従業員へ賃金を支払う以上、会社は必ず年末調整を実施しなければなりません。年末調整は従業員の納税に深く関わるため、正しく実施されていない場合には会社に罰則が科せられることもあります。

この記事では年末調整をしない場合の罰則について詳しく解説します。人為的ミスで年末調整が正しくおこなわれなかった場合も罰則の対象となる可能性があるため、正しい内容を把握しておきましょう。

1. 年末調整をしないと罰則が発生する！知っておくべき基本とは

年末調整を故意におこなわなかった会社は、罰則が科せられる場合があります。まずは法令上求められている義務と罰則内容を確認しましょう。

1-1. 会社には従業員の所得税を納める義務がある

会社は従業員に支払う賃金から所得税を源泉徴収し、従業員に代わって国に納める義務があります。

しかし、毎月従業員の給与から天引きする源泉徴収額は「従業員の賃金が1年間変動しない」という前提で概算されます。所得控除等が考慮される本来の所得税とは金額の乖離があるため、年末調整によって差額を精算しなければなりません。

また、年末調整には、事業者単位で納税を取りまとめることで、スムーズに税金を徴収するという国の目的もあります。仮に全ての労働者が個別で確定申告をおこなった場合、税務署が申告を処理しきれなくなるためです。

関連記事：年末調整とは？確定申告との違いや必要書類、計算の流れをわかりやすく解説

1-2. 年末調整の対象者はパートやアルバイトも含まれる

年末調整の対象者は、原則として年末まで勤務していて「扶養控除等申告書」を会社に提出しているすべての従業員です。雇用形態は関係なく、学生バイトやパートタイマーなども対象者に含まれます。

なお、年の途中で退職した人でも、死亡退職や著しい心身の障害による退職などに該当する場合、年末調整が必要になるケースもあるので注意しましょう。

年末調整をしなくても罰則がない、つまり年末調整の対象外となる従業員の例は、本記事の4章で解説します。

参考：No.2665 年末調整の対象となる人｜国税庁

1-3. 年末調整をしない・誤ると罰則を受ける可能性がある

会社が従業員の年末調整をしなかった場合、従業員の正しい所得税を納税していないことになります。税金の納付は国民の義務であるため、自らの利益のため故意に年末調整を実施しなかった会社には、拘禁刑や罰金といった法的な罰則が科されます。

また、人為的なミスで手続きに不備があった場合も、適切に対応しなければ脱税と判断されてしまうおそれがあります。「税務署への書類提出を忘れていた」「計算を間違えてしまい納税額が少なかった」という場合も、罰則が科せられる可能性がゼロではありません。

年末調整の業務を適切におこなわないことによる影響範囲は大きいです。抜け漏れのない対応をするために、年末調整の必要書類や提出期限を理解しておきましょう。

当サイトでは、年末調整の流れや必要書類の書き方が理解できる資料を無料で配布しています。年末調整業務を抜け漏れなくおこないたい方は、こちらから「年末調整ガイドブック」をダウンロードして、年末調整のミスや漏れの防止にお役立てください。

2. 年末調整を怠った場合の罰則（法律上のペナルティ）

年末調整を適切におこなわなかった会社は、次のような罰則が科せられるおそれがあります。

• 1年以下の拘禁刑または50万円以下の罰金（所得税法242条）
• 10年以下の拘禁刑または200万円以下の罰金（所得税法240条）
• 不納付加算税・延滞税の課税

それぞれの罰則が適用されるケースについて解説します。

2-1. 1年以下の拘禁刑または50万円以下の罰金（所得税法242条）

年末調整において「1年以下の拘禁刑または50万円以下の罰金」が科せられる可能性があるのは次のケースです。

• 年末調整を実施せず、源泉徴収義務を故意に怠った
• 年末調整書類に虚偽の内容を記載する、または不正な方法で税額計算をおこなう

なお、これらの行為は所得税法第242条に抵触します。

参考：所得税法第242条｜e-Gov法令検索

2-2. 10年以下の拘禁刑または200万円以下の罰金（所得税法240条）

従業員から源泉徴収した所得税を税務署に納付しなかった場合は、「10年以下の拘禁刑または200万円以下の罰金（もしくはその両方）」が科せられる可能性があります。

参考：所得税法第240条｜e-Gov法令検索

2-3. 不納付加算税・延滞税の課税

年末調整をおこなわず、源泉徴収税額の精算や納付が遅れた場合には、不納付加算税や延滞税が発生します。年末調整そのものが罰則対象というより、「源泉徴収義務の履行遅れ（納付不足）」に対して課されるペナルティです。

これらのペナルティは、必ずしも故意によるものでなくても、提出漏れや計算誤りといった小さなミスから発生することがあります。年末調整は、期限内に正確な計算と書類提出をおこなうことが、余計な税負担や罰則を避けるために重要です。

関連記事：不納付加算税とは？課される要件や計算方法、免除されるケースを解説

関連記事：加算税とは？延滞税の違いや種類と税率、端数計算について詳しく解説！

3. 年末調整をしない・遅れた場合に生じる罰則以外のリスク

年末調整の罰則とまでいかなくても、ルールどおりに年末調整をしなかったり、期限に遅れたりすることで、さまざまなデメリットが生じます。罰則に加えておさえておきたいリスクについて解説します。

