年末調整は人事担当者にとって毎年の大切な業務です。従業員を雇用する企業は年の終わりに必ず実施しなければなりません。

この記事では企業の経営者や人事・総務の担当者向けに年末調整のやり方をわかりやすく解説します。年末調整の効率的な手順を押さえ、ミスなくスムーズに年末調整を乗り切りましょう。

1. 年末調整とは

年末調整とは、毎月の給料や賞与から天引きされた所得税（源泉所得税）と、その年に納める所得税の差額を精算する手続きです。年間の所得が確定する12月頃におこなうため年末調整とよばれます。従業員を雇用する企業は実施する義務があります。

年末調整の基本事項を詳しく知りたい方は関連記事をご覧ください。

関連記事：年末調整とは？その必要性や基本的な書き方についてわかりやすく解説

2. 年末調整のスケジュール｜全体の流れをおさえよう

年末調整は、例年11月ごろに準備を開始し、翌年1月までにすべての作業を終えるのが一般的な流れです。まずは全体像を把握するために、月ごとのやることリストを確認しておきましょう。

月	主な作業内容
10月下旬～11月	・従業員へ申告書を配布 ・記載方法・提出期限・添付書類を案内 ・回収後に内容を確認、不備があれば差し戻し
12月	・従業員ごとの税額を計算 ・源泉徴収票を作成（従業員配布用・税務署提出用）
1月	・法定調書を作成 ・国へ源泉徴収票・法定調書合計表・支払調書を提出 ・市区町村へ給与支払報告書を提出

10月下旬から11月頃にかけて、従業員へ申告書を配布し、記載方法や提出期限、必要な添付書類などを案内します。この案内が遅れると後の工程に支障が出るため、早めの対応が大切です。回収後は申告内容を丁寧に確認し、不備があれば従業員に差し戻して修正を依頼します。

12月に入ると、申告書の内容をもとに税額の計算を進めます。従業員一人ひとりの税額を正確に算出する必要があるため、慎重な作業が求められます。計算が終わったら、各従業員に交付する源泉徴収票と、税務署に提出する分を作成します。

そして翌年1月には、算出した税額に基づいて法定調書を作成します。法定調書は法律で提出が義務付けられている書類です。次の書類を期限内に提出して、年末調整の一連の作業は完了となります。

提出が必要な法定調書 国：源泉徴収票、法定調書合計表、支払調書 市区町村：給与支払報告書

関連記事：法定調書の書き方は？種類や提出方法などわかりやすく解説
関連記事：年末調整の提出先は？意外と知らない書類の行方について解説
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3. 年末調整の実務マニュアル｜必要書類と手順を確認しよう

年末調整はこのような流れで進めます。

1. スケジュールを立てる
2. 従業員への案内と申告書の配布（11月上旬）
3. 申告書の回収と内容確認（11月下旬）
4. 年税額の計算（12月上旬）
5. 源泉徴収額（給与や賞与で徴収した税額）との差額を調整（12月上旬〜中旬）
6. 源泉徴収票の発行（12月下旬）
7. 源泉徴収税の精算・納付（12月下旬〜翌年1月10日)
8. 法定調書の作成と提出（翌年1月31日まで）

ここからは各ステップに分けて、年末調整業務が初心者の方にもわかりやすく、概要や注意点を解説します。手順ごとにポイントを押さえましょう。

3-1. スケジュールを作成する

年末調整で時間がかかるのが、申告書の回収や内容確認、税額の計算です。申告書の内容確認は12月に支給する給与や賞与の計算が始まる前まで、税額の計算は12月の給与や賞与の計算が完了するまでに終わらせる必要があります。

年末調整の対象となる従業員の人数や作業に必要な期間を踏まえて、実現可能なスケジュールを立てましょう。

スケジュールを立てる際は制度改正の確認も欠かせません。2025年の改正点は関連記事で詳しく解説しているのでご覧ください。

関連記事：2024年(令和6年)の年末調整の変更点！定額減税の対応もわかりやすく解説

3-2. 従業員への案内と申告書の配布（10月下旬～11月上旬）

計画したスケジュールに沿って、従業員への年末調整の案内と申告書の配布をおこないます。案内する際には、改正内容や申告書の書き方の説明も忘れずにおこないましょう。

年末調整に必要な申告書は4つあります。それぞれ概要を確認しましょう。

＜全員の提出が必要な書類＞

給与所得者の扶養控除等（異動）申告書	給与所得者が配偶者や扶養対象となる親族の有無を申告するための書類です。 年末調整時に記入する扶養控除等（異動）申告書は翌年分のため、今年の税額計算には、昨年末に提出された申告書の内容が使われます。。 もし、令和7年度の税制改正により扶養親族等が増える場合は、「異動月日及び事由」欄に「令和7年12月1日改正」などと記載したうえで従業員に追記してもらいましょう。
給与所得者の基礎控除申告書 兼 給与所得者の配偶者控除等申告書 兼 給与所得者の特定親族特別控除申告書 兼 所得金額調整控除申告書	基礎控除や配偶者（特別）控除、特定親族特別控除、所得金額調整控除を受けるために必要な申告書です。1枚で4つの申告書を兼ねています。 特定親族特別控除は2025年に新設されました。19歳以上23歳未満で、合計所得が58万超123万円以下である生計同一の配偶者以外の親族である特定親族がいる場合に記入します。

