年末調整で「プラス（還付）」ではなく「マイナス（追加徴収）」が表示されると、計算ミスではないかと思う人も少なくないでしょう。しかし、これは年末調整の結果として税額の不足額を精算しているだけで、正しく納税すれば問題ありません。

本記事では、年末調整でマイナス表記が発生する主な理由と、その際の適切な対応方法を解説します。追加徴収が生じる場合でも慌てずに対応できるよう、ポイントを押さえておきましょう。

目次
1. 年末調整でマイナスになる主な理由
2. 年末調整でのマイナス表記は問題なのか？
3. 年末調整でマイナス表記になった際の対処法
4. 年末調整の誤りによりマイナス表記が生じたら？
5. 年末調整で対処できない項目
6. 年末調整でマイナス表記になっても焦らずに正しく対応すれば問題ない

1. 年末調整でマイナスになる主な理由

年末調整とは、その年の源泉徴収税額の合計額と実際に納付すべき所得税額を比べて差額を精算する手続きです。年末調整の結果、マイナス表記になる（追加徴収が生じる）ことはよくあります。

ここからは、なぜ年末調整でマイナスが発生するのか、その理由について詳しく紹介します。

1-1. 毎月の給与額に大幅な増減があった

毎月の給与から天引きする源泉所得税は、源泉徴収税額表を基に計算されます。源泉徴収税額表は、年間を通して毎月の給与が変動しないと仮定して作成されています。そのため、毎月の給与額に大幅な増減があれば、マイナスになる（追加徴収となる）可能性があります。

例として、毎月40万円の給与をもらっている従業員のケースを考えてみましょう。ある月だけ給与が大きく減り数万円程度となった場合、基本的にその月は源泉徴収がおこなわれませんが、年単位で考えると異なります。例えば、何かしらの事情で1ヵ月だけ給与が5万円であった場合、年間の給与収入は445万円（= 40万円 × 11ヵ月 + 5万円）なので、通常は所得税が課税されるべきです。

このように、毎月の給与額に大幅な増減があると、所得控除などの適用にもよりますが、年末調整のマイナス表記が生じる可能性があります。

関連記事：給与計算における所得税の計算方法とは？源泉徴収の仕組みも解説

1-2. 賞与額が増え源泉徴収された金額が少ない

給与だけでなく賞与も「給与所得」に該当し、源泉徴収がおこなわれます。賞与の源泉徴収額は、「算出率の表」を使って、概算で計算されるのが一般的です。

そのため、毎月の給与が変動しなくとも、突発的な賞与により年間の給与収入が上がれば、その年の源泉徴収税額のほうが年税額よりも低くなる可能性があります。その場合、年末調整でマイナス表記となり、追加徴収が必要です。

参考：No.2523 賞与に対する源泉徴収｜国税庁

関連記事：賞与から引かれる所得税の基礎知識と計算方法について解説

1-3. 扶養親族の人数が減少した

源泉徴収は、扶養親族（一定の配偶者や子など）の人数を考慮して計算されます。これは、年末調整で適用される配偶者控除や扶養控除により、最終的な所得税額が減ることを前提としているためです。

しかし、年の途中で扶養親族の人数が変動した場合、その事実が発生した以降の給与からしか源泉徴収額に反映されません。過去分を遡って修正することはないためです。なお、扶養控除や配偶者控除は、その年の12月31日時点の状況で判定されます。

そのため、途中で扶養親族が減った場合は、控除額が減るにもかかわらず、それまでの源泉徴収は多めの控除を前提に計算されているので、年末調整でマイナス表記（追加徴収）が生じる可能性があります。

令和7年度税制改正では、扶養親族の所得要件が緩和され、あわせて新たに「特定親族特別控除」も創設されました。これにより、扶養親族として認められる範囲が広がり、控除の適用対象となる従業員が増える可能性があります。

また、基礎控除や給与所得控除の引き上げもおこなわれたので、今回の改正は多くの従業員にとって有利に働き、追加徴収（マイナス）よりも還付（プラス）が生じやすくなると考えられるでしょう。なお、これらの改正は2025年分の所得税計算から適用されますが、源泉徴収税額表の改定は2026年1月から反映される点には留意が必要です。

