企業が年末調整をおこなったあとは、給与支払報告書や源泉徴収票を作成して提出します。それぞれの書類には共通する項目が多く、混同することが多いです。

しかし、提出先や目的などが大きく違い、担当者は正しく把握しておく必要があります。どのような違いがあるのか、基本的な部分から解説していきます。

1. 給与支払報告書とは？

給与支払報告書には、その年に支払の確定した給与等の総額を記載します。

給与支払報告書の提出義務者は、従業員を雇用して給与を支払っている企業または個人事業主です。企業や個人事業主はそれぞれの従業員の給与支払報告書を作成し、翌年の1月1日時点で従業員が居住している市区町村に書類を提出します。各市区町村では、提出された給与支払報告書に基づいて翌年の住民税の額を決定します。

なお、給与支払報告書は個々の従業員について作成する「個人別明細書」と、取りまとめのために作成する「総括表」の2種類の提出が必要です。

関連記事：給与支払報告書とは？その内容や提出方法・期限を解説

2. 源泉徴収票とは？

源泉徴収票は、その年に支払の確定した給与等の総額と源泉徴収した税額の合計を明らかにするための書類です。

源泉徴収票には給与の支払金額や源泉徴収税額のほか、配偶者控除や扶養控除に関する詳細な情報を記載して従業員に発行し、必要に応じて税務署に提出します。提出義務者は給与支払報告書と同じく、給与を支払っている企業または個人事業主です。

企業又は個人事業主は年末調整をおこなった後、給与所得の源泉徴収票を「税務署提出用」と「受給者交付用」の計2枚作成し、翌年1月末までに「受給者交付用」を必ず従業員に交付します。また、提出義務の要件を満たす受給者については、1枚を所轄の税務署へ提出しなければなりません。

関連記事：源泉徴収票とは？対象期間や計算方法について詳しく解説

3. 給与支払報告書と源泉徴収票の5つの違い

給与支払報告書と源泉徴収票に記載される内容には重複する部分が多いため、同じような書類として処理されることがあります。それぞれの書類の違いを把握し、目的に応じて使い分けることが重要です。
給与支払報告書と源泉徴収票の違いを簡単にまとめると次の通りです。

	給与支払報告書	源泉徴収票
提出先	従業員が居住する市町村	従業員、税務署（対象者のみ）
電子申告システム	eLTAX（地方税ポータルシステム）	e-Tax（国税電子申告・納税システム）
対象者	給与を支給した従業員すべて（一部例外あり）	給与を支給した従業員すべて
作成時期	年末調整後、翌1月31日まで（一部例外あり）	年末調整後と従業員の退職時
記載内容	住民税の納付方法の記載が必要	住民税の納付方法の記載は不要

ここからは、給与支払報告書と源泉徴収票の5つの違いについてそれぞれ詳しく解説します。

3-1. 提出先

源泉徴収票の提出先は、給与を支給したすべての従業員です。ただし、給与等の支払金額が500万円超など提出義務の要件に該当する場合は、税務署にも提出します。これに対して給与支払報告書は、従業員への提出は必要ありません。提出が必要となるのは、1月1日時点で従業員が居住する市区町村に対してです。総括表のほか従業員一人につき個人別明細書を1部を作成して提出します。

企業が所在する市区町村にに限らず、隣接する周辺の市区町村から従業員が会社に通っているケースも多いものです。こういった場合には、従業員が居住するそれぞれの市区町村に対して給与支払報告書を提出することになります。

なお、令和5年より個人別明細書は2部から1部へと提出枚数が変更になったため、間違えないように注意しましょう。

参照：給与所得の源泉徴収票等の法定調書の作成と提出の手引｜国税庁

3-2. 電子申告システム

給与支払報告書と源泉徴収票は、直接持ち込むか又は郵送する以外にも、電子申告によって提出が可能です。電子申告する際は、給与支払報告書は地方公共団体が共同で運営するシステム「eLTAX」、源泉徴収票は国税庁が運営するシステム「e-Tax」をそれぞれ使用します。

ただし、eLTAXで給与支払報告書と源泉徴収票を同時に作成し、市区町村と税務署へ一括送信することも可能です。この機能を利用するには、e-Taxの利用者識別番号の取得や電子証明書の登録といった事前準備が必要となります。

eLTAXでは住民税のほか、事業所税や法人事業税などの支払いもおこなえます。業務効率化を目指すのであれば、ぜひ導入したいシステムです。

参照：給与・公的年金等の支払報告書及び源泉徴収票のeLTAXでの一括作成・提出（電子的提出の一元化）について｜国税庁

3-3. 対象者

給与支払報告書と源泉徴収票は、給与を支給した従業員分を作成しなくてはいけません。

例外として、退職者に関しては、前年の給与支給総額が30万円以下の場合に限り、給与支払報告書の作成を省略できます。ただし、市区町村によっては、30万円以下でも提出を求めている所もあるので、市区町村のホームページなどで確認を取った方が良いでしょう。

