「月末は残業が多くて大変だけど、月初は比較的余裕がある」「夏場は忙しいのに冬場は仕事が少ない」など、業務の繁閑差に悩んでいる企業は多いのではないでしょうか。
変形労働時間制は、業務の繁閑に応じて労働時間を柔軟に配分することができる制度です。
本記事では、変形労働時間制の基本的な仕組みから具体的な導入方法、注意点まで、実務に役立つ情報をわかりやすく解説します。

1. 変形労働時間制とは

変形労働時間制とは、一定の期間内で「週40時間・1日8時間」という法定労働時間の上限を調整する制度です。

例えば、繁忙期には所定労働時間を長くする代わりに閑散期には短くすることで、一定の期間内で平均した労働時間が法定内に収まるように設定ができます。労使協定や就業規則で定めれば、特定の日や週に法定労働時間（1日8時間・週40時間）を超えて働かせることが可能になる制度です。

変形労働時間制は、業務の忙しさに応じて労働時間を柔軟に配分できるため、繁忙期と閑散期の差が大きい企業では残業代の削減や業務効率化につながるでしょう。一方で、労働時間の管理や賃金計算が複雑になるため、メリットとデメリットを比較し、導入には十分な検討と準備が必要です。

1-1. シフト制やフレックスタイム制との違い

シフト制とは勤務交代制の一種で、あらかじめ用意した複数の勤務パターン（例：「早番・中番・遅番」など）を組み合わせて、従業員を配置する勤務形態を指します。シフト制自体は法定労働時間の枠組みを変える制度ではなく、各従業員の「1日8時間・週40時間」の上限は原則どおり適用されます。

フレックスタイム制は、従業員が日々の始業・終業時刻や労働時間を自分で決めることができる柔軟な制度です。フレックスタイム制では、企業が定めた一定期間（清算期間）の総労働時間の範囲内で、従業員自身が毎日の労働時間を調整できます。こちらも、法定労働時間の枠組みを変える制度ではない点で、変形労働時間制と異なります。

なお、フレックスタイム制は労働基準法上「変形労働時間制の一種」であり、他の変形労働時間制度（1ヵ月・1年・1週単位）との併用はできません。フレックスタイム制では、従業員が自分で出退勤時間を決められるのに対し、変形労働時間制では企業が事前に各労働日の出退勤時間を決定する点が大きな違いです。

関連記事：変形労働時間制とシフト制の違いは？併用可能なの？徹底解説！

2. 変形労働時間制の種類と適用条件

変形労働時間制は清算期間（労働時間を平均する期間）の長さによって大きく3種類に分類され、それぞれ異なる特徴があります。

2-1. 1ヵ月単位の変形労働時間制とは

1ヵ月単位の変形労働時間制は、その名のとおり、1ヵ月以内の期間を単位として労働時間を調整する制度です。例えば「毎月1日～月末」を1つの清算期間とし、その期間内で週の平均が40時間以内になるよう所定労働時間を割り振ります。注意すべき点は次の3つです。

【1】法定労働時間の総枠

変形労働時間制では、清算期間である1ヵ月の総日数に応じて、法定労働時間内で働ける上限時間が決まります。

月の暦の日数	週の法定労働時間が40時間の場合	週の法定労働時間が44時間の場合（※）
28日	160.0時間	176.0時間
29日	165.7時間	182.2時間
30日	171.4時間	188.5時間
31日	177.1時間	194.8時間

※「特例措置対象事業場」（常時10人未満の商業・映画演劇・保健衛生・接客娯楽）に限る

【2】休日の設定

1ヵ月単位の変形労働時間制でも、労働基準法により週1日以上（もしくは4週間で4日以上）の休日を与える必要があります。

【3】残業代（時間外労働）の計算方法

1ヵ月単位の変形労働時間制では、「1日」「1週間」「清算期間全体」それぞれの単位で時間外労働の発生有無をチェックし、該当する残業時間に割増賃金を支払います。

【3-1】日ごとの基準

所定労働時間が8時間を超えている日については、その日の所定時間を超えた労働時間が残業時間として扱われます。所定労働時間が8時間以内の日は、実働が8時間を超えた分のみが残業時間とみなされます。
例えば、「この日は10時間勤務」と決めている場合は、10時間を超えた分が残業に該当します。一方、「この日は7時間勤務」と決めた日について8時間を超えて働いた場合は、8時間を超えた分が残業扱いになるわけです。

