3. 変形労働時間制における残業時間の計算方法

変形労働時間制における残業とはどこからなのか、判断に迷うケースもあるでしょう。

変形労働時間制（変形労働制）の残業時間を計算する際は、日ごとや週ごと、もしくは設定された変形期間に分けて考えるのが基本です。

労働基準法で認められている変形労働制には、細かく分けると以下の4つのタイプがありますが、それぞれ残業代が発生するケースや計算の方法が異なります。

• 1ヵ月単位の変形労働時間制
• 1年単位の変形労働時間制
• 1週間単位の非定型的変形労働時間制
• フレックスタイム制

この章では、各制度の残業時間の計算方法を解説するので、参考にしてください。

3-1. 1ヵ月単位の変形労働時間制の場合

1ヵ月単位の変形労働時間制（変形労働制）を導入するには、対象労働者や対象期間などの一定事項を労使協定または就業規則に定めて、労働基準監督署に届出をする必要があります。

1ヵ月単位の変形労働制の場合、残業代は1日ごと、1週間ごと、設定された変形期間ごとに定められた基準をもとにそれぞれ算出します。ここからは、それぞれの残業時間の考え方と計算方法について詳しく紹介します。

なお、ここでいう残業時間とは、時間外労働の割増賃金が発生する時間と定義します。所定労働時間を超えるけれど法定労働時間内に収まる部分（法定内残業）については考慮しないこととしています。（1年単位、1週間単位、フレックスタイム制も同様）。

1日ごとの場合

8時間以上の所定労働時間を定めている場合、実際の労働が所定労働時間を超えた時間が残業時間です。一方、所定労働時間が8時間未満の場合、8時間を超えて労働した時間分が残業時間となります。

例）ある1週間について、以下の所定労働を定めている場合の残業時間は表に記載の通りです。

1週間ごとの場合

40時間以上の所定労働時間を定めている場合、実際の労働が所定労働時間を超えたときが残業にあたります。一方、所定労働時間が40時間未満の場合、40時間を超えて労働したときが残業時間です。

なお、「1日ごと」の基準で残業扱いになった時間は除外して計算する点に注意が必要です。また、特別措置対象事業場の場合は「40時間」でなく「44時間」の基準が適用されます。

例）ある1週間について、先ほどの例を用いると、2時間が週の残業時間となります。

設定された変形期間（1ヵ月ごと）の場合

実際の労働がその月の上限労働時間（暦日数÷7×40時間）を超えた時間が、残業時間となります。なお、「1日ごと」「1週間ごと」の基準で残業扱いになった時間は除外して計算する必要があります。

例）暦日数が28日のある1ヵ月について、所定労働時間と実労働時間がこれまでに挙げた例と4週間とも同じであった場合、1日あたりの残業時間4時間と週の残業時間8時間を差し引いて、変形期間での残業は0時間となります。この時、残業代は12時間分に基礎賃金と割増率1.25をかけて支給することになります。

もし変形期間での残業が発生した場合、残業代は以下のように日ごと・週ごとと変形期間内の残業時間で分けて計算し、その合計を支給します。

• 日ごと、週ごとの残業時間の合計 × 1時間あたりの基礎賃金 × 1.25
• 変形期間で発生した残業時間 × 1時間あたりの基礎賃金 × 0.25

参考：1か月単位の変形労働時間制｜厚生労働省

関連記事：1ヶ月単位の変形労働時間制とは？メリット・導入フローを徹底解説

3-2. 1年単位の変形労働時間制の場合

1年単位の変形労働時間制（変形労働制）を導入するには必ず労使協定を締結し、労働基準監督署に提出する必要があります。また、就業規則の整備も必要です。

1ヵ月単位の変形労働制と同様に、「1日ごと」「1週間ごと」など設定された変形期間ごとに、定められた法定労働時間の上限を超えた時間が残業時間となるため、計算方法は同じです。

