年末調整が終了して半年以上経過してから、税務署から「扶養控除等の見直し」という通知を受け取ることがあります。もし、年末調整の扶養控除が間違っていた場合には、どのように対応するかご存知ですか？

もちろん、会社として従業員の給与に対して、源泉徴収義務があるので、年末調整計算のやり直しをすることになります。

詳しくは、次の記事で確認をしていきましょう。

1. 年末調整のやり直しを税務署から通知されたら？

年末調整は、その年度の12月分の給与を支払うときにおこなうことが多いです。そのため、実務上は、扶養控除や配偶者控除は、最後の給与を支払う日前の現況で判断することになると思います。

しかし、年末調整の計算が終わった後、その年の12月31日までの間に、子供の結婚や就職、不慮の病気や事故でその扶養控除の人数が変更となる場合があります。

所得税法で、年末調整は、その年の12月31日の現況で控除対象となる扶養親族などの判定を行うことになっています。

そのため、控除対象となる扶養親族の人数が変わった場合には、年末調整で計算した金額とその人が本来納めるべき金額とは違ってきてしまいます。

1-1. 過年度分を再計算し不足額を納付する

「年末調整で計算した金額」と「本来納めるべき金額」が違う場合、年末調整のやり直しを税務署から通知を受ける場合があります。それは、過去の年末調整において「配偶者控除」や「扶養控除」、「基礎控除」に誤りがある可能性が高いので、調べてくださいという場合です。

通知を受けたときは、会社には源泉徴収の義務がありますので、その対象の従業員に、事情を確認なければなりません。仮に扶養控除の人数などが、誤っていた場合には、会社がその本人から源泉所得税を追加で徴収して、税務署へあらためて納付する手続きが必要となります。

1-2. 従業員の申告内容に誤りがあった場合、確定申告で修正すべきなのか

従業員の年末調整の誤りだから、確定申告で修正すべき、と思うかもしれません。しかし、会社には源泉徴収義務があるので、従業員の扶養控除の間違いやその他の所得控除の間違いで、会社の源泉所得税の納付金額が増加する場合には、年末調整の再計算は、それが発覚した時点で納付することが必要となります。

ちなみに、従業員の扶養控除を追加で適用できたのに、適用していなかった場合には、還付金額が増えるので、翌年１月31日の源泉徴収票を渡す前であれば年末調整の再計算をできます。それ以降の場合は、確定申告書にて本人が調整すればよいことになっています。

「会社の源泉所得税が納税不足である場合は、追加で納付をしなさい」という義務を会社に課していますが、納税額が過大である場合は、年末調整の再計算は任意となっています。

このように、年末調整の金額にミスがあった場合は、年末調整を再計算して再納付しなければならない場合があります。二度手間を防ぐためにも、年末調整の計算は慎重におこないましょう。

年末調整の計算方法を見直したい場合

とはいえ、年末調整の業務は複雑なため、計算方法があっているか不安な方もいらっしゃるのではないでしょうか。当サイトでは、そのような方向けに、年末調整の手順と計算方法をわかりやすく図で解説した資料を無料でお配りしています。年末調整の計算を正しくおこないたい方は、こちらから「年末調整ガイドブック」をダウンロードして、ミスのない年末調整業務にお役立てください。

2. 年末調整のやり直しが必要になる場合とは

一般的には下記の場合に当てはまる場合、年末調整のやり直しが必要になります。

• 基本情報の変更が生じた
• 控除額に誤りがあった

それぞれ詳しく解説します。

2-1. 基本情報の変更が生じた

年末調整はその年の12月31日時点の内容でおこないます。しかし、年末調整の書類は年内に回収する企業も多く、年末調整の書類を回収した後に変更が生じる可能性もあります。

入籍日や転居先が決まっているなど、あらかじめ変更がわかっている場合は、変更後の情報で記載してもらえば問題ありません。しかし、死別や家族の年収が変わったなど、予期していない変更が生じる可能性もあります。

