1. 年末調整のやり直しが必要になる6つのケース

年末調整のやり直しを指摘される場合、必ずしもミスが原因とは限りません。まずは落ち着いて、やり直しの原因を確認しましょう。年末調整のやり直しが必要になる6つのケースについて、それぞれ解説します。

• 年末調整後に給与の追加払いがあった
• 申告内容に間違いがあった
• 税額の計算を誤った
• 扶養親族に変更があった
• 本人や配偶者の年収が変わった
• 保険料控除や住宅ローン控除の修正が必要になった

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1-1. 年末調整後に給与の追加払いがあった

年末調整が終わった後、年内に給与の追加払いがあると、収入増とともに所得税も上がるため、年末調整のやり直しが必要です。この場合、追加支給額を年末調整で申告した額に加えて計算し直さなければなりません。

なお、年内の給与の追加分を翌年に支払った場合は翌年分の所得として扱われるため、その年の年末調整をやり直す必要はありません。

1-2. 申告内容に間違いがあった

年末調整はルールが細かく複雑で、従業員が申告を誤る場合もあります。実際は控除の対象ではないのに控除を適用して申告するなど、従業員のミスでやり直しになる場合もあるでしょう。控除を誤って適用してしまうと、年末調整で計算した税額が本来納める額より少なくなり、年末調整をやり直す必要があります。

1-3. 税額の計算を誤った

申告内容が正しくても、税額の計算を誤った場合はやり直しが必要です。例えば、配偶者控除や配偶者特別控除は、従業員本人と配偶者の収入により、控除額が変わります。仮に計算ミスをして本来の控除額より大きい額の控除を適用してしまった場合、所得税の額が少なくなるためやり直しが必要です。

システムによる自動計算を活用すれば、計算ミスを大幅に減らせます。業務効率化にもつながるため、手計算で処理している場合はシステムの導入を検討するのも良いでしょう。

なお、2025年度は税制改正の影響で基礎控除や給与所得控除の額が引き上げられました。変更の反映漏れがあると控除額の誤りにつながるため注意しましょう。

税制改正の変更点を詳しく知りたい方は関連記事をご覧ください。

関連記事：2024年(令和6年)の年末調整の変更点！定額減税の対応もわかりやすく解説

1-4. 扶養親族に変更があった

年末調整はその年の12月31日時点の内容でおこないます。しかし、ほとんどの会社ではそれよりも前に年末調整の申告書を回収するため、回収後に変更が生じる可能性があります。例えば、子どもが結婚し扶養から外れた場合などです。

扶養親族の入籍日や転居先が決まっているなど、あらかじめ変更がわかっている場合は、変更後の情報を従業員から回収できれば問題ありません。しかし、死別や家族の年収が変わったなど、予期していない変更が生じる可能性もあります。

扶養親族の数に変更が生じた場合には、従業員の申告に基づき年末調整のやり直しが可能です。

1-5. 本人や配偶者の年収が変わった

配偶者控除や配偶者特別控除は、従業員本人や配偶者の所得によって控除額が変わります。

年末調整はその年の最後の給与支給時に所得税を精算する仕組みのため、申告書に記載される従業員本人や配偶者の年収は、提出時点の見込み額です。12月に受け取った賞与が想定より少額だったり、12月の残業代が少なかったりした場合、実際の年収が見込み額を下回る場合があります。

年収が変わり、配偶者控除や配偶者特別控除の額が変動するのであれば、実際の所得額にもとづいた年末調整のやり直しが可能です。

1-6. 保険料控除や住宅ローン控除の修正が必要になった

年末調整が終わった後、年内に生命保険料や地震保険料、住宅ローンを追加で支払った従業員がいる場合には、年末調整のやり直しにより保険料控除や住宅ローン控除（住宅借入金等特別控除）を適用できます。

この場合は従業員から保険料控除申告書や住宅借入金等特別控除申告書を改めて出してもらい、保険料控除額を再計算しましょう。

なお、保険料控除を受ける場合は証明書類を申告書に添付する必要がありますが、申告時に証明書類を準備できない場合、翌年1月までの提出を条件として保険料控除の適用が可能です。

