2018年の税制改正により、2020年10月から年末調整に関する書類の電子化が可能となり、電子化を取り入れる会社も増えてきました。

電子化によって手書きの場合よりも手続きが早くできるだけでなく、入力ミスの軽減にもつながり、人事担当者と従業員の双方にメリットがあります。

本記事では、年末調整の電子化の概要や電子化した後の手続きの流れ、電子化する方法について説明します。

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1. 年末調整の電子化とは？

2020年10月から年末調整の電子化が可能になり、徐々に義務化が進んでいます。ここでは、年末調整の電子化が義務づけられている対象や、電子化できる書類の種類などを確認しましょう。

1-1. 一部の会社を対象に法定調書の提出が義務化

年末調整の電子対応が義務化されているのは、一部の会社における法定調書の提出のみです。

前々年度（2年前）に発行した法定調書が、種類ごとに100枚以上の会社には、計算後に提出する各種法定調書をe-Taxや光ディスク等、またはクラウド等で提出することが義務付けられています。

例えば2023年1月に提出した給与所得の源泉徴収票の枚数が100枚以上だった場合、2年後の2025年1月に提出する給与所得の源泉徴収票は電子化しなければなりません。

しかし、法定調書の提出のみを電子化するのは非効率です。業務負担を増やさないためには、従業員から申告書を回収する手続きも合わせて電子化する必要があります。

提出の電子化が義務となる会社は、実質的には提出だけでなく、年末調整の手続き全体を電子化せざるを得ないといえるでしょう。

なお、電子化の基準は令和9年1月1日以降、前々年度に発行した法定調書の枚数が種類ごとに30枚以上であった場合に引き下げられます。令和7年中に提出する法定調書が30枚以上の場合は、今から電子提出の準備を進めておきましょう。

関連記事：年末調整手続きの電子化は義務？令和3年からの改正内容を解説

参考：法定調書の提出枚数が100枚以上の場合のe-Tax、光ディスク等又はクラウド等による提出義務｜国税庁

2. 年末調整で電子化できる書類

年末調整に必要な申告書類や添付書類のうち、電子化できる書類は次のとおりです。

区分	書類
申告書	扶養控除等申告書
	配偶者控除等申告書
	保険料控除申告書
	住宅ローン控除申告書
	基礎控除申告書
	所得金額調整控除申告書
控除証明書等	保険料控除証明書
	住宅借入金等を有する場合の所得税額の特別控除証明書
	年末残高等証明書

引用：年末調整手続の電子化及び年調ソフト等に関するＦＡＱ｜国税庁

年末調整の電子化は、給与計算や勤怠管理業務も併せて電子化すると効率的です。連携システムやアプリを使えば、大幅に業務効率化も図れるでしょう。

3. 電子化した年末調整のやり方

年末調整手続きが電子化された場合の流れは次のとおりです。

No.	実施者	内容
1	従業員	マイナポータルや保険会社から電子データで控除証明書等を受け取る。
2	従業員	国税庁ホームページからダウンロードした年末調整控除申告書作成用ソフトウェア（※）に、住所・氏名などの項目を入力し、1で受領した電子データをインポートして年末調整申告書の電子データを作成する。
3	従業員	2の年末調整申告書データと1の控除証明書等データを会社に提出する。
4	会社	3で提出された電子データをシステムにインポートして年税額を計算する。

※控除証明書等のデータに基づき、勤務先に提出する申告書の電子データや書面を作成するアプリケーションです。国税庁が無償で提供しています。

年末調整を電子化した場合、ほとんどの手続きがソフトウェア上でおこなわれ、自動的に計算されます。

紙の書類を配布・回収する作業や計算ミスによる書類の差し戻しを大幅に削減できるでしょう。

なお、手続きの流れは会社で導入しているソフトウェアやシステム、社内ルールなどによって変わります。

4. 年末調整の電子化に向けた手順

年末調整を電子化する場合は、順を追って進めなければトラブルにつながり、かえって年末調整の手続きに時間がかかる可能性があります。電子化に向けた手順を確認しましょう。