参考：令和7年度税制改正による所得税の基礎控除の見直し等について｜国税庁

1-4. 障害者や寡婦、ひとり親、勤労学生に該当しなくなった

源泉徴収では、扶養親族の人数だけでなく、給与を受け取る本人が「障害者」「寡婦」「ひとり親」「勤労学生」に該当するかどうかも考慮されることがあります。これらのいずれかに該当する場合、その分だけ扶養親族が1人増えたものとして源泉徴収税額は計算される仕組みです。

なお、これらの控除の判定は、原則としてその年の12月31日時点の状況に基づいておこなわれます。したがって、年の途中で該当しなくなった場合は、実際よりも多い控除を前提に源泉徴収が計算されていることになります。その結果、年末調整の際に控除額が減少し、追加徴収（マイナス調整）が発生する可能性があるのです。

参考：No.2511 税額表の種類と使い方｜国税庁

1-5. 年末調整に計算間違いがあった

年末調整において給与所得や控除額などの計算に誤りがあったことで、間違って年末調整の結果がマイナス（追加徴収）になることもありえます。正しく年末調整をおこなった結果として追加徴収が発生すること自体は全く問題ではありません。例えば、年の途中で給与や賞与が増えた場合、扶養親族が減った場合などは、毎月の源泉徴収税額では不足し、精算の結果として追加徴収となることがあります。

実務上は所得控除（生命保険料控除など）や税額控除（住宅ローン控除など）を年末調整でまとめて適用するので、源泉徴収で納めすぎた分が還付されるケースのほうが多く見られます。そのため、年末調整により追加徴収が起きる場合には、単なる所得増や控除要件の変化によるものか、あるいは控除漏れや計算誤りがないかを確認することが大切です。

このように、マイナス表記になることは十分あり得ることですが、計算が間違っている可能性を考えて不安になるのは当然です。当サイトでは、年末調整の計算方法や集計をラクにする方法を解説した資料を無料で配布しています。年末調整業務に不安のある方は、こちらから「年末調整ガイドブック」をダウンロードして、業務にお役立てください。

2. 年末調整でのマイナス表記は問題なのか？

年末調整でマイナス表記になって焦ってしまう方も多いはずです。

しかし、前述したように、マイナス表記の多くは何かしらの理由があって発生します。必ずしも問題になるわけではないため、まずは落ち着いてマイナスになっている原因を見つけましょう。

2-1. 不足額を納付すれば問題ない

年末調整の結果、マイナス（不足）が出た理由が明確であれば、その金額を従業員の給与から追加で徴収し、不足分を含めて納税すれば問題ありません。ここでいう「不足額」とは、年末調整で計算したその年の正しい所得税額から、1年間に給与から天引きされた源泉所得税の合計額を差し引いた金額のことです。差額がプラスであれば追加徴収、マイナスであれば還付となります。

関連記事：年末調整での還付金（返金）処理はいつまでに？仕組みや方法を解説

2-2. 従業員の給与明細に不足額をわかりやすく記載する

年末調整の結果がマイナスとなり、給与から追加で所得税を徴収する場合は、給与明細に「年末調整不足額」などの項目を設けて金額をはっきり記載することが大切です。従業員から手取り額が減る理由を明細で確認できないと、不安や不満につながる可能性があります。

なかには「年末調整でマイナスになって損をした」と感じる従業員もいるかもしれません。しかし、追加徴収されるのはあくまでその年に本来納めるべき税金の不足分であり、損をしているわけではありません。逆にプラス（還付）の場合も、得をしているわけではなく、納めすぎた分が戻ってきているだけです。そのため、従業員から質問を受けた際には、マイナスとなった理由や追加徴収の意味を、できるだけわかりやすく説明できるよう準備しておきましょう。

関連記事：給与明細とは？保管期間や注意点、記載項目までくわしく解説

3. 年末調整でマイナス表記になった際の対処法

年末調整でマイナス表記が発生した場合で、計算や入力ミスでない場合は以下の2つの方法で対処ができます。

3-1. 12月の給料（給与）から追加徴収する

年末調整でマイナス表記になった際の対処法として一般的なのは、12月の給料から徴収してマイナス分を補う方法です。

年末調整の結果を知らされたうえで自動的に精算されるため、納税者である従業員が自主的に不足分を納めたり、申告したりする必要はありません。ただし、本来支給される12月分の給料から徴収されることから、結果として12月の給料が減額となるため、従業員には説明しておいた方がよいでしょう。

