。

また、2026年1月からは「特定親族特別控除」の新設に伴い、記載欄が一部変更されます。最新様式を用い、記入漏れがないよう社員へ周知しましょう。

参考：A2-1　給与所得者の扶養控除等の（異動）申告｜国税庁

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関連記事：扶養控除等（異動）申告書の書き方や注意事項について解説

3-2. 給与所得者の保険料控除申告書

生命保険料控除や地震保険料控除、社会保険料控除、iDeCoなどの控除を受けるための書類です。社員は保険会社等から送られる控除証明書を添付して会社に提出します。

証明書は10月頃に届くため、忘れず添付するよう早めに案内しましょう。社内提出期限は、国税庁の期限（年末）から逆算して 11月下旬 に設定するのが一般的です。

参考：A2-3　給与所得者の保険料控除の申告｜国税庁

関連記事：保険料控除申告書の書き方は？提出が必要な人や注意点をわかりやすく紹介

3-3. 基礎控除申告兼給与所得者の配偶者控除等申告兼所得金額調整控除申告書

「基礎控除申告兼給与所得者の配偶者控除等申告兼所得金額調整控除申告書」は、この書類は、次の3つの控除を受けるために提出します。

• 基礎控除：すべての納税者が対象。原則として、年末調整の対象となる全社員が提出する必要があります。
• 配偶者控除・配偶者特別控除：要件を満たす配偶者がいる社員が提出します。
• 所得金額調整控除：給与収入が850万円を超え、かつ「特別障害者がいる」「23歳未満の扶養親族がいる」など特定の要件に該当する場合に適用します。

2020年分以降、これら3つの控除は兼用の1枚の書類にまとめられており、2025年からは、「特定親族特別控除申告書」も加わり、1枚に4つの申告書がまとまった様式となります。

国税庁が定める提出期限はその年最後に給与等の支払を受ける日の前日までですが、実務では内容の確認や不備対応に時間を要するため、社内の提出期限は11月下旬に設定するのが一般的です。

参考：A2-4　給与所得者の基礎控除、配偶者（特別）控除、特定親族特別控除及び所得金額調整控除の申告｜国税庁

関連記事：配偶者控除等申告書の書き方を徹底解説！令和7年度年末調整と法改正内容

3-4. その他（住宅ローン控除申告書・証明書等）

住宅ローン控除は初年度のみ本人が確定申告でおこないますが、2年目以降は税務署から届く「住宅借入金等特別控除申告書」を提出し、会社で年末調整に反映します。申告書は社員本人に直接送付されるため、会社で準備する必要はありません。

また、生命保険料控除・地震保険料控除・社会保険料控除・小規模企業共済等掛金控除を受ける場合は、各保険会社や金融機関から10月頃に送付される控除証明書を添付して提出する必要があります。社内の提出期限は11月下旬を目安にし、添付漏れがないか確認しましょう。

参考：各種申告書・記載例（扶養控除等申告書など）｜国税庁

4. 社内期限の決め方とスケジュール例

年末調整をおこなう際の、社内期限を決めるポイントとスケジュール例を紹介します。例を参考に、確実に期限までに処理を終えられるスケジュールを引きましょう。

4-1. 税務署提出期限から逆算する

会社が税務署へ年末調整に関する書類を提出する期限は、翌年の1月31日と定められています。また、源泉徴収税の納付期限は翌年の1月10日です。

社内での提出期限を設定する際は、これらの税務署への提出期限から逆算してスケジュールを組む必要があります。

具体的なスケジュールの例としては、次のような流れが一般的です。

10月中旬から	社員へ年末調整の書類を配布し、記入を依頼します。
11月下旬まで	記入済みの書類を社員から回収します。
12月中旬まで	回収した書類に基づいて年末調整の計算や精算を行います。
12月給与支給時	年末調整による所得税の還付・徴収を反映します。 ※給与の締日や支給日の都合により、1月給与で調整する会社もあります。
1月10日まで （特例の場合1月20日まで）	年末調整後の源泉徴収税額を納付します。
1月31日まで	各種法定調書を規定の提出先へ提出します。