【3-2】週ごとの基準

所定労働時間が週40時間を超える週については、その週の所定労働時間を超過した分が残業時間として扱われます。一方で、所定が40時間以内の週は、実働が40時間を超えた分のみ残業時間となります。
例えば、「この週は45時間勤務」と決めていれば、45時間を超えた分が残業です。「この週は35時間勤務」と決めていた週に、40時間を超えて働いた場合、40時間を超えた分が残業扱いとなります。
※【3-1】ですでに残業時間にカウントした部分は含みません。

【3-3】清算期間全体の基準

月の総労働時間がその月の法定労働時間の総枠を超えた場合、その超過分が残業時間となります。
※【3-1】【3-2】で、すでに残業時間にカウントした部分は含みません。

関連記事：1 ヶ月単位の変形労働時間制とは？メリット・導入フローを徹底解説

2-2. 1年単位の変形労働時間制とは

1年単位の変形労働時間制は、1ヵ月を超える1年以内の期間において、1週間あたりの労働時間を平均して40時間を超えないことを条件に労働時間の配分をおこなう制度です。

季節によって業務量が大きく異なる職場（例：観光業の繁忙期・閑散期等）で、多忙な時期に労働時間を手厚く配分し、閑散期に短く抑えることで、年間の総労働時間の削減や繁閑差への柔軟な対応を図ることが目的です。

【1】年間の労働時間の総枠

清算期間が1年（暦日数365日）の場合、法定労働時間内で働ける年間総時間は2,085.7時間が上限です（うるう年366日の場合は2,091.4時間）。

【2】法定の制限

1年単位の変形労働時間制では、労働者保護の観点から次の表のような上限規制が設けられています。

1年あたりの労働日数	280日
1日あたりの労働時間	10時間まで
1週間あたりの労働時間	52時間まで　※清算期間が3ヵ月を超える場合、週48時間を超える週の回数に制限あり
原則連続で労働できる日数	連続6日
特定期間（特に業務が繁忙な期間）に 連続で労働できる日数	1週間に1日の休み(最大連続12日)

【3】残業代（時間外労働）の計算方法

日ごと・週ごとについては1ヵ月単位の変形労働時間制と同様です。清算期間全体の基準として、例えば1年間で定めた場合、年間の労働時間の総枠を超えた分が残業時間となります。
※日ごと・週ごとの残業時間にカウントした部分は含みません。

関連記事：1年単位の変形労働時間制とは？休日や残業の計算方法もわかりやすく解説

2-3. 1週間単位の非定型的変形労働時間制

1週間単位の非定型的変形労働時間制とは、清算期間を1週間として日ごとの業務量の変化に対応するための制度です。この制度は適用できる業種・規模が法律で限定されていて、具体的には「小売業・旅館・料理店・飲食店」で常時使用する労働者数が30人未満の事業場のみが対象となっています。

これらの業種は、曜日によって来客数など業務の繁閑が大きく異なる傾向があります。そのため、日ごとに所定労働時間を柔軟に配分できるよう、制度が認められています。

1週間単位の非定型的変形労働時間制では、1週間を平均して週40時間以内となるように各日の労働時間を設定します。1日の法定労働時間、8時間を超える日を設けることもできますが、1日10時間が上限です。

2-4. 適用できる労働者の範囲

変形労働時間制は、雇用形態に関わらず適用できるため、パートタイムやアルバイトの従業員も対象に含めることが可能です。

ただし、パートタイムやアルバイトの場合、シフト調整の希望が多い職場や扶養範囲内で働きたい従業員が多い職場では、変形労働時間制の導入によって勤務時間の管理が複雑化し、希望との調整が難しくなるケースがある点に注意が必要です。

