年末調整で準備する書類の提出先は書類によって異なります。「この書類はどこに提出するのだろう？」と迷う方もいるのではないでしょうか。

書類の種類によって、税務署に提出するものと、従業員が住む市区町村に提出するものがあります。提出先を間違えると、手続きが遅れたり、再提出を求められたりするため注意が必要です。

本記事では、具体的な書類の提出先や提出期限、注意点を分かりやすく解説します。ぜひ実務の参考にしてください。

1. 年末調整の書類はだれがどこに提出する？

年末調整の書類は、給与支払者である会社が取りまとめて、税務署と市区町村に提出します。従業員個人が直接、税務署や市区町村に提出するわけではありません。

ただし、すべての書類を提出するわけではなく、書類の種類によって行き先が次の3つに分かれます。

• 会社で保管する書類
• 税務署に提出する書類
• 市区町村に提出する書類

次章で、どの書類をどこへ提出・保管するのかしっかりと確認しましょう。

2. 年末調整の提出書類の種類と提出先

1章で記載したように、年末調整の書類は行き先が社内保管、税務署、市区町村に分かれます。ここでは、具体的にどの書類をどこへ提出・保管するのかを説明します。

2-1. 従業員から集めて社内保管の必要がある書類

年末調整にあたり、従業員から集めて社内で保管しておくべき書類は次のとおりです。

なお、これらの書類は税務署へ直接提出する必要はありません。しかし、要請があった際には提示できるよう、適切に保管することが法律で義務づけられています。

2-1-1. 給与所得者の扶養控除等（異動） 申告書

年末調整の対象となるすべての給与所得者が提出する必要がある書類です。扶養控除、配偶者控除、障害者控除など各種控除の適用を受けるために使用され、扶養親族の人数や情報（氏名、生年月日、マイナンバーなど）が記載されます。

この書類は会社で保管しますが、税務署から提出を求められることもあります。

2-1-2. 給与所得者の基礎控除申告書 兼 配偶者控除等申告書 兼 特定親族特別控除申告書 兼 所得金額調整控除申告書

基礎控除、配偶者控除・配偶者特別控除と、2025年に新設された特定親族特別控除、所得金額調整控除を申告するために使用する書類です。特に、基礎控除は合計所得金額が2,500万円以下の人であれば対象となるため、ほとんどの給与所得者が提出しなければなりません。記載された配偶者の所得情報などに基づき、控除額が決定されます。

参考：No.1199 基礎控除｜国税庁

関連記事：配偶者控除等申告書の書き方を徹底解説！令和7年度年末調整と法改正内容

2-1-3. 給与所得者の保険料控除申告書

生命保険料や地震保険料などの保険料控除、および自身で支払った社会保険料控除などを申告するための書類です。

控除対象となる保険料がある従業員のみが提出し、控除証明書の添付が必要となります。iDeCo（個人型確定拠出年金）の掛金控除（小規模企業共済等掛金控除）もこの書類で申告します。保険料控除申告書には、地震保険や生命保険の控除証明書の添付が必要です。

2-2. 税務署に提出が必要な書類

税務署へ提出が必要な書類は次のとおりです。

これらの書類は、原則として翌年の1月31日が提出期限です。期限内に提出できるように、計画的に準備を進めましょう。

2-2-1. 給与所得の源泉徴収票等の法定調書合計表

会社が1年間に支払った給与等の総額や、徴収した所得税額などの情報を記載し、法定調書の合計額をまとめた書類です。この合計表とともに、特定の範囲に該当する「給与所得の源泉徴収票」を提出する必要があります。

2-2-2. 支払調書

特定の外部への支払いがあった場合に提出が必要となる書類です。

報酬、料金、契約金および賞金の支払調書

税理士、弁護士、デザイナーといった外部の専門家などへ支払った報酬について記載する書類です。同一の相手への支払いが年間で5万円を超える場合、この支払調書を作成し、「法定調書合計表」に添付して税務署へ提出しなければなりません。

