しかし、年末調整に慣れていないとしても、期日までには終わらせなければならない業務なので、しっかりと流れを確認しておく必要があります。

ここでは、給与計算における年末調整の対象者やスケジュール、計算方法などをわかりやすく解説します。

【給与計算業務のまとめはコチラ▶給与計算とは？計算方法や業務上のリスク、効率化について徹底解説】

1. 年末調整とは

年末調整とは、従業員の給与や賞与から源泉徴収した所得税の過不足を調整する手続きで、一般的には10月から1月にかけて必要書類の準備をして計算をおこないます。

企業は、毎月源泉徴収をおこなっているので、1年分の所得額が確定する年末には正確に所得税額を算出して、過不足分を調整しなければなりません。正確な所得税を算出した際に、納付しすぎている場合は還付が必要になり、不足している場合は追加徴収をおこなうので、年末調整はとても重要な業務の1つといえるでしょう。

年末調整を始める時期や必要書類を集める方法は企業によって異なりますが、基本的な流れは以下のようになります。

関連記事：年末調整とは？やり方や計算方法、確定申告との違いをわかりやすく解説

1-1. 年末調整の対象者

年末調整は、通常の年末におこなうケースと年の途中で対応が必要になるケースがありますが、一般的に対象となるのは以下の要件を満たしている従業員です。

• 源泉徴収票の甲欄で給与計算をおこなう所得金額が2,000万円以下の人
• かつ以下のいずれかに該当する人

　①1年を通じてもしくは中途で入社して年末まで勤務している
　②12月支給給与をもらって退社した人

下記は、対象者かどうかを可視化できる図解なので、対象者となる要件だけで理解できない場合は確認しておきましょう。

2. 年末調整のスケジュール

年末調整のスケジュールは企業によって異なりますが、早い企業だと10月から準備を始めます。

スケジュール自体はとてもシンプルで、10月ごろに従業員に年末調整に必要な申告書を配布し、11月ごろに従業員から必要書類を回収します。書類がすべて揃った段階で、正しい所得税額を算出する計算をおこなうというのが一般的な流れです。

この計算の段階で重要なのが、給与計算と源泉徴収の計算です。

すでに理解していると思いますが、ここでは給与計算と源泉徴収について解説します。

2-1. 給与計算の流れ

企業は、毎月取り決めた一定期日(20日、25日、末日など）に従業員への給与を支払います。

給与計算では、基本給などの給与支給額から、控除額（所得税、住民税、健康保険料、厚生年金保険料、雇用保険料など）を差し引かなければなりません。
その後、給与等から差し引いた所得税･住民税を、翌月の10日までに税務署に納付し、日本年金機構(年金事務所)に納めます。

これらの手続きをおこなった後、11月から年末調整の手続きに着手していきます。

【給与計算の流れを詳しく知りたい方はコチラ▶給与計算業務の流れ｜月間と年間のスケジュールも紹介！】

2-2. 源泉徴収の流れ

年末調整では、給与所得者に支払った1年間の給与･賃金及び源泉徴収した所得税について、所得税の過不足額を調整した後におこなわれます。

そのため、企業は給与計算の他に源泉徴収の計算もしなければなりません。従業員の給与所得に対する源泉徴収税額は、国税庁が毎年発表する「源泉徴収税額表」に従って計算します。

源泉徴収の税額が確定したら、源泉徴収票を税務署へ対象年度の翌月1月末日までに提出しましょう。同時に、給与支払い報告書を受給者の住所地の地区町村に別途提出すれば、源泉徴収は完了です。

3. 年末調整の計算方法とは

年末調整の手続きは年間給与額の算出や控除額の計算など、複雑な手順になっているため注意が必要です。

また、源泉徴収というのは、国税庁が毎年発表する「源泉徴収税額表」に従って算出しなければなりませんし、会社全体の給与額や税率などの情報も集めておかなければなりません。