また、変形労働時間制は派遣労働者にも適用することができます。適用条件は以下のとおりです。

• 派遣労働者と派遣元との間で労使協定の締結・届出をしている
• 派遣元の就業規則に変形労働時間制に関する規定を定めている
• 派遣労働者に変形労働時間制を適用する旨を労働条件として明示している

上記の条件を満たしていない場合、派遣先において変形労働時間制を適用することはできないため注意しましょう。

2-5. 適用要件を満たさなかった場合の罰則

労使協定の締結・届出をせず、変形労働時間制を採用した場合は、労働基準法第32条第2項の違反となり、30万円以下の罰金が科せられます。

また、1週間単位の非定型的変形労働時間制において、1週間の各労働日の労働時間を事前に従業員に通知しなかった場合も、労働基準法第32条第5項の違反とされ、同じく30万円以下の罰金が科せられます。

変形労働時間制は、手続きを欠いたまま運用すると罰則の対象となるため、慎重な運用や対応が必要です。

参考：労働基準法｜e-Gov法令検索

3. 変形労働時間制の導入時の注意点

変形労働時間制を導入・運用する際には、時間外労働の扱いや労使協定の手続きなどで誤解しやすいポイントがあります。導入時に特に注意すべき点を解説するので、一緒に確認しましょう。

3-1. 残業が発生するタイミングを正しく把握する

変形労働時間制を導入しても、残業がなくなるわけではありません。通常とは異なるルールで所定労働時間を決める仕組みであっても、決められた時間を超えて働いた場合は、割増賃金の支払いが必要になります。

特に運用で注意したいのは、「残業の相殺は認められない」という点です。変形労働時間制では、あらかじめ繁忙期の超過労働を閑散期の不足時間と平均化できますが、実績ベースでの穴埋めでの調整はできません。

例えば、所定8時間の日に2時間余分に働いたからといって、翌日の勤務を2時間短縮して残業代をゼロにすることはできないため注意しましょう。

さらに繁閑の予測の甘さにも注意が必要です。清算期間中の繁閑の予測を誤り、所定時間を過少に設定してしまうと、多くの従業員が毎週残業だらけという事態になりかねません。予定外の割増賃金コストが発生しないためにも、実態に基づいて所定時間を決めましょう。

変形労働時間制はその複雑さから管理ミスが起こりやすく、勤怠実績をきめ細かくチェックする体制が必要です。万が一、労働基準監督署の調査で計算誤りや未払い残業代が発覚すると、是正指導や是正勧告を受ける場合があることも、理解しておきましょう。

関連記事：変形労働制でも残業代は出さないとダメ！残業時間の計算ルールも解説

3-2. 36協定の締結と上限規制の遵守

変形労働時間制を導入していても、法定労働時間を超える労働をさせる場合は、36協定（サブロク協定）を労使で締結する必要があります。変形労働時間制を取り入れて所定労働時間を延長しても、さらに追加で残業が発生するケースがあるためです。

協定未締結や更新漏れの状態で残業をしてしまうと、法令違反となるため、忘れずに届け出を済ませましょう。

また、働き方改革関連法により設定された「時間外労働の上限規制」も遵守が必要です。変形労働時間制でも上限規制は緩和されない点がポイントとなります。

1ヵ月単位の変形労働時間制では通常の労働時間制と同様に「月45時間・年360時間」が時間外労働の上限です。対象期間が3ヵ月を超える1年単位の変形労働時間制では、協定で定める上限は「月42時間・年320時間」とされています。

どうしても上限を超える場合は、特別条項付き36協定を締結して対応しますが、その場合でも「月100時間未満（複数月平均80時間以内）・年720時間以内」「月45時間超の残業は年6回まで」などの絶対的な限度があると覚えておきましょう。

関連記事：36協定とは？残業上限規制・特別条項や罰則、協定書の基本を解説

3-3. 協定内容と運用実態を一致させる

変形労働時間制を適用する際は、労使協定または就業規則で、勤務パターンや所定労働時間を具体的に定める必要があります。とくに重要なことは、協定内容通りに運用することといえます。協定と実際のシフト運用が大きく乖離している場合、労働基準監督署から「協定違反」とみなされる恐れがあるためです。