そのような場合には、従業員には速やかに報告してもらうとともに、年末調整の情報を変更しなければなりません。

2-2. 控除額に誤りがあった

年末調整では、扶養控除や住宅ローン控除、生命保険料控除など、様々な控除があります。

それらを受けるためには「年末残高等証明書」が必要ですが、発行が間に合わない場合や無くしてしまった、存在を忘れていた、という場合もあるでしょう。

もし控除を受けられるのに、誤って適用しない状態で年末調整書類を提出していた場合は、必要書類を揃えて再提出してもらいましょう。

従業員からの申請が1月31日を過ぎていた場合は、確定申告することで適用できます。

3. 年末調整のやり直し通知が届いた場合の手続き

やり直しの通知が届いた場合の具体的な手続きは、次のような流れでおこないます。

1. 通知の受領
   
2. 該当者の扶養控除を確認
3. 従業員にヒアリング
4. 年末調整の再計算と納付

それぞれ詳しく確認しましょう。

3-1. 通知の受領

年末調整に誤りがあった場合、扶養控除等の見直しの通知が届きます。通知が届いたら、すぐに確認しましょう。どの部分に問題があったのかをしっかり把握することが重要です。この通知には、必要な対応や修正すべき点が記載されているため、見落とさないようにしましょう。

また、通知の内容に従って、該当する従業員の状況を確認し、必要な手続きを迅速に進められるように準備しておくことが大切です。従業員への連絡漏れがないよう、業務フローを見直すことも検討しましょう。

3-2. 該当者の扶養控除を確認

通知に氏名が記載されている従業員の扶養控除を確認し、年末調整が正しく計算されていたかを確認します。

この過程では、扶養親族の人数や状況の変化がないかを慎重にチェックすることが重要です。特に、結婚や出産、再婚などのライフイベントがある場合には、扶養控除の対象が変わる可能性が高くなります。確認の際には、従業員から正確な情報を得るために、ヒアリングを行うことが推奨されます。また、書類の添付が必要な場合もあるため、必要な証明書類も一緒に収集することが求められます。

これらの確認作業を怠ると、再計算や納付の手続きに影響を及ぼすことになるため、細心の注意を払うようにしましょう。

3-3. 従業員にヒアリング

年末調整において、従業員のヒアリングは非常に重要なステップです。特に扶養控除や保険料控除に関する情報は、誤りがあった場合の影響が大きいため、慎重に確認する必要があります。従業員に対しては、扶養親族の状況や控除の対象となる支出について直接話を聞く機会を設けることが大切です。これにより、控除されるべき額を正確に把握し、必要に応じて文書を整えることが可能になります。

また、ヒアリングの際には、過去の申告内容をもとにした具体的な質問をすることで、従業員がどのような条件で申告していたのかを深く理解することができます。仮に誤りが発覚した場合、速やかに年末調整の金額を修正し、関連する手続きを行うことが求められます。このように、従業員とのコミュニケーションが円滑に進むことで、年末調整業務がスムーズに進行し、正確な勤怠処理や税金計算につながるのです。

3-4. 年末調整の再計算と納付

扶養控除の人数を修正して、不足の税額が発生する場合には、迅速に年末調整を再計算する必要があります。再計算は正確性が求められるため、過去の申告内容を詳しく確認し、誤りを正すための基準を明確にすることが重要です。

特に、従業員からの情報や提出書類を基にした確認作業が欠かせません。これにより、必要な修正箇所を特定しやすくなります。また、再計算の結果として発生した税額の不足分は、翌年の納付期限内に税務署に追加で納付しなければなりません。この手続きを怠ると、今後の税務調査や従業員への影響が大きくなるため、注意が必要です。

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4. 税務署から年末調整のやり直しを通知された時の期限

従業員に対する還付金額が大きくなる場合は、年末調整の再計算ができるタイミングは翌年１月末までですが、税務署への納付金額が大きくなる場合は、無制限に再計算をしなければなりません。

よって、年末調整から、半年後にやり直しの通知がきたら、やり直しの計算に対応しなければなりません。

4-1. 還付金額が大きくなる場合、翌年1月末までの期限

原則として、還付金額が大きくなる場合の年末調整の再計算できるのは翌年1月末までです。理由は、翌年1月末までに、一定要件を満たす従業員の源泉徴収票を税務署へ提出しなければならないからです。