このスケジュールはあくまで一般的なものであり、支店や営業所が複数あるなど書類の回収に時間がかかる場合は、さらに余裕を持った期限の設定が望ましいとされています。

4-2. 年末年始休暇や繁忙期を考慮した期限を設定する

年末調整は年末年始の繁忙期や長期休暇と重なるため、処理が遅れるリスクがあります。そのため、国税庁の法定期限より前倒しで社内期限を設けることが重要です。

原則は12月給与で還付・徴収を反映します。これにより源泉徴収票との整合性が保たれ、翌年1月の法定調書提出もスムーズに進められます。給与の締日や支給日の都合で間に合わない場合は1月給与での調整も可能ですが、翌年1月31日の提出期限を必ず守る必要があります。

書類の提出が遅れると社員の税額計算や還付に影響するだけでなく、企業側の法令違反につながる恐れもあるため、余裕を持ったスケジュール管理が欠かせません。

5. 提出遅れやトラブル時の対応方法

年末調整の必要書類の提出が遅れた際や、トラブル時の対応方法を紹介します。

5-1. 提出遅れをカバーするため予備期間を確保する

まずはスケジュール遅れを防ぐ対策として、社内期限に予備期間を確保しましょう。期限通りに書類を提出できない場合や、証明書を紛失してしまった際の再発行に時間がかかる場合があります。

特に保険料控除証明書や住宅ローン控除の証明書などは発行に日数を要する恐れがあるため、紛失や未着がないか早い段階で確認させておくと安心です。また、原則の期限に加え、再提出の期限もあらかじめ設定するとよいでしょう。

5-2. 提出漏れの社内対応フローを決める（催促・再提出）

提出漏れが起きた場合に備えて、あらかじめ対応方法を決めておくことが大切です。社員が書類を期限までに出さなかったときに、いつ・どのように催促するのかを明確にしておきましょう。

不備があった場合の再提出についても、窓口をどこにするかを決めておけば、その後の処理をスムーズに進められます。

5-3. 期限を過ぎた場合の対応方法を決める（確定申告への切り替えなど）

期限を過ぎても書類が提出されない場合は、年末調整の対象外とする方針をあらかじめ決めておきましょう。年末調整を実施しない場合には、社員本人が確定申告で精算する必要があるため、その旨を事前に周知し、提出期限を必ず守るよう注意喚起しておくとよいでしょう。

関連記事：年末調整のよくある間違いと訂正方法・やり直しを防ぐコツとは

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6. 年末調整の期限に関する質問

年末調整の期限についてよくある質問をまとめました。実務の参考になさってください。

6-1. 年末調整はいつまでの給与で計算する？

年末調整は、その年の1月から12月までの給与を対象として計算されます。この期間に得た給与の総額に基づいて、本来納めるべき所得税額が計算され、毎月の給与から源泉徴収された所得税額との差額が精算されます。

6-2. 年末調整はいつまで遡れる？

年末調整は、その年1月から12月までの給与を対象に計算され、会社が税務署へ提出する期限は翌年1月31日までです。年末調整をやり直せるのは原則として翌年1月末までで、それ以降は修正できません。

もし年末調整の期限を過ぎた場合や調整を受けられなかった場合は、個人で確定申告をおこなうことで税金の還付を受けられます。

確定申告による還付申告は、中途退職などで年末調整を受けられなかった場合も含め、翌年1月1日から5年間提出可能です。つまり、年末調整の修正は翌年1月末まで、確定申告による還付は5年間遡って対応できることになります。

6-3. いつまで在籍したら年末調整の対象になる？

年末調整の対象は、原則としてその年の12月31日時点で会社に在籍している社員です。

ただし、途中退職であっても、海外転勤により非居住者となった場合、死亡や心身の障害による退職、12月分の給与を受け取って退職した場合、あるいは年間給与が123万円以下の場合などは対象となります。

これらに該当しない退職者は原則として年末調整の対象外であり、納めすぎた税金がある場合は、翌年以降5年間の確定申告で還付を受けられます。

関連記事：年末調整は退職者も対象になる？やるべき手続きや確定申告が必要になるケースを解説

7. 年末調整関連の書類は早めに回収しよう

年末調整は「いつまでに終えるか」がとても重要です。扶養控除等申告書や保険料控除証明書は取り寄せや確認に時間がかかるため、提出が遅れると処理が間に合わないリスクがあります。

年末年始の繁忙期も考慮し、社内での提出期限を早めに設定して周知徹底することがポイントです。余裕を持った回収とチェック体制を整えれば、ミスや遅延を防ぎ、スムーズに年末調整を完了できるでしょう。