変形労働時間制（変形労働制）とは、一定の期間（例：1ヵ月や1年）を平均して原則週40時間を超えない範囲で、日々の労働時間を柔軟に設定できる制度です。繁忙期の勤務時間を長くし、その分を閑散期に短く調整すれば、トータルの労働時間を平準化し、残業代の削減につなげることが可能です。

しかし、変形労働制でも残業代や時間外労働の割増賃金は発生します。本記事では、変形労働制の基本的な仕組みや、残業時間・残業代の計算方法、運用時に注意すべきポイントについてわかりやすく解説します。

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1. 変形労働時間制（変形労働制）でも残業代は発生する

変形労働時間制（変形労働制）でも、残業（時間外労働）が生じます。そのため、変形労働制を採用する場合も残業代や割増賃金の支払いは必要です。ただし、残業代・割増賃金の計算方法は、通常の働き方と異なるので注意が必要です。

ここでは、変形労働制の基本的な残業代・割増賃金の考え方や計算方法について紹介します。

1-1. 所定労働時間を超えない場合は残業代が生じない

変形労働時間制（変形労働制）の場合も、通常の働き方と同様で、所定労働時間を超えなければ残業代は生じません。ただし、日単位・週単位などで所定労働時間が変わります。

通常の働き方では、所定労働時間は法定労働時間（1日8時間、週40時間）を超えない範囲で設定されます。しかし、変形労働制の場合、「1日10時間」「週50時間」のように一時的に法定労働時間を超えて所定労働時間を設定することも可能です。

例えば、1日10時間と所定労働時間を設定したのであれば、1日の実労働時間が10時間を超えなければ残業代は発生しないことになります。

1-2. 変形労働時間制でも残業の割増率は同じ

【所定労働時間が8時間未満の残業の考え方】

変形労働時間制（変形労働制）の場合も、所定労働時間を超えると残業代が発生します。また、所定労働時間を超えて、さらに法定労働時間を超えている場合は、時間外労働として割増賃金の支払いが必要です。

例えば、1日の所定労働時間を6時間と定めたのであれば、1日の実労働時間が6時間を超えると残業代が生じます。ただし、1日8時間を超えない場合、法定労働時間を超えないため、割増賃金の支給は不要で、その時間分の賃金を上乗せして支払えば問題ありません（※週の法定労働時間は考慮していません）。

一方、1日の所定労働時間を6時間と定めた日に、1日8時間を超えて労働があった場合、所定労働時間および法定労働時間を超えるので、時間外労働の割増賃金の支払いが必要です。なお、割増賃金の計算方法は、通常の労働契約と同様で次の通りです。

割増賃金 ＝ 残業時間 × 1時間あたりの賃金 × 割増率

また、割増率は通常の場合と変わらず次の表の通りで、時間外労働は1.25倍、休日労働は1.35倍、深夜残業は1.5倍となります。なお、所定労働時間を超えても、法定労働時間内の労働については、割増率1.0で残業代を算定できます。

【残業にかかる割増率】

対象条件	割増率
時間外労働	25％以上
深夜労働	25％以上
休日労働	35％以上
1ヵ月の時間外労働が60時間を超えた分	50％以上
深夜残業	50％以上
深夜時間の休日労働	60％以上
1ヵ月の時間外労働が60時間を超え、深夜労働があった時間	75％以上

なお、残業に関する法律と適切な管理方法を社内で確認したい方は「法律に対応した残業管理実現BOOK」をご覧ください。

関連記事：残業による割増率の考え方と残業代の計算方法をわかりやすく解説

1-3. 変形労働時間制で残業代の未払いが生じるリスク

変形労働時間制（変形労働制）を正しく運用しないと、残業時間の計算ミスが発生し、残業代や割増賃金の支払いに誤りが生じるおそれがあります。未払い賃金が発生した場合、労働基準法第24条の「賃金支払いの5原則」にある「全額払いの原則」に違反することになります。

従業員から未払い賃金の請求があれば、遅延分の利息を含めて支払わなければならない可能性もあるでしょう。また、割増賃金の計算や支給にミスがある場合は、労働基準法第37条にも抵触するリスクがあります。