3-1. 年末調整の提出期限・納付期限を守らない場合のリスク

年末調整を正しく実施していても、年末調整の提出期限（翌年1月31日）や納付期限（翌年1月10日・20日）を守らなければ、会社に実務上の問題が生じます。まず、年末調整に関わる重要な期限は次の2つです。

源泉所得税の納付期限

年末調整後、翌年1月10日（納期限の特例を受ける場合は1月20日）。なお、納付に使用する「所得税徴収高計算書」には、年末調整の過不足額を記入します。

法定調書・住民税関連の書類提出期限

年末調整後、翌年1月31日。期日までに「法定調書合計票」「支払調書」「源泉徴収票」は税務署へ提出し、「給与支払い報告書」各従業員の居住する自治体へ提出します。同じく1月31日までに従業員へ源泉徴収票を交付する義務があります。

これらの期限を守らなかった場合、直ちに罰則が科されるわけではありませんが、放置すると次のようなリスクが発生します。

• 延滞税や追加納付が発生するリスク
• 税務署や自治体から問い合わせや指導が入るリスク
• 従業員への源泉徴収票交付が遅れて不信感を募らせたり従業員から問い合わせが増加したりするリスク
• 給与支払報告書の提出遅延により、従業員側の住民税課税が遅れるリスク

参考：No.2505 源泉所得税及び復興特別所得税の納付期限と納期の特例｜国税庁

関連記事：年末調整の納付書とは？書き方や提出方法を詳しく紹介
関連記事：年末調整の提出先は？意外と知らない書類の行方について解説

3-2. 従業員の書類提出が遅れた場合のリスク

会社側が年末調整の期限を遵守していても、それ以前に従業員の書類回収が間に合わなければ意味がありません。

従業員に記入を依頼する年末調整必要書類（扶養控除等申告書や保険料控除申告書など）や各種証明書は、一般的に11月下旬～12上旬に提出期日を設けて回収します。

この提出期日は会社で定められるため、3-1章で解説した年末調整の期限に間に合うよう、逆算して社内期限を設定しましょう。

仮に、1月31日までに書類を回収しきれず年末調整を実施できなかった従業員は、代わりに個人で確定申告をおこなう必要があります。確定申告に不慣れな従業員の場合、申告書類作成や手続きの負荷は非常に大きくなるため、必ず年末調整に間に合うよう社内周知をおこないましょう。

関連記事：年末調整の必要書類一覧｜記載する内容や書類の入手方法を徹底解説

3-3. 税務署・自治体への書類提出が遅れた場合のリスク

従業員からの書類回収が間に合わなかったり、年末調整時期が会社の繫忙期だったりして、どうしても必要書類の提出が遅れてしまう場合もあるでしょう。しかし、年末調整の書類提出が遅れても、直ちに罰則を受けることはありません。事前に管轄の税務署や自治体に連絡し、提出が遅れる旨を申し入れておけば、大きな問題にはならないでしょう。

しかし、提出が大幅に遅れると、正しく年末調整を実施していないとみなされることがあります。最悪の場合、10年以下の拘禁刑または200万円以下の罰金が適用される可能性があります。

年末調整が実施されないと従業員の納税が滞ってしまうため、各従業員が確定申告をおこなわなければ納税ができません。年末調整は会社の義務であることを念頭において業務にあたりましょう。

3-4. 所得税の納付が遅れた場合のリスク（延滞税・差押さえなど）

納付期日を過ぎても所得税が納税されなかった場合、最悪のケースでは資産の差し押さえまで発展することも考えられます。

そこまで至らなかったとしても、税金の滞納には延滞税が掛かり、1日ごとに金額が加算されます。会社の信用にも関わるので、期日までに間違いなく納税するようにしましょう。

3-5. 多く支払った所得税の還付ができず従業員トラブルに発展するリスク

毎月の給与から源泉徴収される所得税には、生命保険料控除や地震保険料控除などがすべては反映されていないため、実際の納税額より多く徴収されていることがよくあります。しかし、年末調整をしないと本来納めるべき税額が確定しないため、納め過ぎた税金の還付をおこなうことができません。

この場合、従業員自ら確定申告をして還付を受けなければならず、時間や手間がかかります。特に会社側のミスで本来は年末調整で処理できるのに確定申告が必要となった場合、従業員の不満や会社への信頼低下につながり、トラブルに発展するおそれもあります。そのため、年末調整は期限内に正確に実施することが重要です。

関連記事：年末調整を忘れた場合に発生する問題と対処法をわかりやすく解説

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4. 年末調整をしなくても罰則がない（年末調整の対象外となる）従業員の例

年末調整を適切に実施していない会社は、最悪の場合、法的な罰則を受ける可能性があります。ただし、すべての従業員が年末調整の対象になるわけではありません。

 ここでは、年末調整の対象外となる従業員の主な例を紹介します。

4-1. 「給与所得者の扶養控除等（異動）申告書」を提出していない従業員

副業・兼業やダブルワークで働く従業員がいる場合は、年末調整の対象から外れる可能性もあります。「給与所得者の扶養控除等（異動）申告書」は主たる給与を受け取る1ヵ所の勤務先にのみ、提出するものです。

