通勤手当は、所得税法上一定額まで非課税とされていますが、支給額が非課税限度額を超えると「給与」として課税対象になります。限度額は公共交通機関（電車・バスなど）なら月15万円、マイカー通勤なら距離に応じて決まっています。

また、通勤手当と交通費の違いにも注意が必要です。本記事では、通勤手当の課税・非課税ルールや最新の改正内容、誤った際のリスクと対処法をわかりやすく解説します。

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1. 所得税における通勤手当の非課税ルール

通勤手当は、従業員が勤務先へ通うために通常必要と認められる費用を補填する目的で支給されるものです。所得税法では一定の範囲内であれば課税しないと定められており、給与計算実務においても重要なポイントとなります。

1-1. 通勤手当は一定額までは非課税

通勤手当は、一定額までは所得税が非課税とされていますが、その非課税限度額は通勤手段によって異なります。電車やバスなどの公共交通機関を利用する場合と、自家用車やバイクで通勤する場合とでは、適用される非課税枠の考え方が異なります（※詳細は2章で解説しています）。

また、非課税として認められるのは「通勤に通常必要と認められる範囲」に限られます。たとえ通勤手当として支給していても、通勤と無関係な名目で上乗せしている金額については、課税対象と判断される可能性があります。そのため、支給額や算定方法については適切な管理が求められます。

参考：所得税法第9条｜e-Gov法令検索

1-2. 通勤手当の非課税限度額を超えると「給与」として課税される

通勤手当には所得税の非課税限度額が設けられており、その範囲内であれば課税されません。ただし、支給額が非課税枠を超えた場合、超過分は「給与」とみなされ、所得税の課税対象となります。

例えば、公共交通機関を利用して通勤しており、実費が月20万円かかっている場合でも、通勤手当の非課税限度額は月15万円までです。そのため、上限を超える5万円については給与として扱われ、源泉徴収の対象ともなるので注意しましょう。

1-3. 【ポイント】通勤手当と交通費の違い

通勤手当と交通費はいずれも「仕事に関連して発生する移動費」という点では共通していますが、対象となる場面や会計・税務上の取り扱いは異なります。混同しないためには、それぞれの意味を正しく理解しておくことが重要です。

通勤手当とは、従業員が自宅から勤務先まで通うために必要な費用について、企業が一定額を手当として支給するもの、またはその支給額を指します。通勤にかかる実費の全額、もしくは一部を補助する形が一般的です。ただし、通勤手当の支給は法律で義務づけられているわけではなく、支給の有無や金額、上限額などは各企業の規程によって定められます。

一方、交通費は業務遂行の過程で発生する移動費を指します。例えば、営業活動や出張、取引先への訪問、接待などに伴い、電車・バス・タクシー・新幹線などを利用した場合の運賃がこれに該当します。

また、遠方への出張で宿泊を伴う場合には、宿泊費や日当を含めて「出張旅費」として処理する企業もあります。多くの場合、従業員がいったん立て替え払いを行い、領収書や経費精算書を提出したうえで精算する流れとなります。こうした業務上必要な移動費や出張旅費は、原則として給与ではなく企業の経費として取り扱われます。

関連記事：出張手当とは？メリット・デメリットや相場を解説

2. 所得税における通勤手当の課税ルール

通勤手当が課税になるか非課税になるかは、利用している交通手段およびその金額によって決まります。ここでは、所得税における通勤手当の課税ルールをパターン別に説明します。

2-1. 電車やバスなどの公共交通機関を利用して通勤する場合

電車やバスなどの公共交通機関を利用して通勤する場合は、1ヵ月あたり15万円を超えた金額について所得税の課税対象となります。つまり、月15万円までが非課税です。

なお、通勤経路として考えられる経路がいくつかある場合は、「もっとも経済的かつ合理的と認められる経路」での運賃でなければなりません。「経済的」には「費用のかからないさま。安あがりなさま」という意味があるため、できるかぎり通勤費用を安く抑えることが求められます。また、「合理的」には「むだを省いて能率よく物事をおこなうさま」という意味があるので、効率的で無駄のない通勤経路であることが必要です。

例えば、通勤に新幹線を利用する必要がある場合は、新幹線の運賃自体は「経済的かつ合理的」として認められますが、グリーン車の利用は「経済的かつ合理的」としては認められない点には注意が必要です。

参考：No.2582 電車・バス通勤者の通勤手当｜国税庁

2-2. マイカーや自転車・バイクを利用して通勤する場合

マイカーや自転車・バイクを利用して通勤する場合は、通勤距離に応じて一定の金額を超えた分に関して所得税の課税対象となります。

通勤距離ごとの非課税上限額は次の表の通りです。

なお、令和7年11月20日には、マイカーなどで通勤する場合の通勤手当に関して、非課税限度額が引き上げられる改正がおこなわれました。この改正は令和7年4月1日にさかのぼって適用されている点にも注意が必要です。

