従業員が病気やケガなどで休職し、給与の支給がなくなった場合でも、健康保険や厚生年金保険などの社会保険料は免除されず引き続き発生します。

そのため、休職中の従業員負担分をどのように徴収・精算するかは、会社にとって重要な実務上の課題です。

本記事では、休職中における社会保険料の基本的な取り扱いから、従業員負担分の徴収・立替方法、会社が対応する際の注意点までわかりやすく解説します。

1. 休職中の社会保険料は免除されない

休職中は給与の支払いがなくなることがありますが、それだけで健康保険や厚生年金保険などの社会保険料が免除されるわけではありません。社会保険の資格を継続している限り、原則として休職前と同様に社会保険料の負担が発生します。

1-1. 休職と休業の違い

実務では「休職」と「休業」という言葉が混同されがちですが、両者は制度上の位置づけが異なります。

一般的に、休職とは、私傷病やメンタル不調などを理由に、就業義務が免除される一方で、雇用関係は継続している状態を指します。休職制度は法律で定められているものではなく、就業規則や休職規程にもとづく会社独自の制度です。

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一方、休業とは、産前産後休業や育児休業、介護休業など法律にもとづいて取得する休みを指すのが一般的です。なお、産休・育休中については社会保険料の免除制度が設けられています。

休業中の社会保険料の取り扱いは次の記事を参考にしてください。

関連記事：産休中の社会保険免除はいつからいつまで？申請方法から具体例まで解説

関連記事：育児休業中の社会保険料はいつまで免除される？免除期間や申請方法を解説

関連記事：介護休業中の社会保険料は免除される？ポイントを徹底解説

この記事で扱う「休職」は、私傷病などを理由とした、会社独自制度による休職を前提としています。産前産後休業や育児休業などの法定休業とは、社会保険料の取り扱いが異なる点に注意しましょう。

1-2. 休職中でも社会保険料の負担額は変わらない

従業員が休職して給与の支払いがなくなったり、減額されたりした場合でも、原則として、休職したことだけを理由に社会保険料が自動的に減額されるわけではありません。

健康保険料・厚生年金保険料は、実際にその月に支払われた給与額そのものではなく、標準報酬月額をもとに計算されるためです。標準報酬月額は毎年の「定時決定」のほか、固定的賃金の変動などの条件を満たした場合におこなわれる「随時改定」などによって変更されます。

関連記事：標準報酬月額とは？調べ方や社会保険料の算出方法について解説

1-3. 会社負担分も継続して発生する

休職中であっても、会社負担分の社会保険料も引き続き発生します。社会保険料は、労使折半が原則です。従業員負担分だけでなく、事業主負担分についても、休職期間中は通常どおり納付義務が生じます。

関連記事：社会保険料の会社負担割合は？会社負担分の計算方法と注意点を解説

従業員から保険料を徴収できない期間が続くと、会社が一時的に立て替える、または復職後や退職時に精算するといった対応が必要になるケースも少なくありません。

このような事態に備えるためにも、休職中の社会保険料の取り扱いについては、就業規則や休職規程であらかじめ定めておきましょう。

2. 休職中の社会保険料の取り扱い

休職中の社会保険料は一律に扱われるわけではなく、保険の種類ごとに取り扱いが異なります。特に、社会保険（健康保険・厚生年金保険・介護保険）と労働保険（雇用保険・労災保険）では、保険料が発生する条件や考え方が大きく異なるため、混同しないことが重要です。

ここでは、休職中の従業員について、各保険料がどのように扱われるのかを順に確認していきましょう。

2-1. 健康保険料・厚生年金保険料・介護保険料

休職中で給与の支払いがない場合でも、健康保険料・厚生年金保険料は、原則として免除されません。保険料は標準報酬月額をもとに算定され、会社と従業員がそれぞれ負担します。

また、40歳以上65歳未満の健康保険の被保険者は、原則として介護保険料も負担します。介護保険料についても、休職中に給与の支払いがないことだけを理由として免除されるわけではありません。

さらに、2026年4月から「子ども・子育て支援金制度」が始まりました。子ども・子育て支援金は医療保険の保険料（健康保険料）とあわせて徴収されます。そのため、休職中であっても健康保険の被保険者資格を継続している限り、労使ともに支援金の負担が発生します。

関連記事：給与計算における社会保険料の計算方法とは？控除額の目安を早見表付きで解説

関連記事：子ども・子育て支援金制度とは？料率と計算方法、対象者をわかりやすく解説

2-2. 労働保険料（雇用保険料・労災保険料）

労働保険料については社会保険料とは算定方法が異なります。休職中の取り扱いを誤りやすいため注意が必要です。

雇用保険料は従業員に支払われた賃金を基礎として計算され、労使双方が負担します。そのため、休職中に賃金の支給がない場合、その期間について雇用保険料は発生しません。

ただし、休職中であっても、雇用保険料の算定対象となる賃金や手当が支給された場合には、その支給額をもとに雇用保険料を計算する必要があります。

一方、労災保険料は全額事業主が負担し、従業員に支払った賃金総額を基礎として算定されます。そのため、休職中に賃金の支払いがない期間については、その従業員に関して労災保険料の算定対象となる賃金は生じません。

