勤怠管理システムと給与計算を連携させるには?選定ポイントを解説
更新日: 2026.2.27 公開日: 2020.2.7 jinjer Blog 編集部

人事労務担当者にとって、勤怠管理と給与計算は、従業員が正しく働き、適正な給与を受け取るために欠かせない業務です。しかし、タイムカードや勤怠表を手作業で集計し、給与計算ソフトに入力すると、転記・計算ミスが発生しやすく、従業員からの問い合わせやトラブルの原因になりかねません。
こうした課題を解決するには、勤怠管理システムと給与計算システムを連携させ、自動化することが重要です。本記事では、システム連携のメリットや方法、導入を成功させるポイントを詳しく解説します。
【給与計算業務のまとめはコチラ▶給与計算の基礎知識をおさえよう!仕組みや給与計算のやり方を解説】
目次
人事労務担当者の実務の中で、勤怠管理は残業や深夜労働・有休消化など給与計算に直結するため、正確な管理が求められる一方で、計算が複雑でミスや抜け漏れが発生しやすい業務です。
さらに、働き方が多様化したことで管理すべき情報も多く、管理方法と集計にお困りの方もいらっしゃるのではないでしょうか。そんな担当者の方には、集計を自動化できる勤怠システムの導入がおすすめです。
◆解決できること
- 打刻漏れや勤務状況をリアルタイムで確認可能、複雑な労働時間の集計を自動化
- 有給休暇の残日数を従業員自身でいつでも確認可能、台帳の管理が不要に
- PCやスマホ・タブレットなど選べる打刻方法で、直行直帰やリモートワークにも対応
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1. 給与計算に関する企業の悩み

給与計算は準備が大変であったり、専門的な知識や複雑な計算が求められたりするため、悩みがつきものです。企業では、次のような給与計算に関する悩みがあるのではないでしょうか。
1-1. 紙のタイムカード集計に時間と手間がかかる
紙のタイムカードを使用している企業では、毎月の締日にすべてのタイムカードを回収し、従業員一人ひとりの出退勤時刻を1枚ずつ確認しながら、労働時間や残業時間を手作業で計算する必要があります。
打刻漏れや二重打刻、誤った打刻がないかを確認し、必要に応じて本人や上長へ確認・修正をおこなう作業にも多くの時間と手間がかかります。その結果、担当者は集計業務だけで何時間も、場合によっては数日を費やすことになり、他の重要な業務に支障をきたすことも少なくありません。
さらに、手計算による集計ではヒューマンエラーが発生しやすく、計算ミスが起きた場合には給与の再計算や訂正対応が必要となります。こうしたミスが繰り返されると、従業員の不満や不信感につながり、企業への信頼低下を招くおそれもあります。
関連記事:タイムカード集計にかかる時間を短縮できる3つの方法
1-2. 勤怠データをエクセルへ転記する作業が非効率
タイムカードや紙の勤怠表をExcelへ手入力で転記している場合、入力ミスや転記漏れのリスクが常につきまといます。とくに、月末や締日前後など業務が集中する時期には確認作業が追いつかず、誤った勤怠データのまま集計してしまうおそれもあるでしょう。
また、複数のシートや複雑な計算式を用いて管理しているケースでは、担当者しか仕組みを把握していない「属人化」が発生しやすく、担当者の不在時や引き継ぎ時に業務が滞る原因となります。
計算式の修正や勤怠データの訂正が発生するたびに全体を再確認・再計算しなければならず、作業時間がかかるうえ、ミスを見落とすリスクも高まります。
このように、手作業とExcel管理に依存した勤怠管理は、業務効率の低下だけでなく、給与計算や労務管理全体の正確性にも悪影響を及ぼす点が大きな問題といえるでしょう。
1-3. 頻繁な法改正への対応が負担になっている
残業割増率の見直しや社会保険・雇用保険料率の改定など、給与計算に関わる法令は毎年のように変更されています。企業は、これらの改正内容を的確に把握し、迅速に給与計算へ反映させなければなりません。
例えば、令和7年度(2025年度)から雇用保険料率が引き下げられましたが、続く令和8年度(2026年度)も2年連続で引き下げられる見通しとなっています。この改定に伴い、従業員の給与から控除する雇用保険料の計算方法も変更が必要です。
参考:雇用保険料2年連続下げ 26年度1.35%、厚労省部会了承|日本経済新聞
さらに、最低賃金の引き上げや労働時間制度の改正なども給与計算に大きな影響を及ぼします。そのため、給与計算のルールは常に最新の法令を前提として運用しなければなりません。
これらの法改正を正しく反映できていない場合、未払い残業代の発生や、社会保険料・雇用保険料の過不足といった法令違反につながるおそれがあります。その結果、行政からの是正指導を受けたり、従業員からの信頼を損なったりするなど、企業にとって重大なリスクとなるでしょう。
しかし、法改正の内容を都度確認し、Excelの計算式やマクロ、運用ルールを手作業で修正し続けるのは容易ではありません。担当者の知識や経験に依存しやすく、更新漏れや設定ミスが発生する可能性も高いため、業務負担とリスクが年々増大しているのが実情です。
関連記事:働き方改革への対応で企業が取るべき行動と導入すべきシステム
2. 勤怠管理システムと給与計算システムを連携させるメリット


