年末調整は源泉徴収税の納税額を確定し、追納や還付で正確な金額を納税するために必要な手続きです。従業員から必要な申告書を回収し、会社がまとめて税務署に手続きをおこないます。手続きが複雑ですが、年末調整を適切におこなわなかった場合、罰則をうけることもあるので、申告フローや手続き方法を確認して正しく年末調整をおこなう必要があります。

今回は、年末調整の役割や手続きの内容について詳しくお伝えしていきます。

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1. 年末調整とは？目的や確定申告との違いを解説

そもそも、毎年恒例となっている年末調整はどのような目的でおこなわれているのでしょうか。実は年末調整には、「企業と従業員が正しい税額を納付するための計算をおこなう」という重要な役割があります。

まずは、年末調整の基本知識を身につけていきましょう。

1-1. 年末調整とは、源泉徴収税の過不足を調整する手続きのこと

年末調整は、企業が従業員に対して支払った給料から徴収される「所得税」の過不足金を調整するための手続きです。従業員の給与や賞与から所得税を徴収することを「源泉徴収」といいます。「実際に徴収した源泉徴収額」と、その年の年収から再計算した「本来の所得税の総額」を比較することが年末調整でおこなわれている主な手続きです。

年末調整で計算した額よりも実際の源泉徴収税額が高ければ従業員に差額を還付し、実際の源泉徴収税額が低い場合は追加で徴収をおこなうことになります。

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1-2. 年末調整で過不足金が発生する理由

なぜ年末に所得税額を再計算する必要があるのでしょうか。その理由は、毎月の源泉徴収税額はあくまで概算であり、12月に年末調整がおこなわれるまで金額が確定しないからです。

また従業員においては、年末までの1年間でさまざまな変化が生じる可能性があるでしょう。昇給や転職、扶養家族の変更で収入額や家庭環境などに変更があれば、控除額が変わってくるため源泉徴収税額に変動が生じます。また、生命保険や住宅ローンの支払をしている場合も、源泉徴収税額は変動します。

こういった要素をその都度源泉徴収税に反映することは難しいので、毎月の計算を概算にしておき、年末にまとめて調整していくのです。

1-3. 確定申告との違い

年末調整とは別に、確定申告をする必要がある方もいます。年末調整と確定申告は、それぞれ全く意味や役割が異なるので区別しておくようにしましょう。

年末調整	事業主が従業員の給与所得を確定し、所得税額を正しく計算し直して徴収・還付すること
確定申告	給与所得や不動産所得など、10種類ある所得の合計金額を自分で計算し、税務署に申告して納税額を確定すること

基本的に、会社員であれば年末調整をしておけば確定申告をする必要はありません。ただし「年収が2,000万円超である場合」や「給与所得以外の収入がある場合」、「年度の途中で退社してそのまま再就職をしなかった場合」などは確定申告をする必要があるため注意が必要です。

また、医療費控除やふるさと納税といった寄付金控除を従業員が受けたい際は、年末調整ではなく確定申告を従業員本人がしなくてはいけません。

 1-4. 年末調整をしないとどうなる？

年末調整は所得税の納付額を確定するために必要な手続きです。もし年末調整をおこなわずに所得税を期日までに納付できなかった場合、延滞税を支払う必要があります。

もし、故意に申告をおこわなかった場合や所得税を納付しなかった場合、脱税と見なされる恐れがあるので注意しましょう。所得税法において、事業者には「1年以下の懲役もしくは50万円以下の罰金」、悪質な場合は「10年以下の懲役もしくは200万円以下の罰金」といった罰則が科されることが定められています。

年末調整をおこなわないと従業員が各自で確定申告をしなければなりません。従業員の負担を増やすことにも繋がるため、期日までに適切に年末調整をおこなようにしましょう。

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2. 年末調整の対象者は？年末調整が必要な人と必要ない人の違い

基本的には、年末調整の書類を従業員全員に提出させる企業が多いかもしれません。しかし、中には年末調整の手続きが不要な方もいます。ここからは、年末調整が必要な方と不要な方についてみていきましょう。

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2-1. 年末調整が必要ない人

以下の条件に当てはまる従業員は、年末調整が不要です。

• 従業員の年収が103万円（月8万8千円）以下の場合
• フリーランスや経営者など給与所得者でない
• 給与所得額が2,000万円を超えている
• 災害減免法の適用対象者で控除を受けている
• 非居住者
• 2ヵ所以上で給与の支払いを受けており、他の給与支払者に扶養控除等（異動）申告書を提出している人や、年末調整までに扶養控除等（異動）申告書を提出していない人
• 年の途中に退職し、以下にあてはまらない人
  • 死亡により退職した
  • 心身の著しい障害で退職し、本年度中に就職の見込みがない
  • 本年度中の給与総額が103万円以下である
  • 12月の給与を支給されてから退職した