 自社が、「主たる給与（メインの勤務先）」ではなく「従たる給与（サブの勤務先）」となる場合は、年末調整をおこなうことができません。

 ただし、複数の職場で掛け持ちをしている従業員が、年末調整のルールを誤認している可能性もあるため、会社側から正しい情報提供をおこなうとよいでしょう。

 参考：A2-1　給与所得者の扶養控除等の（異動）申告｜国税庁

 関連記事：年末調整を2箇所でしてしまったら？ダブルワークの注意点と正しい対処方法を解説

4-2. 給与収入が2,000万円を超える従業員

年間の給与収入が2,000万円を超えている従業員も年末調整の対象外です。この場合は年末調整ではなく確定申告により所得税を納めることが法的に定められています。

 該当する従業員はごく一部ですが、会社役員クラスの従業員であれば該当するケースも珍しくないため、漏れのないように対象者を洗い出しましょう。

4-3. 給与収入160万円以下かつ源泉徴収がない従業員

年末調整とは、その年に給与から源泉徴収された所得税額の合計と、実際に納めるべき所得税額を比較し、その差額を精算する手続きです。給与収入が160万円以下の場合、給与所得控除（65万円）と基礎控除（95万円）の合計が160万円で課税所得が生じないため、所得税は発生しません。

 なお、令和7年度税制改正により、2025年分から給与所得控除の最低保障額が55万円から65万円に、基礎控除の額は最大48万円から最大95万円に改正されたため留意が必要です。

 また、その年に一度も源泉徴収されていない場合は、年末調整による還付もありません。よって、課税所得がなく、かつ源泉徴収もない従業員については、年末調整をおこなわなくても税額に影響はありません。

ただし、所得税が発生しない場合でも、源泉徴収票の交付や給与支払報告書の提出義務は残るため、事務手続きは必要です。

 参考：令和7年度税制改正による所得税の基礎控除の見直し等について｜国税庁

関連記事：源泉徴収票の発行の仕方とは？いつどこで発行するかを解説
関連記事：年収の壁はどうなった？2025年最新動向と人事が押さえるポイント

4-4. 災害減免法が適用されている従業員

大規模災害等で経済的に大きな負担を受けた場合、災害減免法が適用されることがあります。これにより所得税の納税に猶予期間が発生するので、該当する従業員は年末調整を実施しなくても問題ありません。

年末調整の対象となるケース、対象外となるケースを細かく知りたい方は次の記事をご覧ください。

 関連記事：年末調整の対象者とは？必要な書類や確定申告との関係も解説

5. 罰則を受けずに年末調整をスムーズに進める方法

年末調整を正しくおこなわなかった場合、法令に基づき拘禁刑や罰金などの罰則が科せられるおそれがあります。しかし、年末調整は煩雑な手続きが多いため、どうしてもミスが起こりやすいものです。

ここからは、年末調整をスムーズに進めるための具体的な方法について解説します。

5-1. スケジュールを前倒しで計画して社内フローを明確化する

年末調整は、必要書類の配布・回収、内容確認、所得税の計算、源泉徴収票の作成・提出など、複数の工程で構成されます。年末調整の罰則を科されないためには、年末調整業務の流れを時系列で整理し、各工程の担当者と期限を明確にしておくことが肝心です。

また、従業員の記入漏れや証明書の添付忘れ、担当者による計算ミスは発生しやすいため、スケジュールには必ず余裕を持たせ、修正や再確認に対応できる期間をしっかりと確保しましょう。

関連記事：年末調整はいつ提出？時期や期限、申告書の種類をくわしく解説

5-2. 年末調整の対象者へ周知を徹底する

年末調整を円滑に進めるには、従業員の協力が欠かせません。必要書類や提出期限は、早期に案内し、さらに複数回周知すれば提出漏れを防ぎやすくなります。

社内掲示板やメール、勤怠システムなど複数の手段を併用してリマインドをおこないましょう。また、記入例やマニュアルを配布すれば、記入ミスや証明書添付漏れを減らせるため、差し戻しや再提出による業務遅延を防ぐことができます。

5-3. 年末調整をシステムで電子化する

年末調整を紙で運用している場合、書類の配布・回収・転記などに多くの時間と手間がかかるため、業務の電子化も重要です。クラウド型の年末調整システムを導入すれば、従業員がオンラインで申告書を作成・提出でき、入力データが自動集計されるため、回収漏れや計算ミスを大幅に減らせるでしょう。

さらに、保険料や控除額の自動計算、証明書画像のアップロード、自動チェック機能などを活用すれば、確認作業の効率化や計算業務の時間短縮が可能です。

ペーパーレス化によって差し戻し作業もシステム上で完結でき、紙書類の回収や再配布が不要になります。年末調整全体の作業工数を大幅に削減するためにも、早めに電子化を検討するとよいでしょう。

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