3-4. 作成時期

給与支払報告書と源泉徴収票はいずれも、年末調整を終えたタイミングで作成します。

源泉徴収票は所得税法226条、給与支払報告書は地方税法317条において提出期限が定められているため、注意しましょう。

源泉徴収票は前年分の年末調整後、1月31日までに従業員本人に源泉徴収票を交付し、必要に応じて税務署にも提出します。給与支払報告書の提出期限についても、1月31日までの提出が義務付けられています。

なお、従業員が年の中途で退職する際には、その年1月1日から退職日までに支払の確定した給与等について源泉徴収票を作成し、退職以後1か月以内に受給者に交付する必要があります。
給与支払報告書については、退職する際にも受給者への交付は必要ありません。

参考：所得税法｜e-Gov 法令検索

参考：地方税法｜e-Gov 法令検索

3-5. 記載内容

給与支払報告書と源泉徴収票に記載する内容は似通っており、共通する項目については同じ内容を記載します。

異なる点として、給与支払報告書には住民税の納付方法を記載する点が挙げられます。

住民税の納付方法は、普通徴収と特別徴収の2種類です。普通徴収は、市町村から送られてくる納税通知書で年4回に分けて納税者自身が納付します。また、特別徴収は、勤務先が毎月給与から差引き、従業員に代わって納入する方法です。特別な事情がない場合には特別徴収で納入することになります。

いずれの方法を選んだ場合でも、給与支払報告書にその旨を明記することが重要です。

4. 給与支払報告書と源泉徴収票の書き方のポイント

ここでは、給与支払報告書と源泉徴収票をそれぞれ作成する上で、押さえておきたい3つのポイントについてご紹介します。より詳しく書き方を知りたいという方は、以下の記事も合わせてご覧ください。

関連記事：給与支払報告書の書き方を項目ごとに詳しく解説
関連記事：源泉徴収票の書き方を項目別にわかりやすく解説

4-1. 作成に必要な書類

基本的に源泉徴収票の記載内容とほぼ同じものを、給与支払報告書の個人別明細書にも記載する流れになります。この時、それぞれ作成に必要となるのが次の書類です。

• 給与所得者の扶養控除等（異動）申告書
• 給与所得者の保険料控除申告書
• 給与所得者の基礎控除申告 兼 給与所得者の配偶者控除等申告 兼 所得金額調整控除申告の概要

いずれも年末調整の際に従業員に記入・提出してもらう書類です。正しく記入してもらった上で、期日までに提出してもらうようにしましょう。

なお、これまで解説してきた通り、給与支払報告書と源泉徴収票は提出先が異なります。記載内容がほぼ同じであっても代用はできないため、それぞれきちんと作成しましょう。

4-2. 様式の確認

給与支払報告書は、通常市区町村から送られてきます。万が一届かなかった場合は、各市区町村や税務署でも入手できます。また、市区町村によっては、ホームページからダウンロードできる所もあります。

源泉徴収票の様式については、国税庁のホームページからダウンロードすることが可能です。

いずれも窓口まで書類を受け取りに行く必要は基本的にありません。電子申請を利用すれば、すべて自社内で済ませることも可能です。

参照：F1-1　給与所得の源泉徴収票（同合計表）｜国税庁
参照：地方税分野の主な申告手続等における様式【税目別】

4-3. マイナンバー記載の有無

給与支払報告書の個人別明細書には、従業員のマイナンバーの記載が必要です。

源泉徴収票に関しては、従業員提出用へのマイナンバーの記載は必要ありません。ただし、税務署へ提出する源泉徴収票にはマイナンバーを記載する必要があります。

5. 法定調書は電子申告の義務化が進んでいる

給与支払報告書や源泉徴収票を含む法定調書は、電子申告が推奨されています。義務化も進んでおり、大企業を中心に電子申請が必須になりつつあります。

電子申請の義務化は少しずつ進んでおり、令和3年度には前々年に提出すべきであった当該法定調書の枚数が100枚以上である企業は、電子申告が義務になりました。

更に令和9年にはこの範囲が拡大され「前々年に提出すべきであった当該法定調書の枚数が30枚以上である企業」も電子申告が義務化されます。

源泉徴収票や給与支払報告書がすでに30枚を超えている場合は、電子申告が義務化されることになります。また、今は条件を満たしていなくても、今後電子申請の義務化は拡大すると考えられます。少しずつ準備を進め、いつでも電子申告ができるようにしておくとよいでしょう。

電子申告は開始のハードルが高く感じますが、慣れてしまえば非常に効率的かつミスの少ない申告ができます。まだ電子申告に対応できていない場合は、業務効率化のためにも、ぜひ前向きに検討してください。

6. 給与支払報告書と源泉徴収票は電子申請を活用してスムーズに提出しよう

給与支払報告書と源泉徴収票はいずれも、企業が年末調整ののちに作成しなければならない書類です。従業員全員分の作成が必要となり、それぞれの書類の体裁や提出先が異なるため、作成には大きな手間がかかります。期限までに書類を揃えられるよう、早めに作成に着手することが大切です。

また、書類作成の手間を省くために電子システムの導入を検討するのもいい方法です。e-TaxやeLtaxを有効活用すれば、書類をスムーズに提出することが可能となります。