また、以下の条件に当てはまる場合は注意が必要です。

• 退職して再就職しなかった場合
• 副業やダブルワークなどで2ヵ所以上の収入源がある

特に注意が必要なのが、年度の途中で退職した方です。通常年末調整は在籍する企業がおこなうため、転職した従業員に対して年末調整の案内を出す必要はありません。従業員側も、年末時点で在籍している企業1社のみで年末調整をおこなえば問題ありません。

ただし、万が一年内に再就職をしなかった場合は年末調整が受けられないことになるため、自分で確定申告をして正しい税額を計算する必要があります。

また、会社員の傍ら副業をしている方やダブルワークをしている方は、メインの勤務先で年末調整をしたあと、再度確定申告で正しい収入額を申告する必要があります。

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2-2. 年末調整が必要な人

年末調整が必要な方は、事業主を通して税金を納めている全ての従業員です。そのため、前項に当てはまらない従業員は、基本的に全員が年末調整の手続きをする必要があるのです。手続き漏れがないように、年末調整の担当者は十分に注意してください。

ただし、配偶者や親の扶養に入っている人は扶養に入れている本人の年末調整でまとめられるため、不要です。

2-3. 年の途中でも年末調整が必要なこともある

年末調整は、その名の通り「年末におこなう手続き」ですが、場合によっては年の途中でも年末調整をおこなわうこともあります。以下の条件に当てはまる方は、その時点で年末調整をおこなう必要があるため、注意しましょう。

• 病気などにより退職し、復職の見込みがない人
• 海外転勤により非居住者になった人
• 死亡によって退職した人
• 給与総額が103万円以下で退職した人
• 12月に支給される給与を事前に受け取って退職した人

このように、年末調整をおこなう際は、まず従業員が年末調整の対象かどうかを確認する必要があります。当サイトでは、年末調整の対象者を「はい」「いいえ」形式で簡単に確認することができる資料を無料でお配りしています。

そのほかにも、必要書類や年末調整の計算方法まで図解で網羅的にわかりやすく解説しています。年末調整業務の理解に不安のある方は、こちらから「年末調整ガイドブック」をダウンロードして、不明点がある場合にご活用ください。

参考：年末調整の対象となる人｜国税庁
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3. 年末調整に必要な書類

年末調整で従業員に提出してもらう書類には主に下記の3種類です。

• 給与所得者の扶養控除等(異動)申告書
• 給与所得者の保険料控除申告書
• 給与所得者の基礎控除申告書 兼 給与所得者の配偶者控除等申告書 兼 所得金額調整控除申告書

それぞれの申告書の役割と記載する項目などの詳細について解説していきます。

3-1. 給与所得者の 扶養控除等(異動)申告書

扶養控除等(異動)申告書とは、扶養控除を受けるために必要になる書類です。扶養している家族の人数によって所得税の控除額が異なるため、扶養家族の氏名や生年月日などを記載して申告をおこないます。また、年収が1,000万円以下で配偶者の給与所得が133万円以下の従業員がいる場合は、給与所得者の配偶者控除申告書も一緒に提出する必要があります。

独身の場合や扶養家族がいない場合には、個人の記入欄のみ記載します。

参考：各種申告書・記載例（扶養控除等申告書など）｜国税庁
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3-2. 給与所得者の保険料控除申告書

一部の保険料は保険料控除を受けることができます。対象となる保険は「生命保険」「地震保険」「社会保険料」「小規模企業共済掛金」の4つです。

これらの保険料を支払っている場合には、この申告書に支払った保険料や支払い先の保険会社名等を記載した上で、支払いを証明するために保険控除証明書を添付します。

なお、社会保険料を給与から天引きしている場合は、社会保険料の欄は従業員ではなく会社側で記入する必要があります。

参考：各種申告書・記載例（扶養控除等申告書など）｜国税庁
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3-3. 給与所得者の基礎控除申告書 兼 給与所得者の配偶者控除等申告書 兼 所得金額調整控除申告書