非居住者に支払われる給与、報酬、年金および賞金の支払調書

非居住者に対して、国内での人的役務の提供の対価として給与等の支払いをした場合、「給与所得の源泉徴収票」の代わりにこの支払調書を提出する必要があります。

ただし、支払金額が年間50万円以下の場合は、提出を省略することができます。

2-2-3. 源泉徴収票

給与等の支払者である会社が役員や従業員などに対して1年間に支払った金額や控除された所得税額などを個人ごとにまとめた帳票です。税務署に提出が必要な源泉徴収票には、「給与所得の源泉徴収票」と「退職所得の源泉徴収票」があります。

給与所得の源泉徴収票

個人ごとに、給与や賞与などの1年間の支払金額や、社会保険料控除、配偶者控除などの所得控除の情報が記載されている書類です。会社はすべての従業員に対して源泉徴収票を作成し交付しますが、税務署への提出は一定の範囲に限定されています。提出が必要な主な範囲は次の通りです。

【年末調整をしたものの提出範囲】

受給者の区分	提出基準（年中の給与等の支払金額）
法人の役員（年中に役員であった者を含む）	150万円を超えるもの
弁護士、司法書士、税理士など	250万円を超えるもの
上記（役員・弁護士など）以外の者（一般の従業員）	500万円を超えるもの

【※年末調整をしなかったものの提出範囲】

• 「給与所得者の扶養控除等申告書」を提出した場合で、年間の給与等の支払金額が2,500万円を超えるもの（法人の役員については50万円を超えるもの）など、特定の要件に該当するもの。
• 年間の主たる給与等の金額が2,000万円を超えるため年末調整をしなかった場合

参考：No.7411 「給与所得の源泉徴収票」の提出範囲と提出枚数等｜国税庁

退職所得の源泉徴収票

その年に退職金の支払いがあったすべての退職者に対して交付する書類です。支払った退職金の額や源泉徴収した所得税・住民税、退職所得控除額などが記載されています。

税務署への提出が必要なのは、退職者が法人の役員であった場合です。一般の従業員に支払った退職金については、この源泉徴収票を税務署へ提出する必要はありません。

退職者に関する手続きはこちらで解説しています。

関連記事：年末調整は退職者も対象になる？やるべき手続きや確定申告が必要になるケースを解説

2-3. 市区町村に提出が必要な書類

続いて、市区町村へ提出が必要な書類は次のとおりです。

こちらも提出期限は、原則として税務署と同じ翌年1月31日です。

2-3-1. 給与支払報告書（個人別明細書）

従業員一人ひとりの給与・賞与などの1年間の合計額や所得控除額などの情報が記載された書類です。内容は「給与所得の源泉徴収票」と同じような情報が記載されています。

税務署への「給与所得の源泉徴収票」の提出範囲とは異なり、その年の翌年の1月1日現在において給与等の支給を受けているすべての従業員の給与支払報告書を提出しなければなりません。

従業員のその年の翌年の1月1日現在の住所地の市区町村へ提出します。年の中途で退職した者については、退職時の住所地の市区町村へ提出します。ただし、退職者に対する給与等の支払金額が30万円以下の場合には、提出を省略可能です。

2-3-2. 給与支払報告書（総括表）

市区町村ごとにまとめて作成する表紙となる書類です。会社名や会社の所在地、該当する市区町村に在住する従業員数などの情報を記載します。

3. 年末調整の書類の提出期限

年末調整を円滑に進める上で、期限の管理は欠かせません。期限には、会社が税務署などへ書類を提出する「法的な提出期限」と、その準備のために従業員へ協力を求める「社内の提出期限」の2種類があります。

まずは、法律で定められた提出期限から確認していきましょう。

3-1. 会社から税務署・市区町村への提出期限

税務署および市区町村への年末調整関連の書類の提出期限は、原則として共通しています。

提出先	提出書類の例	提出期限
税務署	給与所得の源泉徴収票（提出範囲に該当するもの）、法定調書合計表	支払いの確定した年の翌年の1月31日まで
市区町村	給与支払報告書（個人別明細書、総括表）	その年の翌年の1月31日まで

法定調書や給与支払報告書の提出期限は、翌年1月31日です。これは年の途中で退職した従業員も同様で、退職時の住所がある市区町村へ給与支払報告書を提出する必要があります。