翌年1月までに従業員から証明書類が提出されないときは、保険料控除は対象外になります。対象外となった場合、保険料控除を除いた状態で年末調整のやり直しが必要です。

このように、年末調整の業務は複雑なため、計算方法があっているか不安な方もいらっしゃるのではないでしょうか。当サイトでは、年末調整の手順と計算方法をわかりやすく図で解説した資料を無料でお配りしています。年末調整の計算を正しくおこないたい方は、こちらから「年末調整ガイドブック」をダウンロードして、ミスのない年末調整業務にお役立てください。

2. 年末調整のやり直しを税務署から指示された場合の影響

税務署からやり直しの指摘を受けたからといって、すぐに何らかのペナルティが発生するわけではありません。

ここでは、やり直しを指示された場合に従業員や会社にどういった影響があるのか確認しましょう。

2-1. 延滞税や加算税が課される場合がある

年末調整のやり直しで追加の納税が必要になると、延滞税や加算税が課される場合があります。

延滞税は納期限までに税金を納めなかったことで発生する利息のようなものです。納税が完了したタイミングによって、次の表のとおり割合が変わります。

納税した日	延滞税の割合
納期限の翌日から2ヵ月以前	7.3%
納期限の翌日から2ヵ月より後	14.6%

加算税は納税しなかったことに対するペナルティです。年末調整では不納付加算税が関係します。

不納付加算税は、源泉徴収すべき税額が納期限までに完納されなかった場合に課されます。税率は原則として、納税していなかった税額×10%です。

延滞税や加算税の詳細は関連記事をご覧ください。

関連記事：加算税とは？延滞税の違いや種類と税率、端数計算について詳しく解説！
関連記事：不納付加算税とは？課される要件や計算方法、免除されるケースを解説

2-2. 対象となる従業員から追加徴収が必要な可能性がある

適用できないはずの控除が適用されていたり、計算した税額が本来納める額より少なかったりした従業員からは、足りない分の追加徴収が必要です。税額訂正のために、申告書の再提出が必要な場合もあります。

人事担当者のミスがやり直しの原因だった場合、従業員からの信頼を損なう可能性も考えられます。きちんと事情を説明するなど、対象となる従業員には丁寧な対応を心がけましょう。

3. 年末調整のやり直し通知が届いた場合の手続き

年末調整のやり直し通知が届いた場合は、原則として会社で手続きをおこなう必要があります。

会社には源泉徴収義務があるため、従業員の間違いで納付金額が増加する場合でも、会社として対応しなければなりません。年末調整を再計算した結果、追加の納税額が判明した場合は速やかに納付が必要です。

年末調整のやり直しの通知が届くと、とんでもないミスをしたのではないかと心配になる方もいるかもしれません。しかし、通知の内容に従って適切に対処すれば、問題が深刻化する可能性は低いです。やり直しの原因を一つずつ確認して、冷静に対応を進めましょう。

3-1. 通知や該当者の申告内容、対応期限の確認

やり直しの通知は年末調整の完了後、何ヵ月か経ってから届きます。やり直しの通知が届いた場合は、最初に次の3点を確認しましょう。

• やり直しの対象となる従業員
• 該当の申告とやり直しの内容
• 対応の期限

通知に記載されている従業員の申告書で基本情報や申告内容、計算過程を確認し、どこに問題があったのか把握します。

通知には報告期限も記載されているため、必ず確認して期限内に対応できるように進めましょう。

3-2. 従業員へのヒアリング

年末調整の計算が正しい場合は、従業員からの申告内容に誤りがないか確認します。

従業員の配偶者や扶養家族の収入が扶養の範囲を超えていないか、引っ越しなどで扶養に該当しなくなった人がいないかなど、従業員に聞かないとわからない部分を中心にヒアリングしましょう。

ヒアリングで確認した内容と申告書の記載に食い違いが見つかったら、修正内容を従業員に確認してもらいます。修正によって追加の納税が発生する場合がある点を説明し、了承を得ておきましょう。

3-3. 年末調整の再計算と納付

年末調整の内容を修正した場合は、修正内容にもとづいた再計算と追加の納付が必要です。計算を間違えると再度やり直しになる可能性があるため、期限を意識しつつも、慎重に計算しましょう。

計算のもとになる情報は、昨年度の収入や源泉徴収税額です。翌年の年末調整の時期にやり直しの通知がくるなど、混乱しやすい場合もあるため、修正が必要な情報や年度を誤らないよう注意が必要でしょう。