こちらの申告書は「給与所得者の基礎控除」「給与所得者の配偶者控除等の申告書」「所得金額調整控除申告書」の3つの控除が一つの用紙に集約されたものとなっています。

該当する控除を受ける際は、それぞれの欄に記入する必要があります。各欄の概要については以下のとおりです。

参考：各種申告書・記載例（扶養控除等申告書など）｜国税庁
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3-3-1. 給与所得者の基礎控除申告書

この欄は、給与所得者が基礎控除を受けるために記入する欄です。基礎控除は、年間の合計所得額に応じて差し引くことのできる控除で、ほとんどの給与所得者が適用対象となります。

適用できないのは、年間の合計所得額が2,500万円を超える場合のみです。

対象となる従業員には、必ず必要事項を記入してもらうようにしましょう。

参考：基礎控除｜国税庁

3-3-2. 給与所得者の配偶者控除等申告書

配偶者控除や配偶者特別控除を受ける際に記入する欄です。配偶者の所得が48万円以下の場合は配偶者控除、133万円以下の場合は配偶者特別控除が適用されます。ただし、申告者の給与所得が1,000万円以下であることが条件です。

なお、控除を受ける配偶者がいない場合には記載する必要はありません。

控除を受ける際は配偶者の所得額も必要となるため、事前に従業員に案内しておきましょう。

参考：配偶者控除｜国税庁
参考：配偶者特別控除｜国税庁

3-3-3. 所得金額調整控除申告書

所得金額調整控除には「特別障害者等を有する者等の所得金額調整控除」と「給与所得と年金所得の双方を有する者に対する所得金額調整控除」の2種類があり、年末調整で申告できるのは前者の方です。

「特別障害者等を有する者等の所得金額調整控除」は、年収が850万円超で本人か扶養親族・配偶者が特別障害者である場合、または23歳未満の扶養家族がいる場合に受けることができます。

なお、条件に該当しない場合は、記載する必要はありません。

参考：所得金額調整控除｜国税庁

3-4. 住宅借入金等特別控除申告書（該当者のみ）

「住宅借入金等特別控除申告書」は、年末調整のときに住宅ローン控除の適用を受けたい従業員が提出する書類です。そのためすべての従業員ではなく、該当者にのみに提出してもらうものになります。

対象となるローンは、返済期間が10年以上あるローンに限られます。住宅ローンが2つ以上あるときは、全ての残高を合算したものが対象です。

住宅借入金等特別控除申告書を提出する際は、あわせて以下の書類を提出する必要があります。

1. 税務署長が発行した「年末調整のための（特定増改築等）住宅借入金等特別控除証明書」
2. 金融機関等が発行した「住宅取得資金に係る借入金の年末残高等証明書」

ただし、住宅ローン控除を受ける最初の年は、従業員自身に確定申告をして貰う必要がある点に注意が必要です。翌年以降は年末調整で控除が受けられるようになりますが、1回目の控除をする際だけ自分で確定申告をするように指示を出しましょう。

参考：各種申告書・記載例（扶養控除等申告書など）｜国税庁

4. 年末調整で受けられる控除の種類

給与所得者が年末調整で受けられる控除には全部で14種類あります。控除を適用させればその分税金の負担が軽減できるため、適用漏れのないように計算しなくてはいけません。

年末調整で受けられる具体的な控除の種類は次のとおりです。

• 基礎控除
• 配偶者控除・配偶者特別控除
• 扶養控除
• 生命保険料控除
• 地震保険料控除
• 社会保険料控除
• 小規模企業共済等掛金控除
• 障害者控除
• 寡婦控除
• ひとり親控除
• 勤労学生控除
• 住宅ローン控除
• 所得金額調整控除

住宅ローン控除に関しては住宅を取得した年は確定申告が必要で、2年目から年末調整ができます。いずれも控除できる金額に限度額が設けられているため、従業員に年末調整の用紙を記入してもらう際は注意を促すことが必要です。

4-1. 確定申告が必要となる控除とは？

すべての控除が年末調整で手続きできるわけではなく、中には確定申告でしか控除できないものもあります。次の控除を受ける際は、年末調整とは別に確定申告しなくてはいけません。

• 医療費控除
• 寄付金控除
• 雑損控除

従業員が上記に挙げた控除の適用を希望する際は、従業員本人で確定申告の手続きをしてもらうように案内をしましょう。

5. 年末調整のやり方は？いつまでに、何をすれば良いのかを6ステップで解説

ここからは、実際の年末調整の流れを6ステップでお伝えしていきます。年末調整は11月から始まり、翌年の1月末には完了しなければなりません。
さっそく、手続きの手順を詳しくみていきましょう。