3-2. 従業員から会社への提出期限

年末調整の書類を税務署や市区町村へ提出する法定提出期限は翌年1月31日ですが、従業員から会社への提出はそれより早く締め切る必要があります。会社側で全従業員の申告内容を確認し、給与計算と税額の再計算、各種調書の作成をおこなう時間を確保するためです。

一般的には、10月下旬から11月上旬にかけて従業員へ申告書を配布し、11月中旬から下旬を社内提出期限とします。年の途中で入社した従業員に対しては、前職の源泉徴収票もあわせて提出するよう伝えましょう。

期限内に必要書類の回収を終えられるよう、早めに従業員へ周知し、計画的に進めることが大切です。

3-3. 提出期限を過ぎた場合のリスクと対応方法

年末調整の期限を過ぎた場合のリスクは、だれが・どの期限を過ぎたかによって異なります。

会社が法定提出期限を過ぎてしまうと、延滞税や不納付加算税といった追徴課税が発生する可能性があります。発覚した際は、一日でも早く提出・納税をおこないましょう。

一方、従業員が社内提出期限までに必要書類を出さない場合は、追徴課税のリスクはありません。ただし、従業員から提出される書類がなければ、会社はその従業員の年末調整ができません。その結果、従業員は扶養控除などを受けられず、払い過ぎた税金を取り戻すために自身で確定申告をする手間が生じます。

会社は催促の上、提出がなければ「年調未済」として源泉徴収票を発行し、本人に確定申告を案内してください。

関連記事：年末調整はいつまで？提出書類と社内期限・社員へ周知するコツを解説

4. 年末調整の書類の保管期間と保管方法

年末調整に使用された書類は、会社（源泉徴収義務者）が厳重に管理・保管する義務があります。税務署から提出を求められた際は、速やかに提出できるよう適切に整理・保管しましょう。

4-1. 年末調整の書類の保管期間は7年間

会社などの源泉徴収義務者は、年末調整に関連する書類や帳簿を保管する義務があり、その保管期間は7年間と定められています。

保管義務の対象となるのは、会社が従業員から回収し、年末調整の計算根拠とした各種申告書です。退職した従業員の書類に関しても、在籍する従業員のものと同様に、7年間は保管しておかなくてはなりません。

この7年間の起算日は、年末調整に関わる書類の提出期限の属する年の翌年1月10日です。

4-2. 書類の保管は紙かデータでおこなう

年末調整に関係する書類は、紙媒体と電子データによる保管が可能です。保管期間が7年間と長期に及ぶため、会社の規模や環境に合わせて適切な方法を選択する必要があります。

源泉徴収票や年末調整関連の書類は個人情報のため、流出しないよう、鍵付きの棚に保管するか、セキュリティを強化したうえでアクセス担当者を厳選するなど、取り扱いに十分注意する必要があります。

税務調査や従業員からの再発行依頼に備え、紙でもデータでも、分類・整理をおこない、すぐに検索や提出ができる状態にしておきましょう。

関連記事：源泉徴収票に保管期間はある？管理方法について詳しく紹介

5. 年末調整の書類の書き方に関する注意点

年末調整の書類の書き方で、特に注意しておきたい点を6つ解説します。

関連記事：【2025年最新】年末調整の書き方を申告書別にわかりやすく解説【記入例あり】

5-1. 障害者控除に該当する場合

従業員本人、または従業員と生計をともにする配偶者や扶養家族が所得税法上の障害者に該当する場合、年末調整の書類にその該当者と障害の等級区分を記入する必要があります。通常、扶養控除の適用対象外である16歳未満の扶養親族についても、障害者控除は適用されます。

障害の程度によって年末調整書類に記載する欄が異なるため、記入する欄を間違えないように注意しましょう。

関連記事：年末調整の障害者控除とは？対象範囲や控除額、書類の記載方法を解説

5-2. 本人が勤労学生の場合

従業員本人が、大学や高校、一定条件を設けた専修学校や各種学校に通う学生や、認定職業訓練を受ける訓練生である場合、年末調整において「勤労学生控除」という一定額の所得控除を受けられます。

従業員がこの控除を受けるためには、「給与所得者の扶養控除等（異動）申告書」にある「勤労学生」の項目にチェックをしましょう。

控除の適用条件は、その年の12月31日において、次のすべての条件を満たしていることです。

• 納税者本人の合計所得金額が75万円以下であること。
  ※令和7年の税制改正により、令和8年におこなう年末調整においては85万円以下であることが要件となります。