3-2. 不足額徴収繰延承認申請書を提出する

年末調整でマイナス（不足）が大きく、12月の給与からまとめて徴収すると手取りが大幅に減ってしまう場合には、「不足額徴収繰延承認申請書」を利用できる可能性があります。この申請書を従業員が給与支払者（会社）を通して税務署に提出し、承認されると、不足額を翌年1月と2月の給与からそれぞれ半額ずつ徴収・納付することが可能です。これにより、一度に控除される金額を抑え、手取り減少の負担を軽減できます。

ただし、承認されるには主に「年末調整後の税引き後給与が70％未満になる」ことなど、いくつかの条件があります。申請期限も決まっており（通常は12月給与支給前）、条件や期限を満たさない場合は利用できません。そのため、希望する従業員がいる場合は、要件に該当するか事前に確認することが重要です。

参考：No.2675 年末調整の過不足額の精算｜国税庁

参考：A2-10　年末調整による不足額徴収繰延の承認申請｜国税庁

4. 年末調整の誤りによりマイナス表記が生じたら？

年末調整の結果、源泉徴収簿や給与明細に「マイナス」表示が出ることがあります。これは控除や計算の誤りが原因の場合もあります。ここでは、年末調整のミスによりマイナス表記が生じた際の対応方法を解説します。

4-1. 年末調整の再計算をおこなう

年末調整の期限は、原則として、法定調書および給与支払報告書の提出期限である翌年1月31日までです。この期間中に申告漏れや計算ミスが見つかり、追加徴収（マイナス表記）が発生した場合は、速やかに年末調整の再計算をおこなう必要があります。

もし会社側のミスが原因であれば、従業員に謝罪したうえで正しい税額を算出し、過不足を精算しましょう。すでに源泉徴収票を交付している場合は、従業員がその源泉徴収票を確定申告や収入証明に使用してしまっている可能性があるため、迅速な確認と修正が求められます。

一方で、従業員が年末調整後に生命保険料や社会保険料を支払って再調整が必要になる場合など、還付が発生するケースであれば、本人による確定申告で対応可能です。この場合は、すでに交付済みの源泉徴収票を使用して、確定申告の期限内に手続きを案内しましょう。

参考：法第190条《年末調整》関係｜国税庁

関連記事：年末調整の再調整は可能！方法やポイントをわかりやすく解説

4-2. 源泉所得税の過少納付が発覚したら追納が必要

源泉所得税の納付期限は原則として翌月10日です。そのため、12月分の源泉所得税は、1月10日まで（※納期の特例を利用している場合は7月～12月分を1月20日まで）に支払わなければなりません。

納付額に誤りがあり過少納付となっていた場合は、源泉徴収義務を果たしていない状態となるため、不足分を追納しなければなりません。たとえ年末調整をやり直し、1月31日の法定調書提出期限に間に合ったとしても、源泉所得税の納付期限を過ぎていれば、延滞税や不納付加算税が課される可能性があるので注意が必要です。

再調整の結果、マイナス表記（追加徴収）が解消される場合は、還付となるケースが多いと考えられます。そのため、追納が必要となる可能性は比較的低いでしょう。ただし、実際に還付となるか、追納が発生するかは、再計算後の結果によって異なります。結果を早めに確認し、状況に応じた適切な対応を取ることが重要です。

参考：No.2505 源泉所得税及び復興特別所得税の納付期限と納期の特例｜国税庁

関連記事：所得税の納付方法は？納税方法の種類やおすすめの選び方・納付期限を解説

4-3. 年末調整のミスを防止するためには？

年末調整の誤りは、法令違反につながるおそれがあるだけでなく、従業員からの信頼を損ねる原因にもなります。さらに、修正対応に時間や手間がかかり、不要なコストの増加を招くこともあります。

ミスを防ぐためには、まず従業員に正確な内容で申告書を提出してもらうことが重要です。そのうえで、社内にダブルチェック体制を整え複数人で内容を確認することで、記載漏れや誤りを早期に発見できるでしょう。

また、税制は毎年のように改正されています。令和7年度税制改正では、扶養控除や給与所得控除の引き上げ、特定親族特別控除の新設など、従業員の所得税計算に影響を与える大きな変更がありました。このような法改正を正しく理解し、計算に反映させなければ、納税額の誤算につながります。

年末調整の業務を効率化するには、給与計算ソフトの活用が効果的です。年末調整機能を備えたソフトであれば、控除額や税額を自動で計算でき、ミスを防止できます。さらに、自動で最新の法改正に対応するソフトを導入すれば、常に正確な処理が可能となり、安心して業務を進められます。