勤怠管理システムと給与計算システムを連携させることで、勤怠データの集計から給与計算までを一連の流れで処理できるようになります。
これにより、手作業による転記や計算が不要となり、業務効率の向上と人的ミスの防止を同時に実現できます。特に、従業員数が多い企業や、勤務形態が多様な職場では、その効果がより顕著に表れるでしょう。
ここからは、勤怠管理システムと給与計算システムを連携させる具体的なメリットを紹介します。
2-1. 勤怠管理を元に自動で給与計算ができる
勤怠管理システムと給与計算システムを連携させれば、出退勤時刻や労働時間、残業時間などの勤怠データをもとに、給与を自動で計算できます。
毎月の締日後に勤怠データを手入力する必要がなくなるので、集計や計算にかかっていた時間を大幅に削減できます。
また、計算ルールをあらかじめ設定しておけば、担当者の経験や知識に依存せず、誰が処理しても同じ結果を得られる点も大きなメリットです。
関連記事:勤怠管理システムのメリット7つを徹底解説!デメリットはある?
2-2. 計算ミスをなくして正確な給与計算がしやすくなる
手作業による給与計算では、入力ミスや計算式の設定誤り、転記漏れなどが起こりやすく、給与額の誤算につながるリスクがあります。
勤怠管理システムと給与計算システムを連携させれば、確定した勤怠データが自動的に給与計算へ反映され、手入力や転記作業が不要になります。給与計算前の準備や煩雑な作業も大幅に削減できるので、ヒューマンエラーの発生を抑えやすくなるでしょう。
さらに、残業割増や深夜割増、欠勤控除なども自動で正確に計算されるため、従業員への支給額を適切に算出できます。その結果、給与計算に起因するトラブルを防止しやすくなり、計算の正確性が高まることで、従業員の安心感や信頼感の向上にもつながります。
2-3. 法改正の対応がスムーズにおこなえる
勤怠管理システムと給与計算システムを連携して利用していれば、法改正に対応したシステムアップデートによって、最新の計算ルールが自動的に反映される場合が多く、担当者がその都度計算方法を見直す負担を軽減できます。
例えば、社会保険の加入条件が改正された場合、システム連携をおこなっていなければ、勤怠管理と給与計算の双方で登録データを修正しなければなりません。一方、両システムを連携していれば、勤怠管理システム上の従業員情報を更新するだけで、その内容が給与計算にも反映され、社会保険料の計算まで一貫して対応できるでしょう。
このように、システム連携によって法改正への対応漏れや設定ミスによる計算誤りを防ぎやすくなり、給与の誤支給や法令違反といったリスクの低減につながります。その結果、給与計算業務の正確性と安定性が高まり、担当者は安心して日常業務に取り組めるようになるでしょう。
本章でメリットを紹介しましたが、実際にシステムを使用したことがない場合は、どれほど業務が効率化できるかイメージがしにくいかもしれません。そこで、当サイトでは、勤怠管理システム「ジンジャー勤怠」の管理画面をお見せしながら、どのようにしシステムで管理していくか解説した資料を無料で配布しております。
システムの導入により、どのように業務が効率化できそうか管理画面をもとに確認したいというご担当者様は、こちらから資料をダウンロードしてご覧ください。
3. 勤怠管理システムと給与計算システムの主な連携方法