1年単位の変形労働制には、労働時間制限が設けられており、原則「1日10時間」「週52時間まで」とされています。なお、1年単位の変形労働制には、特別措置対象事業場の特例は適用されません。

参考：1年単位の変形労働時間制導入の手引｜厚生労働省

関連記事：1年単位の変形労働時間制とは？休日や残業の計算方法もわかりやすく解説

3-3. 1週間単位の変形労働時間制の場合

1週間単位で調整したい場合は、1週間単位の非定型的変形労働時間制（1週間単位の変形労働制）を採用します。これは、1日の労働時間が10時間以内、週40時間以内という条件のもとであれば、週単位で労働時間が調整できる制度です。

1週間単位の変形労働制では、残業時間は「1日ごと」と「1週間ごと」の2パターンで計算します。計算方法は、1ヵ月単位や1年単位の場合と同様です。

なお、1週間単位の変形労働制を導入できる業種は、従業員が30人未満の小規模小売業や旅館、飲食店などに限定されています。また、1週間単位の変形労働制を導入する場合も、労使協定の締結・届出や就業規則の整備が必要です。

以下のページでは、変形労働制を導入している企業における勤怠管理システムの活用方法を解説しています。勤怠管理システムを導入しようか検討されている方や現状の勤怠管理に課題を感じる方はぜひご覧ください。

関連サイト：勤怠管理システムを用いた変形労働時間制の運用｜ジンジャー勤怠

3-4. フレックスタイム制の場合

フレックスタイム制は、清算期間中に定められた総労働時間の中で、1日の出退勤時刻や労働時間を従業員自身が調整できる制度です。そのため、1日8時間以上、あるいは週40時間以上の労働が必ずしも残業扱いになるわけではありません。

フレックスタイム制の残業（時間外労働）とは、1～3ヵ月の清算期間における法定労働時間の総枠（清算期間の暦日数÷7×40時間）を超えて労働した時間のことを指します。

また、フレックスタイム制の清算期間が1ヵ月を超える場合は、1ヵ月ごとの労働時間が週50時間（平均）を超えた時間も残業扱いとなり、時間外労働として25%の割増賃金の支払いが必要になります。

フレックスタイム制の残業時間の計算方法についてさらに詳しく知りたい方は、以下の記事をご覧ください。
関連記事：フレックスタイム制で残業代は減る？残業の考え方や計算方法も紹介

4. 変形労働時間制における残業の注意点

変形労働時間制（変形労働制）は残業の考え方が変則的であるため、残業時間の数え方や運用に誤解が生じることもよくあります。万が一、人事労務や経理の担当者が数え方や運用を間違えてしまうと、従業員とのトラブルになる可能性があるので注意が必要です。

ここでは、変形労働制を活用するうえで、知っておきたい注意点について紹介します。

4-1. 残業時間を所定労働時間で相殺することはできない

変形労働時間制（変形労働制）は、変形期間の中で所定労働時間を自由に定められることが魅力ですが、残業時間と所定労働時間を相殺することはできません。つまり、担当者が所定労働時間を自由に繰り下げたり、繰り上げたりすることはできないのです。

例えば、ある日の所定労働時間が8時間で10時間働いた場合、残業時間は2時間となります。このとき、翌日の所定労働時間から残業した2時間を差し引いて相殺するのはNGです。

同様に、ある日の所定労働時間が8時間のところ6時間しか働かなかった場合に、翌日に所定労働時間よりも2時間働いたから、前日の不足分を相殺する、というような扱いもNGとなります。

4-2. 変形労働時間制での残業の上限

変形労働時間制（変形労働制）であっても、時間外労働をさせる場合には36協定の締結が必要になりますが、残業時間にも上限が定められています。変形労働制の残業時間の上限について、1ヵ月単位の場合は通常と同じく「月45時間、年360時間」となり、1年単位の場合は「月42時間、年320時間」となっています。

なお、特別条項を結んだ場合であっても、通常の労働時間制と同じく「月100時間未満、年720時間以内」が残業時間の上限です。また、上限時間を超えられるのは年に6回まで、2～6ヵ月の平均を月80時間以内におさめなければならない条件も同じです。