変形労働時間制の運用をスタートした後は、協定と実態のズレが生じていないか定期的にチェックしましょう。

• 勤怠管理システムのデータやシフト表と協定書の内容を突き合わせて検証する
• 所定労働時間が計画通りになっているか確認する
• 想定以上の残業が発生していないか確認する　など

もし業務量の変化などで計画の見直しが必要な場合は、次回の協定更新時に条件を修正することで対応しましょう。

関連記事：変形労働時間制の労使協定に関する基礎知識を詳しく紹介

3-4. 手続きや管理・賃金計算が複雑になる

変形労働時間制は、労務管理が複雑になりやすい制度です。清算期間内で変動する所定労働時間を管理し、正確に残業代計算をおこなうには、通常の勤務体系以上に綿密な管理が求められます。

まず、繁閑に合わせて細かく労働時間を編成するため、事前のシフト作成作業が煩雑になります。シフト変更が生じた場合の調整・連絡も含め、スケジュール管理に時間を割かれるでしょう。

次に、時間外労働の超過チェックや残業代計算です。日・週・月や年ごとに所定と実績を比較し、算出する作業は手計算ではミスが起きやすくなります。勤怠管理システムを活用して自動計算・アラート設定をおこなうなどの対策が望ましいでしょう。

3-5. 労働時間決定後の変更は不可

1カ月単位の変形労働時間制では各日・各週の労働時間、1年単位の変形労働時間制では労働日と当該労働日ごとの労働時間、1週間単位の非定型的変形労働時間制では週の労働時間を事前に特定しておく必要があります。

一度決めた労働日や労働時間は、原則として後からの変更ができません。そのため、変形労働時間制を導入する際は、繁閑期を慎重に見極めた上で、労働日や労働時間を設定する必要があると言えます。

3-6. 年少者や妊産婦、特別の配慮を必要とする者への扱い

変形労働時間制は雇用形態を問わず広く従業員に適用ができますが、以下に該当する従業員がいる場合は注意が必要です。

（1）年少者

満18歳未満の年少者については、原則として変形労働時間制を適用させることはできません。ただし、満 15 歳以上満 18 歳未満で、週48時間・1日8時間内に収まるのであれば、1カ月単位および1年単位の変形労働時間制を適用することができます（労働基準法第60条）。

（2）妊産婦

妊娠中または産後1年を経過しない従業員から請求があった場合は、週40時間・1日8時間の法定労働時間の範囲内で働かせなくてはなりません（労働基準法第66条）。

（3）特別の配慮を必要とする者

以下に該当する従業員に変形労働時間制を適用させる場合は、育児や介護などに必要な時間を確保できるように配慮することが求められます（労働基準法施行規則第12条第6項）。

• 育児をおこなう者
• 老人等の介護をおこなう者
• 職業訓練又は教育を受ける者
• その他特別の配慮を要する者

4. 変形労働時間制の導入ステップ

実際に変形労働時間制を導入する場合、どのような手順を踏めばよいのでしょうか。ここでは制度開始までの一般的なステップを順を追って解説します。

4-1. 適用する期間と対象範囲を決める

まず、どのタイプの変形労働時間制を採用するか（1ヵ月単位・1年単位・1週間単位・フレックス）を決定します。期間の長さによりメリット・デメリットが異なるため、業務特性に合った制度を選びましょう。

例えば「月末月初に業務が集中する程度」であれば1ヵ月単位で十分対応可能です。一方、「年間で繁忙期と閑散期が明確に分かれる」業態は、1年単位も検討してみるとよいでしょう。

次に、企業全体で導入するのか、特定の部署・職種に限るのか、対象となる従業員の範囲を検討しましょう。繁閑差が顕著な部門だけ変形労働時間制にするケースも少なくありません。

範囲を絞って導入する場合は、他部署との協業に支障が出ないか（勤務時間帯がずれることによるコミュニケーションロス等）も考慮することが大切です。

引用：変形労働時間制｜厚生労働省 徳島労働局

4-2. 就業規則・協定内容を策定する

制度の概要が決まったら、具体的な勤務制度の設計に入ります。

まず所定労働時間の設定です。変形期間全体の労働時間の総枠を、各日・各週にどう配分するかシフト案を作成します。繁忙期・閑散期の時期がわかっていれば、その期間の所定労働時間を長め・短めに設定し、他の期間とのバランスを取りましょう。