勤怠管理システムと給与計算システムを連携させる方法には、運用方法や企業規模、求める自動化レベルに応じて、主に次の3つの選択肢があります。
- CSV・データファイル連携
- API連携(リアルタイム連携)
- 勤怠・給与を一元管理できるシステムを利用する方法
それぞれの特徴やメリット・注意点について解説します。
3-1. CSV・データファイル連携
CSV・データファイル連携とは、勤怠管理システムから勤怠データをCSVやExcel形式で出力し、そのデータを給与計算システムへ取り込む連携方法です。多くのシステムで利用でき、初期費用を抑えて導入しやすい点がメリットといえるでしょう。
一方で、データの出力・取込を手作業でおこなうケースも多く、操作ミスやフォーマットの違いによってエラーが発生するおそれがあります。そのため、運用時にはデータ確認や管理体制に十分注意する必要があります。
3-2. API連携(リアルタイム連携)
API連携とは、勤怠管理システムと給与計算システムをAPIで接続し、データを自動的に連携する方法です。なお、APIとは、ソフトウェアが外部から機能やデータを利用するための呼び出し方法を定義したインターフェースであり、異なるシステム間の連携を可能にします。
API連携を活用すれば、データ更新がリアルタイムで自動的に反映されるので、手作業が不要になり、計算ミスを防ぎやすくなります。一方で、システム間のAPI仕様や認証方式が対応している必要があり、導入や設定には一定の技術的知識が求められる点に注意が必要です。
3-3. 勤怠・給与を一元管理できるシステムを利用する方法
勤怠管理と給与計算を同一のシステムで一元管理する方法もあります。システム間でのデータ移行や連携設定が不要なので、運用がシンプルになり、日常的な操作負担を抑えられます。入力データが自動的に反映されることで、情報の不整合が起こりにくく、管理者の業務効率向上にもつながるでしょう。
一方で、統合型システムは初期費用や月額費用が高くなるケースがあります。また、多機能であるがゆえに操作が複雑になり、使いこなすまでに時間を要することも少なくありません。そのため、自社の従業員規模や業務内容、必要な機能を踏まえたうえで、最適なシステムを選定することが重要です。
給与計算ソフトと勤怠管理システムの連携がどのようなものかイメージがつかないという方に向け、当サイトでは勤怠管理システムの機能をまとめた資料を無料で配布しておりますので、気になった方はこちらから資料ダウンロードページをご覧ください。
【勤怠管理システムについてはコチラ▶勤怠管理システムとは?はじめての導入にはクラウド型がおすすめ】
4. 勤怠管理システムの選定・比較ポイント

給与計算と連携した勤怠管理システムを選定する際には、いくつか重視しておきたいポイントがあります。ここからは、そのような場合における勤怠管理システムの選定・比較する要点について紹介します。
4-1. 既存の他システムと連携
勤怠管理システムを導入する際には、すでに使用している給与計算ソフトや人事・労務システムとのスムーズな連携が実現できるか考慮することをおすすめします。
給与計算ソフトとのデータ連携ができれば、勤怠管理から従業員への給与支払いまでの業務を一括で自動化することが可能になり、大幅な業務効率化が可能です。途中で人の手が入らないため、ミスも発生しにくくなるでしょう。
また、一つのシステムで一元管理することで、複数のシステムを交互に使ったり、データを移動したりする細かい業務も発生しません。
4-2. 機能・オプションは自社に適しているか
勤怠管理システムは、搭載されている機能やオプションがサービスごとに異なり、それぞれに強み・弱みがあります。そのため、自社の業務内容や働き方に合ったシステムを見極めることが重要です。
例えば、スマートフォンやPCによる基本的な打刻方法に加え、ICカード、顔認証、指紋認証など多様な打刻手段に対応したシステムがあります。さらに、GPS機能を備え、出退勤時の位置情報を記録できるものも存在します。
また、管理者向けにはシフトの自動作成機能、従業員向けには時間外労働を抑制するアラート機能や、休日・休暇申請をオンラインでおこなえる機能などを搭載したシステムもあります。
このように、自社に最適な機能やオプションを備えた勤怠管理システムを導入することで、従業員および人事・労務担当者双方の業務負担を大幅に軽減できるでしょう。
4-3. 導入方法による違いを正確に理解する
給与計算と連動する勤怠管理システムには、インストール型とクラウド型が存在します。
インストール型は自社のサーバーやコンピューターにソフトウェアをインストールして利用し、データは自社の内部に保存される仕組みです。
一方でクラウド型は、インターネット経由でアクセスするサービスを利用し、データはクラウドサーバー上に保存されます。
インストール型とクラウド型は、料金面や機能面においても違いがあります。
インストール型の費用面は、初期費用やメンテナンス費用がかかり、月額料金が不要です。ただし法改正への追加対応が生じる際は、アップデートするために追加料金が生じる場合があります。
一方、クラウド型は月額課金制でランニングコストがかかりますが、インストール型と比較して安いケースもあります。
クラウド型は、法改正には自動で対応し、追加料金がかからない点も特徴として挙げられます。
それぞれの方法にメリットとデメリットがあるため、重視する点を整理してより適した方法を選びましょう。
4-4. サポート体制は十分か
新たにシステムの導入や運用を開始する際には、トラブルが生じる可能性があることも念頭に置かなければなりません。
給与計算という重要な業務においてトラブルが生じると、従業員との信頼関係に影響を及ぼす可能性もあるので注意が必要です。
このようなリスクを防ぐためにも、迅速なサポート体制が整っているサービスを選ぶことが重要といえるでしょう。メール・チャット・電話などのサポートの種類や、対応時間についても事前に確認することをおすすめします。
5. 勤怠管理・給与計算システム導入・連携を成功させるためのポイント