電子化に必要な手続きの詳細は関連記事も合わせてご覧ください。

関連記事：年末調整をネットで手続きするために必要な準備・方法

4-1. 電子申告に必要なものの準備

まずは年末調整の電子申告に必要なものを揃えましょう。必要なものは次のとおりです。

• パソコン
• 年末調整のソフトウェア
• マイナンバーカード
• カードリーダー
• e-Taxの利用者識別番号（国税）
• eLTAXの利用者ID（地方税）

e-Taxの利用者識別番号、eLTAXの利用者IDはそれぞれのサイトから登録できます。

参考：ご利用の流れ | 【e-Tax】国税電子申告・納税システム(イータックス)

参考：利用者IDの取得 ｜ eLTAX 地方税ポータルシステム

なお、2021年3月31日まで、年末調整を電子化するためには、事前に税務署へ「電磁的方法による提供の承認申請書」を提出し、承認を受ける必要がありました。しかし、2021年4月1日以降、この事前承認手続きは廃止されています。現在は、会社が一定の要件を満たしていれば、税務署の承認なしに年末調整の電子化が可能です。

4-2. 電子化のためのシステムの導入・改修

年末調整の手続きを電子化すると、年末調整申告書や控除証明書等を従業員から電子データで受け取ったり、受け取ったデータをシステムにインポートしたりする必要があります。

年末調整を電子で処理するシステムを所有していない場合は、基本的なシステムの導入が必要です。

すでにシステムを導入している場合も、税制改正による変更点にシステム側で対応しているか確認し、していない場合は必要に応じて改修を検討するとよいでしょう。

2025年の年末調整の変更点は関連記事をご覧ください。

関連記事：2025年（令和7年）の年末調整の変更点！手続きのポイントもわかりやすく解説

4-3. 従業員への周知とサポートの準備

年末調整の手続きを電子化する場合、従業員に早めに周知しましょう。手続きが電子化すると申告方法が変わり、システムの操作がわからないといったトラブルが起こりやすくなります。

また、控除証明書等をデータで取得するなど、従業員にも事前準備が必要です。

周知の際は次の3点を伝えましょう。

• 使用するシステムとシステムの使い方
• 控除証明書等をデータで取得する方法（マイナポータルから取得できる）
• 控除証明書等をマイナポータルからデータを取得できない場合の取得方法（保険会社のホームページなどから取得できる）

ITに不慣れな従業員もいるため、社内で勉強会を実施したり、動画を用いたマニュアルを配布したりして、全従業員がシステムを使えるようにしましょう。個別フォローが必要な場合もあります。電子化したあとに申告方法の問い合わせが殺到し負担が増えないように、従業員にしっかり周知し、かつ、適切なサポート体制を整えましょう。

5. 年末調整を電子化するメリット

年末調整の手続きを電子化した場合、会社と従業員双方にメリットがあります。電子化のメリットを会社と従業員の立場からそれぞれ解説します。

5-1. 会社にとってのメリット

年末調整の電子化による会社にとってのメリットは、業務の効率化です。次の点で年末調整業務にかかる時間を減らせます。

• 紙書類の削減
  申請書類をシステム上で配布・回収できるため、人事担当者にとって大きな負担となる、紙書類の準備や配布・回収の手間を大幅に減らせるでしょう。紙で保管する書類が減り、保管に必要なスペースも抑えられます。
• 計算ミスや記載ミスの防止
  従業員の申告内容が反映された年末調整申告書データを利用することで、控除額が自動計算され、計算ミスによる差し戻しが不要になります。
  年末調整申告書作成用のソフトウェアで申告書を作成できれば、単純な記載ミスなどもシステム側でもチェックが可能です。ヒューマンエラーによる記載ミスを減らせるでしょう。

添付資料の控除証明書等をデータで受け取る場合、紙の申告書と根拠書類の内容が一致しているかを確認する必要がないため、作業に要する手間と時間を削減する効果もあります。

5-2. 従業員にとってのメリット

従業員にとっての年末調整電子化のメリットは、次のとおりです。

• 年末調整にかかる手続きの削減

申告書を手書きで作成する必要がなくなり、作成にかかる時間を減らせます。

マイナポータル連携を利用すれば複数の控除証明書等も一括で取得できて、必要な証明書の回収も効率化できるでしょう。

• 必要書類の紛失リスク防止
  控除証明書等を保険会社から書面で受け取った場合は紛失リスクがあります。紙の証明書を紛失した場合、保険会社などへ再発行を依頼する必要がありますが、電子データであれば再度の取得も簡単です。