関連記事：年末調整は結婚したら何が変わる？書類の書き方のポイント

＜申告する控除がある場合に提出が必要な書類＞

給与所得者の保険料控除申告書	社会保険料や民間の生命保険・地震保険等の保険料を支払ったことを申告するための書類です。 保険料控除申告書を提出すると保険料控除額が適用されます。年末調整時には申告書と合わせて保険料の支払いを証明する書類（支払証明書）が必要です。添付されていない場合は従業員に提出を求めましょう。 支払証明書は毎年10月頃に保険会社から保険加入者の自宅に郵送されます。
給与所得者の（特定増改築等）住宅借入金等特別控除申告書	いわゆる住宅ローン控除の書類です。 住宅ローン控除を受ける場合、最初の年は確定申告が必要ですが、2年目以降は年末調整でも控除が可能です。 控除を適用するには、申告書に加えて以下の書類を添付してもらう必要があります。 税務署から交付される「住宅借入金等特別控除証明書」 金融機関から交付される「住宅取得資金に係る借入金の年末残高等証明書」 これらの書類は従業員本人の自宅に税務署や金融機関から送付されるため、企業側で様式を準備する必要はありません。

各申告書は従業員本人が記入する必要があります。早めに申告書を配布し、提出期限を厳守するよう案内しましょう。近年では書類ではなく電子申請で処理をするケースも増えています。

それぞれの書類の書き方は関連記事をご覧ください。

関連記事：年末調整の書き方を徹底解説！書類別の記入例でわかりやすく解説

3-3. 申告書の回収と内容確認（11月下旬）

申告書を配布したら、一定期間を設けて申告書を回収します。回収後、控除額を計算する前に申告書の内容を確認しましょう。

確認事項 過不足なく記入されているか 内容に誤りはないか 所得額や控除額の計算は正しいか

申告書に不足や誤りがあれば従業員に確認し、必要に応じて修正してもらいます。

その年の中途採用者など、ほかの職場で給与収入がある従業員は源泉徴収票も必要です。入社時に提出を受けていない場合には合わせて提出を求めましょう。

関連記事：年末調整における年収と所得の違いは？控除や計算方法も解説
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3-4. 年税額の計算（12月上旬）

必要な書類が手元に揃ったら、次の手順で年末調整の計算をおこないます。

1. 申告書をもとに所得控除の合計額を算出する

2. 1年間の給与の総額と天引きした源泉徴収税額を集計する

3. 給与の総額から給与所得控除を差し引き、給与所得を計算する

給与の総額	給与所得控除の額
1,900,000円以下	650,000
1,900,001円から3,600,000円まで	収入金額×30%+80,000円
3,600,001円から6,600,000円まで	収入金額×20%+440,000円
6,600,001円から8,500,000円まで	収入金額×10%+1,100,000円
8,500,001円以上	1,950,000円

4. 3の給与所得から1の所得控除額の合計額を引き、課税給与所得金額を算出する

5. 4の課税所得金額をもとに速算表を用いて所得税額を計算する

給与所得金額 (A)	税率 (B)	控除額 (C)	所得税額=(A)×(B)−(C)
1,950,000円以下	5%	—	(A)×5%
1,950,000円超3,300,000円以下	10%	97,500円	(A)×10%−97,500円
3,300,000円超6,950,000円以下	20%	427,500円	(A)×20%−427,500円
6,950,000円超9,000,000円以下	23%	636,000円	(A)×23%−636,000円
9,000,000円超18,000,000円以下	33%	1,536,000円	(A)×33%−1,536,000円
18,000,000円超18,050,000円以下	40%	2,796,000円	(A)×40%−2,796,000円

6. （該当する場合）5の所得税額から（特定増改築等）住宅借入金等特別控除額を差し引く

7. 6の金額に復興特別所得税分（6の額×2.1%）を上乗せし、最終的な年税額を確定させる

2025年は税制改正による控除額や扶養の範囲の変更を踏まえて年税額を計算する必要があります。変更点は関連記事で詳しく解説しているので、変更点に不安のある方はぜひご覧ください。

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3-5. 源泉徴収額（給与や賞与で徴収した税額）との差額を調整（12月上旬〜中旬）