5-1. 導入前に費用対効果を明確にする
システム導入にあたっては、費用対効果を事前に明確にすることが重要です。
具体的には、初期費用や月額利用料、保守・サポート費用などの導入コストに加え、運用開始後に発生する追加費用も含めて総額を把握したうえで、導入によって得られる効果と比較しましょう。
効果の面では、勤怠集計や給与計算、データ転記、チェック作業などにかかっている担当者の作業時間がどの程度削減できるか、また、入力ミスや計算ミスの減少によって再計算や修正対応がどれだけ減るかといった点が重要な判断材料になります。
特に、現状の勤怠管理・給与計算に要している作業時間や工数をあらかじめ可視化しておくことで、「月に何時間削減できるのか」「人件費換算でどの程度の効果があるのか」を具体的な数値で評価できます。
5-2. 無料トライアルで操作性・適合性を確認する
多くのクラウド型の勤怠管理・給与計算システムでは、無料トライアルやデモ環境が用意されています。導入前には、資料や機能一覧だけで判断せず、実際に操作して操作性や自社の運用フローに合っているかを確認しましょう。
実際に打刻、申請・承認、締め処理、給与計算までの一連の流れを試すことで、現場の従業員にとって使いやすいか、管理者側の設定や確認作業が煩雑にならないかを具体的に把握できます。
また、複数のシステムを比較検討すれば、画面のわかりやすさや操作手順の違い、サポート体制や問い合わせ対応の質なども見えてきます。導入後の「使いにくい」「現場に定着しない」といった失敗を防ぐためにも、トライアルの活用は欠かせません。
5-3. 初期設定を丁寧に実施してテスト運用をおこなう
システム導入の成否は、初期設定の正確さとテスト運用に大きく左右されます。従業員情報や勤務形態、休暇ルール、給与計算ルールなどを正確に登録したうえで、部署単位や一部の従業員でテスト運用を実施しましょう。
初期設定後は、いきなり全社で本稼働させるのではなく、部署単位や一部の従業員を対象にテスト運用を実施しましょう。実際の勤怠データを使って申請・承認フローや給与計算をおこなうことで、設定漏れや計算結果の誤り、運用上の課題を事前に洗い出せます。
テスト運用で見つかった課題を一つずつ修正し、本稼働前に不安要素を解消しておけば、導入後のトラブルや混乱も防止できます。
6. 自社に適した勤怠管理システムで給与計算の効率と正確性を上げよう


給与計算を効率化するためには、勤怠管理システムと給与計算システムを連携させるのがポイントです。両者を連携すれば、勤怠データが自動的に給与計算へ反映され、計算作業が大幅にスムーズになります。その結果、人事担当者の業務負担を軽減できるだけでなく、入力ミスや計算ミスといったトラブルの防止にもつながります。
給与計算システムと連携可能な勤怠管理システムを導入する、もしくは勤怠管理と給与計算を一体で管理できるパッケージ型システムの導入を検討し、業務全体の効率化を図ってみてはいかがでしょうか。



人事労務担当者の実務の中で、勤怠管理は残業や深夜労働・有休消化など給与計算に直結するため、正確な管理が求められる一方で、計算が複雑でミスや抜け漏れが発生しやすい業務です。
さらに、働き方が多様化したことで管理すべき情報も多く、管理方法と集計にお困りの方もいらっしゃるのではないでしょうか。そんな担当者の方には、集計を自動化できる勤怠システムの導入がおすすめです。
◆解決できること
- 打刻漏れや勤務状況をリアルタイムで確認可能、複雑な労働時間の集計を自動化
- 有給休暇の残日数を従業員自身でいつでも確認可能、台帳の管理が不要に
- PCやスマホ・タブレットなど選べる打刻方法で、直行直帰やリモートワークにも対応
システムを利用したペーパーレス化に興味のある方は、ぜひこちらから資料をダウンロードの上、工数削減にお役立てください。
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