次に、就業規則への規定整備と変形労働時間制の労使協定の締結です。就業規則や協定書には以下の内容を盛り込みます。

• 対象労働者の範囲
• 対象期間（清算期間）
• （1年単位の場合）特定期間（※）
• 対象期間の起算日
• 対象期間内の労働日・労働時間
• 労働日の始業、終業時刻
• 有効期間（労使協定の場合のみ）

※特定期間：対象期間中の特に業務が繁忙な期間として労使協定で定める期間のこと。

4-3. 労働基準監督署への届出（必要な場合）

1年単位の変形労働時間制は、制度を開始する前に労使協定書を労基署へ提出をおこないます。1ヵ月単位の変形労働時間制については、就業規則への記載により導入する場合は就業規則の届出（10人以上企業の場合）のみで問題ありません。

ただし、10人未満の事業場で、就業規則ではなく労使協定を結ぶ方法で導入する際は、協定届の提出が必要となります。

4-4. 従業員への周知と運用開始

制度導入の法的手続きが完了したら、実際に運用を開始します。運用がスタートしたら、「なぜこの制度を導入するのか」「勤務シフトや給与計算はどう変わるのか」といった目的や導入背景をはじめ、就業規則の改定内容や労使協定の概要について、丁寧に伝えましょう。

従業員から不安や質問が出た場合は、人事担当者がしっかり回答し納得してもらうことが大切です。制度への理解が深まれば協力も得やすくなり、運用がスムーズに進みます。

また、制度運用中は計画通りに制度が機能しているか定期的にチェックしましょう。清算期間ごとに所定労働時間と実労働時間を比較し、想定外の残業や休日出勤が発生していないか確認します。

もし当初の計画と実態が乖離していれば、次回の協定更新時に所定時間配分を見直すなどの対策を講じましょう。

5. 変形労働時間制のメリット・デメリット

変形労働時間制のメリット・デメリットを企業側・従業員側それぞれの視点から整理します。導入を検討する際の参考にしてみてください。

5-1. 企業のメリット

変形労働時間制の最大のメリットは、繁閑に合わせた人員活用で生産性を向上できることです。 業務量の多い時期に労働時間を手厚く配分できるため、人手不足でも乗り切りやすくなります。

また、閑散期には労働時間を短くして無駄な待機時間を削減でき、全体として業務効率の向上が期待できます。

ほかにも、繁忙期にこれまで残業として扱っていた時間を所定労働時間内に組み込める点もメリットです。その結果、残業代の支払いを抑制でき、人件費の削減につながるでしょう。

5-2. 企業のデメリット

制度の分かりにくさから、従業員に誤解が残るケースも少なくありません。特に勤務シフトや残業時間の扱いは「計算が複雑で理解しづらい」と感じられることが多く、十分に説明をしないと不安や不満につながってしまいます。

よくある声としては次のようなものです。

• 計算方法が複雑でよく分からない
• 「会社が有利なように計算しているのでは」と感じる
• ルールが見えにくく、納得感を得にくい　など

このような声が上がった場合でも、導入時に制度の仕組みをわかりやすく説明し、定期的にフォローをおこなうことで誤解は解消可能です。継続的に従業員との対話をおこない、制度の透明性を保ちましょう。

5-3. 従業員のメリット

繁忙期と閑散期で労働時間に緩急がつくため、「常に忙しい」「暇な時期が続く」といった単調さが緩和されます。閑散期には早く帰宅でき、長期休暇もとりやすくなることで、オン・オフのメリハリを感じやすくなるでしょう。

また、閑散期に労働時間を短縮できれば、通年でみると総労働時間が短縮される場合があります。その結果、自由に使える時間が増えることは従業員にとって大きなメリットといえます。

5-4. 従業員のデメリット

繁忙期には所定労働時間が延長されるため、長時間労働が発生します。1日10時間労働や12連勤（1年単位・特定期間の場合）など、通常時にはないハードな勤務になりやすいです。