通勤距離（片道）	1ヵ月当たりの限度額（※令和7年4月1日以後適用）
片道55km以上	38,700円
片道45km以上～55km未満	32,300円
片道35km以上～45km未満	25,900円
片道25km以上～35km未満	19,700円
片道15km以上～25km未満	13,500円
片道10km以上～15km未満	7,300円
片道2km以上～10km未満	4,200円
片道2km未満	全額

例えば、通勤距離が片道40kmという場合には、「片道35km以上～45km未満」に当てはまるので、25,900円を超す通勤手当に関しては所得税の課税対象となります。

なお、通勤で有料道路を使用する際は「最も経済的かつ合理的な経路および方法」に該当する場合であれば、非課税の通勤手当に含めることができます。

参考：No.2585 マイカー・自転車通勤者の通勤手当｜国税庁
参考：通勤手当の非課税限度額の改正について｜国税庁

2-3. マイカーや自転車・バイクと公共交通機関を併用して通勤する場合

マイカーや自転車・バイクと公共交通機関を併用して通勤している場合、通勤手当の非課税限度額は、それぞれの通勤手段ごとに定められた上限額を合算した金額が基準となります。

ただし、合算した金額が1ヵ月あたり15万円を超えるときは、非課税となるのは15万円までです。超えた部分は給与として課税対象になります。例えば、次のように通勤手当を支給したケースを考えてみましょう。

• マイカー（片道35km以上～45km未満）：月25,900円
• 電車：月140,000円

それぞれの通勤手段を単独で見ると非課税限度額の範囲内ですが、合計すると165,900円となり、15万円を超えています。そのため、超過分である15,900円は給与として課税対象となります。

参考：No.2582 電車・バス通勤者の通勤手当｜国税庁

当サイトでは、通勤手当の課税・非課税ルールを考えるうえでも重要となる、所得税の基礎知識や計算方法をまとめた資料を無料で配布しています。所得税に関して不安な点がある担当者の方は、ぜひこちらから「所得・住民税 給与計算マニュアル」をダウンロードしてご覧ください。

2-4. リモートワーク対象者にテレワーク手当（在宅勤務手当）を支給する場合

リモートワークを実施する従業員に対し、通勤手当の代替としてテレワーク手当（在宅勤務手当）を支給する企業も少なくないでしょう。ただし、このテレワーク手当は金額にかかわらず原則として「給与」に該当し、所得税の課税対象となります。

一方で、在宅勤務に伴い発生する通信費や光熱費などについて、企業が実費相当額を精算する形で支給する場合、給与とは区別されるので原則として課税対象にはなりません。

また、完全在宅勤務で実際の通勤が発生していないにもかかわらず通勤手当を支給すると、その支給額は通常の給与と同様に取り扱われ、課税対象と判断される可能性が高いでしょう。

在宅勤務とオフィス出社を組み合わせた「ハイブリッドワーク」を導入する場合には、出社日に発生した通勤費のみを実費で精算する仕組みにするなど、実態に即した運用をおこなうことが、税務上のリスクを抑える観点からも望ましいといえます。

参考：在宅勤務に係る費用負担等に関するＦＡＱ（源泉所得税関係）｜国税庁

関連記事：在宅勤務手当（テレワーク手当）とは？課税・非課税や金額相場を解説！

3. 通勤手当が非課税枠を超えた場合の計算シミュレーション

通勤手当は一定額まで非課税ですが、上限を超えた部分は給与として課税対象になります。ここでは、従業員Aさんのケースを例に、非課税限度額を超えた場合に毎月の源泉徴収や年末調整へどのような影響が生じるのかを確認します。

3-1. 毎月の源泉徴収

Aさんの給与条件は次のとおりとします。

• 基本給：28万円
• 通勤手当：20万円（公共交通機関利用）
• 社会保険料：3万円
• 扶養控除等申告書：提出あり
• 扶養親族等の数：1人

公共交通機関を利用する場合の通勤手当の非課税限度額は月15万円です。したがって、20万円のうち15万円は非課税となり、超過分5万円は課税対象となります。

まず、課税対象となる給与総額を計算します。

280,000円（基本給） ＋ 50,000円（通勤手当の課税部分） ＝ 330,000円

次に、給与から天引きされる社会保険料を差し引きます。

330,000円 − 30,000円 ＝ 300,000円

この300,000円が「給与等の金額（社会保険料等控除後）」となり、源泉徴収税額表へ当てはめる金額です。扶養控除等申告書が提出され、扶養親族等が1人いるため、令和8年分の月額表の「甲欄（扶養1人）」を使用すると、その月の給与から天引きすべき源泉徴収税額は「6,320円」と計算できます。