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5-1. 【11月上旬】源泉徴収票を回収する

年末調整において、最初におこなうのは、転職者に対する源泉徴収票の回収作業です。前職の給与を正しく把握するために必要な書類なので、必ず提出してもらいます。

源泉徴収票は原則、退職から1ヵ月以内に発行されることになっています。しかし、紛失してしまった場合は再発行に時間がかかるため、それを見越して早めに用意を呼びかけておくことが大切です。11月を待たず、発行されたらすぐに提出するようにしても良いでしょう。

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5-2. 【11月下旬～12月】従業員が申告書類を作成する

11月下旬になったら、前章で解説した年末調整に必要な3つの書類を従業員に渡して必要事項を記入してもらいます。

なお、生命保険や地震保険などに加入している場合は、年末に各保険会社から郵送されてくる控除証明の提出が必要になります。従業員にはこういった書類をなくさずに保管しておくように案内をして、年末調整の書類とともに提出できるように用意してもらいましょう。

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5-3. 【12月】年末調整の計算

従業員から必要な書類が提出されたら、会社では所得税の計算と納付手続きに入っていきましょう。

まずは給与の総額を計算し、そのあと各種控除を適用して正しい所得税額を算出します。結婚して配偶者が配偶者控除の対象になった場合や、生命保険や地震保険に加入している場合は、年末調整で還付金が発生する可能性が高くなります。

年末調整の計算方法には決まりはないので、電卓を使ってもExcelを使っても問題ありません。ただし全ての従業員の分を手計算するのは手間がかかるうえに、計算ミスをする可能性もあるため、給与計算ソフトなどを利用して自動化することをおすすめします。

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5-4. 【12月下旬～1月下旬】過不足金額の還付・徴収

すべての従業員分の年末調整が終わったら、発生した過不足金の還付と徴収をおこななっていきます。ほとんどの企業では、12月分の給与に上乗せして還付または給与から天引きして徴収する手段が取られています。

ただし、急に給与からお金が天引きされれば、従業員が不信感を持つかもしれません。あらかじめ通達しておきましょう。

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5-5. 【報酬の支払い月の翌月10日まで】所得税徴収高計算書の作成

還付や徴収によって正しい金額で所得税を徴収できたら、納付していきます。その際に必要となるのが「所得税徴収高計算書」という書類です。所得税徴収高計算書と納付書は複写式で一体になっています。［注1］

通常、厳選書徴収をしている場合事業主あてに郵送されてきますが、届かない場合は税務署への問い合わせまたはe-taxの利用で入手することが可能です。

［注1］税額の納付と所得税徴収高計算書（納付書）の記載｜国税庁
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5-6. 【1月末まで】提出書類の作成

計算と従業員への還付・徴収、納付が完了したら、各所に提出する書類を作成していきます。作成する必要のある書類は、以下の4つです。

源泉徴収票

源泉徴収票は、年間の給与額や控除額をまとめて記載した書類です。原則、従業員1人につき「従業員用1部」「税務署提出用1部（提出対象となる場合）」「市区町村提出用2部（給与支払報告書）」の合計4部を作成する必要があります。

従業員へは12月の最終給料を支払う際に交付します。源泉徴収票は、住宅ローンの審査時などに収入を証明する書類としても使われるため、大切に保管してもらうようにしましょう。

法定調書合計表

法定調書合計表は、企業が1年間に支払った給与や報酬などの合計金額がまとめられた書類です。1月末までに税務署へ提出することが義務付けられています。

報酬、料金、契約金及び賞金の支払調書

報酬、料金、契約金及び賞金の支払調書は、弁護士や税理士などの専門家や外注のフリーランスなどに対して、一定金額以上の報酬を支払ったときに作成しておく資料です。支払われた側がしっかりと申告しているかどうかを照会するときに使用されます。

給与支払報告書

給与支払報告書は、企業が市区町村に給与の支払状況を報告するための書類を指します。市区町村はこの書類をもとに住民税を計算するため、1月末までに必ず提出しなくてはなりません。

ちなみに、書かれている内容は源泉徴収票と同じです。従業員に渡すものを「源泉徴収票」、市区町村に提出するものは「給与支払報告書」とよぶと考えておけば、問題ありません。

参考：法定調書関係｜国税庁
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5-7. 年末調整の申告内容に不備があった場合の対応