このような場合、労働基準法第119条、第120条に基づき、6ヵ月以下の拘禁刑または30万円以下の罰金の罰則が適用されるおそれもあります。ただし、ミスがあったからといって直ちに罰則が適用されるわけではありません。

労働基準監督署が調査を実施し、変形労働制の運用に法的な問題があると判断した場合、まず指導や是正勧告がおこなわれます。それでも改善が見られない場合には書類送検に至り、刑事罰の対象となることがあります。

たとえ罰則が課されなくても、変形労働制の不適切な運用や未払い賃金の発生は、企業の社会的信用や評判に影響を及ぼすだけでなく、従業員の仕事に対するモチベーションや帰属意識にも悪影響を与えるでしょう。

このような事態を避けるためには、変形労働制における残業時間や残業代・割増賃金の計算方法を正しく理解し、従業員に適切な賃金を支払うことが重要です。

参考：労働基準法第24条、第37条、第119条、第120条｜e-Gov法令検索

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2. 変形労働時間制における残業時間の計算方法

そもそも変形労働時間制（変形労働制）とは、1週間の平均労働時間が法定労働時間である40時間を超えない範囲において、所定労働時間を日ごとや月ごとで自由に調整できる制度です。

つまり、週あたりの平均労働時間が法定労働時間内であれば、1日の労働時間を8時間を超えて設定することも可能です。変形労働制の残業時間を計算する際は、日ごとや週ごと、もしくは設定された変形期間に分けて考えるのが基本です。

2-1. 1ヵ月単位の変形労働時間制の場合

1ヵ月単位の変形労働時間制（変形労働制）の場合、残業時間は「1日ごと」「1週間ごと」「設定された変形期間（1ヵ月）ごと」に定められた基準をもとにそれぞれ算出します。ここからは、それぞれの残業時間の考え方と計算方法について詳しく紹介します。

なお、ここでいう残業時間とは、時間外労働の割増賃金が発生する時間と定義します。所定労働時間を超えるけれど法定労働時間内に収まる部分（法定内残業）については考慮しないこととしています。（1年単位、1週間単位、フレックスタイム制も同様）。

1日ごとの場合

8時間以上の所定労働時間を定めている場合、実際の労働が所定労働時間を超えた時間が残業時間です。一方、所定労働時間が8時間未満の場合、8時間を超えて労働した時間分が残業時間となります。

例）ある1週間について、次の所定労働を定めている場合の残業時間は表に記載の通りです。

	月	火	水	木	金
所定労働時間	10	8	5	8	9
実労働時間	10	8	7	8	10
残業	0	0	0	0	1

1週間ごとの場合

40時間以上の所定労働時間を定めている場合、実際の労働が所定労働時間を超えたときが残業にあたります。一方、所定労働時間が40時間未満の場合、40時間を超えて労働したときが残業時間です。

なお、「1日ごと」の基準で残業扱いになった時間は除外して計算する点に注意が必要です。また、特別措置対象事業場の場合は「40時間」でなく「44時間」の基準が適用されます。

例）ある1週間について、先ほどの例を用いると、2時間が週の残業時間となります。

	月	火	水	木	金	週合計
所定労働時間	10	8	5	8	9	40
実労働時間	10	8	7	8	10	43
時間外労働時間	0	0	0	0	1	3-1＝2

設定された変形期間（1ヵ月ごと）の場合

実際の労働がその月の上限労働時間（暦日数÷7×40時間）を超えた時間が、残業時間となります。なお、「1日ごと」「1週間ごと」の基準で残業扱いになった時間は除外して計算する必要があります。

例）暦日数が28日のある1ヵ月について、所定労働時間と実労働時間がこれまでに挙げた例と4週間とも同じであった場合、1日あたりの残業時間4時間と週の残業時間8時間を差し引いて、変形期間での残業は0時間となります。この時、残業代は12時間分に基礎賃金と割増率1.25をかけて支給することになります。

	1週目	2週目	3週目	4週目	月合計
所定労働時間	40	40	40	40	160
実労働時間	43	43	43	43	172
時間外労働時間	2	2	2	2	12-8-4＝0