参考：給与所得の源泉徴収税額表（令和8年分）｜国税庁

関連記事：給与計算における所得税の計算方法とは？源泉徴収の仕組みも解説

3-2. 年末調整

Aさんの令和7年（1月1日～12月31日）の給与の支払い状況は、次のとおりです。

• 給与：500万円
• 通勤手当：毎月20万円（公共交通機関利用）
• 社会保険料：年間100万円支払済み
• 源泉徴収税額（復興特別所得税を含む）：15万円

通勤手当の非課税限度額を超過している60万円（＝5万円×12ヵ月）は課税対象となります。つまり、給与収入は560万円（＝500万円＋60万円）として年末調整をおこなう必要があります。

給与収入560万円に対する給与所得控除は156万円であるため、給与所得は次のとおり計算できます。

4,040,000円（給与所得） ＝ 5,600,000円（給与収入） − 1,560,000円（給与所得控除）

参考：No.1410 給与所得控除｜国税庁

次に今回適用できる所得控除は次のとおりです。

• 基礎控除：68万円（合計所得金額404万円として計算）
• 社会保険料控除：100万円（その年に支払った全額）

参考：No.1199 基礎控除｜国税庁

参考：No.1130 社会保険料控除｜国税庁

これらを差し引いた課税所得は、次のとおりです。

2,360,000円（課税所得） ＝ 4,040,000円（給与所得）− 680,000円（基礎控除） − 1,000,000円（社会保険料控除）

課税所得に対する税率を掛け合わせることで所得税は計算できます。なお、国税庁が公表する「所得税の速算表」を用いて次のように計算しています。

138,500円（所得税） ＝ 2,360,000円 × 10% − 97,500円

参考：No.2260 所得税の税率

今回は税額控除の適用はないものとすると、この所得税が基準所得税となります。基準所得税に次のとおり102.1%を乗じ（100円未満切り捨て）、その年に納めるべき所得税および復興特別所得税が計算できます。

141,400円（所得税および復興特別所得税） ≒ 138,500円（基準所得税） × 102.1%

その年の源泉徴収税額は150,000円なので、年税額である141,400円との差額である8600円が年末調整によってAさんへ還付されることになります。

関連記事：年末調整で通勤手当や交通費は給与に含まれる？非課税限度額や処理方法を解説

4. 所得税における通勤手当の取り扱いを間違えるとどうなる？

通勤手当は一定額まで非課税とされていますが、非課税限度額を超える部分を誤って非課税として処理してしまうと、源泉徴収税額に影響が生じます。

給与計算上の小さな判断ミスでも、課税漏れや追加徴収といった問題につながりかねません。ここでは、所得税における通勤手当の取り扱いを誤った場合に生じるリスクと、その対応方法を整理します。

4-1. 従業員の給与から天引きする所得税に過不足が生じる

通勤手当のうち、本来は課税対象となる部分を非課税として処理した場合、源泉徴収税額が不足します。逆に、非課税とすべき部分を課税扱いしてしまうと、過大徴収になります。

とくに、給与は従業員の生活基盤に直結するため、「なぜ手取りが減ったのか」「なぜ急に追加徴収があるのか」といった説明が不十分であれば、企業への信頼低下につながりかねません。場合によっては労務トラブルへ発展する可能性もあります。

関連記事：給与計算ミスに気づいた時のお詫びの方法や注意点を文例とともに解説

4-2. 延滞税や不納付加算税が発生するおそれがある

毎月の給与から天引きした所得税は、原則として支払日の翌月10日までに納付しなければなりません。これは、給与を支払う企業が「源泉徴収義務者」として、従業員に代わり国へ所得税を納める法的義務を負っているためです。

もし計算誤りなどにより納付額が不足していた場合には、後日不足分を納付する際に延滞税や不納付加算税が課される可能性があります。さらに、納付漏れや不足が継続すると、単なる事務ミスにとどまらず、企業の内部統制や管理体制の適正性が問われる事態にも発展しかねません。

金額の多寡にかかわらず問題は生じ得るため、金額が小さいからと軽視せず、月次での納付額確認やダブルチェック体制を整備し、再発防止に努めることが重要です。

参考：No.2505 源泉所得税及び復興特別所得税の納付期限と納期の特例｜国税庁

関連記事：源泉所得税の納付方法は？おすすめの選び方・納付期限を解説

4-3. 年末調整のやり直しが必要になる

年末調整後に、通勤手当の非課税・課税区分に誤りがあったことが判明した場合、企業側の処理ミスにより従業員の年間所得税額に過不足が生じるおそれがあります。そのため、速やかに年末調整の再計算をおこない、正しい年税額を確定させたうえで、不足分は追加徴収、過納分は還付する対応が必要です。