• 上記のうち、給与所得などの勤労による所得以外の所得が10万円以下であること。

これらの条件を満たしているとともに、従業員は「給与所得者の扶養控除等（異動）申告書」の該当欄に必要事項を記入する必要があります。

また、専修学校や各種学校の生徒や、職業訓練法人の訓練生の際には、「文部科学大臣あるいは厚生労働大臣の証明書の写し」と「学校長あるいは職業訓練法人の代表者の証明書」の添付が必要です。

参考：No.1175 勤労学生控除｜国税庁

参考：令和７年度税制改正による所得税の基礎控除の見直し等について｜国税庁

5-3. 「他の所得者が控除を受ける扶養親族等」欄の書き方

同居している家族に2人以上の所得者（例：共働き夫婦）がいる場合、扶養親族（子など）は、夫婦のうちどちらか1人の所得者のみが年末調整で扶養控除を受けられます。

もし従業員が、扶養控除を受けない側である場合は、申告書の「他の所得者が控除を受ける扶養親族等」の欄に必要事項を記載します。同じ欄に、控除を受ける配偶者の氏名や扶養親族の情報が書かれているかを確認しましょう。

5-4. 配偶者（特別）控除および特定親族特別控除の対象かどうか

従業員が、配偶者（特別）控除や特定親族特別控除の対象ではないにもかかわらず、年末調整の提出書類に配偶者、特定親族として控除額を記入してしまう記載ミスが生じる場合があります。

記載ミスを防ぐため、配偶者（特別）控除および特定親族特別控除の対象の判定方法を従業員に周知しましょう。

なお、「給与所得者の基礎控除申告書 兼 配偶者控除等申告書 兼 特定親族特別控除申告書 兼 所得金額調整控除申告書」は、基礎控除や配偶者（特別）控除、特定親族特別控除（2025年（令和7年）度の税制改正により創設）などを申告するための書類です。

関連記事：配偶者控除等申告書の書き方を徹底解説！令和7年度年末調整と法改正内容

関連記事：年収201万の壁をわかりやすく！配偶者特別控除とは？配偶者控除との違いも解説

5-5. 収入金額と控除額が正しいかどうか

「給与所得者の基礎控除申告書」に記載する収入金額、所得金額、控除額が正しいか確認しましょう。控除額や収入金額の欄に不備がある場合、会社は従業員の了承を得て収入金額を確認したり、正しい金額を提示したうえで差し戻したりしなければなりません。

年末調整の結果に影響する項目なので、慎重な確認が必要です。

5-6. 保険料控除の申告額には上限がある

「給与所得者の保険料控除申告書」で申告できる保険料には、控除額の上限が設定されています。

例えば、新制度における生命保険料控除の対象となる年間の払込保険料の上限は年間80,000円です。80,001円以上を支払っていても控除額は一律40,000円で変わりません。そのため、上限額である40,000円以上の金額を記入すると誤りとなり、修正が必要となります。

従業員には、控除額には上限があることと、保険料控除欄の書き方を周知しておきましょう。

詳しくは次の関連記事で解説しているので、あわせてご覧ください。

関連記事：【令和7年分】保険料控除申告書の書き方を解説｜申請時の注意点も紹介

6. 年末調整の書類は書き方に注意して期限内に提出しよう

年末調整の手続きには、従業員から回収して社内で保管する書類、税務署へ提出する書類、そして市区町村へ提出する書類の3種類があります。それぞれ役割と提出先が異なるため、担当者はその違いを正確な把握が必要です。

また、従業員が記入した申告書に不備があると、控除が正しく受けられなかったり、会社側で確認や修正の手間が増えたりしてしまいます。保険料控除の上限額や扶養親族の記載ミスなど、間違いやすいポイントは特に注意深く確認しましょう。

年末調整は、会社と従業員の双方にとって重要な手続きです。円滑に業務を進めるため、本記事を参考に、余裕をもったスケジュール管理と正確な書類の取り扱いを心がけましょう。

関連記事：年末調整の電子化とは？やり方、企業におけるメリット・デメリットを解説