上記のように残業の上限時間が整備されたのが2019年の法改正のタイミングであったことはご存じでしょうか。このタイミングで、残業時間の上限規則だけでなく、有給管理の取得義務や高度プロフェッショナル制度の創設など、6つの項目について見直されました。当サイトでは、残業時間の上限規則が法改正前後でどのように変わったのか、図を用いて解説した資料を無料で配布しております。法改正での変更内容に不安な箇所がある方は、こちらから資料をダウンロードしてご確認ください。
関連記事：36協定における残業時間の上限を基本からわかりやすく解説！

4-3. 深夜労働や休日労働があった場合も割増賃金の支給が必要

変形労働時間制（変形労働制）を採用する場合、時間外労働のみならず、深夜労働（原則22時～翌5時の労働）や休日労働（法定休日の労働）があった場合も割増賃金の支払いが必要です。

例えば、1ヵ月単位の変形労働制で1日の所定労働時間を12時間などと設定した場合、時間外労働に当てはまらなくとも、労働が深夜帯に及び深夜労働に該当する可能性があります。時間外労働と深夜労働、休日労働と深夜労働は重複すると、それぞれの割増率を合算したうえで、割増賃金を支給する必要があるので注意しましょう。

関連記事：割増賃金の基礎となる賃金とは？計算方法など労働基準法の規定から基本を解説

5. 変形労働時間制を導入する方法

変形労働時間制（変形労働制）を導入する際は、労使協定の締結・届出と就業規則の整備に気を付けなければなりません。ここでは、それぞれの注意点やポイントについて詳しく紹介します。

5-1. 労使協定の締結・届出

変形労働時間制（変形労働制）を導入する場合、企業は従業員と労使協定を締結しなければならないことが、労働基準法第32条の4に定められています。また、従業員と労使協定を結んだら、所轄の労働基準監督署に提出しなければなりません。

なお、1ヵ月単位の変形労働制の場合、労使協定を締結する代わりに就業規則に制度の内容を定めることで対応も可能です。また、フレックスタイム制については、清算期間を1ヵ月以内に定める場合には労使協定の届出が不要です。

労使協定の締結や届出の義務があるにもかかわらず、対応しなかった場合、労働基準法違反となり、制度が無効とされるだけでなく、罰則が科せられる恐れもあるので注意しましょう。

参考：労働基準法第32条の4｜e-Gov法令検索

関連記事：変形労働時間制の労使協定に関する基礎知識を詳しく紹介

5-2. 就業規則への明記

労使協定を締結したら、就業規則に変形労働時間制（変形労働制）について記載します。なお、常時従業員数10人以上の事業場では、労働基準法により就業規則の作成と労働基準監督署への届出が義務付けられています。

変形労働制について就業規則に記載する際は、次のような項目を載せましょう。

• 適用される従業員の範囲
• 対象期間と起算日
• 変形労働時間制の労働日と勤務時間
• 労使協定の有効期間

これらの情報を就業規則に明記しないと、変形労働制が無効とされる可能性があります。就業規則を変更した場合、所轄の労働基準監督署へ届出する義務もあるので気を付けましょう。

関連記事：就業規則の変更を届出る際の提出方法と気をつけるべき4つの注意点

6. 変形労働時間制では残業の考え方に注意

変形労働時間制（変形労働制）は、対象期間（1日、1週間、1ヵ月、1年など）によって、時間外労働（残業）とみなされる基準が異なります。変形労働制であっても、所定労働時間を超えれば残業代が発生することを理解しておきましょう。

変形労働制を活用して残業代の抑制を図るには、計画的なシフト管理と、実績に基づく継続的な見直しが欠かせません。制度を有効に機能させるためにも、労働時間の記録を正確におこない、法定労働時間を超えないよう柔軟に調整することが重要です。

関連記事：残業の定義とは？正しい知識で思わぬトラブルを回避！