また、すでに源泉徴収票を従業員へ交付している場合や、税務署へ法定調書、市区町村へ給与支払報告書を提出済みである場合には、内容を訂正したうえで再交付・再提出をおこなう必要が生じる可能性もあります。具体的な手続きや訂正方法について不明点がある場合は、所轄の税務署や税理士などの専門家に確認し、適切に対応しましょう。

関連記事：年末調整の間違いをやり直しする方法は？よくあるミスと訂正を防ぐコツも紹介

5. 通勤手当の税務対応で失敗しないためのポイント

通勤手当は「原則非課税」というイメージが強い一方で、限度額超過や制度設計の不備によって課税漏れ・不公平支給が生じやすい項目です。

税務リスクを回避するためには、制度理解だけでなく、社内ルールの整備と継続的な確認が欠かせません。ここでは、通勤手当に関する税務対応で押さえておくべき実務上のポイントを解説します。

5-1. 最新の税制改正が反映されているかチェックする

通勤手当の非課税限度額や距離区分は、税制改正や通達の見直しによって変更されることがあります。とくに令和7年11月の改正では、マイカー通勤の非課税限度額が引き上げられました。

さらに、財務省が公表した「令和8年度税制改正大綱」によると、給与所得控除の最低保障額と基礎控除の金額が2年連続で引き上げられる見込みです。

これらの改正に正しく対応しないと、「非課税扱いのはずの通勤手当を誤って課税対象にしてしまう」「給与支給額は正しいのに控除計算に誤りが生じる」など、所得税計算でミスが発生し、従業員の手取りに影響を与える可能性があります。

給与計算ソフトを使用している場合でも、自動更新に頼り切らず、内容を確認することが重要です。また、就業規則についても定期的にチェックし、税制改正が正しく反映されているか確認しておきましょう。

参考：通勤手当の非課税限度額の改正について｜国税庁

参考：令和8年度税制改正の大綱｜財務省

5-2. 同一労働同一賃金に沿ったルールにする

パートタイム・有期雇用労働法や労働者派遣法では、同一企業内において正社員と非正規雇用労働者との間に、不合理な待遇差を設けることを禁止しています。いわゆる「同一労働同一賃金」の考え方に基づくルールです。

この原則は基本給に限らず、各種手当にも及びます。通勤手当についても例外ではありません。例えば、業務内容や責任の程度が同じであるにもかかわらず、正社員には通勤手当を全額支給し、パート社員には一部しか支給しないといった取り扱いは、不合理な待遇差と判断される可能性があります。

通勤手当の制度設計にあたっては、税法上の非課税限度額だけを基準にするのではなく、同一労働同一賃金の観点から整合性が取れているかを確認することが重要です。雇用形態によって支給方法や金額に差を設ける場合には、その違いが職務内容や責任、配置変更の範囲などに照らして合理的に説明できるかどうかを、事前に十分検討しておきましょう。

参考：同一労働同一賃金ガイドライン｜厚生労働省

関連記事：同一労働同一賃金で交通費はどうなる？判例や課税について解説

5-3. 所得税と社会保険料の扱いの違いを確認する

通勤手当は、所得税法上は一定額まで非課税とされていますが、社会保険料（健康保険・介護保険・厚生年金保険）の算定においては、原則として「報酬」に含まれます。社会保険料の算定基礎となる報酬とは、名称のいかんを問わず、労働の対償として事業主が労働者に支払うすべてのものを指します。

そのため、所得税が非課税であることを理由に、通勤手当を社会保険料の算定基礎から除外することはできません。さらに、労働保険料（雇用保険料・労災保険料）を算定する際にも、労働の対価として支給される通勤手当は全額賃金に含めて計算する必要があります。

参考：標準報酬月額の対象となる報酬に、通勤手当は含まれるのですか。｜日本年金機構

参考：労働保険料の算定基礎となる賃金早見表【労働保険徴収課】｜厚生労働省

6. 通勤手当は課税・非課税の条件をきちんと把握しておこう

通勤手当は所得税法上、一定額までは非課税ですが、限度額を超えると給与として課税されます。非課税枠は、公共交通機関の利用では月15万円まで、マイカー通勤では通勤距離に応じて定められています。

通勤手当の課税・非課税に関する計算ミスは、源泉徴収の過不足や年末調整のやり直しにつながる可能性があります。そのため、最新の税制改正を常に把握し、ダブルチェック体制を整備することが重要です。ルールを正しく運用し、税務リスクを回避するとともに、公平な手当支給を徹底しましょう。