また、従業員本人も別の所得（例えば、不動産所得や副業の雑所得です。）がある場合には、翌年3月15までに確定申告をしなければならないので、給与所得にかかる源泉徴収票が必要とされます。

例えば、12月の年末調整の際に、従業員および配偶者の合計所得金額を、一定の金額で見積って、控除は適用しなかった場合に、決算賞与などがなくなった場合があります。

この場合、配偶者控除および配偶者特別控除額が受けられることになるので、配偶者控除等申告書を再提出してもらい、翌年１月の末日までに、年末調整を再計算する必要があります。

一般的に、翌年の１月末までであれば、年末調整の再調整ができます。ただし、初回の年末調整の計算から再計算までの猶予はあまり期間がなく、その他の業務で忙しい場合が多いので、正確性と効率性が求められます。

翌年１月末までに、誤りや変更がある場合には、年末調整担当者に必ず報告させるということを従業員や社内に周知し、そのルール徹底することが大切です。

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4-2. 納付金額が大きくなる場合、無制限・期限なし

年末調整のやり直しを税務署から通知されるタイミングは翌年の8月以降が多いです。理由は、税務署の職員の人事異動と、住民税の計算が完了するのが6月頃だからです。

給与支払報告書の提出期限は翌年1月末ですが、確定申告期限は翌年3月15日であり、住民税の納付書が届くのが5月から6月頃です。そのため、住民税は、6月末に計算が完了していると考えられます。

ただし、税務職員の人事異動が7月に行われますので、異動にともなう担当者変更と引継ぎが完了してくる8月頃に税務調査やこのような問い合わせが多くなると考えられます。

5. 年末調整のやり直しで気をつけること

年末調整のやり直しで気をつけることは、税務署へ納付する所得税額が減額修正になるのか、増額修正になるのかを判断することです。減額修正する場合の年末調整のやり直しは、会社の任意です。よって、従業員に確定申告で修正をお願いすることも可能となります。医療費控除や給与所得以外の所得がある方の場合は、いずれにしても確定申告するので、確定申告にて正しく計算すれば、結果的に年間所得税額は適正となります。

しかし、増額修正する場合は、会社に源泉徴収義務があり、税務署への納付義務もありますので、やり直しは必須となります。以下にやり直しとなるケースをまとめていますので、ポイントを押さえておきましょう。

5-1. 増額・減額になるケース一覧

主な年末調整のやり直しとなる事由は次の事項です。

増額のやり直し	大学生の子供のアルバイト給与所得が103万円を超えてしまったので、扶養控除からはずれる場合 配偶者の収入が実は配偶者控除や配偶者特別控除の適用できる所得の範囲を超えてしまっていたので、配偶者控除が受けられない場合 ２か所以上の会社で働いており、全体の給与収入が103万円を超えてしまったので、扶養控除からはずれる場合 年末調整後に、扶養親族に異動があった場合（子供の結婚、就職）で、扶養からはずれる場合 年末調整後に、決算賞与や現物給与などがあった場合で、給与所得の計上もれがある場合 国民年金の保険料などの控除証明書を１月末までに提出することを条件に年末調整を行った場合で、その証明書類が期日までに提出されなかった場合
減額のやり直し	見込み所得よりも減少し、配偶者控除や基礎控除が適用できることとなった場合 年末調整後に、生命保険料控除や社会保険料控除、住宅ローン控除があった場合

増額となる場合と減額となる場合で、年末調整のやり直しの義務が異なりますので、注意しましょう。

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6. 年末調整のやり直しが発生した場合は、従業員へのヒアリングをはじめ適切な対処をおこなう

年末調整のやり直しの通知を税務署から受けたら、年末調整の期限である翌年1月末以降であっても会社には、源泉徴収義務があるので、そのやり直しに対応しなければなりません。

通知を受けるタイミングは、翌年8月以降のため、かなり遅いと感じるかもしれませんが、従業員の方にヒアリングなどをして、適切に対応をしましょう。

なお、年末調整のやり直しは、納付金額が多くなる修正は、対応しなければなりませんが、還付金額が多くなる修正については、年末調整は任意となります。確定申告でお願いする方法も考えられます。

会社としてのルールを決めておきましょう。