再計算後、追加の納付をおこなえば手続きは完了です。

▼書類の間違いがあった際の訂正方法はこちら
関連記事：年末調整の書類で間違いに気づいたときの正しい訂正方法

4. 税務署からやり直しを指示される前に誤りに気付いた場合

年末調整の誤りに自ら気付いて訂正すれば、税務署からやり直しの指示を受けずに済みます。

ミスに気付いたタイミングによって対応方法が異なるため、3つのシーンに分けて解説します。

4-1. 源泉徴収票を発行する前

源泉徴収票を発行し従業員に交付する前、つまり原則として翌年の1月末までは年末調整の訂正ができます。

誤りが見つかったら従業員に確認し、正しい情報にもとづいて税額を再計算しましょう。必要な場合は従業員から訂正後の申告書や追加の添付書類を提出してもらいます。

なお、誤りに気づいたのが翌年1月末より前でも、すでに源泉徴収票を発行している場合は年末調整のやり直しはできないため注意しましょう。

関連記事：年末調整の再調整は可能！方法やポイントをわかりやすく解説

4-2. 源泉徴収票の発行後〜確定申告の期限まで

源泉徴収票の発行後は年末調整でのやり直しはできません。従業員自身に確定申告をしてもらう必要があります。

確定申告は年末調整より申告内容が多く、申告期間も翌年2月16日から3月15日までと決まっているため、申告に不慣れな従業員には大きな負担です。確定申告をする必要がないよう、申告後に誤りが見つかったらすぐに人事担当者に連絡するよう、職場内に周知しましょう。

4-3. 確定申告の期限を過ぎたあと

確定申告の期限を過ぎると、原則として申告内容を修正することはできません。

ただし、申告内容に誤りがあり、そのままでは納税額が本来より少なくなってしまう場合には注意が必要です。放置すると、税務署から修正を求める通知が届く可能性があります。

その場合は、必ず管轄の税務署に連絡し、適切な対応方法を確認してください。

5. 年末調整のやり直しを発生させないためのポイント

年末調整のやり直し通知を受けると、さまざまな対応が必要になり人事担当者にも従業員にも負担がかかります。

やり直しの指摘を受けないためには、正しく年末調整をおこなうことが重要です。次年度以降の再発防止のためにも、年末調整のミスを防ぐためのポイントを解説します。

関連記事：年末調整がめんどくさい4つの理由と楽にするコツを解説

5-1. 余裕をもったスケジュールを立てる

申告書の回収や従業員一人ひとりの税額計算など、年末調整では手間や時間がかかる作業が多々あります。年末調整の期間中は12月支給の給与計算など、通常業務も並行して進める必要があるため、早めに作業を始めないと十分な時間の確保は難しくなります。

作業時間の確保には余裕を持ったスケジュールが重要です。作業に入る前に申告書の回収や作業に必要な期間を見積もり、十分な作業時間を確保できるようスケジュールを立てましょう。

5-2. ダブルチェック体制を整える

年末調整では申告書の内容を細かく確認する必要があります。人事担当者が異動したてなど、手続きに不慣れな場合もあるでしょう。

ミスの防止には複数人でのチェック体制が有効です。単純な計算ミスのほか、制度改正による変更点の対応漏れも防ぎやすくなります。

単純な記載漏れをほかの担当者に確認してもらう、申告前の書類を上長がチェックするなど、ダブルチェックの体制を整えておきましょう。

5-3. ツールやシステムを導入する

年末調整の計算を手作業でおこなうと、作業に時間がかかり計算ミスも起こりがちです。Excelなどの汎用的な表計算ソフトを使用している場合も、制度改正のたびに修正が必要になるため、効率化には限界があります。変更点が反映しきれず、ミスにつながる場合もあるでしょう。

年末調整用のツールやシステムを導入すれば計算ミスを防げるだけでなく、クラウド上で申告書の提出や確認ができるため、大幅な業務効率化が見込めます。

年末調整システムと連動した給与計算システムも併用すれば、毎月の給与計算業務も効率化できます。

手計算やExcelで年末調整の作業をおこなっている場合は、ツールやシステムの導入もご検討ください。

6. 年末調整のやり直しが発生しても慌てず冷静に対処しよう

年末調整のやり直しの通知が税務署から届いても、慌てる必要はありません。会社や従業員への影響を最小限に抑えるには、通知の内容に従った対応が大切です。

やり直しの通知は翌年8月以降に届くことが多く、唐突な連絡のように感じるかもしれません。従業員へのヒアリングなどで事実関係を把握し、適切に対応しましょう。