年税額を算出できたら、各従業員の源泉徴収額と年税額の差額を計算します。差額の計算は単純に「1年間の源泉徴収額」から「年税額」を差し引くだけです。

例えば、1年間の源泉徴収額が12万円の従業員がいると仮定します。年税額が10万円であれば、2万円の過剰徴収が発生しているため、該当の従業員へ差額を還付します。

一方、1年間の源泉徴収額が12万円で年税額が14万円の従業員の場合、本来納めるべき金額が2万円足りません。この場合は追加徴収が必要です。

所得税の過不足分は年末調整をおこなった月、つまり12月の給与や賞与のうち、遅い方から還付・追加徴収します。

3-6. 源泉徴収票の発行（12月下旬）

12月の給与・賞与の計算が完了し、所得税の過不足分を精算したら、従業員ごとに源泉徴収票を発行します。

源泉徴収票とは、1年間の給与の総額や源泉徴収税額、所得控除の額などが記載された書類です。源泉徴収票を見れば、年末調整で適用された控除や実際に控除された額がわかります。

源泉徴収票は12月の給与・賞与支給時に支給明細と合わせて従業員に交付しましょう。

関連記事：源泉徴収票とは？正しい見方やいつどこで発行できるのかわかりやすく解説

3-7. 源泉徴収税の精算・納付(12月下旬〜翌年1月10日)

従業員への年税額の還付・追加徴収後は、税務署に税額を納付します。

12月分の源泉徴収税を納付する際は、「所得税徴収高計算書」の該当欄に年末調整で計算した、源泉徴収税額と年税額の差額を記入します。これにより事業者単位でも納税額の精算が可能です。

▼所得税徴収高計算書（納付書）について詳しく知りたい方はこちら

関連記事：年末調整の納付書とは？書き方や提出方法を詳しく紹介

3-8. 法定調書の作成と提出（翌年1月31日まで）

年末調整後は4種の法定調書を作成しますが、その全てを税務署に提出するわけではありません。ここでは、税務署へ提出する法定調書3種類について解説します。

3-8-1. 支払調書

企業が外部の取引先に対して支払った金額をまとめた法定調書です。支払いの対象者や報酬の金額、源泉徴収額を記載します。

支払調書は、デザイナーへの原稿料や弁護士への報酬など、主にフリーランスや個人事業主に対する支払いが対象です。

税務署は支払調書の情報をもとに、納税者の収入状況や適切に確定申告がされているかを把握します。

3-8-2. 法定調書合計票

年間の給与支払額や源泉徴収税額の合計を記載する法定調書です。全従業員に対する源泉徴収の内容をまとめて報告します。

3-8-3. 源泉徴収票

従業員へ交付するだけでなく、税務署への提出分も必要です。ただし税務署には全員分ではなく、給与の支払額によって定められた範囲の従業員のみ提出します。その提出範囲は、年末調整をしたかどうか、役職の有無、給与額などによって区分されています。基準は次の表のとおりです。

分類	受給者の区分		提出が必要な給与の支払額
年末調整をした	役員（年内に退任した人を含む）		150万円超
	弁護士、司法書士、土地家屋調査士、公認会計士、税理士、弁理士、海事代理士、建築士等		250万円超
	その他		500万円超
年末調整をしていない	「給与所得者の扶養控除等（異動）申告書」を提出している	下記のいずれか 年内に退職 災害による被害を受けたため、所得税徴収の猶予や還付を受けている	250万円超 （役員は50万円超）
		給与等の額が 2,000万円超	全員
	「給与所得者の扶養控除等（異動）申告書」を提出していない		50万円超

税務署に提出する法定調書は企業の正確な納税処理のためにも欠かせません。企業は法定調書を適切に作成し、期限内に提出することで、法令の遵守につながり透明性も確保できます。

市区町村には給与支払報告書を提出します。給与支払報告書は従業員ごとに1年間の給与額を報告する法定調書で、従業員一人ひとりの給与や賞与、源泉徴収額が記載されています。提出先は各従業員が1月1日時点で居住する市区町村です。各市区町村は給与支払報告書の内容をもとに次年度の住民税額を算出します。

税務署へ提出する源泉徴収票と様式が似ていますが、給与支払報告書は全従業員分を提出する必要があるため注意しましょう。

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4. 年末調整をスムーズにおこなうためにクラウドシステムを活用しよう

国税庁の制度改正により、2020年10月から年末調整のペーパーレス化が可能になりました。これによって、従業員が提出する申告書や各種控除証明書を電子データで処理できる仕組みが整備され、クラウドシステムを活用する会社も年々増えています。

年末調整は毎年のように制度改正があり、そのたびに変更点を把握して従業員へ周知する必要があります。紙ベースでのやり取りでは、提出漏れや記入ミスが生じやすく、人事担当者の確認・差し戻し対応にも大きな負担がかかるでしょう。

クラウドシステムを導入すれば、各申告書をオンラインで処理できるため、書類の授受や修正対応の手間を削減できます。さらに多くのシステムは制度改正にも自動対応しているため、情報収集や対応漏れのリスクを軽減するために活用を検討してみるのはいかがでしょうか。

クラウドシステム化のメリットや導入方法などの詳しい情報は、以下の記事をご覧ください。

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5. 年末調整のやり方をマスターして効率よく処理しよう

年末調整をスムーズに進めるには、手順のほか控除額の算出方法なども押さえることが欠かせません。年末調整の大枠をこの記事で掴み、より詳細な規定や税額の算出方法などは国税庁のウェブサイトなどで確認しましょう。