参考：令和7年度税制改正による所得税の基礎控除の見直し等について｜国税庁

関連記事：年末調整のよくある間違いと訂正方法・やり直しを防ぐコツとは

5. 年末調整で対処できない項目

年末調整におけるマイナス表記の対処法がわかったところで、年末調整で処理できない項目についても知っておきましょう。

意外と勘違いしている方も多いため注意が必要です。

5-1. 寄附金控除（ふるさと納税に注意）

寄附金控除とは、国や地方自治体などに寄附金を支出した場合に受けられる所得控除です。寄附金控除は年末調整で対応できません。

そのため、ふるさと納税をおこなっている場合、原則として従業員自身で確定申告をする必要があります。しかし、ワンストップ特例制度を利用できる場合、確定申告をせずとも寄附金控除を受けられるので従業員に周知しておくとよいでしょう。

参考：No.1150 一定の寄附金を支払ったとき(寄附金控除)｜国税庁

参考：No.1155 ふるさと納税(寄附金控除)｜国税庁

5-2. 医療費控除

医療費控除とは、その年に支払った医療費が一定額を超える場合に受けられる所得控除です。本人の分だけでなく、生計を一にする配偶者や親族のために支払った医療費も対象になります。

医療費控除も年末調整で処理できません。また、医療費控除の特例として「セルフメディケーション税制」があります。通常の医療費控除とセルフメディケーション税制はどちらか一方しか選べず、いずれの場合も確定申告が必要です。

参考：No.1120 医療費を支払ったとき（医療費控除）｜国税庁

5-3. 雑損控除

雑損控除とは、災害や犯罪（盗難や横領など）によって、資産が損害を受けた際に受けられる所得控除です。この雑損控除も年末調整では処理できず、従業員自身による確定申告が必要です。

雑損控除は、損害額が一定の基準を超える場合に適用されます。従業員が適用を受けられるようにするためには、災害や盗難などの発生時点で、損害の内容や金額を証明できる書類をきちんと準備してもらうことが重要です。万が一の事態に備え、従業員へは損害発生時の記録や関連書類の保管を促しておくと、適切な申告と控除の適用がスムーズにおこなえます。

参考：No.1110 災害や盗難などで資産に損害を受けたとき(雑損控除)｜国税庁

5-4. 初年度の住宅ローンの控除

住宅ローン控除（住宅借入金等特別控除）とは、住宅ローンを利用してマイホームを購入・新築・増改築した人などが一定の条件を満たす場合に受けられる税額控除です。所得控除ではなく税額控除のため、申告漏れや処理忘れがあると、納税額に大きな影響を与えます。

初年度の住宅ローン控除も年末調整で処理できません。ただし、2年目以降は年末調整で対応できます。その際は、従業員から「住宅借入金等特別控除申告書」を提出してもらう必要があるので、きちんと周知をしておきましょう。

5-5. 年末調整で対応できない控除は従業員による確定申告が必要

寄附金控除、医療費控除、雑損控除、住宅ローン控除（初年度）は年末調整では適用できません。これらの控除を受けたい場合は、従業員自身で確定申告をおこなう必要があります。

確定申告の期間は、原則として毎年2月16日から3月15日まで（土日祝日の場合は翌平日）です。申告の際には、会社から交付された源泉徴収票が必要となるため、必ず保管しておくよう周知しましょう。

なお、税金が戻るケース（還付申告）の場合は、確定申告期間を過ぎてもその年の翌年1月1日から5年間申告が可能です。ただし、追加納税が必要な場合に申告を怠ると、延滞税や無申告加算税などのペナルティが課される可能性があります。

年末調整後であっても、追加で控除を受けるために確定申告をおこなうことは可能です。原則として、年末調整を受けられる場合は必ず受け、そのうえで必要に応じて確定申告をおこなうよう案内しましょう。

参考：No.2030 還付申告｜国税庁

6. 年末調整でマイナス表記になっても焦らずに正しく対応すれば問題ない

年末調整でマイナス表記が発生することは珍しいことではなく、必ずしもミスが原因ではありません。

マイナス表記が発生した場合でも、不足している分を納税することで問題なく対応できます。また、年末調整による追加徴収額は「本来払うべき税金」であるため、納税者が損することもありません。

もし年末調整でマイナス表記が発生したとしても、焦らず落ち着いて対応しましょう。