なお、休職中の従業員が業務に従事していない場合、通常、その期間中に業務災害が発生することはありません。ただし、休職中であることのみを理由として、労災保険の適用対象から外れるわけではないので注意しましょう。

関連記事：労働保険料とは？計算方法や申告・納付方法をわかりやすく解説

3. 休職中の従業員から社会保険料を徴収する方法と注意点

休職中であっても社会保険料が発生する以上、従業員負担分をどのように徴収するかは、会社側にとって避けて通れない実務です。

休職の理由や給与支給の有無によって、適切な徴収方法は異なりますが、対応を誤ると、後からまとめての請求となりトラブルになる場合や、会社が立て替えたまま回収できないといったリスクも生じます。

ここでは、休職中の従業員から社会保険料を徴収する代表的な方法と、実務上の注意点について整理していきます。

3-1. 休職中も給与を支給する場合｜給与から天引き

休職中であっても、給与や休職手当などが支給されている場合には、通常どおり給与から社会保険料を天引きする方法が基本となります。

この場合、休職中であることを理由に、特別な手続きや同意をあらためて取得する必要はありません。給与の支給がある以上、通常の賃金支払いと同様に保険料を控除できます。

ただし、給与額が少額の場合には、控除額が支給額を上回らないかの事前確認が重要です。控除しきれない場合には、別の徴収方法を検討する必要があります。

3-2. 休職中に給与の支給がない場合｜従業員から直接徴収

休職中に給与の支給がない場合には、従業員から社会保険料を直接徴収します。

具体的には、毎月会社指定の口座へ振り込んでもらう方法で、支払期日や金額を書面で通知するのが一般的です。

この方法をとる場合には、支払方法や期日について、従業員に事前に十分な説明したうえで合意を得ることが重要です。説明が不十分なまま請求をおこなうと、「聞いていなかった」「支払えない」といったトラブルにつながりやすくなります。

3-3. 従業員の傷病手当金から支払う

私傷病を理由に休職している従業員が傷病手当金を受給している場合でも、社会保険料が自動的に差し引かれる仕組みはありません。

傷病手当金は従業員本人に支給される給付金であり、会社がこれを当然に受け取ったり、社会保険料を控除したりすることはできません。

また、協会けんぽでは令和5年1月の様式変更により「受取代理人」欄が削除されています。会社による代理受領については、保険者への個別確認が必要です。実務上は、傷病手当金は本人が受給し、社会保険料は本人から別途徴収する方法が望ましいでしょう。

参考：【お手続き】「傷病手当金支給申請書」記入のポイント～記入誤り・漏れが多い箇所｜全国健康保険協会

関連記事：休職手当とは？条件や期間・もらえないケース・申請方法をわかりやすく解説

3-4. 会社が立て替えて後から精算する

休職中に給与の支給がなく、従業員から社会保険料の本人負担分をすぐに徴収できない場合には、会社がいったん立て替えて納付し、後日、従業員から精算する方法をとることもあります。

この方法は、休職中の従業員の負担に配慮しながら社会保険料を納付できる一方、会社側には立替分を回収できないリスクがあります。

特に、復職の見込みが不透明な場合や休職期間中に退職する可能性がある場合には、立替分の回収方法をあらかじめ確認しておくことが重要です。

4. 休職中の社会保険料を会社が立て替える際の注意点

休職中の従業員の社会保険料を会社が立て替える場合、対応を誤ると、後から精算できない場合や、違法な賃金控除になるといったリスクがあります。特に注意すべきポイントは次の3つです。

• 給与・賞与・退職金で相殺するなら相殺合意をとる
• 休職願や復職願に立替金の返済に関する内容を記載する
• 賃金控除の労使協定を結ぶ

ここでは、それぞれのポイントを詳しく解説します。

4-1. 給与・賞与・退職金で相殺するなら相殺合意をとる

会社が立て替えた社会保険料の本人負担分を、復職後の給与や賞与、退職時の退職金などから精算する場合には「賃金全額払いの原則」との関係に注意が必要です。会社が従業員に対して有する立替金債権を理由として、給与などから一方的に控除することは原則としてできません。

そのため、立替金を給与などから精算する場合には、精算方法を明確にしたうえで、従業員本人の同意を得ておくことが重要です。特に退職時にまとめて精算する場合にはトラブルになりやすいので、立替をおこなう段階で書面により精算方法について合意しておくとよいでしょう。

関連記事：賃金支払いの5原則とは？例外や守られないときの罰則について

関連記事：従業員立替金が発生する例について具体的なシチュエーションを解説

4-2. 休職願や復職願に立替金の返済に関する内容を記載する

休職中の社会保険料を会社が立て替える場合には、休職願や復職願などの書面に、立替金の返済に関する取り扱いを記載するとよいでしょう。

口頭で説明しただけでは、「そのような話は聞いていない」「相殺されるとは思っていなかった」といった認識のズレが生じやすく、トラブルの原因になります。

そのため、休職に入る段階で、

• 休職期間中の社会保険料は会社が立て替えること
• 立て替えた社会保険料は、復職後または退職時に精算すること
• 精算方法として、給与・賞与・退職金と相殺する場合があること