もし変形期間での残業が発生した場合、残業代は次のように日ごと・週ごとと変形期間内の残業時間で分けて計算し、その合計を支給します。

• 日ごと、週ごとの残業時間の合計 × 1時間あたりの基礎賃金 × 1.25
• 変形期間で発生した残業時間 × 1時間あたりの基礎賃金 × 0.25

参考：1か月単位の変形労働時間制｜厚生労働省

関連記事：1ヶ月単位の変形労働時間制とは？メリット・導入フローを徹底解説

2-2. 1年単位の変形労働時間制の場合

1年単位の変形労働時間制（変形労働制）の残業時間を計算する場合、1ヵ月単位の変形労働制と同様に、「1日ごと」「1週間ごと」「設定された変形期間（1ヵ月を超え1年以内）ごと」に、定められた労働時間の上限を超えた時間が残業時間となるため、計算方法は同じです。

ただし、1年単位の変形労働制には、労働時間制限が設けられており、原則「1日10時間」「週52時間まで」とされています。また、特別措置対象事業場の特例（1週平均の労働時間を44時間とする）は適用できません。

参考：1年単位の変形労働時間制導入の手引｜厚生労働省

関連記事：1年単位の変形労働時間制とは？残業の計算方法や休日の考え方もわかりやすく解説

2-3. 1週間単位の変形労働時間制の場合

1週間単位で調整したい場合は、1週間単位の非定型的変形労働時間制（1週間単位の変形労働制）を採用します。これは、1日の労働時間が10時間以内、週40時間以内という条件のもとであれば、週単位で労働時間が調整できる制度です。

1週間単位の変形労働制では、残業時間は「1日ごと」と「1週間ごと」の2パターンで計算します。計算方法は、1ヵ月単位や1年単位の場合と同様です。

なお、1週間単位の変形労働制を導入できる業種は、従業員が30人未満の小規模小売業や旅館、飲食店などに限定されています。

次のページでは、変形労働制を導入している企業における勤怠管理システムの活用方法を解説しています。勤怠管理システムを導入しようか検討されている方や現状の勤怠管理に課題を感じる方はぜひご覧ください。

関連サイト：勤怠管理システムを用いた変形労働時間制の運用｜ジンジャー勤怠

2-4. フレックスタイム制の場合

フレックスタイム制は、清算期間中に定められた総労働時間の中で、1日の出退勤時刻や労働時間を従業員自身が調整できる制度です。そのため、1日8時間以上、あるいは週40時間以上の労働が必ずしも残業扱いになるわけではありません。

フレックスタイム制の残業（時間外労働）とは、1～3ヵ月の清算期間における法定労働時間の総枠（清算期間の暦日数÷7×40時間）を超えて労働した時間のことを指します。

また、フレックスタイム制の清算期間が1ヵ月を超える場合は、1ヵ月ごとの労働時間が週50時間（平均）を超えた時間も残業扱いとなり、時間外労働として25%の割増賃金の支払いが必要になります。

フレックスタイム制の残業時間の計算方法についてさらに詳しく知りたい方は、次の記事をご覧ください。
関連記事：フレックスタイム制で残業代は減る？残業の考え方や計算方法も紹介

2-5. 裁量労働制の場合

裁量労働制とは、勤務時間や仕事の進め方を従業員自身に委ねる働き方です。変形労働時間制（変形労働制）とは制度が異なり、残業時間の考え方も通常と異なるため、しっかり理解しておきましょう。

裁量労働制では、1日のみなし労働時間に基づいて給与が支払われます。例えば、1日のみなし労働時間を8時間と設定した場合、実際に10時間勤務しても5時間勤務しても「8時間働いた」とみなされ、給与も8時間分が支給されます。

そのため、原則として残業代は発生しません。ただし、みなし労働時間を1日9時間のように法定労働時間（8時間）を超えて設定した場合は、超過分に対して時間外労働の割増賃金を支払う必要があります。

また、所定休日や法定休日はそもそも労働義務が免除されているため、原則としてみなし労働時間は適用されません。休日に出勤した場合は、所定休日・法定休日それぞれのルールに従って、残業代や割増賃金を支払う必要があります。

関連記事：所定休日と法定休日の違いとは？休日出勤時の割増賃金の考え方も解説

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