閑散期に休めるとはいえ、「忙しい時はとことん大変」という働き方をデメリットに感じてしまう方もいるでしょう。

ほかにも、これまで時間外割増が付いていた勤務時間が所定内に含まれるため、残業代収入が減ることがあります。残業で収入を補っていた従業員にとっては不利に感じられる点です。

また、時期によって労働時間や勤務パターンが変わるため、生活リズムが乱れやすくなります。特に育児・介護中やダブルワークの従業員の負担にならないよう、配慮が必要です。

6. 変形労働時間制の導入状況

厚生労働省の「令和7年就労条件総合調査」によると、変形労働時間制を採用している企業の割合は全体の約60.2%にのぼります。特に従業員規模の大きな企業ほど導入率が高く、従業員1,000人以上の企業では8割以上が、何らかの変形労働時間制を取り入れています。

種類別に見ると「1年単位」が30.3%でもっとも多く、「1ヵ月単位」が26.4%、次いで「フレックスタイム制」が8.3%、「1週間単位（非定型）」は1.1%と少数派です。

業種別に見ると、変形労働時間制は製造業や小売業、宿泊・飲食サービス業など繁忙期と閑散期がある業界で導入が目立ちます。反対に、業務量が比較的一定のオフィスワークでは変形労働時間制よりフレックスタイム制の導入が多い傾向があります。

例として、変形労働時間制の活用ケースを紹介します。

6-1. 変形労働時間制の活用ケース1：小売業（1ヵ月単位）

月末のセール時期に労働時間を長く設定し、月半ばの閑散期は労働時間を短く設定するケースがあります。メリハリのある働き方で、従業員の集中力アップと残業コストの削減を両立させることができるでしょう。

6-2. 変形労働時間制の活用ケース2：宿泊業（1年単位）

夏休みや年末年始などの繁忙期に労働時間を集中させ、オフシーズンには長期休暇を取得しやすくするケースです。従業員の満足度向上と離職率低下に貢献する効果も見込めるでしょう。

参考：令和７（2025）年就労条件総合調査の概況｜厚生労働省

7. 変形労働時間制の成功事例

変形労働時間制は、自社の業務特性に合わせて、どのように設計・運用するかが重要です。ここでは、2社の事例から制度を成功に導いた工夫をご紹介します。

卸売業を営む企業では、従業員の働きやすい職場環境づくりを目的に、1年単位の変形労働時間制を採用しました。同社では、会議予定や請求書発行日、決算棚卸日などを年間カレンダーで特定し、それに基づいて業務計画や労働時間を設計しています。また、上司による残業承認の徹底や、1日の残業時間の上限設定もおこなわれました。その結果、残業時間は月平均27時間から18時間へと減少しています。

一方、服飾品小売業の企業では、店舗ごとに繁忙日が異なるという特性を踏まえ、1か月単位の変形労働時間制を導入しました。繁忙日は労働時間を長く、比較的余裕のある日は短く設定するなど、店舗ごとに勤務時間にメリハリを持たせています。さらに、エリアマネージャーが各店舗の労働時間を把握し、必要に応じてシフト調整の助言をおこなう体制を整えました。こうした運用により、残業時間は前年同期比で21.5％削減されています。

両社の事例から分かるのは、変形労働時間制を成功させるには、業務の繁閑を把握したうえで制度を設計し、導入後も継続的に管理・調整をおこなうことが不可欠だということです。業態に応じた制度設計と運用の工夫が、働き方改革の成功につながっています。

参考：シリーズ「働き方改革」の成功例｜中小企業庁

8. 変形労働時間制で業務の繁閑差に対応しよう

時期によって忙しさが変わる企業にとって、変形労働時間制は労働時間を柔軟に調整できる有力な選択肢です。適切に導入・運用すれば、繁忙期の人手不足解消と閑散期の労働時間削減を両立でき、残業の削減や業務効率化に役立ちます。

一方で、制度の複雑さゆえの管理負荷増やルール遵守の難しさも伴うため、導入の際は今回解説したポイントに気を配って、万全の準備を整えましょう。