といった点を、書面で明確にすることが望ましいでしょう。

また、復職時や退職時にあらためて確認できるよう、復職願や退職に関する書面にも、立替金の取り扱いを記載することで、会社・従業員双方の認識をそろえやすくなります。

関連記事：休職届とは？テンプレート書式や届出理由の書き方、労務手続きの流れも紹介

4-3. 賃金控除の労使協定を結ぶ

会社が立て替えた社会保険料を、給与から控除する形で回収する場合には、あらかじめ賃金控除に関する労使協定を締結する必要があります。

社会保険料そのものは法定控除に該当しますが、会社が立て替えた社会保険料の返済は法定控除ではありません。

そのため、賃金控除に関する労使協定を締結しないまま給与から控除すると、労働基準法違反となり、30万円以下の罰金が科される可能性があります。

なお、賃金控除に関する労使協定は、労働基準監督署への届出義務はありませんが、協定の締結自体は必須である点に注意が必要です。

また、労使協定を締結していたとしても、控除の対象や金額、方法が不明確な状態での一方的な控除は望ましくありません。

控除をおこなう場合には、

• 控除の対象となる費用
• 控除する金額または算定方法
• 控除の時期や回数

について、従業員本人にも事前に説明し、理解を得たうえで対応しましょう。

参考：賃金控除に関する労使協定を締結していますか？賃金の支払は全額払が原則です｜厚生労働省

関連記事：労使協定とは？労働協約・36協定との違い、締結方法などを解説

5. 休職中の税金の取り扱い

休職中の従業員は、社会保険料だけでなく、税金の取り扱いについても正しく理解する必要があります。

5-1. 所得税

所得税は、実際に支払われた給与額にもとづいて課税される税金です。休職中に給与の支給がない場合には、所得税は発生せず源泉徴収もおこなわれません。

一方で、休職中であっても、有給休暇の取得分や企業独自の休職手当などの給与が支給される場合は、その支給額に応じて所得税の源泉徴収が必要となります。

また、休職したことだけを理由に、年末調整の対象外となるわけではありません。年の途中で休職し、年間の給与収入が減少した場合には、毎月の給与から源泉徴収されていた所得税が、年末調整によって還付されることも少なくありません。

なお、傷病手当金は給与ではなく、非課税の給付金であるため、所得税の課税対象にはなりません。

関連記事：年末調整の対象者とは？必要書類や確定申告との関係も解説

5-2. 住民税

住民税は、前年の所得をもとに課税される税金です。そのため、休職中で給与の支給がない場合であっても、その年度分の住民税が自動的に免除されることはありません。

通常、住民税は給与からの特別徴収によって納付しますが、休職中に給与の支給がなくなると、給与からの天引きができなくなります。この場合、会社が「給与所得者異動届出書」を市区町村へ提出し、特別徴収から普通徴収へ切り替えることで、従業員が自ら住民税を納付する方法が一般的です。

また、会社が従業員の負担すべき住民税相当額を一時的に立て替え、後日従業員から精算する方法をとることも考えられます。立替をおこなうことや精算方法は、あらかじめ従業員の同意を得ておきましょう。

関連記事：住民税の特別徴収とは？普通徴収との違いや手続きの流れを解説

6. 従業員が休職中の社会保険料が払えない場合はどうしたらいい？

休職中の収入減少により社会保険料の支払いが困難になる従業員もいます。支払えないまま放置すると滞納となり、延滞金の発生や給付制限のリスクが生じるため、会社として適切な案内と対応が必要です。

6-1. 従業員と支払い計画を立てる

支払いが難しい従業員に対しては、会社が社会保険料を一時的に立て替えたうえで、復職後の給与から分割で控除する方法が現実的です。分割回数・控除金額・時期については書面で合意を取り、労使協定の締結と本人同意も忘れずに対応しましょう。

6-2. 公的制度・支援の利用を案内する

休職中の従業員本人が社会保険料の本人負担分や生活費の確保に困っている場合には、市区町村や社会福祉協議会などの公的な相談窓口へ相談するよう案内するとよいでしょう。

利用できる制度や支援内容は、収入状況や世帯の事情などによって異なるため、会社側で利用可能な制度を断定せず、本人に相談窓口で確認してもらうことが適切です。

7. 休職中の従業員の社会保険料は適切に徴収しよう

傷病などを理由とした休職の場合、休職中であっても社会保険料は発生します。

会社としては、給与支給の有無に応じて、振込みによる徴収や立替・精算などの方法を整理することが重要です。

休職は従業員にとって負担の大きい時期だからこそ、事前にルールを明確にし、丁寧に説明することが、トラブル防止と円滑な労務管理につながります。