6. 年末調整を電子化するデメリット

年末調整を今まで紙の書類や手書きで処理していた場合、電子化には次のようなデメリットもあります。

• 運用前の業務負担：社内ルールの決定、従業員の教育
• 導入にかかるコスト：ネット環境の整備、システムの導入費用

電子化によって、手続きをどの程度効率化できるかは、従業員のスキルや環境次第ともいえます。

電子化への移行が完了してスムーズに運用できるようになるまでは、従来より業務の負担が増えたりコストがかかったりする場合がある可能性は認識しておくとよいでしょう。

関連記事：年末調整のペーパーレス化とは？その背景や課題を詳しく解説

7. 年末調整を電子化するうえでおすすめのシステムの選び方

年末調整の電子化を検討したい方に向けて、システムの選び方を紹介します。

7-1. 自社にあった運用ができるか

年末調整を電子化する際には、自社の運用に合ったシステムを選びましょう。システムの仕様が自社に合っていないと、うまく電子化できなかったり、あまり効率化が見込めなかったりする場合も考えられます。

自社の状況に応じた選ぶべきシステムの特徴の例は、次の表のとおりです。

自社の状況	選ぶべきシステム
ITに不慣れな従業員が多い	サポート体制が手厚い
システム対応ができない従業員がいる	基本情報を印字した申告書の様式が出力できる
控除証明書のデータを用意できない	証明書の画像添付機能がある

従業員の状況に応じて対応できるシステムを選ぶと、意図した年末調整の効率化を実現できるでしょう。

7-2.マイナポータルと連携できるか

マイナポータルとは、行政手続のオンライン窓口です。マイナポータルとの連携により、次の申告書に必要な控除証明書等のデータを一括で取得できます。

控除申告書	控除証明書等	備考
保険料控除申告書	生命保険料控除証明書	保険会社などがマイナポータル連携に対応している場合
	地震保険料控除証明書
	社会保険料控除証明書 （国民年金保険料）	ねんきんネットとの連携が必要
	社会保険料控除証明書 （国民年金基金掛金）	–
	小規模企業共済等掛金控除証明書 （小規模企業共済掛金・個人型確定拠出年金掛金（iDeCoに限る））	–
（特定増改築等）住宅借入金等特別控除申告書	年末残高等証明書	保険会社などがマイナポータル連携に対応している場合
	住宅借入金等控除証明書	データの交付を希望した場合に限る

年末調整のシステムにマイナポータルとの連携機能があれば、控除証明書等のデータをインポートして、申告書をスムーズかつミスなく作成できます。

令和4年度の税制改正では住宅ローン控除に関連する書類の提出が簡素化され、マイナンバーを記載した申請書を提出すれば、年末調整での証明書提出が不要となりました。

年末調整のシステムはマイナポータルとの連携が可能なサービスを選ぶことで、業務効率化に役立つ可能性が高いです。

7-3. 従業員や年末調整担当者にとって使いやすいシステムか

年末調整の電子化システムはさまざまな会社から提供されています。選ぶ際は次の従業員・年末調整担当者双方にとって使いやすいシステムを選びましょう。次のポイントを押さえたシステムであれば、導入後の運用もスムーズに進む可能性が高まります。

　従業員側のポイント

• 入力画面がわかりやすいか
• スマートフォンからも申請可能か
• ヘルプ画面やサポートが充実しているか

　担当者側のポイント

• 手順に沿って操作しやすいか
• 従業員ごとの申告状況が把握できるか
• 申請内容の確認がしやすいか

8. 年末調整の電子化を進めて正確性と効率を上げよう

毎年おこなわなければならない年末調整は、会社の繁忙期と重なる会社も多いでしょう。

少しでも手続きの負担を減らすには電子化がおすすめです。ただし、電子化を進める場合はメリットとデメリットを理解したうえで、従業員にも周知することが重要です。従業員が対応できず、かえって負担を増やすことになるおそれもあります。

電子化を無理に進めると手続きの効率が落ちたり、業務が停滞してしまったりする場合もあります。導入した年からスムーズに手続きがおこなえるよう、準備を進めることが大切です。

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