年末調整ではやらなければいけないことがたくさんあるので、流れを整理しておくことが重要です。

ここでは、年末調整の計算方法について詳しく解説していきます。

3-1. 年間給与額の算出をする

まずは、従業員ごとに、1年間に支払った給与の総額と給与から差し引いた健康保険料や社会保険料、源泉徴収額の合計額を算出します。

給与総額に含まれるのは、毎月支払う給料だけでなく、賞与や特別手当も含まれるので漏れがないように注意しましょう。

3-2. 控除額を差し引く

次に、給与額から所得控除を差し引いていきます。この計算では、給与所得控除額と所得控除額を全給与額から減算する必要があります。

① 給与所得控除額

給与所得控除額というのは、給与所得を受けている従業員に適用される控除です。この収入部分がそのまま給与所得になるのではなく、下記の計算のように、給与収入から給与所得控除額を引いた額が「給与所得」となります。

給与所得　＝　給与収入（現金＋現物）―　給与所得控除額

金額は、1年間のうちに受け取った給与収入の額に応じて変動し、「給与所得」に対して税金が課されることになります。

給与等の収入金額 （給与所得の源泉徴収票の支払金額）	給与所得控除額
1,625,000円まで	550,000円
1,625,001円～1,800,000円まで	収入金額×40％＋100,000円
1,800,001円～3,600,000円まで	収入金額×30％＋80,000円
3,600,001円から6,600,000円まで	収入金額×20％＋440,000円
6,600,000円～8,500,000円まで	収入金額×10％＋110,000円
8,500,001円以上	1,950,000円（上限）

また、給与等の収入金額が660万円未満の場合には、所得税法の別表「年末調整等のための給与所得控除後の給与等の金額の表」に従い、給与所得の金額を合算します。

参考：所得税法別表第五

詳細の内容に関しては、税務署配布の「年末調整のしかた」という冊子や国税庁のサイトで事前に確認しましょう。
参考：年末調整のしかた｜国税庁

②所得控除額

「所得控除」とは、「所得から一定の金額を差し引く制度」のことを表しています。

11月中旬までに従業員から回収した「給与所得者の扶養控除等申書」と「給与所得者の保険料控除申告兼給与所得者の配偶者特別控除申告書」を基準に計算していきます。

3-3. 所得税率をかける

給与の総額から所得控除額を差し引いた金額が、所得税の課税対象となります。所得税の税率は所得金額によって変動します。

所得税の税率は、以下のとおりです。

課税される所得金額	税率	控除額
1,000円 ～ 1,949,000円まで	5％	0円
1,950,000円 ～ 3,299,000円まで	10％	97,500円
3,300,000円 ～ 6,949,000円まで	20％	427,500円
6,950,000円 ～ 8,999,000円まで	23％	636,000円
9,000,000円 ～ 17,999,000円まで	33％	1,536,000円
18,000,000円 ～ 39,999,000円まで	40％	2,796,000円
40,000,000円 以上	45％	4,796,000円

手計算やエクセルなどで給与計算をおこなっている場合は、給与アップによる税率の更新を忘れずにおこなわなければなりません。

3-4. 住宅ローン控除額を差し引く

次に、住宅ローン控除額を差し引いていきます。

住宅ローン控除額は、年末の住宅ローン残高に応じて、10年の間一定額が所得税などから控除される制度です。
住宅ローン控除をおこなった場合、各年最大40万円、10年間で最大400万円の所得税が戻ってくる仕組みになっています。

住宅ローン控除が必要な場合は、従業員から「住宅借入金等特別控除申告書」を提出してもらいましょう。
ただし、控除を受ける最初の年は従業員自身が確定申告をする必要があるため、事業主が年末調整で控除する必要はありません。

3-5. 復興特別税を加え年調年税額を算出する

所得税額から住宅ローン控除を引くと、年調所得税額を算出することができます。この額に「復興特別税」を加えると、年調年税額が算出されます。

復興特別税というのは、東日本大震災の復興目的のために設けられた税金で、2037年まで所得税額に上乗せすることが義務付けられており、年調年税額を算出するには次のような計算式になります。

年間所得税額× 102.1％（復興特別所得税率）= 年調年税額

この年調年税額が、その年の従業員の所得税額です。（100円未満切り捨て）

ここで算出された金額が、その年に従業員が支払うべき所得税額となるので、この額と源泉徴収額を照らし合わせて、所得税が源泉徴収額より少なければ追加徴収、多い時は差額分を還付します。