年末調整の書類の不備に気付いた場合は正しく訂正しましょう。

まず、記入中の書き損じなど、提出前に不備に気付いた場合には、該当箇所に二重線を引き、重なるように訂正印を押します。訂正印の付近に正しい内容を記載する方法で記入内容を修正しましょう。修正液や修正テープの使用は認められていません。

提出後に記載内容の不備に気付いた場合、1月31日までは修正内容を再提出することで申告内容を修正できます。

年末調整の期限である1月31日を過ぎてしまった場合には、該当する従業員に個人で確定申告をおこなって申告内容を訂正してもらうように促す必要があります。

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5-8. 年末調整を効率化する方法

前述のとおり、年末調整には多くの工程があり、かつ紙を用いて従業員とやり取りしなければなりません。
また、年末調整の控除の条件は複雑であるため、従業員が理解しきれずに記入漏れ・ミスが発生する、文字がわかりにくいなどの理由で差し戻しが多くなると、その分年末調整の作業も滞ります。

年末調整に対応した給与システムや人事システムであれば、年末調整の煩雑な計算も自動で処理できるためミスを軽減させることが可能です。また、システム上から年末調整の入力ができれば、回収する作業がなくなるだけでなく、差し戻しもスムーズにおこなうことができます。

特に従業員数が多い事業所においては、システムを導入することで年末調整の大きな工数削減が期待できるでしょう。

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6. 年末調整でおこなう計算

年末調整ではどんな計算がおこなおこなわれているのか、その詳しい内容についてお伝えしていきます。

6-1. 1年間に支払った給与と源泉徴収税額を計算

まずは、年末調整の対象となる従業員の1年間の給与や賞与の合計額と、源泉徴収した総額を計算します。年度の途中で転職してきた従業員がいる場合、前の職場で支払われていた給与も合算して年末調整するので、源泉徴収票を集めておきましょう。

6-2. 給与所得控除後の金額を計算

次に、給与所得控除後の金額を計算します。給与所得控除は会社員などの給与所得者に適用されるもので、1年間の収入額に応じて差し引かれるものです。通勤費用や交際費など、会社員にとっての経費をひとつひとつ計算する代わりにまとめて控除するお金だと考えておくと、非常にわかりやすいでしょう。

給与所得控除の金額は、年収によって計算式が異なります。詳しくは、税務署から配布される「年末調整のしかた」や国税庁のホームページ［注2］で確認できるので、計算の際はしっかりと参考しておきましょう。

参考：No.1410 給与所得控除｜国税庁

6-3. 各種所得控除の合計金額を計算

次に、従業員から提出してもらった書類を元に所得控除の金額を算出していきます。扶養控除や配偶者控除、社会保険料、生命保険や地震保険の控除はここでおこないましょう。控除をおこなう際は、必ず「保険料控除証明書」などといった証拠となる書類と照らし合わせていきます。

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6-4. 課税給与所得金額を計算

給与所得控除後の金額から各種所得控除の金額を差し引き、所得税の課税対象となる金額を算出していきます。この金額を「課税給与所得金額」といいます。計算するときは、1,000円未満の端数を切り捨てておきましょう。

6-5. 算出所得税額の計算

課税給与所得金額が出たら、国税庁の「算出所得税額の速算表」より、所得税を計算します。所得金額と対応する税率をかけ合わせたものが、納付する所得税になります。

参考：所得税の税率｜国税庁
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6-6. 住宅ローン控除と年調年額の計算

住宅ローン控除の適用がある従業員の場合のみ、ここまでで算出した所得税の金額から住宅ローンの控除額を差し引いてください。
ここまでで算出された金額に102.1％をかけると、「年調年税額」が算出されます。この金額が源泉徴収税額の総額よりも多ければ差額を還付し、少なければ徴収して調整していきます。

関連記事：年末調整の計算方法5ステップや注意点を分かりやすく解説

7. 年末調整は会社員なら欠かさずおこなうべき手続き！

年末調整は、1年間の給与から天引きされた源泉徴収税の金額を再計算し、正しい納税金額を確定する役割を果たす大切な手続きです。場合によっては還付や徴収をおこななって正しい税額に調整しなくてはいけないため、一部の方を除いた全ての給与所得者が年末調整をおこなう必要があります。

必要書類の提出や細々とした計算作業がある年末調整は、従業員にとっても企業の担当者にとっても負担が大きくて大変な業務です。年末調整業務の効率化や作業負担軽減を目指すなら、年末調整の計算や給与計算への反映を自動でおこなってくれる、給与計算システムの導入を検討してもいいかもしれません。

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