3-6. 源泉徴収簿と源泉徴収票を作成する

源泉徴収の手続きが完了したら、源泉徴収簿の作成をおこないます。源泉徴収簿は、国税庁がフォーマットを公開していますが、自社で作成する場合は下記の必須事項を記載してください。

【記載必須事項】

1. 「所属」「職名」「住所」「氏名
2. 「扶養控除の申告」または「給与から控除する源泉控除対象配偶者と控除対象扶養親族の合計数」
3. 「前年の年末調整に基づき繰り越した過不足税額」
4. 源泉徴収税額表の適用区分（左肩の「甲欄」「乙欄」の表示）

上記のような手続きが終わった場合、計算が完了したら、源泉徴収票を発行し、従業員に配布します。
源泉徴収票は給与額や控除額を記載した書類で、従業員の転職や確定申告の際に、住宅ローンの審査で必須の情報になっています。
また、1月31日までに税務署に提出する「法定調書合計表」や市町村に提出する「給与支払報告書」を作成する必要があります。
記入漏れがあった場合、再提出をしなければいけないため、必ず正しい情報を記載しましょう。

参考：住宅借入金等特別控除申告書｜国税庁

4. 給与計算における年末調整に必要な申告書

年末調整に必要となる申告書は、下記の4種類です。

• 給与所得者の扶養控除等（異動）申告書
• 給与所得者の保険料控除申告書
• 給与所得者の基礎控除申告書 兼 給与所得者の配偶者控除等申告書 兼 所得金額調整控除申告書
• 給与所得者の（特定増改築等）住宅借入金等特別控除申告書 兼（特定増改築等）住宅借入金等特別控除計算明細書

ここでは、これらの申告書について解説していきます。

関連記事：年末調整に必要な書類は？その種類や揃える方法を解説

4-1. 給与所得者の扶養控除等（異動）申告書

給与所得者の「扶養控除等（異動）申告書」は、所得税を源泉徴収するために必要となる書類です。な扶養控除等（異動）申告書は、一般的に年末調整のタイミングで従業員から回収します。

「扶養控除等（異動）申告書」には、従業員本人の氏名や住所、マイナンバー、扶養家族がいる場合はその家族の情報も記載しなければならないため、できるだけ早めに従業員に渡しておきましょう。

ただし、令和6年の年末調整からは、申告内容が前年と変わらないようであれば簡略化が可能になっており、「簡易な扶養控除等申告書」を提出すれば良いとされています。

4-2. 給与所得者の保険料控除申告書

給与所得者の「保険料控除申告書」というのは、生命保険料や地震保険料、社会保険料の申告で必要となる書類です。

この申告書には、家族が支払っている保険料も申告できますが、控除される金額の上限が増えるわけではないので、従業員にその旨を伝えましょう。

「保険料控除申告書」に家族の保険料を記載する際は、その家族と従業員の「続柄」を記載しなければなりませんでしたが、2024年度の年末調整では記載欄が廃止されたので、確認の負担が軽減されています。

4-3. 給与所得者の基礎控除申告書 兼 給与所得者の配偶者控除等申告書 兼 所得金額調整控除申告書

「給与所得者の基礎控除申告書 兼 給与所得者の配偶者控除等申告書 兼 所得金額調整控除申告書」は、3つの申告書が1つにまとまっている書類です。

この申告書では、基礎控除と配偶者控除、配偶者特別控除、所得金額調整控除を申告することが可能です。ただし、すべてに記入するのではなく、該当する控除がある場合だけ必要事項を記入します。しかし、基本的にすべての従業員が基礎控除を適用対象となるので、忘れずに配布しましょう。

4-4. 給与所得者の（特定増改築等）住宅借入金等特別控除申告書 兼（特定増改築等）住宅借入金等特別控除計算明細書

「給与所得者の（特定増改築等）住宅借入金等特別控除申告書 兼（特定増改築等）住宅借入金等特別控除計算明細書」は、住宅ローンを組んでいて控除が受けられる従業員が適用対象となる申告書です。

従業員が住宅ローン控除を申告する際に必要な書類ですが、この申告書は従業員の居住地の管轄をしている税務署が交付します。

従業員は、借入をしている金融機関が発行する「年末残高等証明書」の情報をこの申告書に記載し、会社に提出するという流れなので、従業員から問合せがあった場合には流れを説明できるようにしておくと良いでしょう。
また、住宅ローン控除は、所得控除ではなく税額控除になるので、年末調整を計算するときには、算出所得税額から直接住宅ローン控除額を差し引くということを覚えておきましょう。

5. 給与計算における年末調整の注意点

年末調整は、計算ミスをしないことが最重要ですが、以下のような注意点もあります。

• 従業員の提出漏れや書類紛失によるトラブル
• 提出書類はすぐに破棄しない

ここでは、年末調整における注意点について解説していきます。

5-1. 従業員の提出漏れや書類紛失によるトラブル

従業員の提出漏れや書類紛失がある場合、事業主は年末調整で控除をおこなうことはできません。また、提出漏れや未回収者への個別連絡やチェック作業のせいで、書類作成作業が遅れてしまう可能性もあります。

このような場合はトラブルになってしまうこともありますが、書類の提出が遅れる従業員がいる場合は、従業員自身に確定申告をしてもらうことで控除を受けられる仕組みになっています。

そのため、あらかじめ締め切りを伝えた上で間に合わない場合は、従業員自身に確定申告をしてもらうよう、事前に伝えておくと良いでしょう。

5-2. 提出書類はすぐに破棄しない

給与所得者の扶養控除等申告書等の提出を受けた源泉徴収義務者は、翌年1月10日の翌日から7年間保存する必要があります。そのため、適切に保管し、税務調査の際は年末調整の書類を提示できるようにしておきましょう。

税務調査の際に、人件費の調査は必ずおこなわれます。求められたときに提出できないと問題になるので、厳重に保管しておいてください。

参考：No.2503 給与所得者の扶養控除等申告書等の保存期間｜国税庁

6. 給与計算や年末調整はソフトを活用しよう

給与計算や年末調整というのは、人事情報との連携が必要なため、スムーズに進まないことが多く手間に感じる方も多いでしょう。

従業員数が少なくても、勤怠状況がわからないと年末調整にかかる時間も多くなってしまいます。このような課題がある場合は、ソフトを活用するのがおすすめです。

国税庁ではExcelの年末調整計算シートを公開しているので、無料で導入できます。

ただし、年末調整の計算にあたり、より高い機能性や正確性を求めるのであれば、フリーソフトではなく専用のシステムを検討してみましょう。

給与計算システムを勤怠管理システムや人事管理システムと連携しておくことで、税率の変更があった場合に自動更新されるため、給与計算業務におけるミスを減らすことが可能です。

当サイトでは、給与計算システム「ジンジャー給与」を例に、ほかのシステムと連携することでどのように業務効率があがるか解説した資料を無料で配布しております。システムの導入により業務改善が期待できると感じたご担当者様は、こちらから資料をダウンロードしてご確認ください。

参考： 年末調整計算シート｜国税庁

7. 年末調整の流れを理解してスムーズな給与計算を

年末調整は、正しい所得税を算出して概算の源泉徴収額を比較し、過不足分を調整する作業です。一見、単純な計算作業に思えますが、従業員の給料は一人ひとり異なるため、実際にはかなりの業務負担が生じます。また、年末調整をおこなうのは年末なので、給与計算業務と重なることからミスが起こりやすいという課題もあるかもしれません。

年末調整をミスなくスムーズに進めるには、従業員にアナウンスをして必要書類を早めに提出してもらう、流れを理解して段取りを決めておくなど、準備が重要になります。

しかし、複雑な計算や多量の書類を必要とするため、準備だけではスムーズに進められないかもしれないので、人手不足や業務負担が大きい場合は給与計算システムの導入を検討してみましょう。

【所得税の計算について知りたい方はコチラ▶所得税とは？｜源泉所得税の計算方法や税額表の見方を解説】